В соответствии с полученным от генерал-адмирала указанием директор канцелярии Морского министерства контр-адмирал Н.И. Казнаков отправил 10 ноября 1882 года два секретных письма. Одно — командиру корвета «Скобелев», находившемуся в составе Тихоокеанской эскадры. «Скобелеву» было приказано идти в Сидней, принять в конце марта 1883 года на корвет Н.Н. Миклухо-Маклая и далее следовать к Новой Гвинее в бухту Астролябия, затем — к островам Адмиралтейства и Пэлау. Командиру предписывалось «внимательно осмотреть и описать в указанных местах берега», наметить пункты для организации угольных складов, произвести промер глубин, обратить внимание на климатические условия и возможность получения на месте провизии. Особо говорилось об оценке возможности обороны намеченных мест. Указывалось на необходимость внушать местным жителям «уважение к себе при соблюдении осторожности на случай возможного вероломства с их стороны». Поручение надлежало хранить в тайне и «с осторожностью относиться к увлечениям отчаянного путешественника». В середине апреля 1883 года у острова Пэлау Н.Н. Миклухо-Маклай должен был перейти на крейсер «Африка».
Копию этой инструкции вместе со специальным предписанием Н.И. Казнаков направил и командующему Тихоокеанской эскадрой контр-адмиралу Н.В. Копытову. Адмиралу предписывалось отправить к острову Пэлау крейсер «Африка». Вместе с Н.Н. Миклухо-Маклаем крейсер должен был «обойти вновь все указанные в инструкции места» и повторить работы, выполненные экипажем «Скобелева». Командиру «Африки» вменялось так же высказать «свой взгляд на удобство и возможность устройства угольных складов в означенных местах».
Через несколько дней управляющий Морским министерством направил Н.В. Копытову еще одно секретное письмо. Командующему эскадрой предлагалось лично осмотреть не только указанные острова, но и другие пункты. И.А. Шестаков разъяснял, что цель посылки кораблей к островам Тихого океана «состоит в приобретении пункта, на который мы могли бы заявить права на владения и поднять на нем свой флаг». Это могло быть осуществлено либо «непосредственным завладением острова от имени Правительства», либо устройством на нем частной торговой фактории «под нашим покровительством, со складами угля, провизии и запасов для нужд нашего флота». Особое внимание обращалось на сохранение всех действий в тайне.
Понимал секретность экспедиции и Н.Н. Миклухо-Маклай. Отправляясь в Сидней, он предложил И.А. Шестакову коды для телеграмм, которые будет давать «только в крайних случаях». Desided — означало его готовность к экспедиции; depered — невозможность участия в экспедиции по состоянию здоровья; possible — согласие участвовать в экспедиции, letters — послано важное письмо, жду инструкции.
Между тем, будучи человеком энергичным и решительным, получив приказание управляющего Морским министерством, Н.В. Копытов начал действовать. Находясь в начале января 1883 года с фрегатом «Герцог Эдинбургский» в Гонконге, он запросил по телеграфу у И.А. Шестакова разрешения «для выигрыша времени Маклаю послать к сроку в Сидней “Африку” или одно из судов по Вашему назначению, на котором мне перейти в Сингапур, пересесть на “Скобелева” и на нем осмотреть острова теперь же самому». И.А. Шестаков ответил согласием.
В середине февраля 1883 года, перенеся свой флаг на корвет «Скобелев», Н.В. Копытов прибыл в столицу Батавию (Джакарта. — Ю. К.). Здесь состоялась его встреча с Н.Н. Миклухо-Маклаем, прибывшим в Батавию на английском пароходе. Вскоре Н.Н. Миклухо-Маклай перебрался на корвет. Из-за отсутствия свободной каюты ему «было устроено при помощи брезента и флагов отличное помещение под полуютом, со столом, стулом, креслом и подвесной офицерской койкой».
Существовавшее первоначально у адмирала предубеждение к путешественнику вскоре исчезло. В одном из своих писем жене Н.В. Копытов писал: «Без Миклухо-Маклая я бы мог выполнить чрезвычайно поверхностно свое дело. Теперь же, имея его с собой, мне будет вдесятеро легче. Он же сам по себе человек чрезвычайно интересный, проделавший вещи почти невероятные во время жизни с дикарями и при различных путешествиях по всем углам Тихого океана… часто не верится, чтобы такой маленький и слабенький человек мог бы делать такие дела. Он говорит на 12 языках и… не только образованный, но ученый. В России, Англии, Франции, Германии он познакомился и даже в некоторых случаях подружился со всеми современными знаменитостями и людьми чрезвычайно высокостоящими.
Думая найти дикаря, убежавшего от людей на Новую Гвинею, я встретил человека, у которого теперь учусь светскости и общительности. Кого он не знает и с кем он не друг? В здешних колониях различных государств он приятель со всеми генерал-губернаторами, вице-королями и магараджами. В то же время до сих пор я кроме отличного ничего другого про него сказать не могу… Весьма строгой нравственности, серьезных правил и вообще во всех отношениях выдающийся человек».
На пути к Новой Гвинее Н.Н. Миклухо-Маклай напомнил адмиралу «о большой пользе, которую может принести подарок нескольких пар домашних животных для установления прочных дружеских отношений между русским и туземным населением берега Маклая. Я не сомневаюсь, что туземцы берега Маклая вполне оценят важность такого подарка и сохранят о посещении “Скобелева” самую лучшую память — молодого бычка и телку».
5 марта 1883 года, преодолев после Батавии около 1300 миль, корвет подошел к Новой Гвинее. Войдя в бухту Астролябия, «Скобелев» встал на якорь в гавани Великого князя Константина. «На следующий день адмирал, несколько офицеров и я, — вспоминал Н.Н. Миклухо-Маклай, — съехали на берег около деревни Бонго. Сопровождаемые туземцами, которые, перебивая один другого, обращались ко мне с расспросами, где я буду жить, когда начать строить мне хижину, и т.п., мы обошли деревню». Вскоре, перегоняя друг друга, прибежали запыхавшиеся мальчики. Они сказали, что к берегу приближается шлюпка, в которой «большая русская свинья с зубами на голове». Толпа туземцев молча наблюдала за приближающимся баркасом. Держа концы веревок, привязанные к рогам бычка, из шлюпки выскочили два матроса. «Из накренившегося на один бок баркаса выскочило молодое животное… и направилось сперва вплавь, а затем бегом к берегу… Бычок бежал вдоль берега и тянул бегущих за ним матросов. Было крайне комично видеть, как около сотни туземцев, которые при виде нового для них животного, казавшегося для них, не знающих животного больше дикого кабана, громадным, рассыпались во все стороны; некоторые даже полезли на деревья, другие бросились в море. За бычком последовала корова, оказавшаяся гораздо смирнее. За нею появился козел в сопровождении коз. Всех их матросы вели за веревки, привязанные к рогам».
По оценке Н.В. Копытова бухта Великого князя Константина как место якорной стоянки не представляла интереса. «Бухта, составляя ничтожный изгиб берега, чрезвычайно мала… Коралловый твердый грунт, большие глубины, тесность бухты и ничтожность закрытия берегом делают ее дурным якорным местом». Простояв менее двух суток, корвет снялся с якоря и направился в бухту Великого князя Алексея. Располагалась она всего в 20 милях к северу. Оценивая возможности «порта Алексея», адмирал писал: «Этот порт представляет по своим гидрографическим условиям не только хорошую угольную станцию, но и прекрасный опорный порт для крейсеров».
Следующими были Адмиралтейские острова. Когда корвет встал на якорь, офицеры и Н.Н. Миклухо-Маклай сошли на берег. Туземцы, привыкшие к посещениям европейцев, привезли на корабль для продажи кокосы, черепаху и свое оружие. Рейд Нареса показался Н.В. Копытову довольно удобным для якорной стоянки, но был слишком открыт. Стоящий там корабль будет виден противнику издалека. Поскольку рейд часто посещается европейцами, это место адмирал признал непригодным «как угольный пункт для крейсеров военного времени».
Следующими на маршруте «секретного» плавания были острова Пэлау. Утром 20 марта «Скобелев» встал на якорь у северо-западной оконечности одного из островов. Миклухо-Маклай здесь уже бывал. Главный населенный пункт архипелага находился на другом островке, который принадлежал англичанам — «вероятным противникам» России. «Для сохранения секретности» заходить туда не стали. Пока корвет стоял на якоре Н.Н. Миклухо-Маклай посетил место, приобретенное им «при первой его здесь бытности» и даже переночевал в «своей» деревне. На следующий день «Скобелев» снялся с якоря и направился на Филиппины. Закончив свое 6000-мильное «секретное» плавание, 1 апреля 1883 года корабль пришел в Манилу. О выполнении поставленной задачи адмирал телеграфировал в Петербург и в тот же день получил приказание немедленно следовать во Владивосток.
В рапорте управляющему Морским министерством Н.В. Копытов представил свои соображения о целесообразности занятия островов в Тихом океане. Соображения адмирала выглядели так:
«Ни один из посещенных мною пунктов… не представляет вообще удобств для устройства в них угольных складов…» Адмирал считал, что их удаленное положение, потребует плавания «через большие штилевые пространства». На это и уйдет весь принятый с расположенных здесь складов уголь. Накопленные же в этих местах «запасы для флота потребуют охраны — в мирное время от туземцев…, а в иных случаях даже от крайне безнравственных шкиперов европейских коммерческих судов, в этих водах плавающих. В военное время, дабы таковые склады не сделались бы добычею… неприятеля, которому они хорошо будут известны заблаговременно, потребуется весьма серьезная оборона. По дальности расстояния… она будет стоить дороже обороняемого.
Болезненность и смертность между людьми, для этой цели здесь поселенными… будут чрезвычайно большие. Услуги же этих складов будут условные — в мирное время они нам не нужны, а в военное… труднодостижимы по своей отдаленности…» В то же время Н.В. Копытов считал полезным устройство фактории.