Вечером 4 мая на минном заграждении «Амура» южнее Ляотешана взорвался и погиб истребитель «Акацуки». Из 66 человек его экипажа удалось спасти лишь 36. Большие потери под Порт-Артуром, равные потерям в крупном сражении, произвели тяжёлое моральное воздействие на личный состав японского флота и отчасти привели к снижению его активности. Возможно поэтому русским удалось без противодействия японцев спасти крейсер 1 ранга «Богатырь», который потерпел серьёзную аварию в Амурском заливе. 2 мая этот крейсер под флагом контр-адмирала К.П. Иессена направился из Владивостока в Посьет и, опрометчиво войдя 10-узловым ходом в полосу тумана, выскочил на камни у мыса Брюса. Спасательные работы увенчались успехом только через месяц, но «Богатырь», поставленный в док для ремонта тяжёлых повреждений днища, вышел из строя до конца войны.
Через неделю после этой аварии во Владивосток прибыли новый командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Н.И. Скрыдлов и командующий 1-й Тихоокеанской эскадрой вице-адмирал П. А. Безобразов. По докладу Н.И. Скрыдлова Николаю II на Балтике началась интенсивная подготовка подкреплений, сведённых во 2-ю Тихоокеанскую эскадру под командованием начальника ГМШ контр-адмирала 3. П. Рожественского. Командующий флотом, задержавшись с отъездом из Европы, не успел попасть в блокированный Порт-Артур. Находясь во Владивостоке, он при поддержке адмирала Е.И. Алексеева попытался активизировать действия на море. С целью отвлечения японского флота от Порт-Артура, одновременно с наступлением Маньчжурской армии для выручки крепости, было решено провести «экспедицию» крейсеров в южную часть Японского и Жёлтого морей и набег миноносцев на берега Японии. Значение этих действий снижалось ограниченностью сил в распоряжении Н.И. Скрыдлова: во Владивостоке на каждого адмирала приходилось по одному крейсеру. Из-за нарушения связи с Порт-Артуром оказалось невозможным добиться желаемого взаимодействия с главными силами флота, скованными потерями и пассивностью В.К. Витгефта.
Между тем, обстановка под Порт-Артуром осложнилась: 13 мая 2-я армия генерала Я. Оку атаковала войска генерал-майора А.В. Фока на передовой Кинджоуской позиции. Содействие русского флота обороне этой позиции выразилось в заблаговременном минировании бухт от Кинджоу до Порт-Артура, а также в усилении войск двумя морскими батареями. Накануне боя контр-адмирал Витгефт выслал в Дальний для поддержки правого фланга А.В. Фока канонерскую лодку «Бобр» под командованием капитана 2 ранга В.В. Шельтинга в сопровождении миноносцев «Бурный» и «Бойкий». Туда же были отправлены три паровых катера с кораблей эскадры. В Кинджоуском бою 13 мая «Бобр» под прикрытием минных заграждений выпустил 308 снарядов по атакующим японским войскам, обеспечив устойчивую оборону русского правого фланга. Однако левый фланг. не без помощи артиллерийского огня японских канонерских лодок из залива Кинджоу, был прорван японской пехотой и генерал Фок решил оставить позицию и отступить к Порт-Артуру. Отступление русских войск позволило японцам занять город Дальний, портовые сооружения которого вскоре были использованы ими для выгрузки тяжёлого вооружения и снаряжения. «Бобр» и миноносцы благополучно вернулись в Порт-Артур, а катера были взорваны их экипажами.
Не зная об оставлении Кинджоу, В.К. Витгефт в ночь на 14 мая направил десять эскадренных миноносцев обоих отрядов для атаки канонерских лодок противника. Этот поход окончился потерей флагманского миноносца капитана 2-го ранга Е.П. Елисеева «Внимательный», который в темноте выскочил на камни у острова Мурчисон. Занятые безуспешными попытками его спасения, другие миноносцы упустили возможность атаковать замеченные ими по свету прожекторов японские корабли. Перед рассветом семь эскадренных миноносцев повернули в Порт-Артур, а «Внимательный» был подорван двумя минами Уайтхеда с «Выносливого». Повреждения покинутого корабля от 381мм мин оказались настолько незначительными, что он едва не стал добычей японцев, и затонул только в июне 1904 г.
Временная слабость и пассивность эскадры в Порт-Артуре усугублялись неудачными действиями сухопутных войск. Оставив Кинджоу и Дальний, генерал A.M. Стессель отвёл части 4-й и 7-й Восточно-сибирских стрелковых дивизий на передовые позиции вблизи крепости и ограничился подготовкой к отражению наступления противника, не обеспечив себя даже хорошей разведкой. Это позволило японцам с 16 мая беспрепятственно высаживать в бухте Керр войска 3-й армии генерала М. Ноги, предназначенной для штурма. В то же время главные силы 2-й армии Я. Оку были направлены на север для отражения попытки Маньчжурской армии выручить блокированную крепость.
Выручки Порт-Артура вполне обоснованно и настойчиво требовал от Маньчжурской армии адмирал Е.И. Алексеев. Однако командующий армией генерал от инфантерии А.Н. Куропаткин. преувеличивая силы противника, ограничился полумерами: он направил в сторону крепости всего 32 батальона 1-го Сибирского корпуса генерал-лейтенанта Г.К. Штакельберга, которому поставил весьма неопределённые задачи, предписав «не доводить дела до решительного столкновения» и «не допускать израсходования всего вашего резерва в бою». 17
В сражении у Вафаньгоу 1–2 июня 1904 г. Г.К. Штакельбергу противостояли 48 батальонов армии Я. Оку при двукратном превосходстве японцев в артиллерии. 1-й Сибирский корпус, потеряв около 3,5 тыс. человек, был вынужден отступить. Таким образом, судьба Порт-Артура была поставлена в зависимость от стойкости его гарнизона и от успешности действий флота.
В конце мая — начале июля 1904 г. эскадра в Порт-Артуре занималась обороной и тралением внешнего рейда, «Амур» выставил несколько минных заграждений в бухтах, фланкирующих оборонительные позиции сухопутных войск. Крейсер 2 ранга «Новик», канонерские лодки и миноносцы входили для борьбы с кораблями противника. В их боевых столкновениях с японскими миноносцами не было одержано успеха, также безрезультатно закончились попытки лейтенанта К.В. Ломана и мичмана И.И. Рентгартена атаковать японские корабли минными катерами. Так или иначе, русским не удалось прервать минно-заградительные операции японцев на ближайших подступах к крепости. Очевидно, для этого требовались активные действия главных сил эскадры, которая могла воздействовать на коммуникации японского флота. Наконец, даже частный успех эскадры в бою с японским флотом мог предотвратить дальнейшее усиление войск противника на Квантуне. Это понимали сухопутные военачальники, но контр-адмирал Витгефт и большинство командиров крупных кораблей, как выяснилось на многочисленных совещаниях, были готовы всеми силами поддерживать оборону, но скептически оценивали шансы эскадры на успешность активных действий в открытом море.
В основе пассивности морского командования в Порт-Артуре лежали неверные представления о роли флота в войне, подкрепленные впечатлениями от неудач первых боевых столкновений. Только капитан 2-го ранга Н.О. Эссен последовательно отстаивал необходимость выхода эскадры, считая опасным пребывание в крепости. Он предлагал, в частности, прорваться во Владивосток и, соединившись с большими крейсерами, отвлечь флот противника в Японское море. Стратегическое значение прорыва во Владивосток, наряду с тщательным тактическим его обеспечением, обосновал в своей записке от 19 мая 1904 г. и флагманский штурман штаба В.К. Витгефта лейтенант Н.Н. Азарьев. К сожалению, мнения этих выдающихся офицеров оказались исключением и не были приняты во внимание.
Между тем, соотношение сил на море, наконец, изменилось в пользу русских. В конце мая 1904 г. окончились работы по исправлению броненосцев «Цесаревич» и «Ретвизан». Ожидалось и скорое вступление в строй «Победы», пробоина которой временно, но надёжно заделывалась деревом по предложению корабельного инженера Н.Н. Кутейникова. 25 мая В.К. Витгефт перенёс свой флаг с «Севастополя» на «Цесаревич», самый мощный броненосец эскадры.
В начале июня крупный успех на коммуникациях противника был достигнут и Владивостокским отрядом крейсеров, выполнявшим активные планы нового командующего флотом. 31 мая «Россия», «Громобой» и «Рюрик» под командованием нового начальника эскадры вице-адмирала П.А. Безобразова вышли из Владивостока в Корейский проливши через двое суток буквально под носом у эскадры X. Камимуры атаковали японские войсковые транспорты. Японские транспорты, следуя без охранения, отнюдь не всегда останавливались для досмотра, оказывая пассивное, а порой активное сопротивление. Поэтому русские крейсера были вынуждены применять артиллерию и минное оружие, не имея возможности спасать экипажи и солдат с гибнущих транспортов. Стремление П. А. Безобразова избежать уничтожения пароходов с людьми привело к тому, что первому из обнаруженных судов даже удалось скрыться. Второй — «Идзумо-Мару» (3229 брт) — был настигнут крейсером «Громобой» под командованием капитана 1-го ранга Н..Д. Дабича и потоплен 6" снарядами. С него спаслось 105 человек, которые попали в плен.
В тот же день, 2 июня, южнее острова Окиносима Владивостокский отряд встретил ещё два войсковых транспорта — «Хитаци-Мару» и «Садо-Мару». «Хитаци-Мару» (6175 брт) пытался таранить «Громобой» и был потоплен артиллерией и миной Уайтхеда. На этом транспорте находилось 1095 солдат и офицеров, 120 человек экипажа, 320 лошадей и 18 осадных 11" гаубиц, предназначенных для армии М. Ноги под Порт-Артуром и потерянных вместе с судном.
Значительными оказались и потери японцев в людях на «Садо-Мару» (6226 брт), который перевозил рабочих, носильщиков тяжестей для тыла армии, а также лошадей, десантные понтоны и катера. Этот пароход был поражён двумя минами Уайтхеда с крейсера «Рюрик» под командованием капитана 1-го ранга Е. А. Трусова. Однако разрушения от минных взрывов оказались недостаточными для уничтожения транспорта, и «Садо-Мару», брошенный русскими, японцам удалось спасти. С него попали в плен 23 человека, в том числе трое англичан. На трёх транспортах японцы потеряли больше личного с