Черкасский, женатый на двоюродной сестре царя Марфе Никитичне, то Ф. И. Мстиславский. Д. И. Шуйский стал кравчим. Эту должность он получил, видимо, потому, что стал свояком царского шурина Б. Ф. Годунова, женившись на сестре жены Бориса Екатерине Григорьевне Скуратовой-Бельской, дочери знаменитого Малюты. Царским рындой стал младший Шуйский, Иван Иванович, прозванный Пуговкой, — «у большого саадака», Александр носил чин московского дворянина.
Но Василию Ивановичу удалось не слишком долго продержаться в судьях. В апреле 1585 года он был отправлен первым воеводой Смоленска. Это назначение было почетным, но удаляло князя от двора. Возможно, честолюбивые Годуновы не захотели терпеть соперничество князей Шуйских в Боярской думе. Ведь там их оказалось пятеро. Самым старшим считался В. Ф. Скопин-Шуйский. За оборону Пскова он получил в кормление Каргополь. Его родственник И. П. Шуйский также был возвышен — ему была дана в кормление часть Пскова. Росписи полков Береговой службы от 1585 года свидетельствуют о достаточно высоком положении Андрея Ивановича. Он постоянно во главе второго по значимости полка Правой руки. М. П. Катыреву, попытавшемуся было с ним местничать, царь указал «не дуровать».
В конце этого же 1585 года царь Федор Иванович запланировал поход против шведского короля. По его росписи Андрей Иванович должен был войти в состав Дворового полка вместе с В. Ф. Скопиным-Шуйским. Полк Правой руки должен был возглавлять И. П. Шуйский, кравчим следовало быть Д. И. Шуйскому. Как видим, сразу четверо князей Шуйских оказались около царя. Их положение не ниже царских родственников Годуновых. Однако в следующем году И. П. Шуйский был отправлен наместником в Псков. Для прославленного воеводы это явное понижение. Его место в Думе занял ДИ. Шуйский, получивший боярский чин. Главную роль в его возвышении, видимо, играло родство с Б. Ф. Годуновым.
Князья Шуйские как наиболее знатные Рюриковичи всегда привлекали внимание иностранцев, которые в своих донесениях на родину так их характеризовали: «Василий Иванович почитается умнее своих однофамильцев, а князь Андрей почитается за человека чрезвычайно умного. В. Ф. Скопин-Шуйский более знатен, чем способен для советов. И. П. Шуйский — человек с большими достоинствами и заслугами». Росписи царских пиров в первые годы правления Федора Ивановича свидетельствуют об упорном стремлении князей Шуйских занять место выше Годуновых, поскольку по знатности они превосходили царских родственников по всем статьям. Престарелому и заслуженному полководцу И. П. Шуйскому удавалось подняться выше Дмитрия Ивановича и Бориса Федоровича Годуновых. Андрей Иванович считался выше Степана Васильевича и Григория Васильевича Годуновых. В этот спор Василию Ивановичу не удалось вступить, поскольку он на несколько лет (до 1587 года) был отправлен воеводой Смоленска. Естественно, что затянувшееся соперничество не могло закончиться мирно для обеих сторон. Знатные и честолюбивые князья решили нанести удар первыми, полагая, что их поддержит все остальное родовитое дворянство. Поводом послужило «неплодие» царицы Ирины. Следует отметить, что Ирина не была бесплодной женщиной, но ее дети умирали во время родов. Причиной могло быть отсутствие квалифицированной медицинской помощи.
Осенью 1586 года Иван Петрович и Андрей Иванович Шуйские начали широкомасштабную кампанию против царицы. На свою сторону им удалось привлечь самого митрополита Дионисия, крутицкого архиепископа Варлаама и посадское население столицы. Совместно было составлено «рукописание» — грамота, в которой излагалось требование к царю развестись с «неплодной женой чадородия ради». Выступление объяснялось заботой о благе государства и продолжении царского рода, не имеющего наследника. В этой акции ни Василий, ни Дмитрий, ни младшие, Александр и Иван, участия не приняли. Первый не был в Москве, а остальные братья, видимо, побоялись выступать против всесильных Годуновых. Парадокс требований Шуйских состоял в том, что сами они не имели наследников мужского пола. Аналогичным было положение и у Ф. И. Мстиславского, и у Б. Ф. Годунова (в то время), и у многих других представителей знати.
Царь Федор, до этого казавшийся мягким и податливым человеком, внезапно показал себя подлинным сыном грозного отца. Он не потерпел вмешательства подданных в свои семейные дела. До этого он отказывался слушаться даже отца, царя Ивана Васильевича, советовавшего ему подыскать более подходящую жену. На головы «главных заводчиков» «рукописания» обрушились репрессии. Дионисия лишили сана и отправили в новгородский Хутынский монастырь. В отдаленном Антониевом монастыре оказался и Варлаам. Ивана Петровича сначала сослали в вотчину, село Лопатничи, потом вынудили постричься в Кирилло-Белозерский монастырь. Андрея Ивановича сначала также отправили в вотчину, потом — в каргопольскую тюрьму. По темницам были разосланы и их сторонники: Татевы, Колычевы, Быкасовы и др. Самое жестокое наказание ждало посадских людей и купцов — на Пожаре (Красной площади) им публично отрубили головы. Их вмешательство в личные дела царя было расценено как особенно крамольное и возмутительное.
Хотя Василий Иванович не участвовал в выступлении родственников, но он понес наказание — вместе с младшими братьями был сослан в Галич под надзор пристава А. В. Замыцкого. В 1589 году «главные крамольники» умерли: Иван Петрович — 10 апреля, Андрей Иванович — 8 мая. Если относительно престарелого Ивана Петровича можно предположить, что он умер своей смертью, то молодой Андрей Иванович, скорее всего, был убит. После этого остальные Шуйские вскоре были прощены.
Следует отметить, что в сочинениях, написанных после воцарения Василия Шуйского, все эти события представлены в иной интерпретации. В «Повести о Гришке Отрепьеве», «Повести како отмсти» и ее редакции «Повести како восхити» Шуйские — невинные страдальцы от злобных происков Бориса Годунова. Когда москвичи, недовольные Борисом, решили побить того камнями, он испугался и решил публично помириться с Иваном Петровичем и Василием Ивановичем (как известно, последнего даже не было в Москве). В присутствии митрополита Годунов уверил всех, что хочет иметь с Шуйскими сердечную дружбу. Удовлетворенный народ разошелся, а князья поехали в свои вотчины. Однако вслед за ними были отправлены приставы, которые их схватили и отправили в тюрьмы. Эта версия, несомненно, была выдумана сторонниками царя Василия, поскольку без вины не наказывал даже грозный Иван IV. В поздних памятниках, Новом и Пискаревском летописцах, версия про Шуйских обросла всевозможными домыслами и выдуманными дополнениями, но главная причина конфликта между Шуйскими и Годуновыми в них также не была названа. Истину раскрывает только Хронограф 1617 года, созданный при Михаиле Романове.
Опала не слишком испортила карьеру В. И. Шуйского. После смерти всеми почитаемого Ивана Петровича он стал старшим в роду. Вскоре ему представился случай реабилитироваться в глазах царской семьи. 15 мая 1591 года в Угличе произошла трагедия. Погиб сын Ивана Грозного и его последней жены Марии Нагой царевич Дмитрий, которому было около 9 лет. Слухи об обстоятельствах его смерти были настолько противоречивыми, что царь Федор Иванович повелел создать следственную комиссию, которая должна была разобраться в этом деле. Во главе ее были назначены митрополит Крутицкий Геласий и боярин В. И. Шуйский. Назначение Василия, недавно вернувшегося из ссылки, было тактическим ходом правительства Годуновых. Оно должно было убедить общественность в объективности будущего расследования. В состав комиссии вошли также окольничий А. П. Клешнин, бывший дядька царя и тесть Г. Ф. Нагого, и дьяк Елизарий Вылузгин, курировавший территорию бывшего Углического княжества.
Получив назначение, Василий Иванович стал действовать быстро и энергично. Уже вечером 19 мая он прибыл в Углич, имея представление о том, что следует расследовать (по дороге он выяснил некоторые обстоятельства происшедшего у встречавших его угличан). Поэтому уже утром допрашиваемым задавали также вопросы: «Которым образом царевича не стало и что за болезнь была у него? Почему были убиты государевы люди во главе с дьяком М. Битя-говским? Для чего на убитых клали вымазанное куриной кровью оружие? Против кого Нагие призывали угличан к восстанию?» Данные вопросы свидетельствовали о том, что князь Василий уже понял суть произошедших в Угличе событий. Ответы свидетелей должны были обличить Нагих в организации восстания против государевых людей и, значит, против царской власти.
Первыми для допроса вызвали самых важных горожан: брата царицы Михаила Федоровича Нагого, ее родственников, городового приказчика Русина Ракова, представителей местного духовенства. Саму Марию Нагую члены комиссии не имели права допрашивать. Из всех допрошенных только Михаил Нагой заявил, что царевич Дмитрий был убит людьми дьяка Михаила Битяговского и за это угличане расправились и с самим дьяком, и его помощниками, и родственниками. Вызванный для очной ставки Русин Раков не подтвердил эту версию и своими показаниями заставил усомниться в ее правдивости. Он заявил, что в момент смерти царевича Михаила не было во дворе дворца, где разыгралась трагедия. Царицын брат прибежал позднее со своего подворья, где пьянствовал с друзьями. Услышав крики сестры, он умышленно стал натравливать угличан на дьяка Битяговского, с которым имел неоднократные стычки по поводу сбора налогов в царскую казну и выполнения государственных повинностей жителями Углича. (Нагие хотели безнадзорно властвовать в уезде, но дьяк им это не позволял.)
После этого для обличения неправды Михаила были вызваны другие свидетели: его родственники и очевидцы гибели Дмитрия, в числе которых были мамка В. Волохова, кормилица И. Тучкова, постельница М. Колобова и мальчики-жильцы, с которыми играл царевич. Все они говорили одно и то же: Дмитрий вместе с мальчиками играл в «ножички». Игра состояла в том, что необходимо было в броске ткнуть нож в очерченный на земле круг. Внезапно, когда в руке царевича находился острый нож, с ним случился приступ «падучей болезни», т. е. эпилепсии. Руки его начали судорожно двигатьс