Впервые о необходимости отмены крепостного права Александр II официально заявил 30 марта 1856 г., во время коронационных торжеств в Москве, где, выступая перед представителями московского дворянства, он прямо заявил, что лучше отменить крепостное право «сверху», нежели ждать, когда оно будет отменено самими крестьянами «снизу».
Сами помещики, преследуя узкокорыстные классовые интересы, не горели особым желанием решать назревший крестьянский вопрос, и власть в очередной раз взяла инициативу в свои руки. В январе 1857 г. был образован новый секретный комитет по крестьянскому вопросу, в который вошли граф А.Ф. Орлов, князь В.А Долгоруков, граф М.Н. Муравьев, князь П.П. Гагарин и другие вельможи. Составленный из бывших николаевских сановников, в большинстве своем отъявленных крепостников, новый комитет преднамеренно затягивал решение крестьянского вопроса. Напряженная социальная обстановка в стране заставила самого Александра II принять более действенные меры. Летом 1857 г. состоялась его встреча с генерал-губернатором Прибалтийского края В.И. Назимовым, в ходе которой он убедил друга своей юности подтолкнуть помещиков Виленской, Ковенской и Гродненской губерний проявить инициативу в решении крестьянского вопроса.
В июле 1857 г. член секретного комитета министр внутренних дел граф С.С. Ланской на основании «Записки» своего товарища (заместителя) министра генерала A.И. Левшина представил императору проект крестьянской реформы и предложил создать в каждой губернии дворянские комитеты для обсуждения этого проекта. В ноябре 1857 г. царь узаконил предложение С.С. Ланского в секретном рескрипте на имя генерала В.И. Назимова, а затем, в декабре 1857 г., аналогичный рескрипт был дан петербургскому генерал-губернатору графу П.Н. Игнатьеву и чуть позже всем руководителям великорусских губерний.
С опубликованием первых рескриптов и началом работы ряда губернских комитетов подготовка крестьянской реформа впервые приобрела гласный характер. В связи с этим обстоятельством в феврале 1858 г. секретный комитет был переименован в «Главный комитет по крестьянскому делу для рассмотрения постановлений и предложений о крепостном состоянии», а его председателем назначен великий князь Константин Николаевич, который был давно и хорошо известен своими либеральными взглядами. В апреле 1858 г. Александр II утвердил программу Главного комитета на принципах, изложенных в рескрипте генерал-губернатору B.И. Назимову, которая тогда предусматривала не ликвидацию, а лишь смягчение крепостного права.
Публикация ряда царских рескриптов и создание Главного комитета вызвали новый подъем крестьянского движения в стране. По данным начальника III Отделения и шефа Корпуса жандармов генерал-адъютанта князя В.А. Долгорукова, только в 1858 г. было зафиксировано 530 крестьянских выступлений, более 100 из которых были подавлены правительственными войсками. Крестьянское движение не только ускорило ход подготовки крестьянской реформы, но и вынудило правящие круги сановного Петербурга к более радикальному решению крестьянского вопроса.
В декабре 1858 г. была принята новая программа крестьянской реформы, которая, в отличие от старой, подрывала сами основы крепостничества. Основные положения этой программы, автором которой стал член Главного комитета генерал Яков Иванович Ростовцев, выглядели следующим образом:
1) крепостные крестьяне получают личную свободу;
2) все бывшие крепостные крестьяне обеспечиваются земельными наделами в постоянное пользование с правом их последующего выкупа в собственность через специальный кредитный банк;
3) переходное, или временнообязанное состояние крестьян по отношению к помещикам регламентируется специальным законодательным актом.
Новая аграрная программа потребовала переработать многочисленные проекты губернских комитетов, которые были составлены по старой программе. С этой целью в марте 1859 г. при Главном комитете были созданы две редакционные комиссии, которые возглавил тот же генерал Я.И. Ростовцев. Он собрал все законодательные акты о владельческих крестьянах, а также поступившие в комиссии проекты крестьянской реформы и материалы секретных комитетов, и опубликовал их в 25-томном собрании «Материалов редакционных комиссий».
В августе 1859 г. в недрах редакционных комиссий был подготовлен проект «Положения о крестьянах», который был обсужден с депутатами от губернских комитетов. Многие консервативно настроенные помещики (П.П. Гагарин, М.П. Позен) подвергли этот проект резкой критике, поскольку считали установленные в нем крестьянские наделы слишком завышенными, а повинности за эти наделы — явно заниженными. Руководство редакционных комиссий вынуждено было пойти на ряд уступок консервативной части дворянства, в результате чего в черноземных губерниях страны были существенно понижены нормы крестьянских наделов, а в нечерноземных, напротив, повышены размеры оброка.
В начале 1860 г. скоропостижно скончался генерал Я.И. Ростовцев и новым председателем редакционных комиссий стал министр юстиции, окаменелый консерватор граф Виктор Никитич Панин. При всем своем желании он не смог оказать серьезного негативного влияния на процесс подготовки реформы, поскольку фактическое руководство всей работой по проведению реформы теперь осуществлял председатель Земского отдела Министерства внутренних дел, тайный советник Николай Алексеевич Милютин — крупный государственный деятель и наиболее видный представитель правительственной партии либеральных бюрократов.
В начале октября 1860 г. отредактированное «Положение о крестьянах» поступило в Главный комитет по крестьянскому делу, где оно обсуждалось вплоть до середины января 1861 г. В конце января 1861 г. проект этого документа поступил на рассмотрение Государственного совета, и после одобрения проекта большинством государственных мужей, 19 февраля 1861 г., в шестую годовщину своего вступления на престол, Александр II подписал два исторических документа: манифест «Об отмене крепостного права» и «Положение о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости».
По информации ряда историков (Н. Троицкий), текст самого царского манифеста, который был опубликован 5 марта 1861 г., первоначально был написан Н.А. Милютиным и Ю.Ф. Самариным. Однако затем, по личной просьбе императора, его отредактировал московский митрополит Филарет, которого в народе звали Филька. Поскольку этот текст был написан слишком витиеватым для большинства безграмотных крестьян слогом, то в народе манифест практически сразу получил не очень благозвучное название «филькина грамота». Хотя подобная трактовка истории создания этого документа разделяется далеко не всеми современными историками (А. Боханов).
В «Положении о крестьянах, вышедших из крепостной зависимости» содержалось 17 законодательных актов, в том числе «Общее положение», четыре «Местных положения о поземельном устройстве крестьян», «Положение о выкупной операции» и другие. В соответствии с этими документами:
1) 23 млн владельческих крепостных крестьян получали личную свободу и целый ряд имущественных и гражданских прав «свободных сельских обывателей»: теперь они могли в качестве юридических лиц заключать всевозможные сделки, открывать торговые и промышленные заведения, выступать истцами и ответчиками в суде и т. д.
2) Вместе с личной свободой бывшие крепостные крестьяне получали свои усадьбы «в потомственное пользование» и полевой надел в «общинное пользование», от которого не могли отказаться в течение первых девяти лет. В течение этого срока крестьяне должны были по-прежнему нести за свой земельный надел традиционные феодальные повинности — барщину и оброк.
3) Размеры земельных наделов и объем крестьянских повинностей четко фиксировались в уставных грамотах, которые должны быть заключены всеми помещиками и крестьянами в течение ближайших двух лет, до января 1863 г. Составлять же эти уставные грамоты должны были сами помещики, а проверка их законности возлагалась на мировых посредников, которые назначались Сенатом из числа местных столбовых дворян-землевладельцев по представлению губернатора. Уставные грамоты заключались не отдельными крестьянами, а сельскими общинами и, таким образом, сохранялась прежняя круговая порука и ответственность всей крестьянской общины за каждого крестьянина и его повинности.
4) При определении и фиксации размеров земельного надела в уставной грамоте помещики должны были исходить из установленных «Местными положениями» норм наделения пахотной землей. Для степных губерний размер земельного надела мог колебаться от 12 до 6 десятин земли, а для черноземных и нечерноземных губерний от 15 до 5 десятин земли. Таким образом, крестьяне не могли требовать надел выше установленного максимума, а помещики не могли урезать крестьянский надел ниже установленного минимума. Хотя реально это правило довольно часто нарушалось, и помещики чаще всего исходили из собственных имущественных интересов.
5) В результате всех этих манипуляций бывшие помещичьи крестьяне получили в среднем по 3,3 десятины земли на ревизскую душу, т. е. гораздо меньше пахотной земли, чем у них было до реформы. По данным большинства историков (П. Зайончковский, Л. Захарова, Б. Литвак), только в Казанской, Саратовской, Самарской, Полтавской, Екатеринославской и Харьковской губерниях помещики отрезали у крестьян почти 40 % той надельной земли, которой они владели до отмены крепостного права. Кроме того, подлинным бичом всех крестьянских хозяйств стала чересполосица, поскольку часто помещичьи земли клином врезались в крестьянские наделы, отчего сами крестьяне были вынуждены на крайне невыгодных условиях и под большой процент арендовать эти клинья у своих бывших владельцев.
6) Вся надельная земля, которую крестьяне получали в постоянное пользование, юридически оставалась собственностью помещиков вплоть до заключения так называемой выкупной сделки. Пока эта сделка не была заключена, крестьяне считались временнообязанными, то есть по-прежнему несли в пользу помещиков традиционные феодальные повинности. Правда, по новым правилам эти повинности были строго фиксированы: размер оброка, в зависимости от региона, колебался в пределах 8―12 рублей за год, а размер барщины сокращалось со 130―140 до 70 дней в году. Поскольку повинности временнообязанных крестьян почти не отличались от традиционных повинностей крепостных, то многие крестьяне не желали подписывать уставные грамоты. В итоге, по данным тех же историков (П. Зайончковский, Л. Захарова, Б. Литвак), до января 1863 г. уставные грамоты подписали только 42 % бывших крепостных крестьян.