В 1648 г. после десятилетнего мира запорожские казаки под руководством гетмана Богдана Хмельницкого снова поднялись против своих польско-литовских повелителей. Причины этих восстаний, происходивших уже с 20-х годов, были весьма разнообразны, в частности притеснение украинских крестьян польскими магнатами и их еврейскими управляющими, дискриминация православной церкви римским католицизмом и сокращение казачьего реестра, то есть набор казаков в наемные войска короля. С появлением Хмельницкого, первоначально опиравшегося на крымских татар, движение получило вождя, который в течение следующих пяти лет, сменив нескольких союзников и выдержав многочисленные битвы, пришел к идее казачьей шляхетской республики. Правда, он мог добиться «той цели только в союзе с Московией, противостоявшей Польско-Литовскому государству в военно-политическом отношении.
Алексей Михайлович, к которому Хмельницкий обращался через разных высокопоставленных лиц и в многочисленных письмах, внешне относился к планам казаков сдержанно. Про себя московская политика приветствовала возможность свести счеты с Польшей (см. главу «Ми хайл Федорович»). Но поражение 1634 г. учило быть осторожными, пока нет уверенности в том, что военных сил достаточно. Нужно было также предвидеть, что московская сделка вскоре вызовет первые столкновения с Османской империей. Но, очевидно, царя заставляла медлить прежде всего неспокойная внутренняя ситуация в период с 1648 по 1650 г., усугублявшаяся появлением уже упомянутого самозванца Акундинова. Сначала было разрешено и получило финансовую поддержку только поселение изгнанных украинских крестьян в «Украинской слободе» (на Дону). Только в начале 1651 г. в Москве собрался Земский собор, который в меньшей степени занимался предложением казаков о союзе, а в большей степени — неправомерным использованием царского титула, практиковавшегося Польшей. Таким образом, Земский собор не имел права принимать решения, а использовался правительством как внешнеполитический инструмент.
Поскольку православная церковь была пламенной защитницей союза с казаками, то следует считать, что прорыву способствовал новый московский патриарх Пикон, который был возведен в сан в середине 1652 г. Окончательное решение было принято в феврале и марте 1653 г.: казаки должны были подчиниться власти царя. Если Хмельницкий надеялся на договор равноправных партнеров, то не позднее чем 8 января 1654 г. он понял, что обманут в своих ожиданиях, так как казачьи старшины присягнули в Переяславле на верность царю, а со стороны царя такого акта не последовало. То, что впоследствии вошло в историю как воссоединение Украины с Россией, сначала было лишь номинальной принадлежностью, которая гарантировала гетману и его последователям социальный и правовой порядок и, в большей или меньшей степени, допускала определенную самостоятельность, в том числе и во внешнеполитической сфере (кроме политики в отношении Польши и Османской империи). Для украинской историографии с этого начинается история «гетманского государства», которая закончилась только во времена Екатерины II. Однако Алексей Михайлович, который в жалованной грамоте оставлял за собой право на утверждение кандидатуры гетмана, уже 5 февраля 1654 г. впервые назвал себя «самодержцем всея Великия и Малыя России».
Территориальное присоединение части Украины, но прежде всего давно желанного Смоленска, теперь должно было стать результатом Тридцати летней войны против Польши, которая известна также как «вторая Северная война» (после Ливонской войны Ивана IV). Новый Земский собор осенью подтвердил финансовую возможность войны, то есть одобрил взимание чрезвычайного налога. Война велась в Западной России и еще в 1654 г. привела к завоеванию Смоленска и Полоцка, а в следующем году Минска и Вильны. Города Магдебургского права благоразумно отказались от него и от других свобод. Впервые после длительного времени государь Алексей Михайлович лично участвовал в военном походе. Царь вернулся в Москву только в феврале 1655 г., когда прекратилась эпидемия чумы, унесшая треть населения, сначала на месяц, а в конце года — насовсем.
Триумф был полным. Перемирие, заключенное в 1656 г. при Вильне, предусматривало даже возможность наследования царем польско-литовского престола после смерти Яна Казимира, поскольку поляки надеялись благодаря личной унии избежать территориальных уступок. Естественно, этот план, как уже было раньше в 1648 г., натолкнулся на вопрос религии, после того как царя продержали в неведении до середины 1658 г. Последующие аналогичные планы в 1668–1670 гг. и 1673–1674 гг. концентрировались на наследнике престола, от которого поляки ожидали перехода в другую веру, но также были тщетными.
Быстрая победа над Польшей активизировала вторую старую противницу Москвы, Швецию, которая хотела сохранить польские порты на Балтике. Хотя Алексей Михайлович мог бы прийти к соглашению со шведами, но летом 1656 г. он решился на войну, поскольку боялся их совместных действий с ненадежными казаками. Следуя совету псковского воеводы Л. Л. Ордин-Нащокина, царь хотел превентивным ударом воспрепятствовать шведской гегемонии в восточной части Центральной Европы, возможной после поражения Польши. В действительности в 1657 г. владение всей Ливонией казалось достижимым для Москвы. Дерпт пал, но Ревель держал русскую осаду, как Рига осаду союзников-литовцев. Поэтому Алексей решился на перемирие в конце 1658 г., тем более что казаки после смерти Хмельницкого (1657 г.) фактически временно вступили в союз со Швецией, а вскоре после этого даже снова объединились с Польшей. Поэтому военные действия против Польши снова разгорелись в 1660 г., и Москве нужно было как можно скорее прийти к мирному соглашению со Швецией, которое и было заключено в 1661 г. в Кардисе на основе Столбовского мирного договора (1617 г.): статус-кво анте означал возврат ливонских завоеваний и торговые привилегии для шведских купцов.
На Украине в это время намечалось разделение. Оно в конце концов вылилось в компромиссное решение между Москвой и снова окрепшей Польшей, которая в 1661 г. отвоевала Литву. Это и было содержанием Андрусовского перемирия (1667 г), согласно которому Польша, ослабленная теперь шляхетским восстанием, отказывалась от завоеваний 1618 г., а Москва, кроме того, получала Украину слева от Днепра (Киев на правом берегу Днепра сначала был передан на два года, затем навсегда) С Андрусова начались перемены в Восточной Европе, поскольку это перемирие стало началом конца Полыни как великой держа вы. Перемирие, условия которого были подтверждены только в 1686 г. «вечным миром» (см. главу «Иван V и регентша Софья»), принесло Москве оправдание Переяславльского акта, приобретение престижного Киева, урегулирование церковно-политических проблем (см. далее), но также и непосредственное соседство с Османской империей и, тем самым, как вскоре оказалось, возникновение турецкой опасности, что имело политическое значение для всего мира.
Андрусовского договора добился Ордин-Иащокин, который теперь стал руководителем Посольского приказа с титулом «царской большой печати и государственных великих посольских дел сберегателя». Друг царя считается «первым современным человеком» России (Штелнн), одной из личностей, впервые нарушивших анонимность источников (Платонов), которые делали политику и разрабатывали концепции, отвечая за это перед своей совестью. Западная ориентация этого «министра иностранных дел» внесла существенный вклад в так называемую европеизацию России, хотя его балтийские планы и не осуществились и смогли быть возобновлены только Петром Великим. Присоединение Украины он принял вынужденно, поскольку оно стояло на пути его планов, касавшихся прочного мира с Польшей. Преемник Ордина-Нащокина с 1671 г., А. С. Матвеев, который проявлял еще большую склонность к Западу и бал женат на шотландке (леди Гамильтон), после восстания под руководством Разина, напротив, вынужденно больше интересовался защитой южной границы. Переменив столетнюю традицию, Москва, которая в 1672 г. апеллировала к Западу, теперь не бросила Польшу в борьбе против турок.
Выдающимся был вклад Ордина-Нащокина и во внутреннюю политику. Будучи воеводой в Пскове, он смог в первой половине 60-х годов снизить социальную напряженность, еще тлевшую там со времени восстания 1650 г., а впоследствии внести в «Новоторговый устав» 1667 г. идеи укрепления купечества в противовес аристократии и чиновничеству. «Новоторговый устав» сменил торговый устав 1653 г., в котором были унифицированы таможенные тарифы. (В 1654 г. были дополнительно запрещены транзитные пошлины на гражданских и церковных угодьях.) В «Новоторговом уставе», имевшем меркантильную окраску, наконец-то были удовлетворены выражавшиеся на протяжении десятилетий и теперь снова четко высказанные желания купцов. Установленные ранее ограничения для иностранцев теперь были сведены воедино, и для русских купцов была определена подсудность по торговому праву в Архангельске. Купцам был обещан собственный приказ для защиты их интересов, однако это не было осуществлено. Таким образом, выдвинувшийся мелкопоместный дворянин Ордин-Нащокин, мог сделать только первые шаги в реализации своих как внешнеполитических, так и торгово-политических планов. Даже дружба царя, трогательно утешавшего Ордина-Нащокина после бегства его сына на Запад, не могла помешать ему, испытавшему разочарование, в 1671 г. уйти в монастырь.
Такое же большое значение для будущего имели дела и планы Ф. М Ртищева, воспитателя наследника престола Алексея Алексеевича. Он способствовал организации образования в Москве по примеру Украины, не только ввел в обиход полифоническую музыку, но и основал первую школу в Андреевом монастыре, первую больницу, а также богадельню и приют. Тем самым государство впервые взяло на себя решение социальных задач, и в этой сфере также почувствовалось влияние западного абсолютизма. К первым шагам в этом направлении относятся также развитие элементов бюрократии, расширение приказов, бюрократизация боярской думы, создание государственных монополий в экономической сфере и консультации правительства с отдельными социальными группами, например с купцами, после 1653 г. вместо созыва всего Земского собора. Этой тенденции соответствует и название «Приказ тайных дел», данное приказу, который первоначально с 1654 г. был только личной канцелярией царя, но прежде всего обрабатывал петиции населения, минуя администрацию, а с 1663 г. был уполномочен заниматься управлением царским имуществом и предприятиями (например, стекольн