Летописи расходятся в описании смерти жены московского князя. Новгородская Первая летопись говорит, что ордынскую царевну в Твери «смерти придаша». Владимирская сообщает, что Агафия «зелием уморена бысть» в Твери. Сам Юрий Данилович не имел сомнений относительно причин смерти жены. Прибывший в Москву с этим печальным известием тверской боярин Александр Маркович был убит по приказу впавшего в ярость князя.
Тверской правитель оказался в довольно сложном положении — княгиня Агафия была сестрой хана Узбека. Роковой спор двух русских князей — московского и тверского — близился к кровавой развязке. Оба они отправились в Золотую Орду, чтобы предстать перед «вольным царем» — всесильным ханом, который в одночасье мог решить судьбу любого. Но Михаил Тверской замешкался в пути и за это время князь Юрий Данилович и его друг, ордынский «посол» Кавгадый успели настроить хана против него. Не спасло князя Михаила и то обстоятельство, что он приказал похоронить Агафию в княжеской усыпальнице в Ростове.
Казнь князя Михаила Ярославича Тверского состоялась в Орде 22 ноября 1318 года. Он стал для Русской Православной Церкви третьим князем-мучеником за время ордынского правления на Руси — после Михаила Всеволодовича Черниговского (казнен в 1246 году) и Романа Ольговича Рязанского (казнен в 1270 году). Похоронили казненного в Твери на берегу Волги, в построенном им вместе с матерью белокаменном Спасо-Преображенском соборе.
Князь Юрий Московский, находившийся в «лютой» ненависти к своему сопернику за великокняжеский «стол», вне всякого сомнения, приложил руку к его мученической гибели. Поэтому в памяти народной образ Юрия Даниловича расцвечен самыми темными красками, как ханского холопа и негодяя, человека коварного. Но таким же, если не большим, коварством обладал и Михаил Тверской, обманом захвативший когда-то братьев Юрия и торговавший ими, как товаром. Соперники были достойны друг друга.
Одержав подобную победу над Михаилом Тверским, Юрий Московский терпел поражение в другом: смерть Агафии, скорее всего насильственная, окончательно лишала его прямого наследника. По церковным законам он не имел права третий раз жениться. Теперь московский престол он мог передать только одному из братьев.
Не было сыновей и у двух других братьев Юрия — Афанасия и Бориса. В счастливой же семье Ивана Даниловича рождался один сын за другим. Из летописей известно, что его жену звали Еленой, о дате же свадьбы ничего не известно. Некоторые историки считают, что Елена была дочерью смоленского князя Александра Глебовича. Но прямых летописных подтверждений этому нет.
Считается, что с первой супругой Иван Данилович Калита прожили счастливой супружеской парой. В сентябре 1317 года у них появился первенец, которого назвали Симеоном или в просторечии — Семеном. В декабре 1319 годя княгиня Елена подарила мужу второго сына — Даниила.
Юрий Данилович вернулся из Золотой Орды весной 1319 года и торжественно взошел на великое княжение Владимирское. В Новгороде стал княжить его брат Афанасий, исполнявший обязанности великокняжеского наместника. В Твери престол отца, погибшего в Сарае, занял его сын Дмитрий. В Москве продолжал княжить младший брат Юрия — Иван. На Руси наступил долгожданный мир. Русские князья на какое-то время перестали враждовать между собой.
Сказывалась миротворческая политика митрополита Петра, у которого Иван Данилович находил все больше и больше поддержки и понимания. Но при всем этом младший брат находился в повиновении у старшего, великого князя Владимирского. Тот же все больше видел в Иване своего преемника не только на московском княжении.
В конце 1319 года на Руси произошло примечательное событие: тверичи прислали сватов к князю Юрию Даниловичу. Сын Михаила Тверского 13-летний Константин предлагал руку и сердце дочери Юрия Софье. Предложение было принято. Свадьбу совсем еще недавно смертельно враждовавшие между собой два княжеских рода сыграли на нейтральной стороне — в Костроме. Для московских правителей такой брак оказался на редкость удачным. Став в 1328 году тверским князем, Константин Михайлович никогда не враждовал с Москвой.
О великом княжении Юрия Даниловича Московского летописи сообщают весьма скудно. Извечная проблема недоимок только ускорила его падение. Одной из причин ее стала эпидемия («мор») неизвестной болезни, которая в 1320–1321 годах свирепствовала в Северо-Восточной Руси. Болезнь не пощадила и нижегородского князя Бориса Даниловича, умершего бездетным.
Из летописей известно, что великий князь в эти годы отправлял в Орду к хану своего брата Ивана, чтобы добиться возвращения земель Нижнего Новгорода в состав территории Великого княжества Владимирского. Но перед этим, в 1320 году, Иван сопровождал старшего брата Юрия в походе на Рязань. Правил тогда в Переяславле-Рязанском князь Иван Ярославич Рязанский. Он наследовал своему дяде Константину Романовичу, взятому в плен Даниилом Московским в 1301 году и убитому Юрием в московской тюрьме в 1306 году. Москвичи сумели разбить рязанцев, а побежденному князю пришлось спасаться бегством. Спустя семь лет он был убит ордынцами.
Первая, продолжительная поездка в Золотую Орду, длившаяся около полутора лет, дала Ивану Калите очень многое. Он сумел основательно познакомиться с ханским двором, завести многочисленные полезные знакомства, познать обычаи и уклад жизни татар и их правителей. Думается, что младший брат русского великого князя произвел на хана Узбека хорошее впечатление.
В 1321 году великий князь Юрий Данилович затеял новую тяжбу с Тверью, которая сослужила ему худшую службу. Поводом стал недобор дани с города Кашина, где правил младший из тверских Михайловичей — Василий. Посланный из Орды в Кашин татарский отряд с «жидовином» — ханским откупщиком дани — так и не смог собрать нужные деньги, хотя и учинил Кашину «много тягости».
Тогда осенью 1322 года великий князь «со всею силою Низовскою и Суздальскою» из Переяславля-Залесского выступил в поход на Кашин. Узнав об этом, тверской князь Дмитрий Михайлович вместе с братьями Александром, Константином и Василием выступил навстречу врагу. Два войска встали друг против друга на противоположных берегах Волги.
До битвы дело не дошло. Бывший тверской епископ Андрей, живший на покое в монастыре Богородицы на реке Шоше, выступил миротворцем. Соперники заключили мир, по условиям которого тверские Михайловичи выплачивали великому князю причитавшуюся с них сумму ордынской дани — две тысячи рублей серебром. Юрий Данилович должен был, как великий князь, отвезти эти деньги в Орду для передачи в ханскую казну.
Едва успев прибыть в Москву, великий князь узнал, что из Орды идет к нему «лютый посол» Ахмыл с большим воинским отрядом. По пути ордынцы под предлогом сбора недоимок разграбили Нижний Новгород, где уже не было князя из рода Даниловичей. Еще более ужасная участь постигла Ярославль, который татары «взяша и сожгоша, и много полона безчисленно взят».
Прибыв в Ростов, Ахмыл вызвал туда великого князя Владимирского. Историки считают, что «лютый посол» имел указание хана Узбека схватить Юрия и доставить его на ханский суд в Сарай, если он не поедет туда добровольно. Юрий Данилович, чувствуя собравшуюся над его головой грозу, не поехал в Ростов из Москвы. Он бежал в Новгород, прихватив с собой тверское серебро, причитавшееся хану Узбеку.
В Сарае к тому времени давно поняли, что Юрий Московский на великом владимирском княжении стал той фигурой в большой политике, которая их не устраивала. В окружении хана Узбека решили, что теперь Москва должна признать первенство Твери и отказаться от соперничества с ней. Поэтому и было решено отобрать у князя Юрия Даниловича, человека амбициозного, и ярлык на великое княжение, и право оставаться правителем Московского удельного княжества.
Для этого, как решили в Орде, Москве требовался новый правитель, человек более смиренный и менее воинственный. Таким удельным князем должен был стать Иван Данилович. За полтора года его проживания в Орде хан Узбек успел хорошо присмотреться к молодому русскому князю и прийти к выводу, что он идеально соответствует политическим видам Орды на состояние Руси, самого богатого данника и самого опасного в силу своего возрождения.
Теперь великое княжение предназначалось для Дмитрия Тверского. Хан Узбек, ссылаясь на то, что князь Юрий Данилович «обманул» его и оклеветал перед ним Михаила Тверского, лишил его не только ярлыка на великое княжение, но и московского стола. Узнав об этом, Дмитрий Тверской в 1322 году поспешил в Орду и вернулся оттуда обладателем заветного ярлыка на Владимирский «стол».
Оказавшись в Новгороде, опальный Юрий Данилович не утратил присущей ему княжеской энергии. Найдя общий язык с новгородским боярством, он во главе рати «добрых молодцев» пошел летом 1322 года брать шведскую крепость Выборг. Но взять каменную твердыню без помощи большого числа стенобитных машин (их у новгородцев оказалось всего шесть) не смог. При возвращении в Вольный город Юрий Данилович получил печальное известие — умер его брат Афанасий. Теперь в живых оставались из Даниловичей только он да Иван.
Собрав в Новгороде немалую казну, опальный русский князь решил отправиться в Орду, чтобы найти там «правду» у хана Узбека. Однако тверские лазутчики выследили путь небольшого отряда из новгородцев. На реке Урдоме, притоке Волги, Юрия Даниловича перехватила дружина князя Александра Михайловича, брата Дмитрия Грозные Очи. Новгородцы в жаркой сече были разбиты, а казна захвачена. Только добрые кони и глухие леса спасли бывшего великого князя и немногих его спутников.
Юрий Данилович укрылся в Пскове. Оттуда его «позвали» в Новгород, который уже 30 лет вел затяжную войну со шведами на Карельском перешейке. Война прежде всего сказывалась на торговле Вольного города. Беглый князь вместе с новгородцами летом 1323 года построил крепость на Ореховом острове, у входа в Неву из Ладожского озера. Здесь и был заключен со Швецией знаменитый Ореховецкий договор. В его тексте Юрий Московский был назван «великим князем».