В 1300 г. состоялась вторая встреча. На этот раз к вышеупомянутым лицам присоединились посланник монголов и Амори Лузиньян, сеньор Тира и брат короля. Было принято решение собрать флот. 20 июля он отплыл из Фамагусты, взяв курс на Египет. Христиане достигли дельты Нила и, предав огню небольшое поселение, направились к Александрии. Они пробыли в порту один день, а затем поплыли на север. В окрестностях Акры и Тортосы они вступили в стычки с небольшими отрядами сарацин и разгромили их. Но когда госпитальеры на двух малых судах подошли к берегу и высадились в Мараклее, намереваясь раграбить город, они, вероятно, были настолько пьяны, что в результате внезапного нападения мусульман панически бежали. Галеры христиан стояли далеко в открытом море и не могли прийти им на помощь. Только после ожесточенного боя, в результате которого госпитальеры потеряли одного рыцаря и двадцать пеших воинов, они смогли пробиться к берегу.
В том же самом году другой гонец Газана прибыл на Кипр с известием, что ильхан снова намерен вторгнуться в Сирию и что он приглашает киприотов встретить его в Киликийской Армении. Амори собрал около 300 воинов, и еще столько же воинов или больше мобилизовали для него госпитальеры и тамплиеры. Гийом де Вилларе встал во главе госпитальеров и отплыл с этим небольшим войском на остров Руад, близ Тортосы, где был гарнизон тамплиеров. Амори захватил Тортосу, но несколько дней спустя отступил на Руад, потому что его союзники так и не подошли. Монголы появились в окрестностях города лишь в феврале следующего года, но вскоре отступили, опустошив Сирию вплоть до Хомса. Амори с войском вернулся на Кипр. Гийом де Вилларе совершил два похода в Киликийскую Армению между 1300 и 1305 гг.
Военные кампании, предпринимаемые без определенной цели, не были ни духоподъемными, ни конструктивными. Следует, однако, иметь в виду, что госпитальеры проводили реорганизацию военной структуры ордена. Вполне объяснимо, что после 1291 г. они старались меньше заниматься военными вопросами. Братьям не позволили уехать на Кипр. Статья устава от 1292 г. запрещала прием в орден рыцарей в большинстве европейских стран без санкции Великого магистра и Великого командора заморских территорий, что объяснялось отсутствием вакансий: в ордене и так уже было много братьев-воинов. После 1300 г. начали действовать правила, определявшие, какое число братьев могло проживать на Кипре. По-видимому, впоследствии были приняты еще большие ограничения. Госпитальеры сократили количество своих сухопутных частей и начали уделять большее внимание войне на море. Эта перемена в орденской политике глубоко отразилась на последующей истории госпитальеров. Вне всякого сомнения, это был естественный результат их нового островного существования. Однако новый курс, вероятно, не только получил поддержку, но и был инициирован папством. Уже в конце 1291 г. папа Николай IV поспособствовал скорейшему отплытию флота госпитальеров из Западной Европы. В 1292 г. он писал Жану де Вилье, что разрешает ему использовать галеры ордена для защиты Киликийской Армении; и он также упомянул, что приказал госпитальерам отстроить флот. Развитие военно-морских сил было стремительным. Король Неаполя Карл II сообщал о 10 галерах ордена на Кипре; а в 1297 г. папа Бонифаций упоминал об использовании братьями своего флота в войне с исламом. Сторонники реформ в ордене заявляли в 1295 г., что война должна вестись в равной мере как на суше, так и на море; и в 1299 г. появился первый адмирал-госпитальер. Папство стремилось к повышению эффективности военных операций флота госпитальеров, и в 1306 г. папа ходатайствовал за братьев перед королем Кипра, который запрещал им вооружать свои корабли без королевских лицензий, приобретение которых стоило больших денег.
Необходимость перемен в военной деятельности ордена была далеко не единственной проблемой, которая занимала госпитальеров в годы после падения Акры. В Европе все чаще стали раздаваться критические голоса в их адрес, да и на Кипре они почувствовали на себе враждебное отношение короля, в то время как сам орден сотрясали внутренние противоречия.
Духовно-рыцарские ордена подвергались суровой критике с самых первых лет их существования. Значительная часть клира не одобряла их привилегированное положение в церкви. Орденских братьев также осуждали за серьезные прегрешения в мирских делах; и знаменитые писатели и поэты того времени обвиняли их в греховной и роскошной жизни, гордыне, невоздержанности, алчности, во лжи и зависти друг к другу. Эти обвинения выдвигались многими общественными институтами XIII столетия. Но среди них было одно, наиболее серьезное. Было во всеуслышание заявлено, что они преследовали только свои интересы и совершили много ошибок, и в итоге они намеренно помешали отвоеванию Святой земли. Это было широко распространенным убеждением, и в начале XIV в. марсельский трубадур Ростан Беренгье обвинил тамплиеров и госпитальеров в трусости, что позволило сарацинам захватить Акру и удержать под своей властью Иерусалим. С ним солидаризировался трубадур Филипп де Нантёй, попавший в плен к мусульманам после битвы при Газе в 1239 г.
В манускрипте аббата Ротелена, описавшего события, происходившие на Святой земле с 1229 по 1261 г., говорится следующее: «Если бы орден Иоанна и орден Храма и братья-рыцари явили достойный пример ратных дел для наших людей, величайшие наши рыцари не пребывали бы ныне в узилище и не остались бы в живых сарацины. Но они этого так и не сделали, это было большой ошибкой и было похоже на измену». Монах Сент-Олбанского монастыря Матвей Парижский обвинил оба рыцарских ордена в том, что они всячески препятствовали скорейшему завершению крестовых походов. Они якобы опасались того, что в случае окончательной победы крестоносцев отпадет необходимость в их собственном существовании. Хронист также ставил им в вину, что они зачастую шли на сговор с сарацинами в ущерб интересам христиан. Ранее в 1197 г.
германский хронист Оттон Санкт-Блазиенский обвинил орденских братьев в тайных связях с мусульманами и торговых отношениях с ними. После 1291 г. советник французского короля Гийом де Ногаре предположил, что братья утаивали большие суммы денег, которые предназначались для подготовки крестовых походов. В 1274 г. король Арагона Хайме I на Лионском соборе говорил о нежелании обоих орденов участвовать в подготовке больших крестовых походов. Магистр ордена тамплиеров заявил о том, что потребуется призвать от 250 до 300 рыцарей и 500 пеших воинов. Король задал вопрос: «Когда я слышу, как магистр говорит подобное, я не могу воздержаться, чтобы не ответить: „Магистр, если папа намерен послать 500 воинов, то сколько же вы выставите рыцарей под вашим началом?“»
Приведенные ранее факты показывали, как политика, которую проводили оба ордена в Сирии, привела к такому выдвинутому против них обвинению. Сознавая, насколько бедны и слабы франки в Леванте, госпитальеры и тамплиеры постоянно выступали против далекоидущих планов реконкисты, пытались доказать, что после того, как крестоносцы выполнят свой обет и уйдут, они просто не смогут выстоять в одиночестве. Критики в Европе не относились к тем, кто мог беспристрастно оценить сложившуюся в Латинской Сирии ситуацию, и они, как станет ясно из дальнейшего нашего повествования, значительно преувеличивали богатства госпитальеров. Но эта постоянно звучащая критика сильно влияла на общественное мнение. Авторитет орденов слабел также и потому, что они отошли от первоначальных идеалов простоты и аскетизма. К тому же немаловажным фактором было то, что старый эмоциональный призыв к крестоносной войне уступил место иным, более мирным теориям завоевания. Согласно представлениям святого Франциска и Гийома Триполийского, сила теперь должна была уступить место убеждению.
Постоянная критика духовно-рыцарских орденов выдвинула вопрос их объединения на первое место. Во время правления Людовика IX Святого появился целый ряд подобных предложений, которые были представлены на
Лионском соборе в 1274 г. От обсуждения их отказались, когда стало известно, что испанские короли не дадут своего согласия; в противном случае могла бы возникнуть угроза их национальным орденам Сантьяго, Калатрава и Алькантара. Но вопрос продолжал беспокоить теоретиков крестовых походов. Карл II Анжуйский, Петр Дюбуа и Раймонд Луллий мечтали о великом и реформированном ордене, богатом и непобедимом. Некоторые интеллектуалы полагали, что Великий магистр подобного ордена должен будет стать правителем отвоеванного Иерусалимского королевства – Bellator Rex, как его называл Раймонд Лул-лий. В августе 1291 г. папа Николай IV предписал архиепископам христианского мира рассмотреть вопрос об объединении ордена тамплиеров и ордена госпитальеров на своих провинциальных синодах, и одновременно он обратился к французскому королю Филиппу IV за советом в этом деле.
Вопрос был снова поднят папой Бонифацием VIII. А в 1305 г. Жак де Моле, магистр ордена тамплиеров, написал памятную записку о союзе орденов для папы Климента V. Он утверждал, что будет не только бесчестным деянием объединить два древних ордена, но что это приведет к изменениям в их традициях, и в итоге к раздорам в попытках выработать единую точку зрения. Вначале какое-то время будут существовать дублирующие друг друга органы управления. Непременно уменьшится объем пожертвований на нужды бедняков и на проведение церковных служб. Наряду с этим один орден не сможет предоставить в нужном объеме военную помощь, как это могут сделать два. Каждый орден по отдельности сможет собрать больше подаяний с верующих. Он признал существовавшее между орденами соперничество, но оправдал его, приведя в пример не совсем дружеские взаимоотношения францисканцев и доминиканцев. Если между орденами имеется здоровая соревновательность, то они лучше выполняют свои обязанности. Он также утверждал, правда менее убедительно, что чувство зависти никогда не сказывалось на их деятельности и их готовности к взаимной поддержке во время военных кампаний и что братья обоих орденов никогда не допускали насильственных действий в отношении друг друга. В заключение он привел несколько двусмысленных доводов в пользу предложенного плана, и, должно быть, его читатели отнеслись к ним настороженно. Если госпитальеры и тамплиеры объединятся, единый орден будет обладать таким могуществом, что в достаточной мере сможет защитить свои права. Тогда рациональная организация странноприимных домов и упорядочение процесса сбора милостыни приведет к уменьшению расходов ордена. По прошествии десяти лет после написания этой памятной записки намеченный план был выполнен, хотя и довольно необычным способом. Орден тамплиеров был распущен, Жак де Моле был сожжен на костре за преступления, вероятно им не совершенные, и земельные владения тамплиеров перешли в руки госпитальеров, а их магистру было доверено возглавить крестовый поход.