Гайдамакам Петлюры уже через четыре дня после захвата Киева стали приписывать самочинные расстрелы коммунистов и евреев в парковой роще Владимирской горки, что возвышалась над Подолом. Дело в том, что гайдамаки в Киеве разместились в кельях Михайловского монастыря, который выходил своим задним двором на Владимирскую горку. В кустах Владимирской горки в начале марта 1918-го стали находить трупы расстрелянных, преимущественно евреев. Так, 6 марта там были обнаружены сразу три трупа евреев, всего же в первые девять дней по городу было найдено 22 трупа евреев, в том числе и труп члена Центральной Рады бундовца Сухоровича-Линтама.
Была создана специальная комиссия киевской городской Думы по расследованию самочинных расстрелов. Она регистрировала трупы, однако так и не объяснила причины тайных расстрелов и не могла определить их исполнителей. Никто так и не доказал, что трупы на Владимирской горке — дело рук именно гайдамаков и что именно Петлюра отдавал приказы на расстрелы. Но киевская Дума была давно настроена против Петлюры, еще с инцидента с расстрелом Пятакова. Дума, а также ряд прогерманских, проэсеровских газет развернули компанию в прессе против гайдамаков. Она была настолько резкая, что представители гайдамаков обратились в Центральную Раду с требованием прекратить постоянную газетную травлю гайдамаков.
В Киеве немцы и правительство Голубовича опасались выступления бывших офицеров, которых в городе сохранилось еще около шести тысяч, считая, что такое выступление будет направлено против немецкого присутствия на Украине и против Рады. Для страховки от всяких неожиданностей было решено отстранить Петлюру от командования гайдамаками, а генерала Присовского от командования Запорожской дивизией — «по причине недоверия», провести разоружение Киева, в четыре дня зарегистрировать всех живущих в городе офицеров (под угрозой высылки с Украины) и выдворить подданных стран Антанты из Украины как «шпионов».
С отставкой Петлюры от командования гайдамаками многое до сих пор неясно. Некоторые источники говорят о его отстранении, некоторые о самоустранении — самостоятельном уходе в отставку по причине его нежелания «играть нынешнюю комбинацию».
Так или иначе, с 12 марта Петлюра уже не командовал гайдамаками и превратился в частное лицо. С этого времени и до середины апреля Петлюра «звучит» только как публицист, автор заметок, рецензий, обзоров в журналах и газетах. Определенный отклик среди украинских политиков имела лишь его специальная статья «Потребности украинской военной литературы». Многим тогда казалось, что Петлюра уже сыграл свою роль в «украинской драме».
Гайдамаки-петлюровцы были сведены в 3-й Гайдамацкий пеший полк, переведены под командование бывшего царского полковника Сикевича и выведены подальше от Киева — на большевистский фронт.
Второй период пребывания Центральной Рады и правительства УНР в Киеве, пожалуй, один из самых загадочных и запутанных эпох в украинской истории XX столетия. Центральная Рада продолжила издавать демократические и даже социалистические законы, надеялась укрепить свою власть в среде трудящихся, в то же время поддерживая режим с помощью австро-германской армии. Несмотря на германские штыки и свою «революционность», Рада с каждым днем теряла популярность и, главное, возможность активно влиять на происходящие в стране события. Практически уже к 20 апреля 1918 года власть в стране перетекла к иноземным военным комендантам, а Центральная Рада, неожиданно для себя, оказалась в роли демократической ширмы для жестокого режима оккупации.
Хотя внешне все выглядело иначе... Украинские войска вместе с австро-германской армией (34 дивизии количеством 350 тысяч штыков и сабель) громили большевиков на всех «фронтах», быстро продвигаясь по линиям железных дорог. В авангарде австро-германских войск на «полтавском направлении» шла Запорожская дивизия УНР (около 8 тыс. штыков). Советское правительство в панике бежало из Киева в Полтаву, но уже 10 марта двинулось еще дальше на юг — в Екатеринослав.
Несмотря на горячие призывы большевиков добровольно записываться в советские части по защите революционного отечества, жители Украины практически полностью проигнорировали этот грозный приказ. На Украине собрано было всего около семи тысяч «защитников Октября», в основном из красногвардейцев-рабочих, из партийных дружин левых русских эсеров, большевиков, анархистов, из отрядов интернационалистов: венгров и китайцев.
Мобилизация на Советской Украине трех возрастов провалилась, так и не дав никаких результатов. К цифре в 7 тысяч штыков добровольцев-красногвардейцев можно было прибавить только 5 тысяч из армии Муравьева, которая с февраля 1918-го действовала в Приднестровье, пытаясь не допустить войска Румынии в Причерноморье.
Ничтожные советские силы (11 — 12 тысяч человек) не представляли никакой реальной преграды для наступления австро-немецких войск. Командующий войсками Советской Украины Антонов-Овсеенко и новый глава советского правительства Николай Скрипник думали «притянуть» на Украину советские войска из России, но смогли добиться отправки в помощь Украине лишь отрядов Сиверса и Саблина, что составило еще около трех с половиной тысяч бойцов. Однако и эти, уже побывавшие в серьезных боях отряды всячески стремились не вступать в бои с немцами и австрийцами.
Трудности в изгнании большевиков заключались, прежде всего, в преодолении больших пространств, а не в вооруженном сопротивлении «красных» частей, разделенных на пять мелких и небоеспособных революционных армий. Отдельные частные столкновения происходили только на железнодорожных магистралях или вблизи них. Практически продолжалась «эшелонная война», только на этот раз страдали от нее уже «красные».
К 12 марта немцы заняли Жмеринку, Черкассы, Золотоношу, Чернигов, грозя окружением армии Муравьева, что находилась у Одессы. В планы немцев входило отрезать «красных» на Украине от России и, сбив к центру Украины, уничтожить. Муравьев, бросив войско на произвол судьбы, бежал в Москву, а командование 1, 2 и 3-й «армиями» «красных» принял на себя Егоров. Эти «армии» обороняли подступы к новой «столице» Советской Украины — Екатеринославу.
Бои для войск республиканцев — Запорожской дивизии — начались со столкновений с большевиками за станции Яготин, Гребинка, Лубны 8—16 марта, но теперь уже без участия Симона Петлюры и его гайдамаков. Гайдамаков (без Петлюры) присоединили к украинским войскам только в конце марта, когда фронт подошел к Харькову.
27 марта немецкая центральная колонна вместе с Запорожской дивизией ворвалась в Полтаву. Петлюра тогда переживал, что он не может участвовать в освобождении родного города и что он не в «военном деле». От Полтавы одна часть немецко-украинской колонны двинулась на Харьков и станцию Лозовая.
В это же время австрийские войска (25 и 27-й корпуса) захватывают Винницу, Одессу, Тирасполь, Николаев, Херсон и выдвигаются в тыл Екатеринославщины.
Северная колонна немцев (27-й корпус) в это время двигалась на Бахмач, Ворожбу. Южная колонна немцев (22-й корпус) рвалась к Знаменке—Екатеринославу (последний был захвачен 2 апреля). Для борьбы на востоке Украины и в Донбассе выдвигался 1-й резервный германский корпус, а на Крым наступала отдельная группа из 5 германских дивизий. 6 апреля немецкие и украинские войска выгоняют «красных» из Харькова, после чего немцы двинулись на границу с Россией, на Купянск и Белгород. 8 апреля они выходят к западным границам России. Украинская группа войск Петрива—Сикевича, куда влились гайдамаки, захватив 8 апреля Лозовую, двинулись в Донбасс. Уже 21 апреля правительство Советской Украины выехало из Таганрога в Москву, решив прекратить борьбу, а ЦИК Советской Украины самораспустился.
К середине апреля 1918 года Запорожская дивизия состояла уже из 20 тысяч штыков и сабель, у нее на вооружении было 5 бронепоездов, 12 броневиков, 64 пушки, 4 самолета. Примерно к 29 апреля вся территория Украины была освобождена от большевистских войск. Только в Восточном Донбассе еще 2—3 дня войска Советов оказывали вялое сопротивление.
В середине апреля 1918 года Центральная Рада и Совет министров УНР хотя и считали себя высшей властью на Украине, но практически уже не контролировали внутреннее положение в стране. Провинциальная администрация была разогнана большевиками, а та, которая еще оставалась верной УНР, утратила всякую связь с Киевом и оказалась полностью под влиянием австро-немецкого военного командования.
В то же время был утвержден полностью социалистический закон о денежных реквизициях у богатых и торговых классов в городах Украины. Еще два месяца назад, критикуя большевиков за реквизиции, деятели Центральной Рады не ведали того, что сами прибегнут к такой чрезвычайной мере. Наибольшую реквизицию наложили на Харьков — 50 миллионов рублей и Одессу — 40 миллионов рублей. Киев должен был собрать 35 миллионов рублей, Екатеринослав — 20 миллионов.
Уже с 5 марта в Совет министров УНР и в Центральную Раду начинают поступать жалобы на действия австрийских и немецких военных на Украине. Хотя военный договор с Австрией не был одобрен ни Центральной Радой, ни Советом министров УНР, министры-эсеры оправдывались тем, что австро-венгерские войска не были приглашены в Украину, а Австрии лишь предлагалось направить в Украину части из украинцев — галичан. Но вместе с галичанами — легионом Украинских сечевых стрельцов — в Украину вступили австрийские, польские и венгерские части австрийской армии, что «отличились» насилием над крестьянами, самосудами, реквизициями. Командование иностранных армий требовало восстановления частной собственности на землю и поддерживало помещиков в их желании вернуть себе поместья на Украине. Хлеборобская партия Полтавщины, Союз земельных собственников и буржуазные круги также настаивали на изменении закона Центральной Рады о социализации земли.
В то же время министр Жуковский заявил, что присутствие войск Германии на Левобережной Украине просто необходимо в ходе борьбы с большевиками. А Голубович еще убеждал в том, что «приход немцев — это просто бескорыстная помощь дружеской державы». Поэтому, несмотря на многочисленные протесты, 17 марта 1918 года Малая Рада ратифицировала мирный договор с немецким блоком, не ведая того, что сама подписала себе смертный приговор.