Максим Грек не преминул вмешаться в борьбу между этими двумя лагерями. Если в вопросе о преследовании еретиков он разделял взгляды иосифлян, требуя беспощадного искоренения ересей, то по вопросу о богатствах и земельных владениях монастырей решительно принял позицию нестяжателей, а Вассиаи Косой вскоре стал его ближайшим сподвижником и почитателем. Зато Максим восстановил против себя нового митрополита Даниила, возглавившего после смерти Иосифа Волоцкого партию иосифлян, и самого великого князя Василия, который также был на стороне этой партии.
В 1525 г. Василий III решил развестись со своей бездетной женой Соломонией, чтобы жениться вторым браком на Елене Глинской. Митрополит Даниил готов был дать князю официальное согласие на новый брак. Но когда Василий потребовал от Максима, чтобы тот написал каноническое мнение о возможности расторжения брака, тот решительно объявил князю, что правила святых отцов не разрешают развода по поводу бездетности жены. Брак Василия все же состоялся. После этого судьба Максима Грека была предрешена.
В том же году митрополит Даниил созывает церковный собор для суда над Максимом Греком; в 1531 г. на новом соборе организует повторный суд. На обоих соборах Максиму предъявили самые серьезные обвинения: в «волховстве» — попытке околдовать великого князя, в шпионаже в пользу турецкого султана, в клевете на московских чудотворцев и митрополитов, но главное — в презрительных отзывах о русских «святых книгах» и внесении в них изменений, которые были расценены собором как «еретические и богохульные». Председательствовал на суде сам митрополит, а допрос вел по его указанию епископ Досифей. Сохранились так называемые «Судные списки», составленные, очевидно, на основании протоколов допроса обвиняемых на этом суде. Вот несколько выдержек из «Судного списка»: «И владыка Досифей спросил Максима: подали на тебя запись протопоп Афонасей, да протодиакон Иван Чюшка, поп Василий, что ты зде нашей земли Руской святых книг никаких не похвалишь, но паче укаряешь, а сказываешь, что здесь на Руси книг никаких нет, ни Евангелия, ни Псалтыри, ни правил, ни уставов, ни отеческих, ни пророческих. А се протопопы перед тобою. И Максим с протопопы с очей на очи стал препиратися».
Митрополит Даниил охарактеризовал Максима на соборе как «неведомого и незнаема человека, новопришедшего ис Турские земли, и книги переводиша, и писания составляюща хулная еретическая, и во многия люди и народы сеюща и распространяющая… еллинская учения и макидонская и нетленномнительная, и прочая пагубныя ереси».
Максима обвиняли в том, что он приказывал переписчикам «иное зачернить, а иное загладить» (то есть зачеркнуть или стереть) в рукописях священных книг, и сам делал то же даже в евангелии, объясняя это тем, что «того в греческих книгах нет»: «И владыка Досифей спросил Максима: Книги наши з греческих же книг перевожены и писаны, и ты их чернил и гладил, а сказываешь, что книги наши зде на Руси не прямы, и где в наших книгах было написано бесстрастно божество, и ты то загладил, а вместо того написал нестрашно божество…».
Впоследствии в своем сочинении «Исповедание веры» Максим в оправдание своих поправок приводил много примеров действительно грубых искажений в тексте славянских священных книг и, в частности, в евангелии: «Исповедую всей душой Богочеловека, воскресшего из мертвых, а не бесконечною смертью умерша, как проповедуют его везде ваши толковые Евангелия». Но на соборе Максиму не имело смысла, да и возможности вступать в богословские прения. Исход устроенного над ним судилища был заранее предрешен.
После осуждения на соборе 1525 г. Максима в оковах отправили в Волоколамский монастырь, где заключили в темницу. В разные монастыри сослали его учеников и сотрудников. Сохранилась инструкция, письмо самого митрополита Даниила, об условиях содержания Максима в Волоколамском монастыре:
«И ваключену ему быти в некоей келии молчятельне, и никако же исходящу быть весьма, да яко и тамо врежение, еже от него, ни на единаго же да не распрозстранится. И да не беседует ни с кем же, ни с церковными, ни с простыми, ни монастыря того, ниже иного монастыря мнихи, но ниже писанием глаголати или учити кого, или какого мудрования имети, или с неким послати послание, или от неких приимати, ниже собою, ниже инеми, ниже сообщатись, и дружбу имети с кем, или ходатайство свойственно показати, но точию в молчании сидети и каятися в своем безумии и еретичестве… и аще в болезни и при смерти есть, да причастится, аще ли оздравеет, да пребывает без причастия».
Максима лишили причастия, фактически отлучили от церкви. Ему запретили читать книги, за исключением нескольких, специально указанных Даниилом, не давали возможности писать. Его обрекали на полную изоляцию, одиночество и молчание.
Правда, после вторичного разбирательства на соборе 1531 г. условия заключения Максима Грека были несколько смягчены. Его перевели в другой монастырь — Тверской-Отрочь, но по-прежнему с лишением причастия и заключением в оковы. С течением времени тверской епископ Акакий облегчил его участь. Максиму Греку предоставили возможность иметь книги и писать. В эти годы своего заключения он создал немало сочинений.
Еще в 1551 г., уже после смерти ненавидевшего его Василия III и восшествия на престол Ивана IV, Максима Грека направили в Троицкую лавру, уже не в заключение, а «на покой». Он был допущен новым митрополитом Макарием к причастию, но, по существу, и в это время находился под своего рода домашним арестом. Много раз Максим обращался к духовным властям, даже к царю, с просьбой отпустить его на Афон. Не раз ходатайствовали об этом и восточные патриархи. Но все напрасно. Опальный богослов умер в 1556 г. в той же Троицкой лавре.
И все же в последние годы жизни в положении Максима Грека произошли существенные изменения. Он неустанно продолжал создавать одно сочинение за другим, опровергая попутно выдвинутые против него обвинения; слава и авторитет его растут, произведения его читает все более широкий круг читателей, высоко оценивает их митрополит Макарий, с которым Максим вступает в переписку, а царь Иван IV навещает его в келье Троицкой лавры. В адресованных царю посланиях константинопольского патриарха Дионисия и александрийского Иоакима содержится полное оправдание Максима от возведенного на него обвинения в ереси, а патриарх Иоаким в весьма резком тоне объявил осуждение Максима «дьявольским действом» и «кознями злых человеков».
В 1552 г. Максим Грек сделал новый перевод Псалтыри с греческого, причем на этот раз без всяких толкований. Он сделал это по просьбе своего ученика Нила Курлятева, смущенного темнотою перевода, принятого церковью, и обилием в нем непонятных для русского человека южнославянских слов и выражений. В предисловии к новой Псалтыри Нил писал, что к тому времени Максим Грек успел обучить его, Нила, греческому языку и письму, так что он был в состоянии сам переписать Псалтырь по-гречески, а Максим со своей стороны уже «познал наш язык довольно и известно и весьма разумно», настолько, что смог продиктовать ему, Нилу, перевод псалмов по-славянски. А он, Нил, записывал «так, как стоит в греческом, все по порядку, прямо и без украшения». По поводу этого перевода И. Е. Евсеев отмечает: «Труд Максима состоял в упрощении славянского текста Псалтыри и в его приближении к тогдашнему виду языка».
Максим Грек сделал шаг вперед в деле книжного исправления. И позднейшие исправители не могли не посчитаться с его трудами. По-видимому, совсем не случаен тот факт, что первые московские печатники, в том числе Иван Федоров, вначале печатали как раз те книги, которые правил Максим Грек (Псалтырь, Апостол и др.).
А между тем уже в самом начале деятельности Максима Грека по исправлению священных книг к ней относились по-разному даже его ближайшие сотрудники и близкие к нему люди. На соборе при допросе переписчик Михаил Медоварцев показал: «Мне, господине, Максим велел загладити. И аз, господине, стал гладити, да загладил две строки, а вперед гладити посумнелся есьми. И яз рек Максиму: „Не могу, господине, заглаживати, дрожь мя великая поимала и ужас на меня напал“». Не следует видеть в словах Медоварцева только преувеличение или желание угодить судьям. Так, вероятно, многие относились ко внесению изменений в «божественные» книги.
Были, правда, люди, которые по-иному смотрели на дело. На одного из них донес тот же Медоварцев. Речь идет об известном уже нам старце Вассиане. Медоварцев уверял на допросе, что он в свое время неоднократно сообщал Вассиану о своих сомнениях по поводу Максимовых исправлений: «И яз молвил: Наши русские книги переведены з греческих же книг, а писаны они от святого духа святыми апостолы и святыми отцы. И Васьян старец рек: От дьявола писаны, а не от святого духа, а ты слушай меня, Васьяна да Максима старца Грека, а как тобе велит писати или заглажывати Максим старец, так и чини. А здешние книги все лъжывы, а правила здешние кривила, а не правила. А до Максима есмя по тем нашим книгам бога хулили, а не славили, ни молили. А ныне есмя бога опознали Максимом и его учением».
Вероятно, не все сторонники исправления давали Максиму такую высокую оценку. Но, бесспорно, влияние Максима должно было сыграть немалую роль в том, что все большее число людей понимало необходимость основательно пересмотреть «святые» книги, но, что не менее существенно, необходимо и важно поставить дело «книжной справы» на научную основу, привлекая к работе людей, хорошо знающих славянский, русский, а также греческий и латинский языки. Максим своими трудами первый показал пример научной критики текста. Филолог-славяновед И. В. Ягич впоследствии писал: «Толкования Максима Грека, где указывается и греческий источник и дается анализ слова с точным определением его значения, были в то время для большинства читателей (или слушателей) неслыханной новостью, доказательством замечательной учености. Прислушивающиеся к этим толкованиям не умели возражать по делу, но недоверчивость оставалась, она выражалась в опасениях нефилологического свойства».