Кроме скита Оптиной пустыни, под духовным руководством старца находились женские монастыри: Севский, Белевский, Казанский, Серпуховский, Калужский, Елецкий, Брянский, Смоленский, Вяземский и некоторые другие. Из монастырей Калужской епархии о. Макарий посещал мужские монастыри: Малоярославецкий, Мещовский и Тихонову пустынь.
Переписка у старца была обширная. На вопросы, требующие духовного рассуждения, он отвечал сам. Ученики же помогали ему в письмах практического содержания, малосложных и кратких, не составлявших тайны. Письма не сходили с его стола. Отрываясь от них для бесед или скитских правил, он, освободившись, сейчас же брался за них снова. Только два раза в неделю, в день отхода почты, по утрам, старец прекращал прием посетителей, и занимался исключительно письмами. Помощниками в переписке старца были: иеромонах Амвросий (впоследствии оптинский старец), монах Иустин (Половцов, ныне архиепископ Варшавский) и Леонид (Кавелин, почивший наместник Троице-Сергиевой Лавры). Лучшим памятником по себе старец оставил свои письма, изданные по кончине его в нескольких томах и представляющие сокровищницу духовных советов.
Добродетелью, проникавшею все существо о. Макария, было смирение, которое есть матерь всех дарований. Хотя и окончив свое образование в приходском училище, 14-ти лет: исполнением заповедей, вдумчивым чтением священного Писания и Отцов Церкви, о. Макарий достиг высокого духовного понимания, и не только знал в совершенстве церковное учение, но даже сбылось слово св. Исаака Сирина: "Смиренномудрым открываются таинства".
В великой мере действовал в о. Макарии дар рассуждения. Вот как представляет этот верховный дар св. Антоний Великий: "Он учит человека оставлять обоюдное безмерие, шествовать путем царским (средним) и не попускает, чтоб он был окрадаем, с одной стороны, безмерным воздержанием, а с другой — был низвлечен к нераднию и расслаблению. Он, испытуя все помышления и дела человека, разделяет и отлучает всякое лукавое и неугодное Богу дело и удаляет от него прелесть. Без рассуждения ни одна добродетель не может составиться или пребыть до конца твердою, ибо рассуждение есть хранительница всех добродетелей".
"От послушания, — говорит св. Иоанн Лествичник, — смирение, от смирения — рассудительность, от рассудительности — проницательность, а от последней — прозорливость".
Руководствуясь этим даром, старец всякому и преподавал нужное по обстоятельствам и свойствам человека наставление.
Смирение старца выражалось во всяком движении, слове и виде его. Это же глубокое смирение давало ему и мирность духа. "Слава Богу, — говорил он, узнавая, что кто-нибудь злословит его, — он один только и уразумел обо мне правильно; вы прельщаетесь, считая меня нечто быти. А его о мне слова — духовные щетки, стирающие мою душевную нечистоту".
Пламенная любовь старца выражалась делом; он не отвращался никого, требующего душевной или внешней помощи. Долготерпение и кротость вместе с детскою простотою и незлобием растворяли его любовь.
Портрет был снят со старца лишь за год до его кончины. Лицо у него было, некрасиво по внешности, но бело и светло, озаряемое внутренним светом духа, взор тих, слово смиренно. Святых Тайн приобщался он ежемесячно с великим умилением.
Летом носил он белый холщевый подрясник, на голове черная вязаная шапочка, для молитвы — краткая мантия. Выходя из дому, надевал черную мухояровую ряску; зимою еще легкую, крытую старым темно-зеленым драдедамом шубку.
Нрав старца был чрезвычайно живой и подвижный. Излишней медленности, вялости, долгих сборов не любил. Послушания надо было исполнять скоро. Память была у о. Макария изумительная. После одной исповеди он навсегда запоминал главные обстоятельства жизни человека.
Страдая косноязычием и недостатком дыхания, старец не служил в церкви.
Относительно внешних подвигов о. Макарий держался среднего пути, не вдаваясь в крайности, и вкушал на трапезе всего, но весьма понемногу. На вечернюю трапезу редко удавалось ему поспеть, и он вкушал дома, из горшочков. Подобно своему старцу, о. Афанасию, о. Макарий жалел животных. Зимою он ежедневно сыпал на особую за окном полочку конопли для птиц, и на полочку слеталось много синичек, коноплянок и маленьких серых дятлов. Заметив, что сойки обирают малых птиц, поедая разом всю дневную порцию, старец сначала, отрываясь от письма, отгонял соек стуком в окно, а потом стал сыпать зерна в банку, в которую могли влетать только мелкие птицы.
Старец занимал небольшой деревянный домик, слева от скитских врат. Первая комната, стены которой были украшены изображениями архиереев и подвижников благочестия, была приемная; вторая, выходившая окном на главную скитскую дорожку, — его келлия. У окна стоял простой стол, обремененный письмами, книгами; у стола — кресло; по стенам — много икон и крестов и, между прочим, особо чтимая старцем Владимирская икона с неугасимою лампадой. Под иконами — угольник для чтения правил и аналоец с Евангелием и служебными книгами. У западной стены — узкая кровать.
Старец вставал ежедневно по звону к утрени в два часа, а в случае нездоровья — не позже трех и будил келейников; затем совершалось длинное утреннее правило, и старец оставался один. В седьмом часу, после нового правила — старец выпивал чашку-две чаю и принимался за письмо или книгу. С этого же времени начинали к нему приходить. Дверь скрипела на ржавых петлях, предупреждая, вместо доклада, о приходящих; все чаще и чаще входят чрез ворота скита. В 11 часов звон к трапезе, к которой старец всегда ходил. После трапезы час-полчаса единственного во весь день свободного времени, а затем опять посетители. Часа в два старец идет в гостиницу, где ждет его множество народа, и всех он выслушивал с удивительною кротостью и терпением.
Измученный, чуть переводя дыхание, с языком, усталым до того, что не мог уже более внятно произнести ни одного слова, — старец возвращался домой и вместо отдыха слушал краткое правило. Потом принимал скитскую братию, после ужина слушал вечернее правило, и, когда огни во всем ските давно погасли, в окне келлии старца еще был виден свет.
Молитва старца была непрестанна. В беседе, на правиле, за письменным столом, на пути и даже во время сна из уст его слышались восклицания: "Боже Милостивый… Мати Божия… Иисусе мой!" Страдая бессонницею, просыпаясь или вовсе оставаясь без сна, старец славословил тогда имя Божие. По временам он приходил, при размышлении о Божестве и Промысле Его, в духовный восторг и запевал одну из любимых церковных песней своих. Иногда удивлялся премудрости Творца, переходя от цветка к цветку гряд, окаймлявших скитские дорожки.
Готовясь к причастию, старец усугублял пост.
С начала пятидесятых годов здоровье старца, всегда слабое, особенно пошатнулось; тщетно преданные лица убеждали его съездить в Москву, ко врачам. Наконец, московский митрополит Филарет написал ему письмо, оканчивавшееся так: "Если бы я звал вас к себе, вы могли бы отказать, не думавши. Но как я зову вас к московским чудотворцам и к преподобному Сергию, то, надеюсь, вы подумаете о сем не без внимания. Господь да устроит Ему угодное. Прошу молитв ваших". После этого письма старец не решился далее отказываться, и поездка в Москву принесла пользу его здоровью.
В 1853 г. старец, чтобы избавиться от хозяйственных хлопот, сложил с себя звание скитоначальника. В 1853 г. о. Макарий награжден наперсным крестом, в 1857 г. — другим, в память Крымской кампании.
Он с живейшим участием следил за нею. Когда пришла весть об оставлении Севастополя, старец зарыдал и, упав на колени, долго молился без слов пред иконою Богоматери. Вообще, старец чутко относился к общественным вопросам и понимал их, постоянно соприкасаясь с людьми всех положений; очень он сочувствовал вопросам об улучшении народного быта, грамотности, воспитания.
За два года до кончины старец келейно постригся в схиму. Мысль о том подала ему кончина митрополита киевского Филарета (в схиме Феодосия).
Последняя болезнь старца началась 26-го августа, в день празднования чтимой им Владимирской иконы.
30-го он был особорован, и потом делал распоряжения на случай своей кончины, благословлял приходящих и оделял их крестиками, четками, книгами. На следующий день преподавал спрашивающим краткие, но выразительные наставления, и все чувствовали, что это последние наставления. В пустынь со всех сторон прибывали лица, пользовавшиеся советами старца, и в церквах непрерывно служились о нем молебны. Монахи еще допускались к старцу. От московского митрополита была привезена финифтяная икона и обещание молиться о нем. За два дня до смерти старец приказал вынести себя из тесной своей келлии и положить в более обширную приемную, на полу. Из окна, со-вне, посетители могли видеть умирающего старца. Накануне кончины страдания старца ожесточились. Вечером он, сидя, выслушал отходную. Во время чтения канонов и акафистов Христу и Божией Матери страдания утихали. Со слезами взирая на образ Спасителя в терновом венце и на Владимирскую икону, он взывал: "Слава Тебе, Царю мой и Боже мой, Мати Божия, помози мне!" — и, простирая руки, молил о скорейшем разрешении. Ночь прошла крайне беспокойно. Старец задыхался. Взглядами, благословениями, пожатием руки выражал он благодарность ходившей за ним братии.
7-го сентября, в предпразднество Рождества Богородицы, в среду, 1860 г., в 7 часу утра — чрез час по приобщении, по окончании чтения канона на разлучение души с телом, — о. Макарий, окруженный учениками, тихо предал дух в руки Божии.
Тело о. Макария не издавало смертного запаха; перенесение его из скита в монастырь, среди народного множества, — не имело вида похорон, а чего-то светлого и торжественного.
О. Макарий погребен возле отца Леонида.
Имя отца Макария тесно связано с великим длом издания свято-отеческих аскетических творений, драгоценных и для иноков и для мирян.