Серьёзную головную боль властям доставлял Лисовский со своим отрядом. Его тактика состояла в том, чтобы избегать крупных и прямых столкновений с царскими войсками. Зато он со знанием дела проводил отличавшиеся жестокостью набеги на разные уезды, появляясь то тут, то там. Причём это воинство постоянно укрывалось на территории Речи Посполитой. Сигизмунд ІІІ открыто поддерживал Лисовского, снабжал деньгами, удостоил личной аудиенции. В 1616 году, готовясь к очередному рейду, верный королевский слуга разбился, упав с коня. Не меньшую опасность представлял и ещё один персонаж — атаман Янко Баловень. Летом 1615 года тот даже сподобился пойти на Москву с жёсткими денежными требованиями. Его отряд остановился в селе Ростокине, угрожая городу, когда основные силы были задействованы против Лисовского. Справиться с Баловнем удалось лишь хитростью: его с 36 соратниками пригласили в Кремль к царю, якобы обсудить предполагаемые выплаты. Там их схватили и приговорили к повешению, остальных, лишившихся руководства, разогнали.
Все эти события — любимые сюжеты хронистов, с воодушевлением повествующих об освободительной войне, возглавляемой Романовыми. Между тем новая власть воспринималась тогда не так восторженно, как изображалось впоследствии. В этом нет ничего удивительного, поскольку её лицо определяли запятнанные сотрудничеством с Сигизмундом ІІІ бояре, соединившиеся теперь с теми, кто на протяжении ряда лет грабил и насиловал страну. Разумеется, население не могло не испытывать к ним вполне определённых и понятных чувств. Когда предводители ещё первого ополчения Заруцкий и Трубецкой раздавали грамоты на угодья от своего имени, то мужики с помощью стрельцов часто не пускали новоявленных хозяев в пожалованные волости.
После избрания нового царя ситуация практически не изменилась, поскольку на земле пыталась закрепиться всё та же ненавистная публика. Своим указом царь Михаил запретил её впредь называть разбойниками. Хотя сама «освободительная» власть, находясь в шатком положении, не брезговала грабительскими методами. Именно так воспринималось введение чрезвычайных налогов. Такие сборы широко практиковались в 1614–1618 годах, составляя «пятину», то есть пятую часть от всего движимого имущества каждого плательщика, и весьма напоминали узаконенный грабёж. Простые люди даже сравнивали служивых Михаила с контингентом того же Лисовского. Интересно, что и сопротивлявшиеся Романовым банды не упускали случая указывать на то, кто является опорой новых властей. Так, Заруцкий, овладев летом 1613 года Астраханью и казнив воеводу, оповещал жителей, что московским государством «Литва завладела».
Надо заметить, подобные утверждения не были такими уж легкомысленными, как кажется на первый взгляд. Достаточно вспомнить и то, как повела себя новая «народная» власть по отношению к лидерам второго ополчения, внёсшим решающий вклад в разгром войск польского короля. На Пожарского после избрания Михаила полились потоки грязи и клеветы. Оказалось, именно он ратовал за призвание иностранца на царство и отказывал в доверии местным претендентам. Получалось, рискуя жизнью, тот выдавливал врагов, чтобы затем настойчиво зазывать их обратно. В ход пошли и попытки обвинения в растрате казённых сумм. Подчеркнём, что семейство Романовых ещё с годуновских времён отличали натянутые отношения с будущим руководителем ополчения: тогда тот остро конфликтовал с Лыковым, женатым на родной сестре Филарета Настасье. Теперь же бывшая жена последнего инокиня Марфа при сыне-царе фактически вершила дела вкупе со своими племянниками Салтыковыми. Теми самыми, что вместе с Филаретом дружно присягали всем без исключения, начиная с Лжедмитрия I. При владычестве этой публики у Пожарского оставалось немного шансов удержаться на плаву. Вскоре его втянули в местнический спор с Борисом Салтыковым и официально объявили проигравшим, то есть более худородным, что теоретически означало отдачу в холопы. Хотя дело ограничилось пешим визитом ко двору победителя, поклонами и стоянием на коленях; таким способом Романовы глубоко унизили лучшего полководца. Его родного брата, командовавшего в ополчении передовыми отрядами, отослали из столицы, назначив воеводой в глухую провинцию.
Фактически произошёл разгром руководства действительно народного ополчения, в то время как персонажи типа Трубецкого, Милославского, Салтыковых, олицетворявшие предательство, прекрасно освоились в новой обстановке. Подчеркнём, что царская канцелярия впервые в московской истории была устроена на польский манер, как и у Лжедмитрия I. Прежняя пятая колонна осваивалась в новой роли, только её опорой становились не польские регулярные войска, как планировалось изначально, а украинское казацкое воинство, влившееся в элиту. Если до Смуты боярство с литовско-украинским нутром представляло собой узкую группу в верхах, то ныне всё изменилось.
Приток новых кадров, обеспечивших трон сыну Филарета, открывал возможности укрепиться уже более основательно. Наиболее существенным препятствием на этом пути была Польша, где считали королевича Владислава законным правителем Московии. Причём так считали не только там, но и практически во всей Европе. Послы Михаила, прибывшие в Австрию с верительными грамотами, встретили более чем холодный приём: с ними явно не желали разговаривать. Во Франции на просьбы московских дипломатов признать избрание нового государя ответили молчанием. Что касается Швеции, то та вообще не прекращала военных действий на северо-западе России; в 1615 году осадили Псков. Очевидно, Романовых воспринимали как лиц, укравших законную власть у тех, кому они же ранее присягали.
Из Польши постоянно раздавались упрёки в измене Владиславу, там даже избегали называть по имени Михаила. Поляки ожидали достижения королевичем совершеннолетия, что означало его вступление в права на московский престол; к этому событию и были приурочены военные действия. Их предварило специальное послание, где Владислав напоминал, как его призывали на царство, целовали крест, отправляли послов боярских к отцу для переговоров. Во главе того «славного предприятия» стоял Филарет, который «начал делать не по тому наказу, каков ему был дан от бояр» (то есть пятой колонны), а «прочил и замышлял на московское государство сына своего». Королевич подчёркивал, что едет «неспокойное государство по милости Божьей покойным сделать».
Вместе с ним следовал и незабвенный патриарх Игнатий, проживавший в поместьях возле Вильно и ожидавший возвращения в Москву для венчания Владислава на царство. Именно поэтому поляки в документах называли Филарета лишь митрополитом. Действительно, старания последнего по сдаче Московии под Польшу удачными назвать нельзя, правда по независящим от него причинам. «Виновником» стало ополчение Пожарского, из-за которого весь замысел оказался на грани срыва, а после избрания Михаила на царство филаретовская миссия вообще лишилась какого-либо смысла. Из «великого посла» тот превратился в пленника, коего Сигизмунд ІІІ заподозрил в спланированном обмане.
Война началась осенью 1617 года, причём благоприятно для поляков. Лично возглавивший поход Владислав без особых усилий взял Дорогобуж, Вязьму, Можайск: обстановка зримо напоминала преддверие новой смуты. Затем с Украины началось очередное вторжение запорожско-приднепровских казаков, следовавших обычным маршрутом, проторённым ещё самозванцами. Это воинство под началом Сагайдачного и Дорошенко захватило Ливны, Елец и вступило в Рязанскую землю, блокировав Михайлов и Зарайск; всё это сопровождалось разорением уездов и волостей. Интересно, что жители, адресуя в столицу мольбы о спасении, ожидали помощи не от кого-нибудь, а именно от князя Д. М. Пожарского, чьи подвиги чтились в народе. Недалеко от Москвы поляки и украинцы соединились для решающего штурма столицы, который вскоре последовал.
Но удача отвернулась от Владислава: взять город не удавалось, попытки прорваться через Арбатские и Тверские ворота захлебнулись. Королевич, чьи отряды курсировали вокруг столицы, решил направиться на стоянку в Тушино, что наводило на вполне понятные аналогии. Но наступала зима, и положение польско-украинского войска становилось тяжёлым: кампанию рассчитывали завершить до наступления холодов. Завязались переговоры, для ведения коих московская сторона согласилась, что польская будет именовать Михаила: «кого вы называете теперь вашим царём». Тем самым щепетильное затруднение устранялось, открывался путь к завершению войны. Хотя против этого возражало украинское казачество, среди которого распространялся слух о якобы спасённом сыне Марины Мнишек, получившим приют в Киеве.
К тому же и сам Владислав не думал снимать претензии на царский трон. При таких раскладах соглашение о мире не могло быть достигнуто и речь пошла только о временном перемирии на четырнадцать с половиной лет. В конце 1618 года его заключили в подмосковном селе Деулине, правда, на очень тяжёлых для Москвы условиях. Пришлось распрощаться с целым рядом городов, включая Смоленск, Чернигов, Трубчевск, Торопец: эти территории уступали вместе с населением. В результате западная граница стала проходить по Можайску, как при Иване ІІІ. В свою очередь поляки обязывались вернуть пленных во главе с Филаретом, что и стало причиной позорного перемирия. Как известно, в отечественной истории символом внешнеполитического предательства является Брест-Литовский мирный договор, заключённый большевиками в 1918 году. Однако это не совсем справедливо: «патриот» Михаил Романов перещеголял интернационалиста Троцкого.
Наступление перемирия означало конец привилегированного положения матери царя и её родственников Салтыковых. Возвратившийся Филарет тут же был возведён в патриархи собором и специально прибывшим в Москву Иерусалимским патриархом. Государственный руль фактически перешёл в руки отца Михаила: с этих пор в официальном протоколе титул великого государя прилагался одинаково к обоим. Надо признать, Филарет проводил более гибкую политику, чем его бывшая властная жена инокиня Марфа. Так, он сделал реверанс в сторону опальных лидеров народного ополчения, подыгрывая настроениям низов. Пожарского наградили вотчинами и даже поставили во главе Разбойного приказа, ведавшего уголовными преступлениями. Казалось бы, пережитое польско-украинское вторжение предполагало серьёзные коррективы государственной политики, прежде всего по отношению к казачеству поучаствовавшему в очередном разорении московских земель.