Вместе с тем всё время деятельности Хрущёва Н.С. на посту первого секретаря ЦК КПСС стало периодом постоянного проведения реформ в управлении страной. Крайне централизованная и милитаризованная экономика сталинской эпохи породила управленческую систему, которая включала в себя разветвлённые отраслевые министерства, являвшиеся ключевым звеном командно-административной системы. После резкого сокращения числа министерств, произведенного сразу вслед за смертью Сталина, прежняя система министерского управления была почти полностью восстановлена в течение следующего, 1954 года. Проведенные по инициативе Хрущёва Н.С. преобразования в целях «дальнейшего подъёма сельского хозяйства», включая освоение целины, необходимого эффекта не дали. Его призывы догнать и перегнать Америку по производству молока и мяса превратились, по существу, в статистические приписки. В конце декабря 1956 года Пленум ЦК КПСС, обсуждавший вопросы планирования промышленности и централизованного контроля над ней, пришёл к выводу, что принятый ХХ съездом амбициозный пятилетний план развития народного хозяйства оказался нереалистичным. В начале следующего года Хрущёв Н.С. направил в Президиум ЦК КПСС записку «Об улучшении руководства промышленностью и строительством», в которой предложил радикально изменить прежний порядок управления производством: от существовавших форм руководства через отраслевые министерства и ведомства перейти «к новым формам управления по территориальному принципу». Ключевым звеном в этой системе становились Советы народного хозяйства (Совнархозы) экономических административных районов. Внесённые предложения были утверждены в форме закона, принятого Верховным Советом СССР 10 мая 1957 года. В соответствии с этим законом в Российской Федерации сформировали 70 совнархозов, границы которых совпали с очертаниями автономных республик, краёв и областей. На Украине создали 11 таких территориальных экономических образований, в Казахстане — 9, в Узбекистане — 4 и по одному — во всех остальных союзных республиках. По своему статусу Совнархоз представлял собой коллегиальный орган управления, руководивший комплексным развитием промышленности данного региона. Ему подчинялись производственные и строительные предприятия, хозяйственные учреждения, транспортные, финансовые и другие органы, находившиеся на этой территории. Централизованное управление было сохранено только для наиболее наукоёмких и важных отраслей военной промышленности [83].
Все «продавливавшиеся» Хрущёвым Н.С. кардинальные преобразования во всех сферах деятельности вызывали у его ближайших соратников недовольство, которое особенно начало проявляться с февраля 1957 года, когда торопливо и непродуманно стала проводиться реорганизация промышленности. Ситуация ещё больше обострилась после выступления Хрущёва Н.С. перед деятелями литературы и искусства, содержавшего прямые указания на наличие противоречий в Президиуме и его личных конфликтов с Молотовым. К концу мая текущего года начались конструктивные переговоры между Кагановичем Л.М., Маленковым Г.М., Молотовым В.М., Булганиным Н.А. и Первухиным М.Г., к которым вскоре присоединился Ворошилов К.Е., о том, чтобы избавиться от Хрущёва. Несмотря на то, что единства во взглядах на будущие формы управления в высшем партийном органе у переговорщиков не было, все безоговорочно сходились на мнении, что пост первого секретаря ЦК следовало ликвидировать, а оставшегося таким образом без руководящего кресла Хрущёва Н.С. назначить министром сельского хозяйства. Также единодушно все поддерживали предложение о снятии Серова И.А. с должности председателя КГБ и о назначении на это место Булганина Н.А. или Патоличева Н.С. Из других кадровых перемещений намечалось Суслова М.А. назначить министром культуры, а Круглова С.Н. возвратить на руководство Министерством внутренних дел. Вот эта последняя наметка, сделанная в одной из бумаг «заговорщиков», явилась роковой для Сергея Никифоровича. И хотя к замыслам членов Президиума ЦК заместитель министра строительства электростанций не имел никакого отношения, после разгрома «антипартийной группы» пришлось за неудачу «партийно‑государственного переворота» расплачиваться и ему. Сложнее дело обстояло с Жуковым Г.К., который предлагал пост первого секретаря ЦК просто заменить на должность секретаря по общим вопросам. Маленков Г.М. беседовал с ним, пытаясь склонить маршала на свою сторону, чтобы заручиться поддержкой армии [83].
Внеплановое заседание Президиума ЦК по свержению Хрущёва, на котором присутствовали восемь (из одиннадцати) членов и три (из шести) кандидата в члены высшего партийного органа, состоялось 18 июня 1957 года. Заседание вёл председатель Совмина Булганин Н.А. Вначале инициатива целиком была в руках «заговорщиков». В своём выступлении Маленков Г.М. подверг резкой критике деятельность Хрущёва. У противников первого секретаря ЦК имелось достаточно оснований и прав, чтобы немедленно отрешить его от власти. Однако со стороны присутствовавших поступило предложение собраться на следующий день в полном составе, чтобы совместно обсудить этот важный вопрос. Председательствующий Булганин Н.А., связанный достаточно близкими личными отношениями с Хрущёвым Н.С., вёл заседание нерешительно, колебался и потому согласился перенести рассмотрение вопроса на утро следующего дня.
На утреннем заседании полного состава членов, кандидатов в члены Президиума и секретарей ЦК, продолжившемся под председательством Булганина Н.А., Маленков Г.М. вновь обвинил Хрущёва в том, что он разъединяет членов Президиума, что формируется культ его личности, что он «сбивается на зиновьевское отождествление диктатуры пролетариата с диктатурой партии», неправильно понимает взаимоотношения между партией и государством. Резкой критике подверг хрущёвский лозунг в ближайшие годы «догнать и перегнать Америку по производству мяса и молока на душу населения». Прозвучавшее выступление поддержали Каганович Л.М., Молотов В.М., Сабуров М.З., Ворошилов К.Е., Булганин Н.А., Шепилов Д.Т. и Первухин М.Г. Однако вслед за этим в защиту Хрущёва высказались Кириченко А.И., Микоян А.И., Суслов М.А., Жуков Г.К., Шверник Н.М., Фурцева Е.А., Козлов Ф.Р., Мухитдинов Н.А., Брежнев Л.И., Аристов А.Б., Беляев Н.И. и Поспелов П.Н. В тот критический момент, когда мнения сторон разделились, в зале, где проходил Президиум ЦК, неожиданно появилась группа членов ЦК, возглавляемая военными. Прибывшие потребовали, чтобы их допустили на заседание. В результате было принято решение о проведении Пленума ЦК. Основанием для этого явились инспирированные аппаратом ЦК семь типовых заявлений от групп членов Центрального Комитета партии, существо которых состояло в следующем: «Нам, членам ЦК КПСС, стало известно, что Президиум ЦК непрерывно заседает. Нам также известно, что вами обсуждается вопрос о руководстве Центральным Комитетом и руководстве Секретариатом. Нельзя скрывать от членов пленума такие важные для всей нашей партии вопросы. В связи с этим мы, члены ЦК КПСС, просим срочно созвать Пленум ЦК и вынести этот вопрос на обсуждение пленума. Мы, члены ЦК, не можем стоять в стороне от вопросов руководства нашей партией» [83].
Министр обороны маршал Жуков Г.К., выступив на стороне Хрущёва Н.С., привлёк военную авиацию для того, чтобы срочно привезти в Москву членов ЦК для участия в работе пленума. Теперь численное преимущество прочно оказалось в руках «команды Хрущёва». 22 июня 1957 года, в субботу, экстренно созванный Пленум ЦК был открыт, но по предложению Хрущёва Н.С. в его регламенте после первого дня заседания было решено сделать перерыв до понедельника. Для заговорщиков стало ясно, что их дело проиграно, поскольку после озвученной сегодня части информации аппарат ЦК получал время для того, чтобы обработать и склонить на свою сторону участников пленума. Всё-таки в этот день пленум начался с выступления Суслова М.А., проинформировавшего участников заседания о спорах в Президиуме. Затем выступил Хрущёв Н.С., дальновидно польстивший собравшейся партийной элите, что члены Президиума ЦК являлись лишь «слугами пленума». Главным событием заседания стало выступление маршала Жукова Г.К., которое оказалось в полном смысле политическим и содержало анализ сложившейся в партии и государстве ситуации, истоков её происхождения и перспектив развития. Изложив свою версию событий на Президиуме, выступавший обратил внимание на то, что если бы Хрущёв был отстранён от власти, то кто бы пришёл вместо него? В этом случае власть в стране и партии взяли бы давние сторонники Сталина. Чтобы их охарактеризовать, Жуков Г.К. огласил архивные сведения о личной причастности Маленкова, Кагановича, Молотова, Ворошилова к репрессиям периода 30-х — начала 50-х годов. Были приведены данные о числе осуждённых к высшей мере наказания на основании санкций Сталина и его соратников. Внимание участников пленума обращалось на то, что тогда расстреливали «их братию» — членов и кандидатов в члены ЦК, наркомов и их заместителей, высший командный состав. Отсюда вытекало, что возвращение к власти группировки сталинских соратников (в числе которых, кстати, был и Хрущёв. — Ю.Б.) создавало просто физическую опасность для теперешних членов ЦК, восстанавливало атмосферу беззащитности номенклатуры перед произволом и репрессиями. Главным объектом обвинений в выступлении Жукова Г.К. стала деятельность Маленкова, причём на последнего была возложена персональная ответственность за проводившиеся репрессии. Эти данные подтвердил и министр внутренних дел Дудоров Н.П., сообщивший о том, что в сейфе бывшего главы правительства были обнаружены агентурные наблюдения за руководителями Советской армии, его рукописи о создании тюрьмы для партийного руководства и другие крамольные материалы. Получивший слово для выступления Маленков Г.М. постарался полностью уйти от темы репрессий, бросив лишь в адрес первого секретаря: «Ты у нас чист совершенно, товарищ Хрущёв». Далее в изложенных выступавшим прежних обвинениях подчеркивалось, что они выражают мнение большинства членов Президиума. Правда, теперь основная задача трактовалась несколько по-иному: «не снять Хрущёва, а ликвидировать пост Первого секретаря». Такая инициатива не могла быть поддержана представителями с мест, поскольку они прекрасно представляли себе, что система управления, принятая в Москве, будет распространена на все республики, края, области и районы, и тогда первые лица лишатся своих привилегированных должностей. Таким образом, Маленков и его сподвижники становились лично опасными для большинства членов пленума.