Кроме этого, войскам НКВД приходилось заниматься ликвидацией бандитских групп, которых набралось достаточно много в тылах всех Украинских фронтов. После того, как советские войска освободили от немецко-фашистских захватчиков Ровенскую, Волынскую и Тарнопольскую области, значительно активизировались банды, состоявшие из украинских националистов. Основными бандформированиями на территории этих областей явились вооружённые отряды так называемой «Украинской Повстанческой Армии» (УПА), созданные Организацией украинских националистов (ОУН) ещё в конце 1941 года, после ареста немцами одного из руководителей ОУН Степана Бандеры. Руководство ОУН поставило перед своей «армией» задачу борьбы за «самостийную соборную украинскую державу». В период фашистской оккупации оуновцы боролись с немцами, а после прихода Красной армии стали нападать на её обозы и отдельные группы военнослужащих, совершать террористические акты против советско-партийных работников и противодействовать мероприятиям, проводимым органами Советской власти. Участники вооружённых отрядов преследовали и местных жителей, если те отказывались выделять им продукты, одежду и людское пополнение.
29 февраля 1944 года оуновские бандгруппы «Олег» и «Черноморец» напали на следовавшие по дороге две автомашины. В результате произведенного обстрела перебили всю охрану и смертельно ранили командующего 1‑м Украинским фронтом генерала Ватутина Н.Ф. Затем захватили штабные документы, оперативные карты и скрылись [76].
В связи с таким инцидентом нарком Берия Л.П. в начале марта 1944 года, сразу же после завершения операции по выселению чеченцев и ингушей, срочно направил в тыл 1‑го Украинского фронта, командовать которым назначили Жукова Г.К., своих заместителей Круглова С.Н. и Серова И.А. с группой работников НКВД-НКГБ. Перед ними была поставлена задача организовать на месте «необходимые чекистско-оперативные мероприятия» для ликвидации бандгрупп. В дополнение к имевшимся в Ровенской и Волынской областях четырём бригадам внутренних войск НКВД (10000 человек) и четырём полкам по охране тыла (4000 человек) были направлены две дивизии, четыре бригады, один кавалерийский полк и один танковый батальон войск НКВД, общей численностью 28000 человек. Выделенные части имели обеспечение необходимым вооружением, боеприпасами, автотранспортом и средствами проволочной и радиосвязи. Для укрепления личного состава органов НКВД-НКГБ из тыловых областей и из органов «Смерш» сюда направили оперативных работников, ранее работавших в районах западных областей Украины.
В результате произведенного сбора разведданных удалось установить, что возглавлял «Украинскую Повстанческую Армию» командующий под кличкой Клим Савур. Армия состояла из четырёх групп: Северная в составе шести батальонов охватывала северные районы Ровенской и Волынской областей; приблизительно такой же численности Южная группа действовала в южных районах Ровенской и северных районах Тарнопольской областей; чуть меньшая по составу Восточная группа промышляла в восточных районах Ровенской области и западных районах Житомирской области; не известная по составу Западная группа терроризировала население в западной и южной областях Волынской области. Входившие в состав групп батальоны («курени») насчитывали до 300–400 человек каждый и имели на вооружении русские, немецкие и польские винтовки, ручные и станковые пулемёты, а также миномёты. Помимо этого во многих населённых пунктах существовали ещё подпольные оуновские организации.
По распоряжению руководителей операции Круглова С.Н. и Серова И.А. для ликвидации выявленных банд в городах Луцк, Ровно, Сарны, Гоща, Костополь, Острог и Домбровица было создано семь оперативно-войсковых групп, которые возглавили опытные оперативные работники НКВД. Эти подразделения немедленно приступили к работе по выявлению и аресту участников подполья и ликвидации бандгрупп. В первые же дни было убито 157 и захвачено живыми 202 бандита. Поскольку выяснилось, что в упомянутых областях имелось порядка 60 тысяч человек призывного возраста, которые втягивались в банды в качестве пополнения, работники НКВД стали оказывать активную помощь военкоматам в проведении призыва в армию данного контингента. Однако оуновцы попытались активно мешать этому процессу, что вынудило работников НКВД провести соответствующие мероприятия по подавлению подобного противодействия. В целях обеспечения безопасности работы в тылу были приняты меры по охране фронтовых дорог, железнодорожных сооружений, средств связи и мест нахождения районных органов власти.
Нарком Берия Л.П. отдал распоряжение дела на арестованных активных участников ОУН и вооружённых бандгрупп направлять в военные трибуналы, а решения трибуналов в отношении приговорённых к расстрелу объявлять местному населению. При этом семьи оуновцев, находившихся на нелегальном положении или участвовавших в бандах, а также осуждённых за активную антисоветскую деятельность, приказал брать на учёт для выселения их в восточные районы СССР. Кроме того, чтобы подорвать базу снабжения и пополнения бандформирований, распорядился наметить к выселению жителей тех населённых пунктов, из которых большая часть мужчин находилась в бандах или жители которых оказывали помощь бандитам и укрывали их [76].
После уяснения обстановки и проведения перегруппировки войск с 7 марта 1944 года начались боевые действия по ликвидации бандформирований. Так, 31 марта 1944 года по связи «ВЧ» от руководителей операции Круглова С.Н. и Серова И.А. в Москву поступило следующее сообщение о проведении боевых действий:
«В течение 27–30 марта сего года в Ровенской и Волынской областях проведено 9 чекистско-войсковых операций по окружению и ликвидации оуновских банд. В результате боевых столкновений убито 614 и захвачено во время боя 62 бандита. Захвачено оружия: пулемётов — 30, миномётов — 1, автоматов — 19, винтовок — 79. Кроме того, много оружия бандитами брошено в реку Горынь.
27 марта в районе села Липки Степановского района Ровенской области отряд бойцов 16‑й бригады внутренних войск НКВД окружил и завязал бой с бандой, численностью до 500 человек. Бандиты засели в домах и длительное время сопротивлялись. В результате шестичасового боя банда полностью ликвидирована. Подсчитано до 400 трупов бандитов. Около 30 бандитов, пытавшихся переправиться через реку, были убиты и утонули. Захвачено 9 бандитов. Среди трупов опознан главарь банды «Гамаля».
Наши потери: убито 18 бойцов и 4 офицера и ранено 10 бойцов.
29 марта подразделениями 19‑й бригады внутренних войск НКВД проведена операция по уничтожению банды оуновцев в селе Баскино Гощанского района Ровенской области. Бой продолжался 3 часа. После того, как сопротивление было подавлено, бандиты пытались переправиться через реку Горынь на лодках и вплавь. Однако действовавшая на противоположном берегу вспомогательная рота наших войск открыла огонь по переправлявшимся бандитам. Убито — 106 человек, утонуло в реке — 10, захвачено 18 человек. Среди убитых главарь банды «Богун».
Наши потери: убито — 13, ранено — 7 бойцов.
В течение 27–30 марта арестовано 46 активных оуновцев» [76].
На основании таких сообщений регулярно составлялись Докладные записки, которые за подписью наркома внутренних дел Союза ССР Берия Л.П. направлялись в Государственный Комитет Обороны на имя Сталина И.В., Молотова В.М. и Маленкова Г.М., а также в Генеральный штаб Красной армии на имя первого заместителя начальника Генштаба генерала армии Антонова А.И.
Бои в тылу 1‑го Украинского фронта развернулись нешуточные. За месяц оперативно-войсковые группы НКВД провели 109 операций по ликвидации банд. Удалось полностью уничтожить крупные отряды Богуна, Черноморца, Лебедя, Олега и Гамаля, каждый из которых насчитывал по 200–300 человек. При проведении операций было убито 2594 бандита, ранено 760, захвачено 3256 человек. Боевые трофеи составили 2 пушки, 17 миномётов, 7 станковых и 86 ручных пулемётов, 114 автоматов, 762 винтовки, большое количество патронов, гранат, мин и снарядов. Из захваченных у бандитов 123 складов имевшиеся там продовольствие, фураж и обмундирование передали на довольствие воинских частей. При раскрытии подпольных организаций были арестованы 926 оуновцев, находившихся на нелегальном положении.
Проведенные активные действия существенно изменили общую обстановку в регионе и настроение местного населения. Участились случаи явки с повинной рядовых оуновцев. Жители окрестных деревень положительно высказывались в отношении проводившихся операций по ликвидации бандитов. Через призывные пункты было пропущено и отправлено на формирование войсковых частей свыше 127 тысяч лиц призывного возраста [76].
В связи с тем, что в начале апреля 1944 года Красная армия вышла на отдельных участках на государственную границу СССР, возникла необходимость вновь обозначить соответствующим образом западные рубежи нашей Родины. Государственный Комитет Обороны принял постановление, которым обязал НКВД восстанавливать охрану госграницы на освобождавшихся от войск противника территориях. Для этого использовались кадровые пограничные части, выполнявшие в данное время охрану тыла Действующей Красной армии. На смену им формировались новые 35 полков войск НКВД общей численностью 57 тысяч человек.
В апреле 1944 года операции по ликвидации оуновских банд в Ровенской, Волынской и Тарнопольской областях шли полным ходом. Однако нарком Берия Л.П. отозвал оттуда своего заместителя Серова И.А. и направил его в Крым «для проведения мероприятий по очистке территории Крымской АССР от антисоветских элементов». Теперь действиями оперативно-войсковых групп НКВД Круглов С.Н. руководил единолично. На основании сообщений, отправлявшихся им в Москву, нарком Берия Л.П. продолжал подписывать докладные записки в ГКО и Генштаб о ходе боевых действий за каждую пятидневку. В них по-прежнему подробно сообщалось о том, сколько произошло боестолкновений, каковы потери с той и другой стороны, какие захвачены трофеи. В связи с тем, что силы местных оуновцев начали иссякать, немцы с оккупированной ими территории забросили через линию фронта несколько свежих оуновских групп.