В январе 1934 г. большой пожар частично уничтожил внутренние помещения. На страховку и пожертвования собор был переоборудован, куплена новая ризница, устроен нижний храм во имя Святителя Иннокентия Иркутского (открыт 10 июня 1934), сделаны новые обширные хора, просторный вход для удобства проведения крестных ходов, площадь храма увеличилась почти вдвое.
Большую роль в деятельности собора играл протопресвитер Василий Шапошников. Многие отмечали певучесть хора, которым заведовал выписанный из Харбина В. С. Лукша. При храме действовало и Общество ревнителей хорового пения, основанное 19 ноября 1939 г.
В дальнейшем был построен новый кафедральный Собор Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих радости» (Holy Virgin Cathedral), или Свято-Скорбященский храм. Период строительства (25 июня 1961 — ноябрь 1964) был омрачен рядом конфликтов, которые привели к расколу прихода на две части. Сбор на постройку нового храма начался в 1954 г., но только 29 марта 1959 г. на экстренном общем собрании было принято решение о покупке земли под строительство храма. 26 августа 1960 г. городские власти утвердили проект, составленный архитектором О. Н. Иваницким, и выдали разрешение на строительство.
Храм заложили 25 июня 1961 г., а на следующий год владыка Антоний, назначенный управляющим епархией, признал, что средства собора тратятся с нарушениями. В это время приход раскололся на две враждебные части. Этот конфликт не был последним при строительстве храма. Архиепископ Иоанн (Максимович), пришедший на смену Антонию, отменил его заключение. После многомесячных дебатов и споров в мае 1963 г. строительство было возобновлено, и в ноябре 1964 г. состоялось торжественное освящение нового собора. При этом группа прихожан решила сохранить и прежнее здание. За это выступал и архиепископ Антоний, который предлагал выплатить часть суммы для окончания строительства нового храма. При соборе действовало Общество ревнителей православной иконы, основанное архиепископом Иоанном (Шанхайским) в 1965 г. Его основной целью являлось издание журнала «Наследие», посвященного православному искусству (иконописи, зодчеству, хоровому пению и т. д.), первый номер которого вышел в декабре 1968 г.
Свято-Скорбященский храм существует до сих пор, он находится в доме № 6210 по бульвару Гири (Geary Blvd). При нем деятельно работает Свято-Кирилло-Мефодиевская церковная гимназия, а также Академия имени Святителя Иоанна Шанхайского и Сан-Францисского чудотворца (Лицей Св. Иоанна = St. John Academy).
Старый Свято-Богородицкий Скорбященский собор сейчас имеет статус культурной ценности. Прихожанами там являются в основном пожилые русские, но приходят и американцы. Некоторые предпочли перейти в новый собор, в котором придерживаются григорианского календаря, а службы ведутся на староцерковном языке.
Основателями Казанского храма-памятника по убиенной Царской семье, или Церкви в честь Казанской иконы Божией Матери, или Церковь Казанской иконы Божией Матери = Church Of Our Lady Of Kazan (Church Memorial to Russian Royal New Martyrs), которая располагается в доме № 5717 по ул. Калифорния, стали в основном выходцы из Китая, которые отошли от прихода Свято-Скорбященского храма ввиду несогласия с деятельностью архиепископа Иоанна (Максимовича). Храм построили в 1949 г. по проекту архитектора В. С. Данилова и инженера В. В. Гранитова, которые провели все работы безвозмездно и посвятили 50-летию гибели семьи Романовых. Внешний облик храма изменялся трижды. Фрески для него выполнил архимандрит Киприян. Во внутреннем интерьере больше всего икон, связанных с представителями царской фамилии. Храм находится под юрисдикцией РЗПЦ. 13 июля 1968 г. его освятил Антоний, епископ Западно-Американский и Сан-Францисский.
Церковь Святителя Тихона Задонского (Church St. Tichon Of Zadonsk) по 15-й авеню, № 598, ведет свою историю с Шанхая, где в 1935 г. была основана одноименная церковь с сиротским приютом. После окончания Второй мировой войны церковь-приют перевели на Тубабао, а в январе 1951 г. воспитанники шанхайского приюта прибыли в Сан-Франциско. Для помощи приюту в США было основано Общество Святого Тихона Задонского, зарегистрированное в апреле 1951 г. Сирот разместили в купленном в рассрочку здании на углу ул. Бальбоа и 15-й авеню, названном Домом Святого Тихона Задонского. «Трудно приходится приюту, — писала «Русская жизнь» 4 декабря 1951 г., — дом требует выплаты, дети должны продолжить образование. Из воспитанников приюта только трое работают, один мальчик работает в конторе целый день, второй утрами возит газеты и одна девочка служит в семье няней и помощницей по хозяйству. Остальным детям надо учиться и главное изучить английский язык, чтобы стать на ноги».
Воспитателем в приюте работал Ф. Э. Бредов, председатель Объединения офицеров Лейб-гвардии Финляндского полка. Настоятелем церкви Святого Тихона Задонского являлся отец Владимир Востоков. В этой церкви жил и архиепископ Иоанн (в миру М. Б. Максимович), впоследствии канонизированный. Дом и поныне является резиденцией епископа.
Нечто вроде отделения Дома Святого Тихона Задонского — для тех, кто жил по соседству, — было открыто в 1959 г. в доме № 109 по 6-й авеню, где раньше располагалась Русская балетная школа. Затем этот приход стал Церковью Восшествия Христа. Сейчас здесь живет другой владыка. Как и Дом Тихона Задонского, сиротам помогал и Дом Владимирской иконы Божьей Матери.
Церковь Святого Сергия Радонежского (Church Of St. Sergius Of Radonezh) по 12-й авеню, № 1346, основана священником Церкви Казанской иконы Божией Матери И. Кляровичем, построившим ее своими руками в 1952 г. Сначала это был просто жилой дом священника, но в 1957 г. Клярович передал его прихожанам под церковь, и 22 сентября состоялось организационное собрание. Некоторое время священником прихода был отец Н. Польский, а старостой О. А. Дронникова.
Из других больших храмов в Сан-Франциско заслуживает внимания Свято-Николаевский кафедральный собор, или Кафедральный собор во имя Святого Николая чудотворца Марликийского Всероссийской патриаршей церкви (St. Nicholas Cathedral), входящий в юрисдикцию экзарха Московской патриархии, который в марте 1935 г. послал своего епископа в Сан-Франциско. Вначале храм располагался в доме № 443 по ул. Дивизадеро, пока 24 июля 1960 г. не освятили новое здание на 15-й улице (15th Street), № 2005. После того как была утверждена Американская автокефалия, прихожане предпочли остаться в ведении Московской патриархии.
Православные приходы играли огромную роль в помощи нуждающимся русским иммигрантам, становясь инициаторами многих благотворительных дел. Большое значение в жизни русского Сан-Франциско, в частности, играл Дом милосердия Калифорнийского женского клуба, основанный в конце 1930 г. под руководством протоиерея П. Разумова, который хотел создать женский монастырь, при нем храм и женский приют. Он предназначался для женщин, пострадавших от депрессии 1929 г., а также для пожилых русских женщин, которые не могли трудиться. Разумов думал, что монастырь мог бы оказать им как духовную, так и материальную помощь. Настоятельницей будущего монастыря согласилась стать игуменья Руфина. Многие считали утопией основание обители без весомой материальной поддержки, тем не менее, Разумову и его немногим единомышленникам удалось в октябре 1930 г. провести решение об открытии «Обители во имя Покрова Пресвятой Богородицы». На углу Сакраменто и Дивизадеро-стрит был арендован большой дом. На первом этаже разместили храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы, который торжественно освятили 7 декабря 1930 г., а на втором устроили общежитие. Отец Разумов оставил службу в соборе и перешел настоятелем в обитель. В ней находили приют и те, кто приезжал в Сан-Франциско в поисках работы. Кроме того, там оказывалась бесплатная медицинская помощь, была открыта школа.
После гибели Разумова в 1931 г. его место занял протоиерей К. Лебедев, настоятель Дома милосердия. Энтузиазм победил многие трудности. 1 июля 1934 г. был куплен в рассрочку дом на Турк-стрит. Согласно уставу, к тому времени переработанному, он получили название Женского дома милосердия. В первые годы в нем было десять комнат, четыре из них предоставлялись бесплатно обитателям в возрасте от 60 до 90 лет. При этом была развита взаимопомощь, все жили как одна дружная семья. В Доме милосердия нашли приют и русские монахини, приехавшие из Китая. Правление совершенно не вмешивалось в жизнь обители. Соблюдалась свобода вероисповедания — никого не заставляли ходить на богослужения. При домашней церкви имелась большая комната, где обитательницы могли принять знакомых, устроить обед. Здесь же проходили концерты и занятия по английскому языку, которые дважды в неделю вела Е. А. Реймерс. После литургий все приглашались на бесплатную чашку чая. В основном Дом содержался за счет церкви, благотворительных мероприятий и безвозмездного труда. Плата за комнаты не покрывала всех расходов, и дамскому комитету приходилось изыскивать дополнительные средства. При этом учредители старались оказывать помощь и эмигрантам в других странах, деньги отправлялись в Германию, Францию и даже в СССР. Иногда от жителей Сан-Франциско поступали предложения для старушек посидеть за некоторую плату с детьми, но правление, как правило, отказывалось предоставлять такие услуги из-за почтенного возраста обитательниц Дома, хотя трудоспособные женщины продолжали работать на фабриках. В Доме милосердия организовывали большое количество благотворительных мероприятий, которые пользовались популярностью. За честь считалось, например, получить приглашение на «Старушечий бал». Со временем поколение основателей сменилось, их место заняли дети. С закрытием Русского дома при Русском центре значение Дома милосердия еще более усилилось. В конце сентября 1946 г. правление купило второй дом, предназначенный для престарелых мужчин и семейных пар.