Конечно, «русская» элита предчувствовала, что ничего хорошего от голштинского племянника Елизаветы І ожидать не стоит: на горизонте маячило «немецкое засилье» в духе Анны Иоанновны. С конца 1750-х годов слухи о лишении великого князя престолонаследия и замене его Екатериной (регентшей при малолетнем Павле) усиленно циркулировали при дворе. Как известно, Пётр ІІІ полностью оправдал тревожные ожидания, незамедлительно вызвав из Европы родственников по отцовской линии, среди них двух голштинских принцев. Одного сразу произвёл в генерал-фельдмаршалы, другого сделал петербургским генерал-губернатором, а также командующим войсками в Финляндии, Эстляндии, Ревеле и Нарве. Одновременно с этими назначениями из ссылок с почестями были возвращены звёзды 1730-х: Миних, Бирон, Менгден, Лилиенфельд и др. Грозные тучи сгущались и над Русской православной церковью, где безраздельно заправляли архиереи из Малороссии. Так что события 28 июня 1762 года, инициированные гвардейцами в пользу Екатерины, многими были восприняты с облегчением. Причём в дворцовом перевороте наряду с преображенцами, сагитированными братьями Орловыми, деятельным участием отметился и Измайловский полк, более всего укомплектованный украинцами: их командиром был малороссийский гетман К. Разумовский, не желавший усиления немецкой партии при дворе.
Однако быстро выяснилось, что возведённая на трон супруга Петра ІІІ не собирается выступать выразительницей украинско-польской воли в стиле Елизаветы I. Символичный факт: если последняя после коронации направилась в поездку по Малороссии, то новая императрица предпочла посетить Лифляндию и Эстляндию. Очевидно, у неё имелось своё видение перспектив предстоящего царствования. Поэтому «русская» элита на первых порах грезила мечтой, чтобы на троне вновь очутился правитель, благосклонный к украинско-польскому духу. В начале екатерининского царствования подобные настроения хорошо ощущались в верхах, тем более что способ, каким Екатерина добыла себе трон, не обеспечивал уверенности в прочности положения. Первая попытка бросить вызов императрице была связана со Шлиссельбургским узником — Иваном Антоновичем. Напомним, что тот ещё в младенчестве попал в эпицентр династических интриг и после триумфа Елизаветы І оказался обречённым на тюремное заключение. К моменту воцарения Екатерины II ему исполнилось двадцать два года. Забавно, что арестованного Петра ІІІ до убийства поместили в ту же крепость, где содержался Иван Антонович: ненадолго Шлиссельбург превратился в сборный пункт претендентов на престол. В августе 1762 года Екатерина II посетила вечного узника и беседовала с ним: тот представлял тлеющую опасность для её царствования.
Вскоре этой «картой» не преминул воспользоваться подпоручик Смоленского пехотного полка В. Я. Мирович. Он происходил из знатной малороссийской семьи, будучи внуком переяславского полковника И. Мировича, который в ходе Северной войны начала ХѴІІI века поддержал гетмана Мазепу со шведами, за что и подвергся ссылке в Сибирь. Внук уже оправился от ударов судьбы, поступил на военную службу, хлопотал о возврате имений деда, стремясь пробиться наверх. Пользуясь отсутствием в столице Екатерины II, Мирович с несколькими офицерами в начале августа 1764 года попытался освободить из заточения Ивана Антоновича и провозгласить того императором. Заранее был составлен манифест от его имени, где императрица именовалась «самолюбной расточительницей», чуждой России. Но охрана крепости, проявив бдительность, ликвидировала Ивана Антоновича и схватила заговорщиков. Неудавшийся заговор вызвал большой резонанс в верхах, следствие вёл генерал Ганс фон Веймарн, получивший указание не тянуть с допросами. Казнь состоялась 15 октября 1764 года.
Однако для императрицы эпизод с Мировичем оказался не самым неприятным. Куда большая, хотя и скрытая угроза исходила от малороссийского гетмана К. Разумовского, поначалу с энтузиазмом поддержавшего Екатерину. На рубеже 1763–1764 года был поднят вопрос о наследственном гетманстве в роде Разумовских: инициативу проявили украинские полковники и старшины. Они мотивировали просьбу верностью этого рода престолу, а также ссылались на пример Богдана Хмельницкого, которому наследовал его сын Юрий. Из-за характера поднятой темы сам Разумовский предусмотрительно дистанцировался от петиции в Петербург. Хотя его интерес здесь очевиден: в случае утверждения наследственного гетманства в России фактически появлялась параллельная династия, которая вполне могла посматривать в сторону трона. Вне всякого сомнения, эти поползновения были бы поддержаны малороссийскими архиереями, души не чаявшими в родном разумовском клане. Екатерина II зримо почувствовала дыхание украинско-польской фронды. Разумовскому отказали от двора, со стороны императрицы начались мелочные придирки к его супруге. Закономерным итогом стал специальный манифест от 10 ноября 1764 года, извещавший об увольнении Разумовского от исполнения гетманских обязанностей. Тот предпочёл смириться, тем более что ему, видимо, в качестве компенсации достались огромные имения, причём не только на Украине.
Екатерина II решила не ограничиваться отстранением Разумовского, а поспешила вообще ликвидировать должность гетмана, вновь вернувшись к институту Малороссийской коллегии, правда декларируя это осторожно: «…пока время и опыт не даст нам о его (малороссийского народа) благе лучший учинить промысел». Коллегия состояла из восьми человек: четырёх украинцев и четырёх великороссов. Причём по правительственной инструкции на заседаниях им велено располагаться не напротив друг друга, как при Анне Иоанновне, а вперемежку, дабы способствовать единству. Председателем коллегии стал граф П. А. Румянцев, до этого командующий русскими войсками в Восточной Пруссии. Отец этого сановника слыл приближённым к Петру I, а крёстной была Екатерина I. Историки считают, что на Румянцева рассчитывал Пётр III, успев осыпать того высокими наградами. Однако дворцовый переворот, казалось бы, поставил крест на карьере. Находясь в немецких краях, Румянцев, который к этому времени завёл любовницу из Данцига, уже собирался перейти на службу к прусскому королю. Но указ Екатерины II, а также пожалование огромных поместий, изменили его планы. Малороссия была ему почти родной: до четырнадцати лет он жил и воспитывался там под руководством местного интеллектуала Т. Ю. Сенютовича. Теперь же настал черёд реализовывать неожиданные екатерининские планы по введению Украины в правовое поле Российской империи.
Одновременно с уничтожением гетманства ликвидировался и весь строй малороссийских земель, учреждалось новое губернское деление. После этого смогли провести полноценную ревизию территорий и имущества (так называемую румянцевскую опись), чего полковники и старшины благополучно избегали со времён Алексея Михайловича. Был отменён свободный переход крестьян от помещика к помещику, ведь действие Соборного уложения 1649 года не затрагивало Малороссию. До екатерининской поры здесь фактически не знали крепостного права, живя по разным вариантам литовских статутов, тексты коих существовали на латыни и на польском языке. Кроме этого, на Украину наконец-то распространялось в полном масштабе налоговое законодательство, а также вводились обязательные рекрутские наборы. Не удивительно, что такие преобразования сопровождались там вполне объяснимым раздражением.
Но всё-таки особенное негодование вызывала секуляризация церковных земель, что успел продекларировать ещё Пётр III. Екатерина II понимала, что контролировавшие РПЦ украинцы пока не являются её союзниками. В случае появления родственного по происхождению и духу претендента на престол эта «русская» церковь может «благословить» последнего. Эпопея с потомственным гетманством Разумовского продемонстрировала вероятность такого сценария. Поэтому актуальным вопросом стал подрыв малороссийского церковного клана, наиболее действенным путём к чему и явилась конфискация земельных владений. Планы императрицы получили отклик ютящегося на вторых ролях великорусского духовенства, увидевшего в развороте екатерининской политики долгожданную возможность пробиться наверх. И действительно, Екатерина II сразу сделала ставку на местных уроженцев, таких как архиепископ Дмитрий (Сеченов) или Гавриил (Петров), Платон (Левшин). Некоторые из них вошли в образованную комиссию по выяснению «истинных доходов от церковных имений». Малороссийские выходцы негодовали: они не могли смириться с мыслью о потере владений, поскольку считали их неотъемлемой частью церковного организма.
Знамя борьбы поднял один из авторитетных архиереев той поры Ростовский митрополит Арсений (Мациевич), чей демарш наглядно иллюстрирует униатский менталитет украинцев с его латинством и польщиной. В марте 1763 года многие представители элиты съехались в Ростов на переложение мощей святого митрополита Дмитрия (Туптало), канонизированного при Елизавете I. Здесь Арсений публично произнёс речь в защиту церковной собственности, подкрепляя свои доводы историческими экскурсами. Он напомнил всем собравшимся, что в ходе борьбы с ересью жидовствующих конца ХѴ века в чин православия введена анафема тем, кто позарится на церковные имущества. Это был, по сути, прямой вызов: оставить подобное без внимания Екатерина И не могла и повелела арестовать пламенного трибуна. Однако тем овладел обличительный пыл, и он решил идти до конца, проявив на учинённом следствии «резкость в ответах». Состоялся суд Синода, где Арсению не дали сидячего места, как в своё время патриарху Никону на Большом соборе 1666–1667 года. Затем в монашеской одежде мятежного архиерея повезли в Ферапонтов монастырь — туда же, где коротал дни низложенный Никон. Очевидно, что подобная параллель удачно подкрепляла нынешнюю победу власти. Ошеломлённое украинское духовенство не решилось выражать несогласие. Манифест от 26 февраля 1764 года возвестил об упразднении поместного землевладения церкви, а все латифундии с населением передавались в административное, судебное, податное ведение Коллегии экономии. В общей сложности туда перешло свыше 900 тысяч душ, получивших название «экономических крестьян». Правда, что касается церковного землевладения в самой Малороссии, устроенного по законам Речи Посполитой, то тут с секуляризацией решили повременить, проведя там её лишь в 1786 году. Одновременно с ней потребовали от Киевской митрополии вести преподавание в духовных заведениях, включая знаменитую Киево-Могилянскую академию, на русском языке, что произвело эффект разорвавшейся бомбы.