Одновременно большевики предприняли попытку подорвать в самих вузах позиции старой русской профессуры. С этой целю в октябре 1918 г. Наркомпрос РСФСР отменил все научные степени и звания и вывел за штат всех высших учебных заведений старый профессорско-преподавательский состав, члены которого теперь могли вернуться на работу в вуз только по итогам всероссийского публичного конкурса. Эта мера не привела к ожидаемому властью результату, поскольку заменить старых вузовских «спецов» было просто не кем и большая их часть вновь вернулась на свои места. Тогда в апреле 1919 г. решением Наркомпроса РСФСР были ликвидированы все гуманитарные факультеты в университетах, которые заменили факультетами общественных наук, костяк которых теперь стали составлять более лояльные и проверенные кадры из числа партийных философов, юристов и историков.
Новое наступление на высшую школу началось в декабре 1920 г., когда был опубликован знаменитый декрет СНК РСФСР «О реорганизации преподавания общественных наук в высших учебных заведениях», в соответствии с которым:
• всем преподавателям указанных наук было предписано в сжатые сроки переписать с марксистских позиций свои лекционные курсы и учебные программы;
• право замещения профессорских должностей перешло к Государственному ученому совету (ГУС) Наркомпроса РСФСР;
• во главе МГУ был поставлен Временный президиум во главе с юристом Д.П. Благолеповым, которому лично В.И. Ленин поставил первостепенную задачу «уничтожить свободу преподавания» и вести ее строго «по нашим указаниям».
Отныне вся учебная программа в вузах стала строиться в соответствии с «Уставом высшей школы», который был утвержден в сентябре 1921 г. специальным постановлением СНК РСФСР, а также целым рядом ведомственных положений и инструкций, в том числе «О научном минимуме» и «О факультетах общественных наук», которые вводили в разряд обязательных научных дисциплин во всех вузах страны «исторический материализм», «историю пролетарской революции», «экономическую политику диктатуры пролетариата» и т. д. А чуть позже, в сентябре 1924 г. эти научные дисциплины были дополнены «историей коммунистической партии» и «основами ленинизма».
В декабре 1922 г. ЦК РКП(б) направил во все партийные организации письмо «О работе в вузах», в котором ставилась первостепенная задача повышения роли коммунистов во всей деятельности высших учебных заведений и «идейного завоевания высшей школы». Для координации работы всех студенческих партийных ячеек были созданы городские союзы коммунистического студенчества, объединенные во Всесоюзный коммунистический студенческий союз, а для подготовки кадров высшей школы, сотрудников партийно-государственного аппарата и общественных организаций были созданы Институт красной профессуры (1921), Коммунистическая академия им. Я.М. Свердлова (1924) и профильные Институты философии, истории, литературы, искусства, советского строительства и права, мирового хозяйства и мировой политики, экономики, естествознания и т. д. В 1925 г. была восстановлена аспирантура, которая стала готовить научных работников и преподавателей высшей школы, а для подготовки кадров хозяйственных руководителей под кураторством ВСНХ СССР была создана Всесоюзная промышленная академия.
Основные трудности советской высшей школы в начале 1920-х гг. были связаны с курсом жесткой экономии и направлением основных материальных и финансовых ресурсов на нужды восстановления народного хозяйства страны, разрушенного в годы Гражданской войны. Поэтому в мае 1923 г. X Всероссийский съезд Советов принял специальное постановление, в соответствии с которым во всех вузах страны вводилась плата за обучение, за исключением студентов-коммунистов и студентов-комсомольцев. А в 1924 г. был серьезно сокращен прием в советские вузы выходцев из всех непролетарских слоев и проведена крупная чистка советского студенчества по классовому принципу, в результате которой около 20 % всех студентов были отчислены из многих университетов и институтов страны.
Тем не менее, к средине 1920-х гг. были достигнуты заметные успехи в сфере высшего и средне-специального образования. На всей территории страны в достаточно сжатые сроки было создано почти 1000 индустриально-технических, педагогических, сельскохозяйственных, медицинских и экономических техникумов, где было подготовлено около 100 тыс. специалистов. Еще большее количество специалистов вышло из стен 148 высших учебных заведений, многие выпускники которых пришли в вузы через знаменитые рабфаки, где в годы НЭПа было подготовлено более 150 тыс. человек.
Особую роль в руководстве всей системой высшего образования играл очень влиятельный заместитель наркома просвещения, главный «партийный» академик М.Н. Покровский, занимавший в то время все ключевые посты в системе всей «революционной общественной науки» и бывший одновременно главой Коммунистической академии, Института красной профессуры, Общества историков-марксистов, Института истории СССР и Центрального архива СССР, редактором исторических журналов «Красный архив», «Борьба классов» и «Историк-марксист». Именно он, обладая колоссальным властным ресурсом и поддержкой со стороны ряда членов Политбюро, прежде всего, Н.И. Бухарина, Г.Е. Зиновьева и Л.Д. Троцкого, резко противопоставил свою «научную школу» советских историков-марксистов «немарксистскому фронту» историков старой русской школы, видными представителями которой были академики и профессора В.В. Бартольд, С.В. Бахрушин, Ю.В. Готье, В.И. Пичета, Н.П. Лихачев, М.К. Любавский, П.Г. Любомиров, Е.В. Тарле, С.Ф. Платонов и многие другие крупные ученые. В конце концов это противостояние закончилось судебной расправой над выдающимися русскими историками дореволюционной формации по сфабрикованному в октябре 1929 г. «Академическому делу», которых огульно обвинили в создании контрреволюционной организации «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России».
Помимо академика М.Н. Покровского, активными борцами за торжество марксизма-ленинизма в исторической науке были и известные партийные историки, особенно старый русофоб, председатель Союза воинствующих безбожников Е.М. Ярославский и директор Института истории партии при ЦК ВКП(б) М.А. Савельев. По их инициативе прекратили свою деятельность сотни научных обществ, занимавшихся изучением и распространением культурного наследия страны и объединявших многие тысячи энтузиастов, специалистов и краеведов, в частности, Общество истории и древностей российских (1804―1929), которое возглавлял академик М.К. Любавский, и Общество любителей российской словесности (1811―1930) во главе с академиком П.Н. Сакулиным.
В начале 1918 г. по поручению В.И. Ленина центральные органы советской власти начинают устанавливать первые рабочие контакты с Российской Академией наук (РАН), которую в мае 1917 г. возглавил первый выборный президент, известный русский геолог академик А.П. Карпинский. В середине марта 1918 г. Совнарком и Наркомпрос РСФСР запросили президента Академии наук, какую роль в решении научных задач социалистического строительства могли бы сыграть сама РАН и особенно ее Комиссия по изучению естественных производительных сил России (КЕПС), созданная царским правительством в октябре 1915 г. по предложению ряда видных академиков, в том числе В.И. Вернадского, Н.И. Андрусова, Б.Б. Голицына, А.Н. Крылова, Н.С. Курнакова, А.Е. Ферсмана и других.
В конце марта 1918 г. совет Комиссии под председательством В.И. Вернадского сообщил А.П. Карпинскому о своей полной готовности начать работу по заданию советского правительства. Вскоре Наркомпрос РСФСР утвердил ее смету на сумму 780 тыс. рублей, которой предусматривалось создание 5 больших научных коллегий и 2 новых научных институтов — Института физико-химического анализа и Института по изучению платины и других благородных металлов. Через месяц в составе КЕПС было создано не 5 коллегий, а 20 отделов: по изучению почвы; по промысловым животным; по минеральным водам; по белому углю; по платине; по редким металлам; по стройматериалам и т. д. Таким образом, при большевиках функции КЕПС были существенно расширены и завершена уникальная работа по изданию шеститомного фундаментального научного сборника «Естественные производительные силы России», в который вошли «Артезианские воды» (1917―1919), «Полезные ископаемые» (1917―1919), «Растительный мир» (1917―1923), «Животный мир» (1919), «Ветер как двигательная сила» (1919) и «Белый уголь» (1921―1923). Более того, несмотря на тяжелейшие условия Гражданской войны, в 1918―1920 гг. КЕПС продолжила организацию научных экспедиций, в том числе по комплексному изучению Курской магнитной аномалии, Хибинского месторождения апатитов и всего Кольского полуострова.
В декабре 1918 г. В.И. Вернадский представил на общем собрании КЕПС обобщенный программный доклад о создании сети научно-исследовательских институтов как государственных учреждений. А уже в 1919―1920-х гг. по решению СНК РСФСР были созданы 50 научно-исследовательских институтов, в том числе Центральный аэрогидродинамический институт (ЦАГИ), Государственный гидрологический институт, Государственный физико-технический институт, Институт изучения мозга и психической деятельности, Рентгенологический и радиологический институт, Институт по изучению Севера и другие.
Главным императивом всей деятельности КЕПС стало ее активное участие в работе Государственной комиссии по электрификации России, которая с февраля 1920 г. занималась разработкой грандиозного плана электрификации России (ГОЭЛРО), в основу которого были положены фундаментальные исследования, проводившиеся Отделом энергетики КЕПС с октября 1916 г. Более 200 крупнейших ученых и инженеров страны под руководством будущего главы Госплана СССР Глеба Максимилиановича Кржижановского в кратчайшие сроки разработали перспективный план строительства в течение ближайших десяти-пятнадцати лет 30 электростанций, в том числе Штеровской, Каширской, Нижегородской, Шатурской и Челябинской ТЭС и Нижегородской, Свирской, Волховской и Днепровской ГЭС, а также комплексного развития всей транспортной системы страны за счет магистрализации старых и строительства новых железнодорожных линий, сооружения Волго-Донского канала и т. д.