Кругосветное плавание 1813–1815 годов принесло Лазареву репутацию способного и ответственного офицера. «Все отдавали полную справедливость отличным знаниям лейтенанта Лазарева по морской части, он считался одним из первых морских офицеров в нашем флоте и был действительно таков, обладая в высокой степени всеми нужными для этого качествами», — вспоминал один из участников экспедиции.
Однако впереди Лазарева ожидало новое, еще более трудное плавание. В марте 1819 года он получил назначение командовать шлюпом «Мирный», которому предстояло в ближайшем будущем отплыть к Южному полюсу.
Опыт подготовки судов к дальним плаваниям у Лазарева уже был достаточный. И потому он стал энергично готовить суда к дальнему походу. Он занимался подготовкой не только своего шлюпа, но и второго, которому тоже предстояло принять участие в плавание к берегам Антарктики. На этот шлюп командир пока не был назначен.
Лазарев принял на себя непосредственное руководство всеми подготовительными работами. Шлюпы утеплили, усилили крепление корпуса, поставили двойную обшивку и произвели замену старых парусов новыми. Лазарев также лично занялся подбором членов команд для участия в экспедиции. Число офицеров, желающих участвовать в ней, было необычайно велико.
4 июня прибыл капитан 2-го ранга Ф.Ф. Беллинсгаузен, которому было поручено как командование вторым шлюпом «Восток», так и руководство всей экспедицией.
Через месяц после его прибытия «Восток» и «Мирный» покинули Кронштадтский рейд и двинулись к южному полюсу.
Энергичные действия Лазарева по подготовке шлюпов к дальнему походу принесли свои плоды. «Мирный», построенный по проекту русских инженеров и к тому же достаточно укрепленный Лазаревым, показал свои блестящие качества. Однако «Восток», построенный британскими инженерами, несмотря на все старания Лазарева сделать его таким же выносливым, как и «Мирный», все же качественно уступал второму шлюпу. Это и явилось одной из причин того, что исследования Южного полюса пришлось прекратить и начать подготовку к возвращению в Кронштадт.
Беллинсгаузен, характеризуя своего сподвижника по экспедиции, писал морскому министру:
«Во все время плавания нашего, при беспрерывных туманах, мрачности и снеге, среди льдов, шлюп «Мирный» всегда держался в соединении, чему по сие время примеру не было, чтобы суда, плавающие столь долговременно при подобных погодах, не разлучались, и потому поставляю долгом представить вам о таковом неусыпном бдении лейтенанта Лазарева».
За участие в Антарктической экспедиции Лазарев был произведен в капитаны 2-го ранга, минуя чин капитан-лейтенанта.
В то время как Лазарев находился в полярной экспедиции, обострилась обстановка в районе Русской Америки. Все более широкий размах принимали действия английских и американских контрабандистов, не только почти открыто хозяйничавших в русских водах, но и снабжавших жителей Аляски оружием, чтобы рано или поздно столкнуть их с поселенцами Русской Америки. Ново-Архангельск прикрывал корабль «Аполлон» — единственное военное судно Российско-Американской компании, но безопасность всех территориальных вод России в этом районе он обеспечить не мог.
Поэтому было решено направить к берегам Русской Америки 36-пушечный фрегат «Крейсер» и шлюп «Ладога». Командование фрегатом возлагалось на Лазарева, а командование «Ладогой» — на его младшего брата Андрея.
Несмотря на то что оба судна были построены в самые последние годы (так фрегат «Крейсер» был построен в 1822 году), Лазарев, используя свои знания и накопленный опыт, принимал деятельные меры к улучшению оснастки судов. В частности, были введены дополнительные косые паруса (триселя), что помогло облегчить управление кораблем и повысить его маневренность.
17 августа 1822 года корабли под командованием Лазарева покинули кронштадтский рейд. Экспедиция началась в условиях жестоких штормов, вынуждавших Лазарева сделать остановку в Портсмуте. Лишь в ноябре удалось покинуть гавань и взять курс на Канарские острова, а оттуда к берегам Бразилии.
Плавание к Рио-де-Жанейро проходило в исключительно благоприятных условиях, однако после отплытия из столицы Бразилии стихия вновь разбушевалась. В море поднялся ураган, начались бури, сопровождаемые снегом. Лишь в середине мая «Крейсеру» удалось подойти к Тасмании. Затем фрегат Лазарева взял курс на Таити.
Во время пребывания моряков на Таити совершенно бескорыстную помощь в ремонте судна и заготовке продовольствия оказало им местное население. Как писал один из участников экспедиции, это дало возможность в 12 дней сделать столько, сколько своими силами моряки едва ли справились бы в месяц.
Впоследствии такое повторилось и в Калифорнии, где моряки Лазарева смогли привлечь на свою сторону индейцев. Перед уходом «Крейсера» из Калифорнии индейцы даже мечтали, что русские впоследствии вернутся, чтобы освободить их от испанцев.
На Таити «Крейсер» встретился с «Ладогой», с которой он разошелся во время штормов и теперь согласно полученному ранее предписанию каждый корабль с вверенным ему грузом поплыл своим курсом. «Ладога» — к полуострову Камчатка, «Крейсер» пошел к берегам Русской Америки.
Около года провел «Крейсер» у берегов северо-западной Америки, охраняя русские территориальные воды от контрабандистов. Одновременно велась подготовка новых морских кадров для Русско-Американской компании, которые должны были нести службу в этих местах.
Летом 1824 года «Крейсер» сменил прибывший в Ново-Архангельск шлюп под командованием капитан-лейтенанта О.Е. Коцебу.
16 октября «Крейсер» покинул Ново-Архангельск.
В своем донесении правитель Русской Америки Муравьев писал правлению Российско-Американской компании в Петербурге о капитане «Крейсера»:
«…Я долгом поставлю донести, что командир оного во время пребывания в Ново-Архангельске всегда оказывал услуги к выгодам Компании и присутствие фрегата не только нас не обременяло, но его покровительством у нас во всех работах руки были развязаны. Экипаж оного своим дружелюбным обхождением с здешними обывателями заслуживает совершенную признательность всех здесь живущих».
Лишь только «Крейсер» вышел в открытое море, как вновь разыгрался ураган. По отзывам очевидцев, ветер срывал с домов крыши и вырывал с корнем многолетние деревья. Однако корабль Лазарева не стал укрываться в гавани Сан-Франциско, а выдержал шторм в открытом море.
Через три месяца «Крейсер» пришел в Рио-де-Жанейро, где Лазарев дал команде отдохнуть. Для заболевших во время плавания матросов он нанял за городом домик с садом.
5 августа 1825 года «Крейсер» подошел к Кронштадтскому рейду. Все встречавшие, по свидетельствам современников, были поражены внешним видом корабля — трудно было поверить, что этот красивый, даже щегольский фрегат два года пробыл в труднейшем плавании.
За образцовое выполнение задания Лазарев был произведен в капитаны 1-го ранга. Но капитан «Крейсера» настоял, чтобы награды получили не только он сам и его офицеры, но и все матросы его корабля, участники труднейшего похода.
На следующий год Лазарев был назначен командиром 12-го флотского экипажа. Ему было поручено личное наблюдение за строительством в Архангельске военного корабля «Азов». Этот корабль должен был стать образцом для будущих военных судов. После окончания строительства Лазарев был назначен командиром «Азова», а после перехода отряда кораблей из Архангельска в Кронштадт его ожидало новое назначение. Лазарев переводился на Черное, а затем на Средиземное моря.
Здесь в 1827 году, командуя «Азовом», он принял участие в Наваринском сражении. В ходе него «Азов» уничтожил пять турецких судов, в том числе и фрегат главнокомандующего турецкой эскадрой.
Отмечая действия своих подчиненных, командующий русской эскадрой адмирал Гейден писал: «Неустрашимый капитан 1-го ранга Лазарев управлял движениями «Азова» с хладнокровием, искусством и мужеством примерным». Участник сражения лейтенант П.С. Нахимов, находившийся на «Азове», также писал о своем командире: «Нужно было на него смотреть во время сражения, с каким благоразумием, с каким хладнокровием он везде распоряжался. Но у меня недостает слов описать его похвальные дела, и я смело уверен, что русский флот не имел подобного капитана». За участие в Наваринском сражении Лазарев был произведен в контр-адмиралы, а его корабль «Азов» получил Корчневский кормовой флаг.
Дальнейшая служба Лазарева по-прежнему проходила на Черноморском флоте. Летом 1833 года его эскадра доставила русский корпус под командованием генерала Н.Н. Муравьева на Босфор для помощи султану Махмуду II, защищавшемуся от нашествия войск египетского паши Мухаммеда Али.
В 1832 году Лазарев стал начальником штаба Черноморского флота, а летом 1834 года — командующим Черноморским флотом и командиром портов Севастополя и Николаева. В том же году он был произведен в вице-адмиралы.
Командуя Черноморским флотом, Лазарев стал его подлинным преобразователем. Он ввел совершенно новую систему обучения моряков непосредственно в море в обстановке, максимально приближенной к боевой. Каждый матрос знал свое место в бою и должен был действовать быстро и четко. При Лазареве сложные эволюции с парусами стали выполняться в шесть раз быстрее, чем раньше.
Штаты боевых кораблей Черноморского флота были полностью укомплектованы и оснащены артиллерией более высокого качества. При Лазареве Черноморский флот получил более 40 парусных судов. Однако командующий флотом не мог не думать о будущем, а потому заказал для своего флота 6 пароходо-фрегатов и 28 пароходов. На Черном море был построен первый железный пароход и начата подготовка кадров для службы на паровых судах, среди будущих командиров были и такие впоследствии известные деятели военно-морского флота, как А.А. Попов и Г.И. Бутаков.
Однако Лазарев не ограничивался лишь техническим перевооружением Черноморского флота. Он непрестанно думал о тех, кто служит на боевых кораблях и об их семьях. В Севастополе была реорганизована Морская библиотека, построен Дом собраний и открыта школа для матросских детей.