Приор назначал большинство командоров в своей провинции. Вначале он не мог передать каждому брату более одной коменды. Но в 1270 г. ему было разрешено наделять брата двумя комендами, если это приносило доход. В 1283 г. приору было запрещено передавать коменду брату, который не проживал постоянно в приорстве, исключение делали только для брата, который отправлялся в поездку по поручению приора не более чем на год. Приор имел также право проводить реорганизацию своих коменд, чем и занялся в 1229 г. приор Сен-Жиля. В 1295 г. другой приор намеревался преобразовать дома ордена в Тарасконе и Марселе в гостиницы для братьев, отправлявшихся в путешествие на Восток. Количество коменд, дарованных приором, постепенно сокращалось по мере того, как все больше братьев назначалось на пожалованые коменды и все больше бейлифов становилось во главе cam-erae. Приор должен был обеспечить своевременный сбор ежегодного налога с коменд. Генеральный капитул 1262 г. обязал каждого приора иметь реестр, в который необходимо было вносить все сведения об арендной плате, землях, виноградниках и покосных лугах, имевшихся в его приорстве. Каждый командор должен был иметь копию той части реестра, которая отражала положение дел в его владении. Кроме ежегодного налога, приор взимал вассальную пошлину и другие налоги. Состав собираемых налогов менялся от приорства к приорству.
К концу XIII в. во всем ордене утвердился порядок визитации приоров. Приор мог применить дисциплинарные наказания к командорам, только если это не были командоры пожалованных коменд. Местные капитулы могли подавать ему апелляцию. Его право судопроизводства ограничивалось решениями его собственного капитула, в то время как братья имели право непосредственного обращения к магистру. В управлении приору помогали местные конвентуальные чиновники и ежегодно собиравшийся капитул провинции. Вероятно, конвент приорства был по составу малочисленным. Так, в 1270 г. конвент Сен-Жиля состоял из командора, приора церкви, казначея и двенадцати братьев. Первое упоминание о казначее Сен-Жиля относится к 1187 г., ему подчинялись все госпитальеры «по эту сторону моря». К 1262 г. у каждого приора было финансовое управление – secrete, наподобие тех, что существовали в государствах крестоносцев. В 1270 г. был казначей в Англии, в 1309 г. – казначей приорства Франция в Париже. Первый провинциальный капитул собрался в Сен-Жиле в 1123 г. в праздник Пятидесятницы, и с тех пор они созывались каждый год. На них прибывали все командоры с отчетом о состоянии своих коменд, как обычных, так и пожалованных. Они уплачивали ежегодный налог; капитулы выдавали приорам доверенности вести дела от их имени.
Приоры использовали печати, которые впервые появились в Сен-Жиле между 1153 и 1158 гг. К 1251 г. все они имели свои печати, хотя на них не были написаны их имена. Папа Иннокентий IV поддержал подобную практику, несмотря на то что каждый раз при смене приора было сложно надписывать печать новым именем. Но, видимо, под давлением общественного мнения Генеральный капитул 1270 г. все же принял решение, что печать каждого приора должна быть надписана его именем. Целью принятого статута было также ограничить возможные злоупотребления приоров и усилить контроль над ними со стороны их конвентов. Известно, что ранее приор имел на руках свою печать, а после его смерти она переходила к брату, который передавал ее провинциалному капитулу. Теперь печать каждого приора должна была храниться в ящике или сундуке, который открывался при помощи четырех ключей. Приор должен был иметь один из этих ключей, три оставшихся хранились у конвентуальных братьев, чтобы лишить приора возможности поставить печать без согласия конвента.
Приоры обладали широкими полномочиями, что открывало путь к злоупотреблению властью. Генеральный капитул 1265 г. разбирал вопрос о вымогательстве приором с командоров боcльших сумм, чем они были способны заплатить. Но злоупотреблениям, присущим системе провинциального управления, активно противостояли магистр и Конвент на Востоке.
Магистр и Конвент на Востоке представляли собой высшую судебную инстанцию, которая принимала апелляции. Магистр осуществлял постоянный контроль за административной и хозяйственной деятельностью ордена. Он часто лично назначал приоров и вел переписку со светскими правителями. Он вмешивался в управление провинциями; иногда ему непосредственно докладывали о состоянии многих важных дел, которыми должен был заниматься исключительно приор. В непосредственной юрисдикции магистра и Конвента находились пожалованные коменды.
Однако контроль над приорствами был не только со стороны магистра и Конвента. В XIII в. все большее влияние на них стали оказывать церковные и светские власти. Папы вмешивались в распоряжения магистров. Генеральный капитул 1262 г. разбирал вопрос о возможных последствиях ситуации, когда приор мог быть отозван со своего поста и переведен на службу к церковному сановнику. Известны случаи, когда короли отправляли приоров по своим поручениям или запрещали им по вызову ордена отправляться на Восток, и даже сами назначали управляющих собственностью ордена. Генеральный капитул 1283 г., вынужденный признать эти негативные факты, принял решение, что, если приор получил вызов, но был задержан правителем, ему в любом случае необходимо выслать на Восток пошлину за проезд (passage), а магистр и Конвент могут заменить его другим приором, если в том появится необходимость.
Капитулярные коменды и приорства Европы иногда объединялись в еще более крупные администртивные единицы. Несомненно, что Управление главной коменды заморских территорий уже существовало к 1171 г. Однако, несмотря на столь громкое ее название, оно вряд ли осуществляло в полной мере свои административные функции. Тем не менее отдельные чиновники администрации были влиятельными персонами. Вероятно, Главный командор заморских территорий имел свою резиденцию в Провансе, и его властные полномочия постепенно ограничивались по мере создания других главных коменд. Полагают, что под его управлением находились только Франция, Бельгия и северные области Испании и что он имел те же обязанности, что и Главный командор Франции. Однако последний никогда не контролировал северные области Испании и Сен-Жиль. Должность Главного командора Франции в середине XIII в. уже не существовала. В 1230 и 1250 г. Ампоста была вне контроля Главного командора, но под его властью до 1231 г. находилась Кастилия, Португалия в 1261 г., Арагон и Наварра в 1293 г. Статуты 1294 г. ограничили, по-видимому, его власть над приорствами Сен-Жиль, Овернь, Франция, Англия и Ирландия. В следующем году Бонифаций де Каламандрасен получил титул Главный командор всех заморских территорий. В остальной Европе также были свои главные командоры. Их назначение зависело от решения магистра, Конвента и капитула, и они могли использовать восковую печать магистра, так же как и Главный командор заморских территорий.
Должность Главного командора Германии появилась в середине XIII в. В начале XIV в. он управлял двумя приорствами Германии и приорствами Польша, Богемия и Венгрия. Статуты, касавшиеся Германии и принятые на Генеральном капитуле 1301 г., называли командора верховным правителем этих приорств. Получение им дополнительных полномочий объяснялось проведенной реорганизацией провинций Германии. По рекомендации своего капитула он мог сместить любого командора, в случае если тот погряз в долгах или настолько плохо управлял своей комендой, что был не в состоянии выплачивать ежегодный налог. Новый командор давал обязательство восстановить хозяйство коменды, но в случае невыполнения им своих обязательств Главный командор мог взять коменду под свое управление. Ни один из подчиненных ему командоров не мог ни начать новое строительство в своей коменде, ни взять заем без разрешения. Он имел право использовать выдаваемые орденом субсидии и выставлять их на продажу за 1 тысячу марок, но при условии согласия на это Конвента. Эти субсидии требовалось возвратить ордену после смерти их получателя. Главный командор Германии, по всей видимости, имел те же властные полномочия, что и приор. Возможно, в целях более эффективного управления и вследствие бедственного положения домов ордена приорства обеих Германий, Польши, Богемии и Венгрии были объединены в одну главную коменду.
Должность Главного командора Италии впервые появилась в 1188 г. Под его управлением находились Италия, Венгрия и Австрия. Спустя несколько лет Венгрия и Австрия перешли под начало Главного командора Германии, в то время как Главный командор Италии управлял только Апеннинским полуостровом и ему подчинялись несколько небольших приорств.
Должность Главного командора Испании впервые появилась в 1170 г. Вероятно, на начальном этапе существования главной коменды ему подчинялись только Кастилия и Португалия. Несмотря на свой титул Приор всей Испании, он, по-видимому, не имел власти над Арагоном и Каталонией вплоть до XIII в. И его властные полномочия иногда принимал на себя Главный командор заморских территорий. К 1230 г., однако, появляется титул, под которым и стал известен этот администратор: Командор пяти королевств Испании. Подобно тому, как это было в Италии, приорства Испании могли на время объединяться. Главному командору Испании упорное сопротивление оказывали испанские рыцари, стремившиеся быть независимыми. В 1308 г., возможно в связи с имевшим место мятежом рыцарей Кастилии, восставших против центральной администрации, орден направил в главную коменду Испании в качестве заместителя магистра конвентуального приора Иоанна Лаодикейского.
На должность Главного командора обыкновенно назначался приор, и, как правило, временно. Главные командоры созывали общие капитулы для нескольких приорств, утверждали назначение командоров. Возможно, в их компетенции было назначение капитулярного бейлифа на место умершего. У них было право визитации земельных поместий ордена. Должность Главного командора была временной; часто ее занимал один из приоров, который имел право созывать общие капитулы нескольких провинций и представлять интересы магистра в Европе. Главные командоры обычно назначались для выполнения какой-либо особой задачи. Так, в 1299 г. конвентуальные бейлифы, вероятно, решили поручить одному из них урегулировать конфликт с мятежными кастильскими рыцарями.