Среди сторонников Лжедмитрия II было очень много поляков. Достаточно знатные шляхтичи отправились вместе с ним на Русь за ценной добычей и приключениями. Среди них были князь Рожинский, полковники Зборовский и Лисовский и даже родственник, канцлер Ян Петр Сапега. Мнишеки почувствовали себя в их обществе как дома. Сразу появилось желание отомстить «Москве» за все унижения в плену и жизненные тяготы последних двух лет. Поэтому, когда польский посол и отец собрались домой, Марина решила остаться при новом муже. К тому же она прекрасно понимала, что среди польской знати ее ожидали насмешки за брачные связи с двумя самозванными Дмитриями. Здесь же она была одной из главных уважаемых персон.
Правда, очень скоро новоявленная царица обнаружила, что второй Лжедмитрий во многом отличается от первого. Он был груб, мрачен, подозрителен и, казалось, боялся самого себя. Среди соратников он не пользовался уважением, более того, они нередко вступали с ним в споры и презрительно обзывали «цариком». Кроме того, приходилось постоянно демонстрировать приверженность православной вере: посещать близлежащие монастыри, участвовать в богослужении. По мнению самозванца, это должно было привлечь на его сторону простых людей. Чтобы католическое духовенство не заподозрило ее в измене вере, Марина регулярно слала письма папскому нунцию, в которых уверяла в своей благонадежности и обещала «употребить все меры и все силы к тому, что только будет относиться к славе всемогущего нашего Бога и распространению римско-католической веры».
Таким образом, двойственное поведение полячки свидетельствовало о том, что она вполне осознанно шла на обман. В качестве самооправдания говорила, что является коронованной царицей и должна разделить со своим государством все, что «ниспошлет правосудный Бог». Поэтому возвращаться на родину в позоре и унижении она не собиралась. Более осторожный и дальновидный Юрий Мнишек предпочел в январе 1609 года покинуть Тушино. Меньше чем через месяц он достиг польской границы.
После отъезда отца Марина почувствовала себя очень одинокой, ведь именно он был ее главной опорой и советчиком во всех делах. Сразу же вслед за ним полетели письма. В первом «покорная слуга и дочь» просила прощения за то, что простилась с родителем не должным образом и не получила родительского благословения. Возможно, Юрий не хотел, чтобы Марина оставалась в Тушино, и звал ее с собой. Кроме того, «московская царица» просила отца прислать ей двадцать локтей черного узорчатого бархату для летнего платья, которое она собиралась носить в пост. Эта просьба свидетельствовала о том, что материальное положение тушинской государыни было просто плачевным. Во втором письме Марина жаловалась, что не может отправить к отцу своего посланника, поскольку у нее нет денег, чтобы оплатить его дорогу. Третье письмо, посланное в марте 1609 года, просто жалобное, и заканчивалось оно такими словами: «Милостивый государь мой батюшка, помните, как вы с нами кушали лучших лососей и старое вино пить изволили, а здесь того нет. Ежели имеете, покорно прошу прислать».
Получалось, что в Тушино у Марины не было не только подходящей одежды, но и хорошей пищи. Будучи уже второй раз замужем, она все еще считала своим покровителем отца, а не Лжедмитрия II. Последний, судя по всему, о жене мало заботился и не испытывал к ней каких-либо теплых чувств. Только политический расчет связывал его с полячкой. Марина, видимо, отвечала супругу тем же. В письмах к отцу она о нем не упоминала, лишь отмечала, что относятся к ней не так, как было обещано. Но при явно отчужденном отношении к Лжедмитрию Марина все же не забывала об их общих интересах: разбить врагов и заполучить московский трон. Поэтому в каждом письме она просила отца похлопотать перед польским королем и выпросить военную и материальную помощь. Однако у Сигизмунда появились свои собственные планы относительно раздираемого междоусобием ослабленного Русского государства. Права своей подданной на московскую корону он не собирался признавать. Для него стало выгодней расправиться с самозванцем и самому попытаться завладеть Москвой или хотя бы Смоленском.
Осенью 1609 года королевская армия перешла русскую границу и осадила Смоленск. В Тушино приехали гонцы, приглашавшие польских сторонников Лжедмитрия прибыть в лагерь Сигизмунда. Положение самозванца, а значит, и Марины очень осложнилось. С севера неумолимо приближались полки Михаила Скопина-Шуйского, шедшего на помощь царю Василию, с юга шла Понизовая рать Ф. И. Шереметева, с запада грозился польский король. В самом таборе зрела измена.
Письма Марины к отцу со второй половины 1609 года наглядно отражали тягостную обстановку в Тушинском лагере. Грабежи и разбои поляков и казаков настроили против них население многих городов и сел. Деньги и продовольствие для армии почти перестали поступать. Это привело к раздорам и конфликтам среди обитателей табора. Перспектива выглядела очень туманной, поэтому печаль и уныние стали обычным состоянием царицы.
В конце 1609 года в Тушино прибыли послы от короля с предложением всему воинству перейти к нему на службу. Сигизмунд обещал тут же выплатить жалованье, которое Лжедмитрий уже давно задерживал. Многие решили, что служить законному монарху выгоднее и почетнее, чем неизвестному бродяге. Узнав о готовящейся измене, самозванец решил бежать. 400 донских казаков согласились его сопровождать. Однако беглецам не удалось уехать достаточно далеко. По приказу Рожинского они были схвачены и возвращены в лагерь. После этого за «цариком» установили строгий надзор и отлучили от всяких дел. В неведении пребывала и Марина. За их спиной начались новые переговоры с посланцами короля. Обеспокоенный Лжедмитрий напрямую спросил Рожинского: «Для чего прибыли королевские послы?» В ответ услышал только брань. Когда лжецарь возмутился грубостью ответа, то гетман даже пригрозился побить его. Все это убедило самозванца в том, что его жизни угрожает большая опасность. В тот же вечер он переоделся в крестьянское платье и вместе со своим любимым шутом Кошелевым на навозных санях отбыл из Тушино. Марина, естественно, ничего не знала о побеге супруга, поскольку того не интересовала ее судьба. В новой осложненной ситуации она уже была ему не нужна и представляла собой лишнюю обузу. Когда наутро стало известно об исчезновении Лжедмитрия II, большая часть тушинцев решила перейти на сторону короля Сигизмунда и известила об этом его посланцев.
Все эти новости буквально убили Марину. Вновь она лишалась надежд на светлое будущее. Бледная, рыдающая, с распущенными в знак скорби волосами, бродила она по лагерю, заглядывала в воинские палатки и умоляла их обитателей не покидать мужа и помочь вернуть «отчий престол». Но мало кто откликался на ее призыв. Постыдное бегство окончательно подорвало авторитет «царика».
Тушинцы решили отправить к королю посольство с просьбой дать на московский престол своего сына Владислава. В этой ситуации Марине оставалось только бежать куда-нибудь с надеждой на перемену судьбы в лучшую сторону. Она свято верила в то, что «кого Бог осветит раз, тот будет всегда светел. Солнце не теряет своего блеска потому только, что иногда черные облака его заслоняют». Марина не желала выглядеть трусливой беглянкой в глазах общественности, поэтому польскому королю она написала так: «Всего лишила меня превратная фортуна, одно лишь законное право на московский престол оказалось при мне, скрепленное венчанием на царство, утвержденное признанием меня наследницей и двукратной присягой всех государственных московских чинов». Утверждая свои права на московский престол, «тушинская царица» вспомнила, что венчание ее на царство произошло раньше бракосочетания с первым Лжедмитрием и само по себе уже возносило на трон, даже без мужа. Благодаря этой церемонии она имела самостоятельное законное право на царский венец. Правда, ни русское общество, ни король Сигизмунд этого признавать не хотели.
Покидая Тушинский лагерь, Марина оставила послание и для воинства. «Не могу уже дальше быть к себе жестокой, попрать, отдать на произвол судьбы и не радеть о том, что люди добродетельные ставят выше всего, и не уберечь от окончательного несчастья и оскорбления себя и своего сана от тех самых, которым долг повелевает радеть обо мне и защищать меня. Полно сердце скорбью, что и на мое доброе имя, и на сан, от Бога данный, покушаются! С бесчестными меня равняли на своих собраниях и банкетах, за кружкой вина и в пьяном виде упоминали! Тревоги и смерти полно сердце от угроз, что не только, презирая мой сан, замышляли изменнически выдать меня и куда-то сослать, но и побуждали некоторых к покушению на жизнь мою! Подобно тому, как я не могла вынести оскорбления невинности и презрения, так и теперь не попустит Бог, чтобы кто-нибудь часто спекулировал моей особой, изменнически выдавая меня, прислуживаясь, понося меня и мой сан, задумывая увезти меня туда-то и выдать тому-то, ибо никто не имеет никаких законных прав ни на меня, ни на это государство. Не дай Бог того, чтобы он когда-нибудь порадовался своей измене и клятвопреступничеству! Теперь, оставшись без родителей, без родственников, без кровных, без друга и без защиты, в скорби и мучении моем, препоручив себя всецело Богу, вынужденная неволею, я должна уехать к своему супругу, чтобы сохранить ненарушенной присягу и доброе имя и хотя бы пожить в спокойствии и отдохнуть в своей скорби, ожидая от Бога — защитника невинности и правосудия — скорейшего решения и указания.
Посему объявляю это перед моим Богом, что я уезжаю, как для защиты доброго имени, добродетели, сана — ибо, будучи владычицей народов, царицей московской, возвращаться в сословие польской шляхтенки и становиться опять подданной не могу, — так и для блага сего воинства, любя добродетель и славу, верного своей присяге». Это письмо показывает, как быстро повзрослела и обогатилась новым политическим опытом Марина. За год с небольшим из воеводской дочки, мечтавшей о копченой лососине с вкусным вином, она превратилась в женщину, претендующую на высший титул государыни большой державы. Именно себя она считала носительницей царской власти, полученной от Бога, а не мужа. К Лжедмитрию она уезжала лишь потому, что связана супружескими узами и в его лице видела своего единственного защитника. Но при этом она твердо заявляла, что никогда не вернется в прежнее шляхетское сословие и всегда будет считать себя владычицей народов.