Но неожиданно для Хабарова настали плохие времена. До 1639 года земли, на которых находилось его хозяйство, входили в ближайший уезд. В 1639 году они вошли в состав Якутского воеводства, управление которого возглавил воевода Петр Головин.
Одной из главных задач нового воеводы было заведение государевой пашни для самообеспечения нового воеводства. Прибыв в 1641 году в Якутск, Головин занялся подыскиванием мест для государевых пашен. До распашки сланий и присылки для заселения земель крестьян Головин занял у Хабарова 3000 пудов зерна и 600 пудов ржаной муки. За короткое время весь занятый хлеб был съеден, но пашни так и не были распаханы, не было создано также и новых поселений.
Тогда Головани отписал в «государево» хозяйство большую часть земель Хабарова с двором и соляной варницей и стал внедрять на них казенную пашню. Но и тогда охочих крестьян для обработки ее не нашлось, и в виде «временной меры» Головин посадил на земли Хабарова служилых людей из якутского гарнизона, приказав им обрабатывать землю.
Хабарову же пришлось заново обзаводиться хозяйством в устье Киренги. По уговору с Головиным Хабаров обязался отдавать в казну каждый десятый сноп всего урожая. Но поскольку у Головина дело с казенной пашней по-прежнему продвигалось туго, он приказал Хабарову сдавать в казну пятую часть урожая.
Хабаров пытался протестовать, но в итоге лишился всей своей пашни. Затем Головин стал требовать от Хабарова финансовой помощи. Но тот отказался ее предоставить. Обострение отношений Хабарова с Головиным привело к прямому столкновению между ними, и Хабарова посадили в тюрьму.
Из нее он сумел передать жалобу на Головина, в которой обвинил воеводу в разорении всего своего хозяйства. В тюрьме Хабаров пробыл два с половиной года и из нее подал вторичную жалобу в Сибирский приказ.
К этому времени между воеводами снова начались распри и противники Головина воспользовались жалобой Хабарова, чтобы отстранить от власти своего главного врага.
Хабаров был выпущен из тюрьмы, а два года спустя Сибирский приказ, разобрав жалобу Хабарова, признал ее правомерной и приказал новым воеводам вьщать ему из казны 500 рублей в счет возмещения убытков. Но якутская казна была пуста и Хабаров ничего не получил.
Он вернулся на Киренгу, где решил создать целую слободу вольных поселенцев. За свой счет Хабаров снабжал крестьян скотом и инвентарем.
Хабаров продолжал в основном заниматься хозяйством, непрерывно улучшая его. Так продолжалось до 1648 года, когда якутским воеводой был назначен крещеный ливонский немец Д.А. Францбеков. Его назначение резко изменило судьбу Хабарова.
Весной 1649 года Францбеков встретился с Хабаровым в Илимске, и тот предложил новому воеводе организовать экспедицию в Даурию, богатую как соболиными промыслами, так и серебряной рудой. Но Францбеков не мог организовывать подобную экспедицию за казенный счет и лишь поддержал инициативу Хабарова, однако смог предоставить ему инициативу в подготовке экспедиции. Лишь на следующий год Францбеков смог помочь Хабарову, разрешив взять деньги в долг из казны на организацию экспедиции.
Большую часть отряда Хабарова составляли люди, имевшие наибольшие долги перед казной (кабальные записи, ростовщические ссуды, долговые обязательства). Хабаров просил Францбекова, а тот в свою очередь ходатайствовал перед Сибирским приказом, чтобы экспедиции был придан государственный характер. Задачей экспедиции тогда стало бы приведение под «государеву руку» новых земель с населением, а сам Хабаров должен был обложить население данью из мехов пушных зверей, взяв для того заложников (аманатов) из наиболее знатных людей.
Для закрепления на вновь завоеванных землях должны были быть построены остроги.
Предварительно Хабаров выслал вперед разведывательные отрады во главе с Юрьевым и Оленем, с задачей проверить Олекминский путь по Тугирю и Тугирскому волоку.
По их пути и двинулся отряд Хабарова. Им встречались лишь одинокие жилища тунгусов, в которых Хабаров пополнял свой запас продовольствия. Часть русских промысловиков, действовавших в этих местах, также присоединилась к отряду Хабарова.
Перезимовав в Тугирском зимовье, Хабаров двинулся вперед и после прихода Олекминского становика вышел к истокам реки Уры (Урки). Спустя десять дней отряд Хабарова дошел до Амура. Отряд Хабарова двинулся по его течению и встретил по пути небольшие городки местных жителей, построенные из жердей, обмазанных глиной. Однако все они оказались покинутыми жителями, и Хабаров не стал останавливаться в них.
Пройдя несколько даурских городков, Хабаров понял, что догонять ушедших отсюда людей безрассудно. Его отряд по-прежнему насчитывал около 70 человек и, конечно, не мог противостоять значительному даурскому войску. Однако он все же решил закрепиться в даурской земле и сделал своим опорным пунктом Лавкаев городок — третий городок, встреченный им в Даурии.
Сюда скоро прибыли русские промышленники, начавшие сбор ясака из соболиных шкурок. Сам Хабаров с большей частью своего отряда вернулся в начале марта 1650 года в Якутск.
В его отсутствие остававшиеся в Даурии хабаровцы отразили несколько приступов отрядов местных князьков, но под их численным превосходством были вынуждены отступить.
Между тем, прибыв в Якутск, Хабаров доложил Францбекову об открытой им Даурии. Он говорил о плодородных землях, на которых можно выращивать хлеб и тем самым обеспечивать Восточную Сибирь, о лесах, наполненных пушным зверем, об Амуре, богатом рыбой.
Доклад Хабарова сыграл положительную роль в дальнейшем ходе экспедиции. Францбеков пополнил Хабаровский отряд 20 служилыми людьми и усилил его вооружение тремя пушками, а также порохом и свинцом.
Францбеков подтвердил за Хабаровым и его людьми звание «служилых людей», получивших свое жалование от казны. Он также разрешил Хабарову нанимать в его отряд новых людей. В 1650 году их уже насчитывалось около 117 человек.
В июле 1650 года отряд Хабарова выступил из Якутска в Даурию. Чтобы оказать помощь остававшимся в Лавкаевом городке товарищам, его отряд двигался налегке, оставив на Олекме пушки и боеприпасы под охраной 40 человек.
Однако он уже не застал русских в Лавкаевом городке, а нашел их недалеко от Албазина в острожке, осажденном даурами. После подхода отряда Хабарова к Албазину дауры отошли вниз по Амуру. Хабаров послал им вслед часть своего отряда, но дауры, не принимая боя, отошли еще далее по течению Амура, бросив стадо в 117 голов, которое было пригнано в Албазин.
В Албазине Хабаров провел зиму 1650/51 года. Он использовал это время для изучения края, совершая его объезд на нартах, собирая ясак и занимаясь добычей пушного зверя. Он убедился, что даурские земли богаты свинцом, серебром, железом и другими рудами.
Но главное, Хабаров убедился, что река Амур является стратегическим рубежом России на юго-востоке и ее необходимо укреплять: строить оборонительные сооружения, присылать возможно большее количество людей, чтобы они осваивали новые земли.
Францбеков, покровительствовавший Хабарову, понял, что пора сделать доклад о результатах его экспедиции в Москву.
Человек Хабарова, Дружина Васильев, сын Попов, был послан в Сибирский приказ, куда он доставил «отписку» Францбекова, а также образцы пахоты даурской земли.
После доклада Дружины Попова в Сибирском приказе в Якутске был сформирован новый отряд из 20 казаков и 107 охочих людей. Вместе с отрядом Хабарову были посланы свинец и порох.
Очередной задачей, поставленной перед Хабаровым, стало присоединение к Московскому государству «земли Богдойской», в которой правил князек Шаншакан. Его и надлежало склонить к принятию русского подданства.
Хабаров не стал дожидаться обещанных подкреплений и уже 2 июня 1651 года двинулся из Албазина вниз по течению Амура.
В наказных грамотах, полученных им из Сибирского приказа, говорилось, что сбор ясака должен осуществляться так, чтобы это не было в тягость местному населению и не восстановило его против Москвы.
Однако даурская знать не желала делиться с русскими даже небольшой частью своих доходов и стала оказывать отрядам Хабарова ожесточенное сопротивление. Особенно сильным оно было у городка, принадлежавшего князьцу Гойгодою.
Городок состоял из трех частей, был сделан из дерева, обсыпанного землей и обмазанного глиной. Въезд в городок проходил через высокие подлазы, которые также вели к двойным кольцам рвов глубиной более 200 см.
Незадолго до подхода хабаровцев к городку Гойгодой пытался переманить на свою сторону людей князьца Богда, но получил отказ.
Тогда Гойгодой решил сопротивляться русским один. После ожесточенного приступа город был взят. Множество даурцев было убито. Все лошади и скот достались русским. Хабаровцы также получили ранения от стрел даурцев. Было ранено от 45 до 70 человек.
После боя у городка к Хабарову приехали люди «богдой-ские», объявив о желании царя Шамшахана мирно жить с русскими. Хабаров дал им подарки, заверив в мирном расположении к ним Москвы.
25 августа Хабаров на стругах поплыл вниз по течению Амура и обнаружил, что большинство даурских городков пусты, поскольку дауры переселились в улусы. Это заставило Хабарова начать поиск людей Банбулая, чтобы обложить их ясаком. Такие улусы были обнаружены в районе Зеи, впадающей в Амур.
Сюда направились на стругах люди Хабарова и скоро прибыли к большому даурскому городку, которым правили князья Толча, Туронча и Омутей. Хабаровцы подошли к городку так неожиданно, что никто из дауровцев не оказал им сопротивления. Лишь Толча и Туронча стреляли из луков, запершись в юрте, не подпуская к себе казаков.
Тогда Хабаров через переводчика обратился к князьцам с предложением принять подданство России и платить ясак. Толча и Туронча согласились платить ясак и даже послали гонца вернуть князя Омутея и его 300 воинов обратно в город.
Даурцам были возвращены взятые хабаровцами пленные. Хабаров также согласился на отсрочку выплаты ясака (пушниной) до осени, когда начинается охотничий сезон.