Союзное и республиканское партийное руководство стремилось не допустить разрастания националистических настроений усилением идеологической работы и организационными мерами. Июньский пленум ЦК КП Латвии (1959) определил проявлением национализма предложения руководящих работников Латвии увеличить капиталовложения в легкую промышленность вместо строительства в республике крупных промышленных объектов, намеченных семилетним планом. В октябре 1959 года очередной партийный пленум осудил за националистическую кадровую и языковую политику ряд партийных руководителей республики. Заместитель председателя Совета министров В. Берклавс, министр сельского хозяйства А. А. Никонов, директор академического института экономики П. П. Дзерве, министр просвещения В. К. Круминьш, выступавшие с предложениями не развивать в Латвии тяжелую индустрию, требовавшую импорта рабочей силы, были сняты с занимаемых постов и переведены на другую работу. Принятые под нажимом Москвы меры устранили наиболее яркие проявления национализма, однако не смогли полностью ликвидировать их. Учитывая настроения большинства коренного населения, руководители прибалтийских республик стремились и в последующем проводить политику «мягкой» дерусификации, всячески демонстрируя при этом показной интернационализм и лояльность центральным властям.
Широкий спектр различных течений и форм имело украинское национальное движение. Замена на посту первого секретаря ЦК КПУ русского украинцем в июне 1953 года положила начало возрождению политики украинизации в республике и большему учету в работе национальной специфики областей, в первую очередь Западной Украины. Репрессивная политика советского руководства на Украине, связанная с послевоенной борьбой с вооруженным националистическим подпольем в Западной Украине и новой кампанией борьбы с «украинским буржуазным национализмом» в Восточной Украине, смягчилась и сошла на нет.
Однако часть западных украинцев продолжали сохранять неприязненное отношение не только к русским кадровым работникам, но и к восточным украинцам, зачисляемым в разряд «москалей». Националистическое мировоззрение объясняется недавностью присоединения Западной Украины к СССР, негативной реакцией на форсирование после войны социалистической перестройки края, сохранением влияния на широкие слои населения запрещенной в 1946 году, но действующей в подполье униатской церкви.
Главными целями национального движения на Украине была, в основном, легальная борьба за сохранение национальной культуры, языка. В начале 60-х годов творческая интеллигенция повела движение за чистоту родного языка, против его русификации. В феврале 1963 года состоялась конференция по вопросам украинского языка в Киеве. На ней присутствовало более тысячи работников украинской культуры – писателей, учителей, языковедов. Конференция возбудила ходатайство перед ЦК КП Украины и правительством страны о том, чтобы «во всех учреждениях и предприятиях, на железной дороге и других видах транспорта, в торговле все дела вести на украинском языке». Участники конференции предлагали также открыть средние школы с преподаванием на украинском языке во всех республиках СССР, где живут украинцы. Предложения, выдвинутые на этой конференции, со временем стали требованиями диссидентов, появились на страницах самиздата.
Движение украинских «шестидесятников» вовлекало в свои ряды значительную часть национальной интеллигенции. Ратующие за сохранение национальной культуры интеллигенты собирались в мастерских художников, выставочных залах, музеях, квартирах почитателей украинской старины. Большую известность приобрел киевский клуб творческой молодежи во главе с молодым режиссером Лесем Танюком. В клубе проводились литературные и поэтические вечера, организовывались выставки украинских художников. При нем образовался студенческий межвузовский фольклорно-этнографический кружок и разъездной хор «Жаворонок». Клуб положил начало Шевченковским чтениям 22 мая у памятника поэту. На ставших традиционными чтениях со временем все более откровенно зазвучали диссидентские мотивы. Это стало причиной закрытия клуба властями в 1965 году.
Одним из направлений украинского национального движения была борьба за независимость путем выхода из состава СССР. Движение имело многочисленных сторонников в Западной Украине. Здесь и после разгрома националистического вооруженного движения ОУН были случаи убийства советских работников, поджоги партийных и хозяйственных зданий, другие антисоветские акты. Действовали нелегальные группы, прежде всего студенческие, носившие ярко выраженный националистический характер. Они занимались вывешиванием национальных флагов, распространением листовок с антисоветским содержанием. Так, в марте 1957 года в ряде городов Львовской области распространялись листовки с призывом организовывать комитеты «За самостийную Украину». Листовки подобного содержания были обнаружены в городе Сумы. Деятельность групп большого успеха не имела, она легко пресекалась органами КГБ, однако факт их существования говорил о наличии в этих областях оппозиции к существующей власти. Относительно спокойнее обстояло дело в восточных областях Украины, хотя и здесь (например, в Харькове в 1957 г.) были случаи распространения листовок с антисоветским и националистическим содержанием.
Молодежь, вовлекавшаяся в подпольные группы экстремистского толка, вдохновлялась именем Степана Бандеры, вокруг которого создавался ореол последовательного и несгибаемого борца за свободу и независимость Украины от «русско-коммунистического ига». Так, в 1962 году органы госбезопасности ликвидировали молодежную организацию в Львовской области, носившую имя Бандеры. Ее участники имели подпольные клички, принимали присягу на верность «самостийной Украине», обсуждали способы борьбы против советской власти, приобретения оружия, шрифта, изготовления и распространения листовок.
Иногда поводом для образования национал-сепаратистских групп служила действовавшая Конституция страны. Так, в 1959 году шестеро жителей Львовской области образовали Украинский рабоче-крестьянский союз, который ставил целью добиваться независимости Украины конституционным путем. Будучи арестованным, лидер союза адвокат Л. Г. Лукьяненко заявил следователю, что действовал в правовом поле 14-й статьи Конституции УССР и 17-й статьи Конституции СССР. В ответ на это заявление прозвучало: «Конституция существует для заграницы!», что во многом было характерно для правосознания советского времени.
Однако рубеж 50–60-х годов для украинского национального движения в целом был временем перехода от подпольного этапа к мирному, открытому демократическому движению за национальные права.
В 1960-е годах отмечены случаи отдельных национал-сепаратистских выступлений в Белоруссии и в Молдавии. Однако они не носили столь массового характера, как в Прибалтике и на Украине. Лишь небольшая прослойка национальной интеллигенции и учащейся молодежи выступала в защиту национальной культуры и языка. Так, в сентябре 1963 года органами госбезопасности были арестованы участники Белорусской революционной партии. Ее члены стояли на позициях вооруженной борьбы с советской властью и пытались создать в республике разветвленную нелегальную организацию. Попытка националистической деятельности зарегистрирована в Минском госуниверситете, где в октябре 1963 года была раскрыта группа из 13 белорусских студентов, которые на своих собраниях осуждали национальную политику СССР. Характерной особенностью Молдавии была этнокультурная близость молдаван с румынами. «Национализм» в республике чаще всего проявлялся в разговорах о том, что Молдавии необходимо воссоединиться с Румынией. В соседней республике такие разговоры подогревались официальными деятелями и печатью.
Одним из «слабых мест» советской национальной политики в 1950-е годы стала Грузия. Почитание Сталина в этой республике носило поистине всенародный характер. Разоблачение его преступлений на XX съезде партии было воспринято как национальное оскорбление. Недовольство центральной властью вылилось в трагические события в Тбилиси 9–10 марта 1956 года, сопровождавшиеся многочисленными человеческими жертвами. Молодежные просталинские митинги и демонстрации с участием множества комсомольцев и коммунистов прошли во многих других городах Грузии. Местами они носили откровенно антирусскую направленность. Вместе с лозунгами «Долой Хрущева!», «Молотова – во главе КПСС!» демонстранты несли и лозунги «Русские, убирайтесь из Грузии!». Националистические настроения в массах не утихали в течение многих лет. К обиде «за Сталина» прибавилась боль за расстрелянных соотечественников в Тбилиси. В 1963 году в Грузии была пресечена деятельность подпольной группы молодых грузинских поэтов. Они занималась изготовлением и распространением антисоветских листовок, осуждающих выступления против Сталина на XXII съезде КПСС.
Борьба за сохранение чистоты грузинского языка привела к возникновению различного рода нелегальных культурных обществ. Одно из них, «Мекартвела сазогадоеба», существовало в Батуми в 1961–1962 годах. В него, кроме представителей интеллигенции, входили государственные служащие. За употребление русских слов на собраниях организации взимался штраф в пользу «общества борющихся за чистоту грузинского языка».
Грузинское руководство во главе с лидером коммунистов В. П. Мжаванадзе снисходительно наблюдало за попытками части грузинской интеллигенции выступать против «русификации» и в тоже время решительно пресекало любые радикальные формы проявления национализма. Поэтому экстремизм не стал характерным признаком грузинского национального движения.
Армянское национальное движение инспирировалось главным образом идеей возвращения всех исконных армянских земель в единое армянское государство. Имелись в виду Карс, Ардаган, Саракамыш, оказавшиеся в составе Турции, а также Нахичевань и Нагорный Карабах, включенные в Азербайджан. Вокруг идеи о возвращении этих территорий с редким единодушием объединялись партийные и религиозные деятели, радикальные армянские националисты, представители творческой интеллигенции и заграничных армянских диаспор. Подавляющее большинство армян за рубежом жило мыслями о возвращении на историческую родину. Только в первой половине 1950-х годов в Армению возвратились 100 тысяч репатриантов. Они во многом способствовали усилению в республике националистических настроений и популярности заграничной националистической партии «Дашнакцутюн».