К маю 1962 года Генеральный штаб разработал план операции. Начинался он словами: «На о. Куба разместить Группу советских войск, состоящую из всех видов Вооруженных Сил под единым руководством штаба Группы во главе с главнокомандующим советскими войсками на о. Куба…». Перед советскими войсками ставилась задача во взаимодействии с кубинскими Революционными Вооруженными Силами (РВС) не допустить высадки противника ни с моря, ни с воздуха, одним словом, превратить остров в неприступную крепость.
Главную силу должны были составить ракетные войска Группы. В случае развязывания войны им предписывалось по сигналу из Москвы, и только по сигналу из Москвы, нанести удар по важнейшим объектам на территории США. Для этого на Кубе планировалось разместить три полка баллистических ракет «Р-12» (24 пусковых установки) и два полка баллистических ракет «Р-14» (16 пусковых установок). Всего предполагалось иметь 40 пусковых установок с ракетами, имеющими дальность стрельбы от 2,5 до 4,5 тысяч километров. Это обеспечивало надежное поражение важнейших объектов на значительной территории США. Например, под удар ракет «Р-12», имевших дальность полета 2–2,5 тысячи километров, попадали не только практически все восточное побережье США вплоть до Нью-Йорка, но и континентальная часть страны до Чикаго включительно.
Сухопутным войскам Группы ставилась задача прикрыть ракетные части, штаб Группы и быть готовыми оказать помощь кубинским РВС при разгроме морских и воздушных десантов противника.
Военно-воздушные силы Группы во взаимодействии с сухопутными войсками, силами ВМФ и кубинскими РВС должны были уничтожить морские и воздушные десанты противника с одновременным нанесением удара по военно-морской базе США Гуантанамо.
Частям Военно-морского флота совместно с ВВС предписывалось уничтожить боевые корабли и десантно-высадочные средства противника до высадки десантов. Кроме того, флот должен был блокировать минами базу Гуантанамо и обеспечить охрану наших транспортов на подходах к острову.
Войска противовоздушной обороны в составе двух дивизий должны были не допустить вторжения в воздушное пространство Кубы самолетов-нарушителей и нанесения ими ударов по войскам Группы, кубинским РВС и важнейшим административным и промышленным центрам страны. Наибольшую плотность зенитно-ракетных войск планировалось создать в западной и центральной частях острова, где предполагалось разместить ракетные полки и основную массу войск Группы. Командующим Группой войск на Кубе был назначен генерал армии Исса Александрович Плиев.
Для обеспечения боевой деятельности Группы войск планировалось иметь неснижаемый трехмесячный запас продовольствия и горючего. Солдатам, сержантам и офицерам выдавались два комплекта обмундирования: гражданский — для маскировки и военный — «южный», который предполагалось надеть только по особому приказанию в случае начала военных действий. Общую численность войск на Кубе планировалось довести до 43–44 тысяч человек. Для их переброски через океан требовалось 70–80 судов.
Так вкратце выглядел план операции, разработанный Генеральным штабом и доложенный 24 мая 1962 года министром обороны Р.Я. Малиновским Президиуму ЦК КПСС. Для дезинформации вероятного противника операция, не имевшая никакого отношения к северной реке, получила условное наименование «Анадырь». Закодирована она была под стратегическое учение с перебазированием войск и военной техники морем в различные районы Советского Союза. Кстати, еще в 1950-е годы название «Анадырь» носил один из сталинских планов создания на Чукотке миллионной армии для стремительного броска через Берингов пролив на Аляску. Операцию «Анадырь» Президиум ЦК КПСС одобрил единогласно, однако утверждать ее план не стал. Это сделать решили лишь после согласия Ф. Кастро.
Для переговоров с Ф. Кастро на Кубу вылетела делегация в составе члена Президиума ЦК КПСС Ш. Р. Рашидова, маршала С.С. Бирюзова и генерал-полковника С.П. Иванова. Фидель Кастро принял делегацию незамедлительно. Предложенный план кубинское руководство одобрило, но свое согласие на размещение наших ракет расценило не как помощь Кубе, а как помощь Кубы Советскому Союзу в достижении его собственных целей. С учетом размещения американских ракет в Турции и ядерного превосходства вероятного противника такая логика, несомненно, просматривалась.
По возвращении делегации в Москву состоялось очередное заседание Президиума ЦК КПСС, которое и утвердило операцию «Анадырь». Началась активная подготовка к ее реализации. В конце июня для переговоров с Н.С. Хрущевым и Р.Я. Малиновским в Москву прибыл Рауль Кастро — министр РВС Кубы, доверенное лицо и младший брат Фиделя Кастро. «Несмотря на свою молодость, этот красивый смуглый человек, — вспоминал генерал армии А.И. Грибков, — отличался зрелостью суждений в… военных вопросах. Все говорило о том, что школа революционной борьбы и партизанских боев для него не прошла зря. С ним было легко работать».
Переговоры с Раулем Кастро, как и вся подготовка к операции «Анадырь», проходили в строжайшей тайне. Интересна такая деталь. В процессе переговоров с Р. Кастро впервые разрешили привлечь к работе машинистку и то только потому, что документы пришлось печатать на машинке с латинским шрифтом.
При составлении проекта договора генштабисты вооружились справочниками и массой документов по международно-правовым нормам — консультироваться с юристами-международниками было нельзя. Наконец проект договора о военном сотрудничестве Кубы и СССР был готов. Его суть заключалась в том, что советскому военному контингенту совместно с кубинскими войсками надлежало защитить территорию Кубы от внешней агрессии. При этом войска каждой из сторон оставались в подчинении своих правительств. Советские военнослужащие были обязаны выполнять кубинские законы. Территория для размещения боевой техники и советских войск предоставлялась во временное пользование. Договор предполагалось заключить сроком на 5 лет с возможностью его последующей пролонгации. Проект договора под названием «Договор между Правительством Республики Куба и Правительством Союза Советских Социалистических Республик о размещении Советских Вооруженных Сил на территории Республики Куба» подписали Р.Я. Малиновский и Р. Кастро.
Рассмотрев в начале августа проект договора у себя на родине, кубинская сторона внесла ряд поправок. Дополненный и уточненный по отдельным статьям проект договора с личным письмом Ф. Кастро на имя Н.С. Хрущева в Москву привез Э. Че Гевара. Кубинская сторона полагала, что некоторые изменения текста, не затронувшие суть договора, будут способствовать усилению его политического воздействия.
В преамбуле договора говорилось: «Правительство Республики Куба и Правительство Союза Советских Социалистических Республик согласились подписать настоящий Договор, исполненные решимости предпринять необходимые шаги для совместной защиты законных прав Кубы и Советского Союза, имея, кроме того, в виду настоятельную необходимость принятия мер для обеспечения взаимной безопасности перед лицом возможной агрессии против Республики Куба и СССР, желая договориться по всем вопросам, касающимся поддержки, которую Советские Вооруженные Силы окажут в деле защиты национальной территории Кубы в случае агрессии». Таким образом, по инициативе кубинской стороны речь в договоре шла не только о безопасности Кубы, но и о безопасности Советского Союза от американской агрессии.
27 августа в Москве было получено письмо за подписями Фиделя Кастро и Президента Республики Куба Освальдо Дортикоса. В письме говорилось, что, «питая особое доверие к личности, такту и умению Эрнесто Че Гевары, правительство Республики Куба облекло его полнотой власти и уполномочило для подписания договора военного характера». Как вспоминал генерал А.И. Грибков, «Че Гевара поразил нас всех своим несгибаемым духом, поистине революционной одержимостью. Это был человек высокой культуры, не только пламенный революционер, но и известный поэт, выражавший в своих стихах революционный настрой, верность делу кубинской революции и ее вождю». Подготовленный и согласованный договор, и протокол к нему Э. Че Гевара подписывать не стал. Маршал Р.Я. Малиновский и он его лишь парафировали. Между тем подготовка операции «Анадырь» шла полным ходом.
7 июля 1962 года Н.С. Хрущев лично утвердил руководящий состав Группы войск. Генерал-лейтенант П.Б. Данкевич стал первым заместителем командующего и командующим ракетными войсками. За ним следовали генерал-майор П.М. Петренко — член военного совета, начальник политуправления; генерал-лейтенант П.В. Акиндинов — начальник штаба; генерал-лейтенант авиации С.Н. Гречко — заместитель главнокомандующего по противовоздушной обороне; вице-адмирал Г.С. Абашвили — заместитель главнокомандующего по ВМФ и другие генералы.
Штаб Группы приступил к разработке графика отправки войск. Первой на Кубу планировалось направить ракетную дивизию. На приведение ее в боевую готовность требовалось самое большое время. Однако вскоре пришли к заключению, что это нецелесообразно. В портах выгрузки и на боевых позициях ракетчики оказались бы беззащитными перед авиацией и диверсионными группами возможного противника. По этой причине решили сначала перебросить на остров зенитно-ракетные и мотострелковые части и только потом полки, оснащенные ракетами «Р-12» и «Р-14». Об этом Р.Я. Малиновский доложил Н.С. Хрущеву и получил одобрение.