Отслеживая ситуацию, царь со своим духовником одёрнули Никона, указав на неподготовленность его действий. Посчитали необходимым поставить предстоящую реформу на более прочную основу, прикрывшись церковным собором 1654 года. Здесь в торжественной обстановке Никон уже обстоятельно высказался о предложенных преобразованиях. Как заметили учёные, патриарх не обладал глубокими знаниями о происхождении тех обрядов, кои смело бросился исправлять. Зато его объяснения породили вполне понятные недоумения — кем и когда были испорчены книги, — ведь в отличие от Византийской империи Москва не знала царей-еретиков, и никакая ересь здесь не побеждала. У собора складывалось впечатление, что под предлогом исправлений пытаются уничтожить истинное благочестие. Ожидая чего-то подобного, предусмотрительный Алексей первым подал голос за реформы, тем самым фактически пресекая возможность нежелательных дискуссий. Расчёт оказался верным: никто не осмелился бросить вызов государю, за исключением Коломенского епископа Павла, поплатившегося за это темницей, истязаниями и ссылкой.
Пример непокорного архиерея возымел действие: очередной собор 1655 года уже полностью подчинился Никону, заручившемуся к этому времени поддержкой вовремя прибывшего антиохийского патриарха Макария. Этот знаток греческого богослужения был из арабов. В Успенском соборе Кремля через переводчика он разъяснял скоплению ошеломлённого народа благость троеперстия и недоумевал, почему Москва уклонилась от праведного пути. Его «отеческие» наставления резюмировал Никон: «Я русский и сын русского, но мои убеждения и моя вера — греческие». Мнение оппонентов в лице бывших никоновских сподвижников по кружку государя интересовало мало.
Вместо них входили в моду украинско-польские деятели — надёжная опора провозглашённого курса. Их круг неуклонно расширялся, пополняясь новыми колоритными фигурами. В этой разрастающейся среде даже возникла конкуренция за обязанности при дворе. Так, энциклопедические знания Е. Славинецкого превратили его, как считают некоторые историки, в одного из авторов реформы: с ним в обязательном порядке согласовывал Никон свою реформаторскую поступь. После смерти С. Вонифатьева крайне важную позицию царского духовника занял А. Савинович. Обладавшему даром проповедника и наставника Симеону Ситниановичу (Полоцкому) Алексей вверил воспитание детей, включая наследника Фёдора и царевну Софью.
Так что удаление в 1658 году Никона, слишком возвышенно относившегося к своим обязанностям, никоим образом не могло сказаться на реализации того, что было задумано не им. Опальный патриарх долго не мог взять в толк, что его по большему счёту использовали, дабы замаскировать украинско-польские уши в весьма щепетильном деле. Отделавшись от Никона, Алексей не рискнул определиться с новой кандидатурой, поскольку тот формально отказался покидать патриарший престол. В течение почти десятилетия царь сам занимался многообразной церковной жизнью. В это время прилив с берегов Днепра нужных кадров в церковный истеблишмент не ослабевал. Более того, на соборе 1660 года впервые в московской истории присутствовала делегация с Украины, внимательно следившая за религиозными сдвигами в Москве. Конечно, прожжённые церковники с униатской закалкой приветствовали предпринимаемые шаги, тем более что к ним самое непосредственное отношение имели их собратья, заметно укреплявшие свои позиции.
В то же время полного доверия к происходящему пока не возникало, необратимость церковной реформы вызывала определённые сомнения. Так, в Киевской митрополии хорошо помнили попытку московских иерархов распоряжаться как дома в отвоёванной Смоленской земле. Те вступили в борьбу с местным украинским духовенством, не стесняясь называть его иноверным. В знак протеста тогдашний глава Киевской митрополии Сильвестр Коссов в конце 1655 года даже отказался отправлять своего певчего Пикулинского в распоряжение Алексея. Кроме того, появление в Москве выписанных украинских монахов приводило к серьёзным недоразумениям. Так, после приезда очередной партии малороссиян, размещённых в Иверском монастыре, все прежние иноки покинули обитель, не желая находиться под одной крышей с неверными. Эпопея с Никоном, отставленным без его согласия, вызвала у киевских архиереев определённую озабоченность. Проявленное отношение к патриарху не могло не насторожить их, поскольку примерялось прежде всего на себя. Не случайно именно киевлянам принадлежала мысль поступить с опальным строго по установленному порядку, то есть окончательно лишить высокого сана только в присутствии восточных патриархов, с чём Алексей был вынужден согласиться.
С другой стороны, конфликтный уход Никона посеял немало надежд у тех, кто желал «старое благочестие взыскать, отложив новые затеи». Снизу начали осаждать царя просьбами отказаться от никоновских новин, против которых народная агитация не прекращалась. Распространялось немало анонимных посланий, известен даже случай, когда один юродивый бежал за царским экипажем, выкрикивая во всеуслышание: «Добро бы, самодержавный, на древнее благочестие вступить!» Эти массовые настроения находили некоторое сочувствие и в верхах. Хрестоматией пример видных боярынь, протестующих против церковных преобразований: Феодосьи Морозовой, её сестры княгини Евдокии Урусовой и жены стрелецкого полковника Марии Даниловой, являвшихся поклонницами мятежного Аввакума, снабжавшего их инструкциями по противодействию злу. Овдовевшая в 1662 году боярыня Морозова даже порвала все связи с высшим московским обществом, отдав свои средства на содержание большого приюта, где концентрировались приверженцы старой веры, изгнанные из различных монастырей. Сама же она с благотворительными целями ходила в простом рубище, став своеобразным «вождём» для части народа. Не удивительно, что замена старых текстов богослужебных книг новыми шла со скрипом, низшее духовенство её фактически саботировало.
Учитывая это сопротивление, Алексей сочетал твёрдость в достижении поставленных целей с осторожностью. Государь решил снизить накал страстей, сделав шаги навстречу главным критикам. Так, из ссылок были возвращены лидеры старообрядческой оппозиции Иван Неронов и Аввакум, чей голос пользовался авторитетом в народе. Заметим, Алексей благоразумно пытался примирить их с церковью, «забыв» про Никона, которого те осыпали исключительно проклятьями. В случае с Нероновым это удалось: тот пошёл на предложенные царём условия, но вот с Аввакумом всё оказалось сложнее. Он отказывался делать уступки, отвергнув даже дозволение в виде исключения служить по старым служебникам. Беседы с Симеоном Полоцким, присланным укротить мятежного протопопа, только подлили масла в огонь. Так, Аввакум вошёл в историю, на века став культовой фигурой для старообрядцев.
Развязка произошла на так называемом Большом соборе 1666–1667 годов, созванном по инициативе Алексея, чтобы подтвердить необратимость курса. Для соответствующего веса на него приглашались восточные патриархи: в Москве рассчитывали на приезд константинопольского и иерусалимского. Но те уклонились от визита, и пришлось довольствоваться малым — александрийским и тем же антиохийским патриархом Макарием, поучаствовавшим в российских церковных делах ещё при Никоне. Правда, к моменту прибытия церковный статус обоих нуждался в прояснении из-за каких-то внутривосточных церковных коллизий, что впоследствии породило версию об их неправомочности утверждать что-либо. Отличительной чертой данного собора стало активное участие в нём греческих представителей, чьему мнению придавалось подчёркнуто решающее значение. Помимо приезжих патриархов, серьёзную роль играли «местные» греки: Паисий Лигарид и архимандрит афонского Иверского монастыря Дионисий, проживавшие в Москве. Все они оказали неоценимую помощь Алексею и его украинской команде в дискредитации старого обряда.
Распространение последнего связали с отрывом от Константинополя, покорённого турками, после чего и произошёл переход на двуперстие. Особой атаке подвергся Стоглавый собор 1551 года. Его решения объявили ошибочными, а базовый документ, озаглавленный «Вопросы царя и ответы церковного собора о различных церковных вещах» сочли за неканоническую компиляцию, сделанную кем-то из участников. К тому же собор проходил без восточных патриархов или их полномочных представителей, что теперь оценивалось крайне негативно. Не обошли и утверждение Московского патриархата в 1589 году константинопольским главой Иеремией II. Как уверяли, это произошло по незнанию им русского языка, чем воспользовался коварный Борис Годунов. В содержательном же смысле настойчиво проводилась следующая мысль: когда-то давно (в светлые времена Киевской Руси) Москва была вполне правильной, но затем произошло «тёмное помрачение» и только теперь при Алексее Михайловиче православие торжествует. Несложно догадаться, что оборотной стороной такой концепции должно стать признание прежней церкви еретической. Это и произошло: как метко заметил А. В. Карташёв, участники собора под присмотром царя усадили на скамью подсудимых московскую церковную историю.
Упорство староверов объяснили рецидивами татарского порабощения. Долгое пребывание под властью иноверцев обернулось высокомерием, так как освобождённый раб всегда отличается надменностью. Много говорилось о невежестве населения, что проявилось в примате внешней стороны, а отсюда повышенная предрасположенность к расколам. В пример ставилась Киевская митрополия, где в течение веков споров об обрядах не наблюдалось, а попытки подорвать авторитет церкви не имели успеха. Итогом Большого собора стало не сглаживание конфликта, а глубокий вековой раскол, поразивший российское общество.
Нашу церковь силой вбивали в новый религиозный формат: от предания анафеме старых обрядов до требования священникам облачаться по греческому покрою. Всё это производило настолько тяжёлое, удручающее впечатление, что даже романовские историки констатировали нетактичность происходившего. Стремясь минимизировать негатив, они подчёркивали, что избыточная суровость могла стать только делом чужих рук, то есть греков, заправлявших ходом собора. Тем самым из-под критики выводились украинские церковные деятели, которые как бы оказывались в тени.