В 1654 г. началась первая польская война царя Алексея. Московские войска взяли Смоленск, заняли Литву. В Вильне установлено московское воеводство, царь принял титул великого князя Литовского. Но с казаками сразу же возникли недоразумения. Хмельницкий явно не поддерживал действий московских воевод, двинутых в Подолию и Галицию; при осаде Львова он через Выговского советовал осажденным не сдаваться и в то же время вел свою политику сношений с Турцией, возобновил союз с крымским ханом, с трансильванским князем и со Швецией и явно готовил разрыв с Москвой. Но еще больше, чем поведение Хмельницкого, грозили прочности московских успехов действия Швеции. Начав войну с Польшей, шведы заняли западную часть Литвы, всю Великую Польшу, взяли Варшаву и Краков. Радзивиллы подписали унию Литвы со Шведским королевством под условием войны Карла Густава с Москвой. Курфюрст Бранденбургский, Хмельницкий, Ракочи вступили со шведским королем в соглашение о разделе Речи Посполитой. Карл Густав себе прочил Ливонию и Пруссию. Царь Алексей решил тогда заключить перемирие с королем Яном Казимиром, а вслед за тем образовался против шведов союз Дании, Австрии и Польши, к которым примкнул и Бранденбург. Смерть избавила Хмельницкого от полного крушения его планов, а царь Алексей Михайлович, вернув Польше Литву, удержал Ливонию и начал войну со шведами. Обострение шведской опасности выдвинуло в сознании московского правительства на первый план балтийский вопрос, который нашел себе убежденного энтузиаста в лице А.Л. Ордина-Нащокина. Для этого выдающегося государственного деятеля очередной и самой важной задачей московской политики было именно приобретение Ливонии и морского побережья на западе. Для этой цели, ради широкой перспективы развития русской торговли через Балтийское море, он готов был отступиться и от западнорусских завоеваний, от которых «прибыли нет никакой, а убытки большие», и от Малороссии. Но быстрый ход событий на юге и личное настроение царя Алексея убили его мечты. Царь Алексей Михайлович мысль Нащокина о возможности отступиться от «черкасскаго дела», ради прочного союза с Польшей против шведов, признавал «непристойной», подобной тому, как «отдать святой хлеб собаке». И «черкасское дело» заняло первое место в его политике. По смерти Хмельницкого началась в Украйне «великая шатость». Малороссы выбились из-под польской государственной власти, смели «панский» строй общественных отношений, но не успели выработать сколько-нибудь прочной социально-политической организации. Во главе управления стоял гетман с диктаторской властью, вокруг него старшина, по теории избираемая, как и гетман, свободным выбором казацкого войскового круга, на деле же сложившаяся в богатую и влиятельную аристократию, которая свела всякие выборы к простой формальности. Казацкая масса, вольнолюбивая и буйная, плохо сносила старшинское ярмо, чувствуя себя носительницей украинского народовластия, к которому тянулась и крестьянская масса, только что сбросившая панское иго. В этой пестрой среде Хмельницкий занял позицию представителя верховной власти над всем малорусским народом, но московское правительство, как прежде власть польская, желало признавать в гетмане не администратора Украйны, а только главу казацкого войскового самоуправления и взять управление страной в свои руки. Глубокий разлад между казацкой и народной демократией, с одной стороны, и олигархией старшины – с другой давал опору в борьбе против стремления малорусских вождей к политической независимости Украйны. Сам Хмельницкий в переговорах отделял казаков от крестьянства, предлагая такую статью: «Кто казак – будет вольность казацкую иметь, а кто пашенный крестьянин – тот будет должность обыклую царскому величеству отдавать», а старшины выпрашивали уже в его время у царского правительства грамоты на земли с признанием их господской власти над крестьянским населением этих земель. С другой стороны, крестьянство, плохо знавшее московские порядки, видело в попытках старшин восстановить «панщину» черту польского шляхетского быта, которая окрепнет, как только произойдет воссоединение Украйны с Речью Посполитой, и тянуло к Москве, увлекая на свою сторону и рядовое казачество, раздраженное старшинским самовластием. Старшинская среда была носительницей стремления к образованию самостоятельного малорусского государства, готовая, по нужде, идти на унию и под протекторат либо с Москвой, либо с Польшей; казацкой и народной массе эта идея была малопонятна и чужда, тем более что и у Хмельницкого она определилась сколько-нибудь отчетливо разве под самый конец его деятельности и поставлена в «статьях» 1654 г. Гетманом после смерти Богдана Хмельницкого старшина выбрала Ивана Выговского, хотя войсковой круг стоял за малолетнего Юрия Хмельницкого; казацкие полки, связанные с Запорожьем, противопоставили ему Мартына Пушкаря, который обратился в Москву с изветами на Выговского. Москва признала Выговского, но, пользуясь разладом, пыталась дальше вести присоединение Малороссии: передать управление и сбор налогов своим воеводам, подчинить киевскую митрополию своему патриарху, сводя полномочия гетмана и его рады к кругу чисто казацких дел. Выговский решил сломить внутренних врагов, с татарской помощью разбил Пушкаря и в 1658 г. заключил в Гадяче договор с Польшей об образовании из Украйны Великого княжества Русского, которое на началах внутренней автономии войдет в состав Речи Посполитой рядом с королевством Польским и Великим княжеством Литовским. Внутренняя усобица сгубила Выговского, гетманом стал Юрий Хмельницкий. В переговорах с Москвой старшинская рада Юрия попыталась определить отношения в духе гарантий своей автономии, но князь Трубецкой принудил ее на войсковой раде 1659 г. принять «статьи», которые ограничивали власть гетмана и отдавали в руки московских воевод, сверх Киева, еще пять городов; отрезать Северщину на московскую сторону Трубецкому не удалось. Отношения оставались крайне сложными, а вести их приходилось с большой осторожностью: с 1657 г. возобновилась польская война и шла далеко не так успешно, как первая. На севере русские терпели неудачи, потеряли Литву и Белоруссию. На юге Хмельницкий вынужден был перекинуться на польскую сторону, боярин Шереметев капитулировал под Чудновом. Борьба затягивалась и вела к сознанию, что всей Украйны не удержать. Московская политика наметила, по выражению царя Алексея, «средний путь» – раздел Малороссии по Днепру с тем, однако, чтобы удержать за собой и Киев. К этой цели как возможному минимуму направлены дальнейшие усилия Москвы. Раздел подсказывался внутренними отношениями Малороссии, где в Левобережной Украйне утвердился гетманом Брюховецкий, а в Правобережной – Дорошенко. Брюховецкий, выдвинутый демократической массой казачества, искал опоры в Москве, согласился сам просить о введении в Малороссии московского управления и податного оклада, поддерживал проект подчинения малорусской церкви московскому патриарху, заслужил чин боярина и женился на боярышне княгине Долгорукой.
Поставив малороссийский вопрос на вполне реальную почву, правительство царя Алексея не колебалось уже между этой задачей и стремлением к Балтийскому морю. В 1658 г. заключено было перемирие со шведами, по которому пришлось согласиться на отказ от морского берега, но изменение всей политической конъюнктуры, когда Карлу XI, преемнику Карла Густава, удалось заключить Оливский мир (1660) с Польшей, Бранденбургом и Австрией, а затем помириться и с Данией, заставило отступиться и от Ливонии. Кардисский мир 1661 г. разрушил все планы Ордина-Нащокина: Москва осталась при старой границе со Швецией. Теперь царь призвал Нащокина, который тщетно отстаивал свою западную программу и примирение с Польшей, к осуществлению своего «царскаго пути» в черкасском деле: это был доверенный дипломат царя, который не мог, по обычаю, поставить его во главе посольства, но переписывался с ним через Тайный приказ, помимо начальных бояр-послов. Переговоры с Польшей о разделе Малороссии затянулись из-за новых военных неудач и споров о Киеве. Только 3 января 1667 г. удалось Нащокину заключить Андрусовское перемирие на 131/2 лет, по которому Москва сохраняла Восточную Украйну, а Киев на два года. Это перемирие предрешило исход малороссийского вопроса в XVII в., так как на его основе состоялся и Вечный мир 1686 г. По возвращении Нащокина с посольского съезда ему сказано боярство и пожаловано звание «царственныя большия печати и государственных великих посольских дел оберегателя», звание, которое можно приравнивать к званию канцлера, с поручением ведать Посольским приказом вместе с приказом Малороссийским. Важнейшей из возложенных на него задач сам царь считал «одержание Киева». Тот же вопрос сильно волновал малороссов, опасавшихся возврата Киева полякам, ввиду известных мнений Нащокина о «ненадобности» черкасских городов; московский канцлер направил усилия на то, чтобы сделать принятие Киева, по истечении условленного срока, невозможным для самих поляков и закрепить его связь с Москвой сосредоточением в ней церковного управления. Нащокин искал в смуте на правом берегу Днепра средства парализовать польские притязания на Киев и стал склонять Дорошенко к отделению от Польши, обещая московское покровительство. Это запутало Нащокина в интриги правобережного гетмана Дорошенко и довело его до потери влияния. Дорошенко мечтал о другом воссоединении Украйны и только использовал шаги Нащокина, чтобы напугать Брюховецкого, поднять московскую половину Украйны и, погубив соперника, стать во главе всей Малороссии против Москвы и Польши под покровительством турецкого султана. Движение быстро оборвалось, и левый берег Днепра смирился пред Москвой, но теперь царь Алексей, под влиянием А.С. Матвеева, склонялся к более энергичной политике; подтверждение Андрусовского перемирия с сохранением за Москвой Киева на неопределенное время уже не удовлетворяло, в Москве мечтали о подчинении через Дорошенко и Правобережной Украйны, поверив его переговорам о московском протекторате. Ордин-Нащокин должен был уступить Матвееву управление Малороссийским приказом, а затем и свое канцлерство. Началась борьба за Западную Малороссию, приведшая к первой русско-турецкой вой не, так как султан прислал свои войска по призыву Дорошенко. Эта война не была закончена при жизни царя Алексея, а после него оставила след лишь в больших потерях, кровавой «руине» Правобережной Украйны и усиленном бегстве ее населения в пределы Московского государства. Малороссийский вопрос надолго остался в том положении, какое создано Андрусовским перемирием и его подтверждением в 1669 г.