Конечно, уже хозяйственно-собственнический напор иосифлян и завоевание ими командных высот в церковной иерархии наложили отпечаток на духовную жизнь. Однако в ХѴІ веке до полной и откровенной сдачи позиций дело не доходило. Тот же Стоглавый собор 1551 года, проходивший под контролем иосифлян, подтвердил представление о московской церкви как наиболее полно сохранившей предание веры Христовой. Опричнина же знаменовала серьёзный подрыв иосифлянских позиций. На Земском соборе 1566 года большинство настоятелей крупных монастырей уже отсутствовало, а численность духовенства составила всего около 8 процентов присутствовавших. И далее Иван Грозный постоянно держал церковь под давлением, не разрешая земельные вклады в монастыри, лишая их права покупать и брать в заклад недвижимое имущество. Ранее находившиеся в закладе земли конфисковались.
Церковной верхушке царь указывал на жалобы населения о том, что иерархи присвоили себе треть страны, развернули бурную торговлю, с людей любого звания берут «мыт» за проезд по монастырским землям и т. д. Интересно и другое: критика иосифлян шла и по линии веротерпимости к другим конфессиям, против чего настойчиво выступали последователи Иосифа Волоцкого. Пример здесь подавал непосредственно Иван Грозный. Как сообщают источники того времени, его нисколько не смущало присутствие в православной церкви приверженцев ислама. Выражавший недовольство подобной практикой митрополит Филипп был выгнан царём из храма. В другой раз на него наложили денежный штраф за какую-то обиду немецкому пастору, приехавшему в Москву и получившему разрешение посещать разные города.
Таким образом, опричнина задала тренд, определявший политическое лицо Московии вплоть до 1605 года, то есть до начала Смуты. И хотя репрессии после 1572 года спали, однако это не привело к восстановлению позиций литовско-украинского клана, остававшегося в подавленном состоянии весь этот исторический отрезок. После смерти Ивана Грозного в 1584 году на престол вступил его сын Фёдор Иоаннович, а главным субъектом власти была группировка, состоявшая из представителей коренных регионов страны. В ней выделялся Борис Годунов, чью родную сестру Ирину выбрал в жёны наследник. Конечно, такой расклад не сулил оттеснённым на вторые роли вельможам светлого будущего. Не случайно романовская историография изображает эти десятилетия в негативных тонах, а Фёдор Иоаннович не пользуется её симпатиями. Красноречива характеристика царя — ширококостный карлик с маленькой головой и огромным носом, а также ограниченными умственными способностями.
Тем не менее смерть Ивана Грозного побудила литовско-украинских мужей попытаться если не переломить, то улучшить ситуацию, прибегнув к испытанному способу. В 1586 году при дворе заговорили о бесплодии Ирины Годуновой, вспоминали Василия III, когда тот из-за той же причины развёлся с С. Сабуровой и вступил в брак с Е. Глинской, дабы трон не остался без наследников. И теперь целая группа во главе с Шуйскими и Милославскими собиралась бить челом царю о разводе. В новые жёны сватали не кого-нибудь, а одну из сестёр Милославских, чей отец погиб в опричнину. РГ. Скрынников отмечал, что названные деятели являлись лидерами польской партии в Москве. В случае же смерти бездетного Фёдора, что их вполне устраивало, они возлагали надежды на унию, то есть фактически на вхождение Московии по аналогии с Литвой в состав Польши.
Однако Борис Годунов нейтрализовал этот замысел: несосто-явшаяся невеста пострижена в монахини, а зачинщиков с Шуйскими выслали. Но младшие представители рода, остававшиеся на свободе, продолжали «семейное дело», выезжая под видом охоты к границе для сговоров с литовскими панами. Там рождались слухи о раздорах в семье царя, о его стычках с Годуновым, доходивших до поножовщины. Во всём этом обращает на себя внимание одно обстоятельство: пропольскую партию возглавили Шуйские. Мы сталкиваемся здесь с новой тактикой: после опричнины никто из откровенной пропольской публики не решался на лидерство, уступая первые роли кому-то из местных бояр. Это позволяло минимизировать риски, связанные с раздражительным восприятием тех, кто симпатизировал польским порядкам.
Второстепенные позиции литовско-украинского клана в элитах уточнялись и идеологически. Концепция Московии как центра «всея Руси» актуальности не теряла, но предназначалась, что особенно важно понимать, сугубо для внешнего потребления. Попытки использовать идеологему для внутренних целей, то есть для первенства во внутриполитических раскладах, пресекались. Подчеркнём одно обстоятельство: большинство тех, кто оказался у руля государства с конца 1560-х годов и далее, являлись опричными выдвиженцами, но главное, они не вели своё происхождение от разнообразных князей Киевской Руси или Литвы. Отсюда их совершенно иное восприятие общерусской «колыбели».
Отказываться от дополнительных территорий никто, конечно, не собирался. Сохранение же литовско-украинского элемента имело вполне определённый смысл. Представители этих родов, присутствовавшие в элитах нынешней Московии, как бы олицетворяли связь с западными территориями, подкрепляли справедливость претензий на обладание этими землями. Конечно, это далеко от главных ролей, но вполне достаточно, чтобы оставаться встроенными во власть. Поэтому в конце 1580-х годов даже инициаторы неудавшегося развода Фёдора Иоанновича и Ирины Годуновой были помилованы. По случаю рождения у царской четы дочери объявили амнистию, включая тех, «кои мятеж творили о безчадии благоверной царицы». Так, Шуйские с компанией были возвращены в столицу, в 1591 году именно Василий Шуйский будет расследовать в Угличе гибель царевича Дмитрия (младшего сына Ивана Грозного) — судьбоносную для российской истории.
С целью усиления позиций в литовско-украинском вопросе Московия предприняла сильный ход, связанный с учреждением патриаршества. Эта миссия выпала на долю митрополита Иова, ставшего первым русским патриархом и сыгравшего значимую роль в истории нашей страны. Ему — выдвинувшемуся в ходе опричнины — тоже не повезло с точки зрения исторической репутации, поскольку верой и правдой служил и Фёдору Иоанновичу, и Борису Годунову. Романовский официоз начиная с Карамзина обвинял Иова в потворстве тёмным силам. Происхождением будущий патриарх не был связан с литовско-украинскими землями, его карьере способствовал сам Иван Грозный. В 1581 году Иов уже епископ Коломенский, в 1586-м — архиепископ Ростовский, а с 1587-го — митрополит.
К этому времени Москва выдвигает претензии на учреждение патриаршества, что вызвало неоднозначное отношение на Востоке. Ситуации благоприятствовала крайне тяжёлая обстановка в Константинопольской патриархии. Борьба двух группировок поставила её на грань финансового разорения. Поэтому победивший патриарх Иеремия впервые в истории решился на поездку в Московию, рассчитывая на щедрые царские дары. В Москве шанса не упустили и после долгих переговоров, пререканий и уловок добились от высокого гостя согласия на патриаршество. В 1589 году Собор глав Восточных церквей утвердил это решение, но по рангу поставил московского патриарха на пятое (последнее) место, что вызвало негодование в Москве. Там как минимум рассчитывали на третью позицию после Константинопольской и Александрийской церкви. Спор остался незавершённым, поскольку Иов и правительство просто-напросто проигнорировали это мнение.
Иов не благоволил иосифлянам, которым правление Фёдора Иоанновича радости не принесло. О направленности церковной политики свидетельствует канонизация Максима Грека, обличавшего религиозных коммерсантов и осуждённого ими ещё при митрополите Данииле. Именно патриарх Иов стал ключевой фигурой, обеспечившей избрание Бориса Годунова царём на Земском соборе 1598 года. Из 474 участников 100 — духовные лица, ориентировавшиеся на главу церкви. Иов участвовал во всех переговорах, церемониях и крестных ходах, связанных с избранием. Как язвительно заметил С. М. Соловьёв, патриарх проявил усердие к выгодам Годунова, более чем сам Годунов. Подобный сарказм сопровождал всё, что связано с избранием Бориса на царство. Мелкодушный, безнравственный, властолюбивый — такими эпитетами награждали нового государя романовские историки.
В этом нет ничего удивительного: продолжатель Ивана Грозного не мог рассчитывать на иное. Годунов пролонгировал политику по укреплению многочисленных средних слоёв, видя в них опору, благоприятствовал консолидации различных групп служивых людей. Проводил так называемое «обеление» запашки, то есть ослабление от тягла, что должно приостановить разорение, замедлить запустение поместного земельного фонда. С другой стороны, в годуновское правление выпады против крупного боярства не канули в прошлое, то затухая, то вспыхивая вновь.
Нужно подчеркнуть, что вся земельная политика 1570–1590-х годов, включая крестьянскую, окрашена в мрачные тона. Историческая традиция именно к этому периоду относит неприглядное событие — окончательное закрепощение крестьян Московии. Здесь как бы подразумевается, что реализовать подобный акт могли только бездушные, коварные правители, использовавшие власть во зло. Напомним: наиболее громкий в этом ряду — указ Ивана Грозного об отмене Юрьева дня от 1581 года, запретившего уход от помещиков. Этот указ прекрасно дополняет образ тирана, выступившего против своего народа, а на закате царствования решившего его закрепостить. Только вот в данном эффектном замысле не достаёт лишь «малого» — самого текста указа, поскольку его никто не обнаружил! Несмотря на это нет недостатка в научных дискуссиях, в обилии комментариев. Факт отсутствия базового документа крестьянской политики наука объясняет двояко. Во-первых, текст считают просто-напросто утерянным, что, заметим, довольно нелепо, поскольку его никогда и не находили. Тем не менее такую точку зрения выдвигали Н. М. Карамзин и С. М. Соловьёв. Во-вторых, закрепощение рассматривают по факту, то есть вне зависимости от каких-либо отдельных указов. Подобной позиции придерживались В. О. Ключевский и М. П. Погодин.
Последующие поколения историков, понимая уязвимость предложенных объяснений, осторожно говорят о запрете Юрьева дня при Иване Грозном, относя это событие к царствованию Фёдора Иоанновича. Однако и это не оказалось выходом. Как выяснилось, уже во время Лжедмитрия І не могли найти актового материала, относящегося к этому правлению, который по смыслу можно было бы подтянуть под версию о законодательном закрепощении. Оставался Борис Годунов, при котором 24 ноября 1597 года правительство издало развёрнутый указ о пятилетием сыске сбежавших крестьян. Но и там пункт об упразднении Юрьева дня (26 ноября) не содержится. В результате версия об установлении крепостного права до прихода к власти Романовых не подтверждалась. А это означает, что созданная ими научная школа не смогла избавить новую династию от репутации подлинных закрепостителей страны, в чём, собственно, и состоял замысел.