Чтобы привлечь знать на свою сторону, царь Василий начал раздавать чины. Окольничество получил князь Д. И. Мезецкий, ставший потом видным дипломатом. Боярство было сказано В. П. Морозову, потом — дяде царицы В. И. Буйносову-Ростовскому и ее родственнику В. И. Бахтеярову-Ростовскому, И. Ф. Крюк-Колычев стал боярином и дворецким. Позднее, правда, он был обвинен в измене и казнен на Красной площади, носившей тогда название «Пожар». Вынужденное бездействие очень угнетало Шуйского; чтобы хоть чем-то себя занять, он рассылал по всей стране грамоты: Скопину — с просьбой быстрее идти к Москве, к Шереметеву — с аналогичной просьбой, в сибирские города — прислать денег, в северные города — собирать войска в помощь Скопину.
5 июля армия князя Михаила подошла к Калязину монастырю. Монахи встретили его со слезами на глазах, как освободителя. Они снабдили армию деньгами, продовольствием и фуражом. Перед сложной переправой через Волгу воины получили возможность отдохнуть. Вскоре к ним прибыло подкрепление из Вологды, Каргополя, Устюга, Белоозера и других городов Севера. Разведка донесла, что на другой стороне реки Волга около села Пирогово стоят полки Я. П. Сапеги. Было решено обманным маневром заманить поляков на топкие болота речки Жабка и там разбить. Маневр с успехом удался. Конные гусары вязли в тине и погибали под градом русских пуль и снарядов. Эта победа позволила войску Скопина успешно переправиться через Волгу и осадить неприятеля в лагере у Пирогова. Очевидец так описал разгоревшееся сражение: «И бысть сеча зла, и сечахуся во многих местах, бьюшеся через весь день. От оружного же стуку и копейного ломания и от гласов вопля и кричания ото обоих людей войска не бе никако же слышати друг друга, что глаголет, а от дымного курения едва бе видети, кто с кем бьется, что звери рыкающие, зло секущиеся». К вечеру стало ясно, что поляки потерпели поражение. Победа оказалась за Скопиным и шведами.
Вскоре ставкой русского войска стал Ярославль. Сюда продолжали прибывать городовые дружины и доставлялись деньги и продовольствие, ведь в Москве уже был голод, государственная казна давно была пуста. Успехи Скопина побудили ряд городовых взяться за оружие. Так, в Вологде Н. М. Пушкин образовал штаб по борьбе со сторонниками Лжедмитрия II. Совместными усилиями удалось освободить Каргополь, Кострому, Вятку, Тотьму. Ф. И. Шереметев взял под контроль большую часть Поволжья и намеревался идти на соединение со Скопиным. Не бездействовал и рязанский воевода П. П. Ляпунов. Он очистил от «воров» Зарайск, Пронск, Михайлов. Все эти радостные известия поднимали боевой дух царя Василия, хотя сам он все еще был заперт в голодающей и ропщущей Москве. В грамотах воеводам он сулил щедрые награды, городскому населению обещал уменьшить налоги; чтобы ускорить события, он даже вступил через дипломатов в переговоры с крымским ханом, прося ударить по южным городам, где обосновались тушинцы. Татары с радостью согласились, поскольку получали официальное разрешение для грабежа русских городов в районе Орла, Оскола и Ливен.
Продвижение Скопина к Москве было вполне успешным. 10 сентября 1609 года он взял Переславль-Залесский, 6 октября — Александрову слободу. Путь к столице был открыт, но полководец не стал спешить, поскольку опасался неудач и окружения тушинцами. Он решил подождать Понизовую рать Шереметева и вместе ударить по воровскому табору. Кроме того, было опасно оставлять врагов в тылу. Поэтому князь Михаил начал рассылать из Александровой слободы, своей новой ставки, отряды по близлежащим местам. В итоге удалось освободить Кашин, Старицу, Ржев, Белую, Бежецкий верх, снять осаду с многострадального Троице-Сергиева монастыря.
Но царь Василий был недоволен действиями племянника. Он настоятельно требовал, чтобы тот освободил столицу и его самого. Медлительность же стал расценивать как какой-то тайный умысел. Масло в огонь подлил и рязанский воевода Ляпунов. Он отправил Скопину грамоту, в которой прямо назвал его новым русским царем, освободителем государства от Вора и интервентов. Шуйского же он обозвал бездеятельным трусом. Все это стало известно в Москве. Хотя князь Михаил рассердился на рязанца и даже хотел его наказать за неподобающую ему честь, царь Василий затаил зло на родственника. Он прекрасно понимал, что авторитет Скопина очень высок среди всех слоев населения, сам же он фактически оказался в его подчинении. Ведь города стали присылать деньги и продовольствие не в столицу, а в Александрову слободу князю Михаилу, как бы признавая его своим главой.
Когда осенняя распутица закончилась и дороги замерзли, Скопин возобновил военные действия. 12 января 1610 года был взят Дмитров, последний оплот гетмана Сапеги. С остатками войск он был вынужден отправиться под Смоленск, где обосновался новый враг царя Василия — польский король Сигизмунд. С февраля 1609 года король планировал поход на Русь, используя в качестве предлога Выборгский договор со Швецией. Ведь он считал короля Карла IX узурпатором, незаконно отнявшим его шведский престол, и любое его сближение с Россией рассматривал как повод для войны с последней. Но напасть на соседнюю страну Сигизмунд решился только осенью 1609 года, поставив перед собой пока одну цель — захватить Смоленск, который считал своей вотчиной, отторгнутой обманным путем, но на самом деле у него были далеко идущие цели. Смоленский воевода М. В. Шеин доносил еще в апреле, что у короля был коварный план военного переворота в Москве. Для его осуществления Сигизмунд хотел отправить туда исключительно многочисленное посольство во главе с сыном Владиславом. На месте следовало арестовать В. И. Шуйского и посадить на престол Владислава как потомка литовского князя Ягайло, имевшего тесные родственные связи с князьями Рюриковичами. Однако осуществить столь смелый шаг Сигизмунд все же не решился.
Успехи Скопина и непредсказуемые действия польского короля привели к тому, что Тушинский лагерь стал распадаться. Поляки решили, что служить своему монарху выгоднее, и стали подумывать о том, чтобы арестовать «царика» и выдать Сигизмунду. Лжедмитрий вовремя узнал о готовящемся заговоре и тайно бежал в Калугу. За ним отправились его русские сторонники, поляки же отбыли под Смоленск. Таким образом, грозный враг у стен Москвы как бы испарился сам по себе.
12 марта 1610 года армия Скопина-Шуйского вместе с Понизовой ратью Ф. И. Шереметева торжественно вступили в столицу. Жители с восторгом приветствовали своих освободителей. Особенно популярным стал молодой красавец-богатырь Михаил Скопин. Только не все желали видеть его преемником престарелого царя Василия. Особенно недоволен был славой Скопина честолюбивый Д. И. Шуйский, считавший себя законным наследником бездетного брата. Он решил во что бы то ни стало избавиться от удачливого соперника. Его жена Екатерина Григорьевна, дочь Малюты Скуратова, согласилась помочь. Наиболее удобный случай представился в апреле, на пиру по случаю крестин двухмесячного сына боярина И. М. Воротынского. Князь Михаил был приглашен на роль крестного отца, крестной матерью стала Екатерина Григорьевна. В конце празднества, по обычаю, она поднесла куму, т. е. Михаилу, чашу с вином. Когда тот ее выпил, то очень скоро почувствовал себя плохо. Отправившись домой, совсем слег. Его лицо побагровело, из носа и ушей полилась кровь, глаза затуманились, волосы встали дыбом. Лежа на кровати, князь начал метаться, испытывая страшные муки. Мать и жена сразу поняли, что Михаила отравили. Подозрение пало на жену Д. И. Шуйского, но что-либо доказать в то время было невозможно.
Слух о болезни всеми горячо любимого полководца-освободителя разнесся по Москве. Из царского дворца прислали лекарей, Яков Делагарди пришел со шведскими врачами. Но лечение не дало никакого результата — убийцы действовали без промаха. К дому умирающего стали собираться толпы людей. Царь Василий тоже был вынужден навестить умирающего племянника. Ему неприятно было слышать, как соратники Скопина, рыдая, говорили у ложа князя: «Кто у нас теперь полки урядит? Кому нам служить? За кем идти в бой? Ты не только был нам господином, ты был государем нам возлюбленным. Ныне мы, как скоты бессловесные, как овцы без пастыря». Василия уже никто не хотел считать своим государем. Более того, многие обвиняли его в отравлении князя Михаила.
Промучившись три дня, вечером 23 апреля Скопин умер. Его гроб, большую колоду, установили в церкви и разрешили всем желающим проститься с ним. Толпы москвичей запрудили все окрестные улицы — горе поистине было всенародным. Многих неприятно поразило то, что тело были вынуждены положить в колоду, поскольку оно странно распухло. Все говорило о том, что причиной смерти был яд. Приехал и Яков Делагарди со шведскими офицерами. Их, как иноверцев, не хотели пускать в православный храм. Но Яков всех грубо растолкал и с гневом заявил: «Как вы можете не позволить мне увидеть своего господина и государя в последний раз?!»
По родовому обычаю, Михаила должны были похоронить в суздальском Спасо-Ефимиевском монастыре, но толпа возопила, что такого знаменитого полководца следует захоронить в царской усыпальнице в Архангельском соборе. Василий согласился воздать царские почести племяннику, поскольку теперь он уже не был его соперником. «С великим плачем и стенанием» гроб с телом князя Михаила перенесли в кремлевский Архангельский собор и захоронили рядом с великими князьями и царями.
Гибель Скопина имела самые трагические последствия для самого царя Василия и его братьев. Но пока они этого не хотели осознавать. Поскольку угроза нападения на Москву короля Сигизмунда все еще была реальной, то во главе царского войска был поставлен Дмитрий Иванович Шуйский. Честолюбивый царский брат торжествовал, но ему не удалось найти общего языка со шведскими наемниками. Делагарди сразу понял, что Дмитрий абсолютно бездарен как полководец, и подчиняться ему не захотел. После смерти Михаила популярность царя Василия среди подданных сошла на нет. Для некоторых дворян он стал просто ненавистен. Душой нового заговора против царя стал рязанский воевода Прокопий Ляпунов. Он начал рассылать грамоты по городам и ссылаться с московскими боярами, уговаривая всех ссадить В. И. Шуйского с престола. Многие его поддержали, особенно боярин В. В. Голицын, надеявшийся на то, что сам займет вакантный престол. По знатности и уму он превосходил многих.