Россия оставляла за собой право сохранить в Маньчжурии вое-низированную охрану КВЖД, но при этом иметь не более 15 "заамурских стражников" (конных и пеших) на один километр железнодорожного пути. Стороны обязывались начать одновременный отвод своих войск с территории Маньчжурии, за исключением Квантуна. Первыми отводились войска с линии фронта во избежание случайных столкновений противостоящих сторон.
Россия взяла на себя материальную сторону содержания русских военнопленных на Японских островах. Бывший в плену мичман Анатолий Толстопятов (пытавшийся совершить дерзкий побег из места заключения) в своих воспоминаниях свидетельствует:
"Пленные офицеры имели каждый отдельную комнату, пользовались садом, в их распоряжении был бильард и теннис, наконец, они получали жалованье от русского правительства по 50 р. в месяц и, казалось, ни в чем не нуждались. Но, боже мой, какое то было тяжелое, беспросветное существование!"
Довольно в сносных условиях содержались в японском плену и нижние чины, для которых большой отдушиной были привычные богослужения православных священников. Японское начальство не раз демонстрировало свое великодушие к пленникам, и русские кладбища 1905 года в стране Восходящего Солнца сохраняются и оберегаются по сей день. Содержание пленных японцев на юге Восточной Сибири и в Приамурском крае, прежде всего из-за суровых природных условий, большой комфортностью не отличалось.
Историки признают то, что Япония вовремя сумела закончить войну. Американский военный историк Х. Бартон констатирует: "Если бы переговоры сорвались и военные действия возобновились, то для достижения скорой победы у Японии не было бы войск".
Большая война на Дальнем Востоке на самой заре XX столетия сопровождалась большими жертвами с обеих сторон. Россия потеряла в общей сложности около 270 тысяч человек, в том числе свыше 50 тысяч убитыми. Потери Японии исчислялись в 270 тысяч человек, включая 86 тысяч убитыми.
Последнее событие русско-японской войны, связанное с боевыми потерями, произошло уже после подписания Портсмутского мирного договора. На рейде военно-морской базы Сасэбо взорвался флагманский линейный броненосец адмирала Хейхатиро Того "Микаса". Причиной взрыва и гибели современного броненосного корабля стало неосторожное обращение вконец уставшего экипажа со снарядами, начиненными легко детонирующей шимозой. Гибель японского флагмана по сути дела можно причислить к военным потерям.
Глава российского правительства С.Ю. Витте после переговоров в Портсмуте назвал заключенный мир "благопристойным". Но никакие "приличные" условия мира не смогли покрыть тяжесть и унизительность военного поражения Российской империи в столкновении с империей на Японских островах.
Высочайший манифест императора-самодержца Николая II Романова о заключении мирного Портсмутского договора отличался немногословием. Он был обнародован в Санкт-Петербурге в октябре 1905 года и гласил:
"В неисповедимых путях Господних Отечеству Нашему ниспосланы были тяжелые испытания и бедствия кровопролитной войны, обильной многими подвигами самоотверженной храбрости и беззаветной преданности Наших славных войск в их упорной борьбе с отважным и сильным противником. Ныне эта столь тяжкая для всех борьба прекращена, и Восток Державы Нашей снова обращается к мирному преуспеянию в добром соседстве с отныне вновь дружественной Нам Империею Японскою.
Возвещая любезным подданным Нашим о восстановлении мира, Мы уверены, что они соединят молитвы свои с Нашими и с непоколебимою верою в помощь Всевышнего призовут благословение Божие на предстоящие Нам, совместно с избранными от населения людьми, обширные труды, направленные к утверждению и совершенствованию внутреннего благоустройства России".
Рескрипт божественного микадо об окончании русско-японской войны был обнародован в городе Токио 16 октября 1905 года. От имени императора о заключенном мире в нем говорилось:
"Мы всегда считали основным принципом нашей международной политики поддержание мира на Востоке и обеспечение безопасности нашей Империи. Достижение этой главнейшей цели служило всегда предметом наших постоянных стремлений. Тем не менее, по причинам, вызванным условиями самообороны, мы вынуждены были, к несчастью, начать враждебные действия против России. С самого начала войны наши сухопутные и морские вооруженные силы приступили к осуществлению всех мер, необходимых для защиты родины и для ведения военных действий. Войска перенесли всякого рода лишения во время военного похода в чужой стране и достигли блестящих успехов. Точно так же и все гражданские чины, согласно нашим предначертаниям, исполняли добросовестно свои обязанности для выполнения нашего желания. Были приняты все соответствующие положению вещей меры, необходимые как для ведения войны, так и для управления внутренними и иностранными делами. Наш бережливый и мудрый народ бодро нес тяжесть национального расхода и великодушно приносил свою лепту в военную казну, оказывая единодушно общую поддержку для нашего престижа и достижения величия государства. Результатами мы в значительной степени обязаны Благословенным духам наших предков, равно как и преданности своему долгу наших гражданских и военных служащих и патриотизму, граничащему с самоотвержением, присущему всему нашему народу. После 20 месяцев войны положение Империи упрочилось, а интересы государства обеспечены. Так как наше желание поддержать мир было всегда важнейшей целью, то продолжение военных действий противоречило бы нашему сокровенному желанию - не подвергать наш народ ужасам войны без крайней необходимости.
Поэтому, когда президент Соединенных Штатов во имя мира и человеколюбия напомнил, что правительства Японии и России могли бы выработать условия мира, мы, вполне ценя его доброе намерение, приняли его посредничество и в надлежащее время назначили уполномоченных для переговоров с уполномоченными России. Уполномоченные обеих держав съехались вместе и часто совещались совместно. Русские уполномоченные согласились на предложения наших уполномоченных, которые главным образом имели в виду цель, для которой начата была война и упрочение мира на Востоке выказывая, таким образом искренность своего желания заключить мир. Мы рассмотрели условия мира, выработанные уполномоченными, и, найдя их в полном согласии с нашим желанием, приняли эти условия и ратифицировали их. Так как мы этим договором обеспечили мир и славу, то мы счастливы призвать благословение милосердных духов наших предков и завещать плоды этих великих дел нашим потомкам.
Наше искреннее желание - разделить славу с нашим народом и долго наслаждаться благами мирных отношений со всеми народами. Россия снова находится в дружественных отношениях к Японии, и мы искренне желаем, чтобы восстановленная дружба между добрыми соседями стала бы тесной и сердечной.
В настоящее время при всеобщем мировом прогрессе всех народов необходимо стремиться к тому, чтобы совершенствование государственного устройства не встречало препятствий как в отношении внутреннего, так и внешнего развития. Поддерживая боевую готовность и во время мира, необходимо стремиться к тому, чтобы внутреннее преуспевание было вполне обеспечено. Мы строжайше предупреждаем наших подданных воздержаться от манифестаций, вызываемых лишь тщеславной гордостью. Предлагаем им представить это их законным защитникам, и со своей стороны сделать все, что в их силах для усиления Империи".
...Участник русско-японской войны Алексей Любицкий в своих воспоминаниях о ее заключительном аккорде - вести о заключении Портсмутского мирного договора писал следующее:
"Не могу сказать, чтобы войска были ею особенно обрадованы: ни музыки, ни криков "ура" нигде не было слышно. Все чувствовали себя неудовлетворенными, всех угнетала мысль о бесплодных трудах и жертвах, доставивших нам вместо славы чуть ли не позор.
...мы имели полное право рассчитывать на успех. Обстоятельство это, очевидно, было принято во внимание и японцами, так как они иначе ни в коем случае не согласились бы заключить мира без получения контрибуции и со всеми другими поставленными нами условиями.
Как знать, чем бы закончилась война, если бы не было заключено Портсмутского договора?
Да и кончилась ли она. Не грозит ли она вспыхнуть снова в недалеком будущем?
Мысли эти невольно напрашиваются, вспоминая ту сдержанность восторга японских армий и народное неудовольствие, с которыми встретила Япония условия мира..."
Война закончилась и в правительственных, военных кругах встал вопрос о массовом награждении ее участников. Однако вопрос оказался довольно спорным. Лишь в январе 1906 года высочайшим указом была утверждена медаль "В память Русско-японской войны". Она изготавливалась из трех видов металла. На лицевой стороне ее помещалась дата "1904-1905" и изображение всевидящего ока. На обороте шла надпись - "Да вознесет вас Господь в свое время".
Серебряной медалью награждались героические защитники Порт-Артурской крепости. Светло-бронзовой - участники военных действий в Маньчжурии. Темно-бронзовой - лица, в боях непосредственного участия не принимавшие, но состоявшие на службе в районах боевых действий, а также на Дальнем Востоке и на железных дорогах, по которым шли военные перевозки. Раненым и контуженным памятная медаль выдавалась на ленте с бантом.
Вскоре учреждается еще одна памятная награда для участников войны "Медаль красного креста в память Русско-японской войны 1904-1905 гг.". Ею награждались члены управления и служащие Российского Общества Красного Креста, а также врачи, медицинский персонал и сотрудники питательных и ночлежных пунктов, ставшие гражданскими участниками войны на Дальнем Востоке.
В 1907 году завершилось возвращение в Россию русских пленных из Японии. Среди них оказалось несколько тысяч участников Цусимского поражения. Они никак не могли претендовать на медаль "В память Русско-японской войны". Правительство осознавало, что надо как-то отметить участников Цусимского военного сражения. С этой целью в 1907 году была утверждена медаль