Репутация Никона среди многочисленной братии, мягко говоря, оставляла желать лучшего, а потому неприятие преобразований, провозглашённых под его эгидой, легло на хорошо подготовленную почву. Было решено проигнорировать московские указания, ничего не изменяя в богослужебной практике. Кроме того, монастырь вскоре посетил Иван Неронов, превратившийся в одного из главных оппонентов церковной реформы: ему устроили торжественную встречу, что не осталось незамеченным в столице. Первые новопечатные книги (служебники, скрижали и другие) доставили на Соловки лишь к 1657 году, но там наотрез отказались их использовать. Последовавшее вскоре удаление Никона восприняли как хороший знак, тем более что власти решили действовать осмотрительно и не оказывать прямого давления на монастырь. Был выбран другой путь: в это время скончался прежний настоятель обители, и на его место утвердили избранного братией архимандрита Варфоломея. Перед ним и поставили задачу аккуратно, постепенно перейти на исправленные книги. Варфоломей взялся это реализовывать, чем быстро нажил немало врагов; тем не менее он сумел сколотить небольшую так называемую промосковскую партию, изъявлявшую готовность развернуться в сторону новых обрядов. Время до Большого собора 1666–1667 годов протекло в позиционной борьбе между враждовавшими группами.
Подчеркнём: противники реформы в монастыре питали надежды, что предстоящий собор может отменить ненавистные никоновские новины. Отправившегося туда настоятеля снабдили соответствующей челобитной, где обстоятельно изложили все доводы в пользу старой практики. Причём Варфоломей, отправляясь в путь, «забыл» взять послание, и его нагнали с ним уже у Вологды. Однако тот, проявляя осторожность, не торопился оглашать петицию в Москве. И как выяснилось, не напрасно: собор планировал устроить судилище старообрядчеству с целым букетом обвинений и проклятий. Вовремя сориентировавшись, Варфоломей предъявил челобитную уже как улику против оппозиции в Соловках. Но там тоже не дремали и доставили ещё одно заявление с целью дискредитировать перед центральными властями самого архимандрита. В Москве постановили разобраться в этой ссоре на месте и направили в монастырь специальную комиссию, которая уяснила, что сама собой ситуация не уляжется. Сводить всё только к личностной неприязни основных действующих лиц, как это делали ранее, было признано ошибкой. Смена настоятеля и удаление его противников ровным счётом ничего не давала: конфликт отражал глубинные противоречия в оценке самой реформы. К середине 1667 года все осознали, что открытого противостояния избежать не удастся.
Началом восстания стал отказ принять нового архимандрита Иосифа, присланного из Москвы. К его приезду монастырская братия на общем собрании приняла ещё одну челобитную на имя царя. В ней уже в крайне резкой форме говорилось о дьявольском происхождении новых книг, проводилась идея страдания за веру. Рим, Константинополь, Москва пали, а потому единственным местом, где обитает истинное благочестие, остаются Соловки. Монахи писали: «не присылай, государь, напрасно к нам учителей, а лучше, если изволишь книги менять, пришли на нас свой меч, чтобы переселиться нам на вечное житие». Примечательно, что челобитная взывала к авторитету не только соловецких чудотворцев Зосиме и Савватию, но и вспоминала Михаила Романова с Филаретом. Правительство расценило послание как ультиматум и в ответ выслало войска, запретило подвоз продовольствия: началась блокада обители, произошли первые вооружённые столкновения.
Однако установить блокаду при благожелательном настрое крестьянства оказалось довольно трудно. Местные жители постоянно подвозили припасы, крестьян периодически вылавливали, но те ссылались на хозяйственные дела, связь же с мятежниками отрицали. Некоторые просто перебегали к ним, вливаясь в ряды обороняющихся, чьё количество достигало 700 человек. По деревням и селениям зачитывали указ, отписывающий вотчины монастыря царю, но крестьяне продолжали снабжать осаждённых. Огромный духовный авторитет старинной обители, складывавшийся столетия, уничтожить росчерком пера было невозможно. Сочувственно относилась к восставшим и часть царского войска, состоявшего на первых порах преимущественно из стрельцов — архангельских, холмогорских, кемских, вологодских — все они не отличались желанием воевать с монастырём.
Продолжавшаяся в течение нескольких лет осада не приносила ощутимых результатов. Соловецкий монастырь превращался в дестабилизирующий фактор для обширного северного региона. Оттуда потоком лилась пропаганда против церковных новшеств, раздавались призывы сжигать новые книги, ломать четырёхконечные кресты, кои называли латинским крыжем, уничтожать даже утварь с их изображением. Вместо царя и патриарха начали молиться за здравие православных архиепископов, то есть за тех, кто не принял реформу. Осаждённые также впервые ввели не только религиозные, но и бытовые разграничения между «верными» и «неверными», вплоть до выделения последним особой посуды. Требовали перекрещивать греков и киевлян, а находившихся в монастыре ссыльных украинцев изолировали от остальных.
Разочарование итогами Большого собора дало толчок к формированию беспоповской идеологии, превратившейся затем в ведущий народный религиозный тренд. Её начала были разработаны одним из книжников Соловков Герасимом Фирсовым. В своём «Трактате о двуперстии» он заключил: если духовные наставники погрешат против веры и будут прельщать ересями, то это не пастыри, а лжеучителя, противопоставляющие себя христианским идеалам благолепия. Вину за смущение церкви Фирсов полностью возлагал на верховных иерархов, а также на тех священников, которые не проявили решимости в отторжении зла. Как установили специалисты, беспоповская практика постепенно утверждается в монастыре: чтение текстов перешло от священников к верующим, последовали изменения в исповеди, в погребальном обряде и т. д.
Несложно понять, что всё происходящее вызывало у властей не только раздражение, но и серьёзную тревогу. Соловецкий мятеж, учитывая поддержку населения, мог длиться долго. Поэтому ликвидация этого очага смуты превращается в неотложную задачу правительства. В сентябре 1673 года от командования осадой отстраняются воеводы Волохов, а затем Иевлев, чьи действия признаны неэффективными. На смену им приходит новое руководство в лице И. Мещеринова, хотя в действительности его фамилия была Мещерский. Этот персонаж был преисполнен решительности и жестокости по отношению к восставшим. Численность войска увеличивается в два раза за счёт стрельцов из других регионов.
Боевые действия разворачиваются теперь по всем правилам военного искусства. Мещерский приказывает спустить часть воды из озёр, расположенных у монастыря, чтобы обмелить колодцы. При обстреле применяет зажигательные ядра, возводит срубы на уровне стен для проведения атак, начинает рыть несколько подкопов под башни. Активизация осады приводит к брожению среди оборонявшихся, некоторые предлагают свернуть сопротивление, начинаются побеги. Массированный штурм в конце декабря 1673 года восставшие смогли выдержать, но после него боевой настрой заметно упал. Один из покинувших обитель монахов, попав в руки к царским войскам, указал, где в стене одной из башен есть плохо заделанная калитка.
В ночь на 22 января 1674 года пятьдесят стрельцов пробрались через неё внутрь и открыли ворота для основных сил. После непродолжительного сопротивления монастырь пал. Многие отмечали, что ворвавшиеся вели себя как на захваченной вражеской территории: казна, библиотека, ризница были разграблены. Особенно отличился на ниве грабежа Мещерский, увёзший на лодках большую часть добра. Кстати, за это он подвергся тюремному заключению, а следствие тянулось несколько лет. Присматривать за разгромленной обителью Москва направила другого воеводу, В. А. Волконского, чья ненависть к раскольникам также не вызывала сомнений. Кроме того, соловецкий штурм не принёс ничего хорошего и Алексею Михайловичу: на следующий день после него царь серьёзно заболел и через неделю скончался. Позднее в старообрядческой среде бытовала легенда, что, почувствовав себя плохо, он «познал» своё преступление и посылал приказ отменить взятие. На самом же деле перед смертью, как сегодня хорошо известно, царь вспоминал не о погубленном им монастыре, а о «друге» Никоне, желая попросить у того прощения.
После этих событий Соловки быстро затухают, превратившись из видного духовного центра в самую заурядную обитель. Отстроенная на новый лад церковь явно не стремилась лишний раз напоминать о той трагической странице. Зато в народной памяти соловецкая оборона навсегда осталась символом мужества и стойкости в отстаивании своих взглядов. Как убеждала людская молва, защитники знаменитого монастыря обосновались в легендарном Беловодье, где должно утвердится истинное Царство Божие. Непосредственным преемником Соловков стала, как известно, Выговская беспоповская пустынь, основанная культовыми фигурами староверия братьями Денисовыми. Один из них, Семён, навсегда запечатлел народный подвиг в труде «История об отцах и страдальцах соловецких».
Более крупные волнения с точки зрения размаха и остроты произошли в 1670–1671 годах в Южном и Среднем Поволжье: они вошли в историю как крестьянская война под предводительством Степана Разина. Разгоревшиеся события даже привлекли пристальное внимание за границей. Одно из первых иностранных сочинений на данную тему, вышедшее по свежим следам в немецком Виттенберге, сообщало, насколько случившееся повергло в ужас не только Московское государство, но и всю Европу. В то же время историография редко увязывала тот факт, что эти потрясения следовали за осуждением старообрядчества на Большом соборе 1666–1667 годов. Анафема традиционной церкви всколыхнула страну с севера до юга, причём духовный протест трансформировался в отторжение новой элиты в целом.
Конечно, подобный взгляд не свойственен дореволюционному официозу, не склонному драматизировать церковную реформу. Вместо этого причины восстания выводились из общей неустроенности, большого количества беглых, недовольства некоторых слоёв укреплением государства и т. д. В литературе преобладало мнение, что вся обстановка середины ХѴІІ века располагала к появлению того, кто способен оседлать тлеющие в низах брожения. Почему им стал именно Разин? — на это давался вполне определённый ответ. Он обладал сильными личностными качествами и был одержим чувством мести за старшего брата, повешенного в 1665 году князем Ю. М. Долгоруким за самовольный уход из московского полка, воевавшего с поляками. Разин с другим братом Фролом поклялись «задать страху всем боярам и знатным людям». Вот, собственно, побудительные причины, породившие, по мнению историков, мятеж. Религиозный раскол если и занимал в этом комплексе какое-либо место, то только самое незначительное.