Во время ночлега в Переславле произошел инцидент, неприятно поразивший бывшую царицу. В доме, где ей предстояло жить, оказалась местная колдунья. Она варила какое-то зелье, для которого содрала с жабы кожу. За этим занятием ее и застали слуги. Конечно, ведьму выгнали и варево уничтожили, но тяжелый осадок остался у всех. Получалось, что Марину пытались извести любым способом, даже ведовским. С этого времени члены ее свиты стали с опаской относиться ко всему, что встречалось в дороге. На этот раз путешествие было не столь приятным и радостным, как четыре месяца назад. Тогда казалось, что впереди ждет только большая удача. Теперь же перспективы были очень туманными. Никто уже не приветствовал бывшую царицу. Более того, ее даже старались везти подальше от крупных населенных мест, чтобы избежать контакта с местными жителями.
В начале сентября невольные путешественники достигли Ярославля. Издали город показался Марине малопривлекательным. Крепость располагалась на холме между двух рек, но ее стены сгнили. Каменными были только монастырские сооружения, остальные здания были обычными бревенчатыми избами. Для Марины и ее ближайших родственников отвели три стоящих рядом двора. Они были в предместье, за валом. С этого времени ее жилищем стал ничем не украшенный деревянный дом с полатями вместо кровати, лавками вместо стульев и кресел. О былой роскоши приходилось только вспоминать. Поскольку ночью было уже довольно холодно, Марина попросила протопить печь. Однако около часу ночи от этой печки начался пожар. Пришлось выскакивать на улицу в ночных одеждах. Во время поднявшейся суматохи появились местные жители с мешками. Вероятно, они хотели пограбить богатых поляков, но стрельцы их отогнали. Огонь удалось потушить только через несколько часов. К счастью, никто из свиты не пострадал, вещи также удалось вытащить вовремя. После этого инцидента все стали очень осторожно обращаться с огнем.
Вскоре из Москвы пришли странные вести о том, что войска Василия Шуйского терпят поражение от армии «царя Дмитрия» под разными городами, что вскоре столица может оказаться в блокадном кольце. У спутников Марины возникал один вопрос: «Кто действовал под именем погибшего самозванца?» Ведь от этого зависела их собственная судьба. Новый Лжедмитрий мог преследовать лишь свои собственные цели, например пограбить, внести смуту в русское общество и не пытаться вернуть престол. В этом случае мнимые польские родственники были ему не нужны. Но если его планы были более далеко идущими, то без Марины он уже не мог обойтись, поскольку она могла подтвердить его истинность, став женой. Василий Шуйский сам, видимо, вскоре понял, что польские пленники представляют определенную опасность. Поэтому по его приказу у них отобрали лошадей и попытались разоружить. Но сдать оружие польские паны отказались под предлогом неспокойной обстановки в самом Ярославле и постоянных угроз со стороны местных жителей.
В декабре 1606 года стрельцы сообщили по секрету своим пленникам, что Москва в осаде. Денег и продовольствия нет, поэтому еду следует покупать за свой счет. Но у ограбленных спутников Марины и так почти ничего не было. Пришлось всем снизить свой рацион почти до минимума. Для бывшей царицы это было особенно тягостно, поскольку традиционную русскую пищу она вообще не могла есть. Ее желудок не принимал ни черный хлеб, ни капусту, ни горох, ни репу. Питаться приходилось одними кашами на молоке.
В итоге несколько поляков решили попросту сбежать к тому, кто вновь назвался Дмитрием. Вскоре выяснилось, что и стрельцы-охранники стали оставлять свою службу и отбывать в неизвестном направлении. Все это привело Марину и ее родственников в напряженное состояние. Сами они бежать не решалась, поскольку боялись заплутать в занесенных снегом бескрайних русских лесах. Кроме того, внушало опасение и состояние здоровья Юрия Мнишека. От плохого питания и жизненных невзгод он постоянно прибаливал. К Рождеству среди поляков уже почти не осталось ни одного здорового человека. У кого была высокая температура, у кого болело горло, некоторых мучил сильный кашель. Виной были холода, промерзлые, плохо отапливаемые дома и отсутствие добротной пищи. Марине даже стало казаться, что Господь специально наказывает ее за прошлую любовь к роскоши, чванство и желание возвыситься любым путем.
Новый год, 1607-й, Марина, ее родственники и свита встретили голодными и больными. Все понимали, что следовало бороться за свою жизнь. Многие предложили покинуть Ярославль и добраться до войска нового самозванца. Однако Юрий Мнишек заявил, что бегство может еще больше ухудшить их положение. Вскоре оказалось, что он был прав. Противники царя Василия Шуйского во главе с И. Болотниковым были разбиты под Москвой и отошли к Калуге. Там их вновь окружили правительственные войска. Из столицы прискакал гонец с известием, что на радостях царь решил оказать милость пленникам: приказал не отбирать у них оружие, распорядился построить для них новый, более удобный двор и разрешил написать письма в Польшу.
17 января состоялось новоселье. Новый двор был очень обширным и вместил сразу 300 человек. Марина смогла наконец-то расселить своих фрейлин с большим комфортом. У каждой появились свои покои и помещение для слуг. Удручало только скудное питание. Были дни, когда кроме хлеба и пива ничего не давали. Только в самом конце января рацион стал более разнообразным, с мясом, молоком, яйцами и овощами. По этому случаю для всех был устроен праздничный обед. Впервые за много дней пленники почувствовали себя сытыми. У шляхтичей сразу поднялся боевой дух, и они начали планировать побег к новому Лжедмитрию. Однако их замысел стал известен приставам, и бегство не состоялось.
Безделье и неопределенность положения привели к тому, что многие бравые вояки впали в беспробудное пьянство. Разгоряченные напитками, они устраивали драки с местными жителями по самому незначительному поводу. Марину и ее отца это очень обеспокоило, поскольку ярославцы могли взяться за оружие и отомстить за все обиды. Пришлось в воротах двора установить караул из боеспособных слуг. Приставы, недовольные буйным поведением поляков, стали наказывать пленников голодом. Это приводило к тому, что за кусок хлеба многие отдавали последнюю одежду. Марине же с отцом и родственниками приходилось продавать столовое серебро, которое местные купцы брали за бесценок. Тогда Юрий Мнишек заявил городским. властям, что если они будут морить их голодом, то все поляки погибнут и за это придется держать ответ перед царем.
Вскоре из Москвы прибыл окольничий М. М. Салтыков и навел порядок. Часть пленников была отправлена в Москву с тем, чтобы оттуда вернуться на родину, часть поехала в Вологду. Остальным выплатили все долги по питанию, сверх того дали 470 ведер пива и 17 ведер водки. По этому случаю во дворе Юрия Мнишека был устроен настоящий праздник. Радовали и тайные известия, приходящие из разных мест, о том, что «царь Дмитрий» жив и вновь готов бороться за свой престол. У Марины после таких новостей сразу поднималось настроение и даже хотелось петь и танцевать. Конечно, в глубине души она не верила, что ее муж жив, но надеяться на чудо все же хотелось.
В начале мая пришлось отметить сразу три когда-то счастливых, а теперь печальных события в судьбе бывшей царицы: торжественный въезд в Москву, венчание на царство и свадьбу. Казалось, что все это было давным-давно, в какой-то другой, навсегда ушедшей жизни. Лето прошло в тревожных ожиданиях вестей из столицы и-с полей сражения. Всех интересовал исход борьбы Василия Шуйского с новым претендентом на роль Дмитрия. Правда, как потом выяснилось, самого самозванца не было в армии. За него сражались Иван Болотников и некий «царевич Петруша», якобы сын царя Федора Ивановича. Но утомленные ярославской ссылкой поляки были готовы перейти на сторону даже отъявленного мошенника, лишь бы обрести свободу.
Находясь под стражей, Марина стала особенно набожной. Многие часы проводила она в молитвах или душеспасительных беседах со своим духовником отцом Бенедиктом. Поэтому, когда тот внезапно умер во время службы, она испытала чувство горя и невосполнимой потери. Казалось, что с его смертью она лишилась последнего защитника и главной опоры в беспросветной жизни. Закрывшись в своей спальне, гордая полячка долго и безутешно рыдала. Примеру своей госпожи последовали фрейлины и слуги. Тоска и уныние охватили даже самых задиристых и драчливых шляхтичей. С этого момента стало казаться, что удары судьбы будут по пятам преследовать всех заточенных в Русской земле поляков. Многие стали очень суеверными и с тревогой посматривали на небо, ожидая увидеть всевозможные предзнаменования. Один раз показалось, что полная луна вдруг превратилась в месяц, а потом и совсем исчезла. Другой раз — облака выглядели как сражающиеся сабли. Наконец, один из шляхтичей прочитал на небе стихи с дивными и страшными словами о Божьем наказании грешникам. Все эти видения говорили о грядущих переменах.
Марина и ее отец старались как можно точнее разузнать о том, что происходило в Москве. По некоторым данным, Шуйский терпел поражение, по другим — одолел своих врагов. Ясным было лишь то, что многим русским людям надоела братоубийственная война и они винили нового царя Василия в ее развязывании. Возвращавшиеся с полей сражения воины больше не желали проливать кровь за чужие интересы, и добровольцев идти под Тулу, где разыгрывалась решающая битва, не было. В октябре стало известно, что даже в Москве неспокойно. Несколько бояр, возмущенных затяжным кровопролитием, обратились к Василию Шуйскому с требованием оставить престол, с тем чтобы представительный Земский собор смог решить его судьбу и назвать имя более достойного претендента. Но царь разгневался на смельчаков и, лишив их имущества, бросил в тюрьму. Эти вести говорили о том, что до стабилизации положения в стране еще очень далеко. У Марины даже появлялась робкая надежда на то, что она вновь станет русской царицей и сядет на престол.
Зимой 1607–1608 годов в Ярославль все чаще и чаще стали приходить слухи о том, что «Дмитрий» жив и находится в Путивле. Даже разгром Болотникова и Петруши не останавливал его от намерения вновь идти на Москву. Но Юрий Мнишек отказывался верить в чудо. Сомневалась и Марина. Вскоре они узнали, что в Москву прибыл польский посол и потребовал возвращения подданных короля Сигизмунда домой, т. е. ярославских пленников. Однако Василий Шуйский с ответом медлил, видимо, боясь, что Марина и ее отец вновь начнут помогать самозванному Дмитрию.