Происходят беспорядки в Ферганской долине, где смешанно проживают несколько народов. В конце мая 1989 года в Ферганской области Узбекской ССР обострились отношения между узбеками и турками-месхетинцами. В июне там произошли массовые погромы и убийства турок-месхетицев, известные как «Ферганские события», вызвавшие массовую эвакуацию турок-месхетинцев из республики. В мае следующего года в узбекском городе Андижане произошел погром евреев и армян. Спустя месяц на территории Киргизской ССР разразились киргизо-узбекские столкновения («Ошская резня»). На этнической почве в Баку, столице Азербайджанской ССР, 13–20 января 1990 года произошли беспорядки, сопровождавшиеся массовым насилием в отношении армянского населения, грабежами, убийствами, поджогами и уничтожением имущества.
Решение о реабилитации депортированных Сталиным народов приводит к нарастанию напряженности в ряде регионов, в частности в Крыму — между вернувшимися крымскими татарами и русскими, в Пригородном районе Северной Осетии — между осетинами и вернувшимися ингушами.
На фоне общего кризиса росла популярность радикальных демократов во главе с Борисом Ельциным. В двух крупнейших городах — Москве и Ленинграде — она доходила до максимума. Одновременно в республиках ширились движения за выход из состава СССР и «парад суверенитетов».
7 февраля 1990 года Центральный Комитет КПСС объявил об ослаблении монополии на власть, в течение нескольких недель прошли первые конкурентные выборы. Многие места в парламентах союзных республик получили либералы и националисты.
В течение 1990–1991 годов произошел «парад суверенитетов», в ходе которого все союзные (одной из первых была РСФСР) и многие из автономных республик приняли Декларации о суверенитете, в которых оспорили приоритет общесоюзных законов над республиканскими, что начало «войну законов». Также ими были предприняты действия по контролю над местными экономиками, включая отказы выплачивать налоги в союзный и федеральный российский бюджеты. Эти конфликты перерезали многие экономические связи, что еще больше ухудшило экономическое положение в СССР.
Первой территорией СССР, объявившей независимость в январе 1990 года в ответ на бакинские события, была Нахичеванская АССР. До августовского путча объявили о независимости две союзные республики (Литва и Грузия), об отказе вступать в предполагавшийся новый союз (ССГ) и переходе к независимости еще четыре: Эстония, Латвия, Молдавия, Армения.
За исключением Казахстана, ни в одной из центральноазиатских союзных республик не было организованных движений или партий, ставивших своей целью достижение независимости. Среди мусульманских республик, за исключением азербайджанского Народного фронта, движение за независимость существовало лишь в одной из автономных республик Поволжья — партия «Иттифак» Фаузии Байрамовой в Татарстане, которая с 1989 года выступала за независимость Татарстана.
Сразу после событий ГКЧП независимость провозгласили почти все оставшиеся союзные республики, а также несколько автономных вне России, часть из которых позже стали так называемыми непризнанными государствами.
В Молдавии специфика идеологической направленности национального движения состояла в провозглашении тезиса об идентичности молдавского и румынского языков и в призывах к объединению Молдавии и Румынии. В мае 1989 года был создан Народный фронт Молдовы (НФМ), объединивший в себе ряд националистических организаций. 23 июня Верховный Совет Молдавской ССР утвердил Заключение специальной комиссии по пакту Молотова — Риббентропа, в котором создание Молдавской ССР было объявлено незаконным актом, а Бессарабия и Северная Буковина — оккупированными румынскими территориями. На основании Заключения 31 июля президиум Тираспольского городского совета провозгласил, что если Молдавская ССР была создана незаконно, то Левобережье Днестра также было незаконно в нее включено и президиум «не считает себя связанным какими-либо обязательствами перед руководством ССР Молдовы». 7 ноября Народный фронт Молдавии сорвал проведение военного парада в Кишиневе, а 10 ноября был предпринят штурм здания МВД республики, в ходе которого пострадали несколько сотрудников МВД и сторонников НФМ. 27 апреля 1990 года флаг МССР (ныне государственный флаг в непризнанном Приднестровье) над ее парламентом был заменен флагом Румынии (у Молдовы флаг той же расцветки, но с национальным гербом).
Рост молдавского национализма, провозглашение курса на выход из СССР и призывы к объединению с Румынией, введение флага наподобие румынского триколора в качестве государственного, лишение русского языка статуса государственного и перевод молдавского на латинский алфавит вызвали негативную реакцию у жителей Южной и Восточной Молдавии. 12 ноября состоялся Чрезвычайный съезд представителей гагаузского народа, на котором была провозглашена Гагаузская АССР в составе Молдавской ССР, но Президиум Верховного Совета Молдавской ССР отменил решения Чрезвычайного съезда, назвав их антиконституционными. Вслед за этим в конце 1989- начале 1990 года в Приднестровье был проведен референдум об образовании Приднестровской Молдавской Советской Социалистической Республики. 2 сентября 1990 года на II Чрезвычайном съезде депутатов всех уровней Приднестровья была провозглашена Приднестровская Молдавская ССР в составе СССР. Оба образования не были признаны руководством СССР.
6 мая 1990 года вдоль всей реки Прут, разделяющей Молдавию и Румынию, состоялась акция «Мост цветов», в ходе которой жители Румынии пересекли советско-румынскую границу без предъявления каких-либо документов. Вторая акция подобного рода произошла 16 июня 1991 года, когда жители Молдавской ССР пересекли границу в сторону Румынии.
23 июня 1990 года Верховный Совет Молдавской ССР принял декларацию о суверенитете. 19 августа состоялся I Съезд народных депутатов-гагаузов, избранных в советы различных уровней, на котором была принята Декларация о свободе и независимости гагаузского народа от Республики Молдова, провозгласив Республику Гагаузия в составе СССР. 21 августа на чрезвычайном заседании Президиума Верховного Совета Молдавской ССР решение о провозглашении республики было признано незаконным, а проведение съезда депутатов — антиконституционным. В октябре в Гагаузии были объявлены выборы в неконституционный орган, так называемый Верховный совет Гагаузии. Премьер-министр Молдавии Мирна Друк 25 октября с целью сорвать выборы направил в Комрат (так называемый «Поход на Гагаузию») автобусы с волонтерами в сопровождении милиции. В Гагаузии начинается мобилизация, однако прибытие частей Советской Армии предотвратило кровопролитие. 27 августа 1991 года Верховный Совет Молдовы принял Декларацию о независимости и признал незаконной установленную в 1940 году границу с Украиной.
Население Восточной и Южной Молдавии, стремясь избежать интеграции с Румынией, объявило о непризнании независимости Молдавии от СССР и провозгласило образование двух новых республик (ГССР с центром в Комрате; ПМССР с центром в Тирасполе), которые изъявили желание остаться в СССР. Первой об отделении от Молдовы объявила ГССР — позже, после распада СССР, поменявшая свое название на Республика Гагаузия. На следующий день, в знак солидарности с гагаузами, о выходе из состава Молдовы объявила и ПМССР, позже в ходе референдума, после распада СССР, поменявшая свое название на ПМР (Приднестровская Молдавская Республика).
Незамедлительно в сентябре 1991-го западными странами была массово признана независимость прибалтийских республик (которая ими была объявлена еще в начале 1990-го). Однако удалось реанимировать подготовку Союзного договора (Ново-Огарево — II), теперь всего лишь с созданием конфедерации.
28 августа 1991 года руководство движения «Демократическая Россия» опубликовало призыв к созданию содружества республик через мирный роспуск СССР.
1 сентября 1991 года руководители 10 республик-РСФСР, Украина, Беларусь, Казахстан, Азербайджан, Кыргызстан, Таджикистан, Армения, Туркменистан, Узбекистан — выразили готовность подписать договор.
2 октября 1991 на аэродроме Юбилейный (Байконур) прошла встреча руководителей 12 республик СССР (не присутствовали лидеры Латвии, Литвы и Эстонии).
18 октября 1991 года в Кремле был заключен Договор об экономическом сообществе, преамбула которого начиналась словами: «Независимые государства, являющиеся и бывшие субъектами Союза Советских Социалистических Республик, безотносительно к их нынешнему статусу…». Его подписали лидеры восьми республик (кроме Азербайджана, Грузии, Молдавии и Украины) и Михаил Сергеевич Горбачев как Президент СССР. Участниками договора признавались свобода выхода из сообщества, частная собственность, свобода предпринимательства и конкуренция. Договором разрешалось введение национальных валют, предполагалось разделение золотого запаса СССР, его алмазного и валютного фондов. В этот день же день было принято Постановление Верховного Совета об Акте о государственной независимости Татарстана.
28 октября 1991 г. на пост Председателя Верховного Совета РСФСР избран Р. И. Хасбулатов.
6 ноября 1991 г. указом Президента РСФСР Б. Ельцина деятельность КПСС и Коммунистической партии РСФСР на территории РСФСР была прекращена.
14 ноября 1991 г. семью республиками из двенадцати (Белоруссия, Казахстан, Киргизия, Россия, Таджикистан, Туркмения, Узбекистан) было принято решение по заключению Договора о создании Союза Суверенных Государств (ССГ) как конфедерации со столицей в Минске. Подписание было намечено на 9 декабря 1991 года.
25 ноября он был окончательно согласован, а 27ноября опубликован проект Союзного договора. Подписать его предполагалось в декабре. М. С. Горбачев продолжал с оптимизмом определять свою однозначную позицию: «Я — за новый Союз, Союз Суверенных Государств, конфедеративное демократическое государство». Абсурдность понятия «конфедеративное государство» уже не удивляла.
Осенью 1991-го, при подготовке к подписанию 9 декабря 1991-го Договора о создании ССГ как конфедеративного союза, Татарстан вновь объявил о желании самостоятельного вступления в ССГ.