Ввозимые и вывозимые без соответствующих документов животные конфискуются или задерживаются, а их владельцы штрафуются или подвергаются иным мерам административного или уголовного наказания.
Основной частью Конвенции являются Приложения со списками животных и растений, перемещение которых через границы стран допускается только по особым разрешениям соответствующих органов.
Контроль за выполнением Конвенции странами-участницами осуществляется национальным административным органом СИТЕС. В России этим органом является Госкомитет по охране окружающей среды РФ (Госкомэкология). Научную экспертизу каждой заявки на выдачу разрешения на экспорт и импорт проводит научный орган СИТЕС. В России этим органом является Всероссийский научно-исследовательский институт охраны природы, где существует экспертная комиссия из квалифицированных специалистов. Без научной рекомендации этой комиссии административным органом заявка не рассматривается.
В условиях, когда размах зооторговли в мире достигает гигантских размеров, роль Конвенции в охране животного мира, несмотря на все строгости и оформление документов, трудно переоценить. Только нелегально в мире ежегодно продается до 5 000 000 птиц, около 30 000 обезьян, 10 000 000 шкур крупных рептилий, миллионы редких кактусов и иных суккулентов, орхидей. Объем торговли только животными достигает 5 млрд долларов США в год. В этих условиях выполнение правил и требований СИТЕС является одной из немногих действенных мер по охране животных и растений в мире.