Лишившись поддержки братьев, Василий Юрьевич продолжил борьбу за престол в одиночку (творя жестокости в захваченных им городах), но в мае 1436 года потерпел сокрушительное поражение в бою с Василием II, был взят в плен и ослеплен. Затем в междоусобной войне наступило временное затишье. Между великим князем Василием и Дмитрием Шемякой поддерживались внешне миролюбивые отношения (подкрепленные договорами в 1436 и 1442 годах), но за взаимными клятвами двоюродных братьев скрывались вражда и недоверие.
Последний акт кровавой драмы, напоминающей сюжеты шекспировских пьес, начался летом 1445 года, когда неудачливый полководец Василий II был разбит в битве под Суздалем татарами из орды Улуг-Мухаммеда (основавшего к тому времени новое ханство на Средней Волге, в Казани, и беспокоившего своими набегами соседние русские земли) и взят ими в плен. Власть в Москве перешла к Дмитрию Шемяке, как старшему в княжеском роду, но он не захотел с нею расстаться и после того, как Василий Васильевич был отпущен из плена (1 октября) на условии выплаты огромного выкупа. Пока великий князь в сопровождении внушительного татарского отряда возвращался на Русь, Шемяка распространял слухи, будто Василий «всю землю свою царю (хану. — М. К.) процеловал и нас, свою братью».
Против Василия II возник заговор, в котором, помимо Дмитрия Шемяки, приняли участие князь Иван Андреевич Можайский и некоторые московские бояре. Улучив момент, когда великий князь с семьей отправился на богомолье в Троицкий монастырь, заговорщики, не встретив сопротивления, заняли Москву. Одновременно отряд во главе с Иваном Можайским захватил в Троицкой обители Василия II, который был доставлен в столицу (в ночь с 13 на 14 февраля 1446 года) и ослеплен. Затем Василий Темный (это прозвище он получил у историков из‐за постигшего его тогда несчастья) был отправлен в заточение в Углич.
Тем временем Дмитрий Шемяка торжествовал победу. На монетах со своим именем он велел выбить гордую надпись: «Осподарь всея земли Русской». Между тем вероломство и жестокость Шемяки вызвали ропот в стране. Сохранившие верность Василию II князья (вроде Василия Ярославича Серпуховского) и служилые люди нашли убежище в Литве и собирались с силами, готовясь идти освобождать своего великого князя.
Видя себя, по словам летописца, «отвсюду обидима и от всех наругаема и поносима, зане (ибо. — М. К.) неправедно вьзем великое княжение и великого осподаря израдив (предав. — М. К.) на крестном целовании», Дмитрий Шемяка обратился за советом и помощью к духовенству. Церковные иерархи настойчиво рекомендовали ему примириться с поверженным противником. Последовав их совету, Шемяка в сентябре 1446 года освободил двоюродного брата из заточения, взяв с него клятвенное обещание «не искать» больше великого княжения, и дал ему в удел Вологду. Сюда стали стекаться сторонники Василия II. Игумен Кирилло-Белозерского монастыря Трифон освободил его от крестного целования, данного Шемяке, ибо он целовал крест «неволею». Затем Василий II по приглашению великого князя тверского Бориса Александровича (постоянно лавировавшего между враждующими сторонами) отправился к нему и заключил с ним союз против Шемяки, скрепленный помолвкой старшего сына московского князя, Ивана Васильевича (будущего Ивана III), с дочерью тверского князя Марией Борисовной.
Теперь уже чаша весов склонилась на сторону Василия Темного. На Рождество его отряды вместе с тверскими воеводами взяли Москву, а 17 февраля 1447 года сам великий князь триумфально въехал в свою столицу. В течение нескольких лет Дмитрий Шемяка еще пытался сопротивляться, но взятие в январе 1450 года его оплота — хорошо укрепленного города Галича — поставило точку в длившейся четверть века династической войне. Галицкий князь укрылся в Великом Новгороде, но «рука Москвы» настигла его и там: в 1453 году он внезапно скончался, как сообщают летописи, — от «лютого зелья», или «отравы».
На завершающем этапе династической войны большую поддержку Василию Темному, наряду с московскими боярами и служилыми людьми, оказало духовенство. Как уже было сказано, именно по настоянию церковных иерархов Дмитрий Шемяка выпустил своего пленника из заточения в Угличе, а совершенное кирилловским игуменом освобождение Василия II от данных им клятв развязало ему руки для дальнейшей борьбы за престол. Более того, в декабре 1447 года епископы, архимандриты и игумены — члены собора русской митрополии — направили послание Шемяке с обличением его вины перед великим князем Василием Васильевичем и призывом покаяться и под страхом церковного отлучения выполнить все пункты заключенных им со «старейшим братом» договоров. Сохранились также грамоты митрополита Ионы начала 1450‐х годов в Вятскую землю (владение галицких князей) с требованием покориться великому князю Василию.
Для того чтобы понять позицию духовенства и персонально митрополита Ионы, решительно ставших в конце 1440‐х годов на сторону Василия II, нужно взглянуть на положение Русской церкви после смерти в 1431 году митрополита Фотия. Его преемник был назначен константинопольским патриархом только через несколько лет: им стал смоленский епископ Герасим. Осенью 1433 года новый митрополит прибыл в Смоленск, а в Москву не поехал, поскольку, как заметил по этому поводу псковский летописец, «князи руския воюются и секутся о княженьи великом на Руской земли»: действительно, это был самый разгар борьбы Василия II с Юрием Звенигородским и его сыновьями. Летом 1435 года Герасим трагически погиб: он был казнен литовским великим князем Свидригайлом по обвинению в заговоре.
Следующий митрополит, грек Исидор, прибыл в Москву в апреле 1437 года, в момент относительного затишья в междоусобной войне. Вскоре он отправился в Италию на собор, посвященный вопросу о соединении (унии) католической и православной церквей. Греки надеялись таким путем спасти свою гибнущую под натиском турок империю. Поэтому они проявили уступчивость в догматических вопросах, и в начале июля 1439 года на соборе во Флоренции уния была заключена. Исидор, ставший убежденным сторонником и проповедником унии, вернулся в Москву в марте 1441 года. Когда он во время литургии в Успенском соборе помянул первым не патриарха, а папу Евгения IV и зачитал с амвона папскую буллу о соединении церквей, это вызвало возмущение русского духовенства и великого князя. По распоряжению Василия II Исидор был арестован и заточен в Чудовом монастыре. Спешно собранный церковный собор обвинил его в «латынстве». В сентябре 1441 года Исидору удалось бежать из заточения (вероятно, с молчаливого согласия властей, поскольку погони за ним не было); через Тверь и Литву он добрался до Рима. С тех пор в течение семи лет русская митрополия, по выражению того времени, «вдовствовала», т. е. оставалась вакантной. Только в декабре 1448 года на соборе русских епископов был поставлен новый митрополит — им стал рязанский владыка Иона.
Отвергая унию с Римом и избирая митрополита без санкции патриарха, русские иерархи вовсе не намеревались разрывать отношения с Константинополем: существовала надежда, что на смену патриарху-униату придет приверженец истинного православия. Но фактически с 1448 года Русская церковь стала автокефальной (т. е. независимой, самоуправляющейся). Это событие следует рассматривать в русле общеевропейской тенденции к «национализации» местных церквей, их обособления от вселенской церкви (соответственно католической или православной) и подчинения светской власти той или иной страны. Аналогичным образом галликанская церковь во Франции на основании Прагматической санкции 1438 года, а затем Болонского конкордата 1516 года получила в ряде вопросов автономию от папской власти и перешла под контроль короля. Еще радикальнее эта тенденция проявилась в ходе Реформации начала XVI в странах Центральной и Северной Европы, где монархи провозгласили себя главами соответствующих церквей.
В более широком плане все государства раннего Нового времени, включая и Османскую империю, опирались на религию, а их правители активно использовали лозунги защиты веры. Не стало исключением и Московское государство, которое с момента своего возникновения в середине XV века и вплоть до конца XVII столетия строилось как православное царство.
Русская митрополия, епархии которой охватывали всю страну, объективно была заинтересована в прекращении княжеских усобиц и укреплении политического единства. Возможно, некоторым иерархам был близок византийский идеал «симфонии» светской и церковной власти. Поэтому поддержка обладателя великокняжеского титула выглядела вполне осознанной политикой предстоятелей церкви, что, однако, не исключало проблемы выбора между претендентами на великокняжеский престол.
Рязанский епископ Иона был родом из Галичской земли, и поэтому неудивительно, что поначалу он ориентировался на галицких князей. В 1446 году он не только признал власть Дмитрия Шемяки, но и выполнил его деликатное поручение, бросившее тень на репутацию рязанского владыки: после ослепления Василия II он забрал из Мурома его детей, нашедших там приют под опекой оставшихся верными свергнутому великому князю бояр, и доставил их к Шемяке, который, несмотря на данные Ионой публично гарантии безопасности сыновей Василия Темного, отправил мальчиков в заточение к отцу в Углич. Однако вскоре растущая оппозиция Дмитрию Шемяке заставила рязанского владыку изменить свою позицию, и в последующие годы, как уже говорилось, он активно поддерживал вернувшего себе престол Василия II. Его лояльность была щедро вознаграждена: в декабре 1448 года собор епископов с одобрения великого князя избрал Иону митрополитом. До 1458 года его власть распространялась и на православные епархии Литвы, но после того, как киевским митрополитом стал униат Григорий (ученик Исидора), границы митрополии Ионы сузились до Московской Руси, что усилило зависимость владыки от великокняжеской власти.
Однако главным вкладом церковной иерархии в формирование российской государственности стали, конечно, не словесные громы и молнии в адрес Шемяки и его сторонников, а непосредственное участие митрополичьей канцелярии в выработке нового титула великого князя, главным элементом которого стало слово «господарь».