Японские морские дозоры "просмотрели" минную постановку противной стороной. Через два дня, 17 мая, на новом заградительном минном поле подорвались неприятельские эскадренные броненосцы "Хацусе" и "Яшима" из подошедшего к Порт-Артуру блокирующего отряда (в составе 3 броненосцев и 2 крейсеров). Первый из них погиб на месте подрыва от детонации пороховых (снарядных) погребов. Род гибели "Хацусе" был схож с причиной гибели русского эскадренного броненосца "Петропавловск". Над кораблем взвился высокий столб бурого дыма, нос броненосца поднялся на мгновение над водой, и он быстро ушел под воду. В морской пучине нашло свою гибель 36 офицеров и 457 матросов.
Японцы решили, что их атаковали русские подводные лодки, которых они особенно опасались и открыли беспорядочный орудийный огонь по плавающим на воде обломкам "Хацусе". Второй броненосный корабль, "Яшима, после подрыва на русской мине, остался на плаву, хотя и потерял на время ход. Когда паника улеглась, его взяли на буксир и спешно отвели от места трагедии. По пути на Японские острова, куда "Яшима" был отправлен для капитального ремонта, эскадренный броненосец затонул.
Гибелью двух эскадренных броненосцев на минном заграждении, выставленном минным заградителем "Амур", невосполнимые потери броненосных сил императорского Соединенного флота в день 17 мая 1904 года не ограничились. При маневрировании столкнулись два крейсера - броненосный "Кассуга" и более легкий "Иосино". Последний, получивший большую подводную пробоину, через несколько минут после столкновения перевернулся и затонул в водах Желтого моря. Погибли 32 офицера и 287 матросов. "Кассуга" получил, в свою очередь, настолько серьезные повреждения, что его пришлось на буксире отвести в базу для длительного ремонта. Этот день в истории страны Восходящего Солнца был назван "черным днем Японского флота".
Однако этим потери японского Соединенного флота вице-адмирала Хейхатиро Того не ограничились. "Черный день Японского флота" имел в начавшейся осаде Порт-Артура свое скорое продолжение. Противник в ближайшие дни потерял еще ряд кораблей. При тралении в бухте Керр наскочил на русскую мину и затонул после подрыва миноносец № 48. Затем у мыса Робинсон подорвалось на мине посыльное судно "Мияко". На следующий день после него садится на камни посыльный корабль "Тацута". Назавтра канонерская лодка "Акаги" наскочила на канонерскую лодку "Осима" и потопила ее. А на следующий день близ Порт-Артура подорвался на русской мине и пошел на дно эскадренный миноносец "Акацуки".
Можно утверждать, что активная минная война на Желтом море на ближайших подступах к Порт-Артурской крепости закончилась в пользу русских. Главным героем той войны стал минный заградитель "Амур" и его славный командир капитан 2-го ранга Ф. Н. Иванов, пустивший на дно два вражеских эскадренных броненосца "Хацусе" и "Яшиму". Опасность, которую несли в себе минные заградительные постановки Тихоокеанской эскадры, вынудила командующего японским Соединенным флотом на какое-то время снизить свою активность при ведении бомбардировок Порт-Артура с моря. Японская разведка не смогла с точностью установить местонахождение многих русских минных полей, особенно к западу от побережья Квантуна.
Главнокомандующего вооруженными силами Российской империи на Дальнем Востоке адмирала Е.И. Алексеева сильно тревожила все усиливающаяся переброска японских войск и различных военных грузов на Квантунский полуостров. Немалая часть этого грузопотока шла из восточных, тихоокеанских портов Японии. Царский наместник приказал владивостокскому отряду крейсеров совершить "диверсию" на неприятельских коммуникациях, на время прервать сообщение тихоокеанских портов противника с Желтым морем.
В море вышли броненосные крейсера "Россия", "Громобой" и "Рюрик". 20 июля, пройдя в Тихий океан Сангарским проливом, отряд русских кораблей, вне видимости с японских берегов, повернул на юг. Через день был задержан германский транспортный пароход "Аравия". При досмотре оказалось, что он вез военную "контрабанду" в японский порт Иокогаму из Соединенных Штатов. 23 июля у входа в Токийский залив был остановлен для до-смотра английский пароход-контрабандист "Найт Коммандер", который шел из Нью-Йорка в Японию с военным грузом. Поскольку на британском транспорте не оставалось угля, чтобы дойти до Владивостока, он был потоплен.
Русские крейсера уничтожили в ходе набеговой операции на вражеское побережье несколько японских транспортных шхун, германский пароход "Теа" с военным грузом и захватили с подобной "контрабандой" английский пароход "Калхас". В Японии забили тревогу, но защититься от русских в Тихом океане было нечем. После того как на крейсерах стал подходить к концу уголь, они повернули на север и взяли обратный курс на Владивосток.
Владивостокскому отряду русского флота Тихого океана не удалось обнаружить и уничтожить неприятельские военные транспорты, которые занимались перевозкой войск и снаряжения под осажденный Порт-Артур. Но сам факт появления отряда русских крейсеров вблизи японской столицы Токио всколыхнул "мореходный мир". В американских и английских торговых кругах, которые немало обогатились на войне на Дальнем Востоке, началась паника. Многие крупные пароходные кампании мира прекратили рейсы в Японию и та, как воюющее государство, не получила вовремя многие военные грузы, заказанные в США и странах Западной Европы.
Между тем осадная 3-я японская армия генерал-полковника Маресукэ Ноги на Квантунском полуострове усиливалась с каждым днем. Она пополнилась еще одной, четвертой по счету пехотной дивизией, двумя резервными пехотными бригадами и осадным артиллерийским парком. К концу июля армия Ноги насчитывала в своем составе уже 60 тысяч пехоты, 208 орудий и 72 пулемета. Теперь она превосходила по силам осажденный порт-артурский гарнизон в полтора раза и продолжала усиливаться численно. Через месяц под командованием героя японо-китайской войны Маресукэ Ноги была уже 80-тысячная императорская сухопутная армия.
26 июля неприятельская осадная армия перешла в наступление против так называемой русской позиции на перевалах Квантуна. По всей оборонительной линии на дальних подступах к Порт-Артуру начались тяжелые бои. Они засвидетельствовали главное - при ведении активной обороны крепостной гарнизон мог долго сдерживать превосходящие силы противника подальше от Порт-Артура. В ходе боев на Квантуне за время чуть более месяца японские потери составили убитыми и ранеными почти 12 тысяч человек, тогда как потери русских войск - всего около 5,3 тысячи человек. По сути дела это была "проба" сил и тяжелые бои на внешней линии обороны крепости закончились безрезультатно для атакующих.
Бои на линии квантунских перевалов выявили немало недостатков в подготовке сил русской Маньчжурской армии к современной войне. Особенно это сказалось в области военно-инженерного искусства. Английский военный представитель, который во время осады Порт-Артура постоянно находился при штабе 3-й японской армии, с недоумением писал по этому поводу:
"Со времен осады Севастополя русские саперы считались наиболее искусными в мире, но кажется... фортификация была ими заброшена. Вполне сознавая важность полевых укреплений и пользуясь ими при каждом удобном случае, русские оказывались, однако, не в курсе современного развития фортификационного искусства... Благодаря этому защитники имели мало шансов на успех против неприятеля, вооруженного новейшими меткими дальнобойными пушками. Большинство своих окопов русские устраивали на гребне высот, где их ясно можно было различить на фоне неба и видеть отовсюду. Даже там, где окопы были на склонах гор или у подножия высот, их не старались скрыть... от неприятельского огня".
Подобным образом обстояло дело и с крепостной артиллерией. Как правило, тяжелые дальнобойные орудия устанавливались на открытых и необорудованных позициях, из-за чего противник, пристрелявшись, быстро подавлял своей превосходящей мощью огня батареи русской крепости. Отрицательно сказывалось и отсутствие системы единого управления артиллерийским огнем. Гораздо успешнее действовали батареи полевой артиллерии, которые быстро научились стрельбе с закрытых позиций. При этом они наносили значительные потери не только вражеской пехоте, но и японской артиллерии.
Порт-Артурская крепость готовилась к осадным боям и штурмам. Между долговременными оборонительными сооружениями были оборудованы стрелковые окопы, прикрытые проволочными заграждениями, а на отдельных, особо опасных участках зарытыми в землю фугасами. В тылу главной линии обороны имелось несколько десятков промежуточных батарейных позиций и отдельных орудий с круговым обстрелом. На всех фортах и некоторых батареях были установлены прожектора. За несколько месяцев 1904 года для укрепления сухопутной оборонительной линии Порт-Артура было сделано больше, чем за предвоенный период начиная с 1898 года.
Большим недостатком в строительстве инженерных сооружений еще с мирного времени было то, что форты и укрепления зачастую не "вписывались" в местность. Они располагались всего в нескольких километрах от города и внутренней гавани. Артиллерия ряда фортов и укреплений не могла обстреливать ближние подступы к крепости, а оборона флангов могла осуществляться только ружейно-пулеметным огнем. Для маневра войсками и полевой артиллерией не хватало дорог.
Гарнизон крепости к началу осады насчитывал 41 780 человек нижних чинов (рядовых и унтер-офицеров), 665 офицеров, 256 военных чиновников и врачей и состоял из 9 восточно-сибирских стрелковых полков, 3 запасных пехотных батальонов, 2 рот пешей пограничной стражи, Квантунского флотского экипажа, сводной команды 3-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии, сотни забайкальских казаков Верхнеудинского полка и других отдельных рот и команд. Имелось также 13 добровольческих дружин горожан общей численностью в две с половиной тысячи ополченцев.
Всего пехоты было 29 960 нижних чинов и 402 офицера. В крепостной артиллерии и в отдельных артиллерийских бригадах, дивизионах и батареях числилось 6149 нижних чинов и 132 офицера, в инженерных войсках - 1114 солдат и 24 офицера. И, наконец, в штабах, различных крепостных службах и управлениях насчитывалось еще 4101 нижний чин и 103 офицера.