В итоге со всех сторон возникли языки пламени, дым заволакивал все вокруг, от канонадного грохота казалось, что само небо рушится на землю. Вполне естественно, что в стане крымцев началась паника. Никто не мог понять, что происходит, ведь сами они еще боя не начинали. Подосланный Мстиславским дезинформатор довершил дело. Когда он сказал, что к Москве приближается новгородское войско, которое собирается ударить по крымцам с тыла, то Казы-Гирея и его приближенных охватил ужас. За час до рассвета 5 июля крымцы бросились бежать во главе со своим ханом. Они даже оставили свои обозы с продовольствием и боеприпасами, а хан же пересел на резвого скакуна, не заботясь о дальнейшей судьбе своего украшенного золотом, обитого коврами расписного возка. Его потом обнаружили воины Мстиславского на переправе у Оки, когда попытались догнать беглецов.
Отход степняков был настолько стремительным, что защитники столицы не сразу осознали, что победили. Когда они решили броситься вслед за врагом, то оказалось, что хан уже в районе Тулы. Поэтому удалось только собрать брошенные пожитки и с триумфом вернуться назад. Так бесславно закончилось последнее наступление на Москву крымских татар. Больше столь далеко в глубь русской территории они никогда не заходили. С дороги Ф. И. Мстиславский отправил царю Федору грамоту о полной победе. При этом он забыл упомянуть своего «товарища» Бориса Годунова. Вряд ли он сделал это умышленно, просто Годунов не был настоящим полководцем и в военных советах не участвовал. Но царь обиделся за своего шурина и слегка попенял князю за невежливость и забывчивость. Если бы на месте Федора Ивановича был какой-нибудь заносчивый и чванливый вельможа, то он наверняка бы обиделся. Но наш герой и виду не показал, что недоволен выговором. Спокойно и с достоинством он получил причитавшиеся ему награды: «золотой португал» (золотую монету, считавшуюся высшим орденом того времени), дорогой кубок, роскошную соболью шубу. Для «кормления», т. е. получения доходов от налогов, он получил город Кашин с пригородами. Это было очень кстати, поскольку основные его земельные владения находились около Ярославля.
Мстиславский не обиделся даже на то, что второй воевода, Б. Ф. Годунов, получил существенно больше наград, хотя заслуг у него было меньше. Кроме «португала», кубка и шубы, тот получил звание «царского слуги», самое почетное при дворе, а также золотую цепь самого царя и богатую и обширную область Вага на Севере. О своих заслугах князь Федор Иванович знал сам, но выпячивать их не хотел. Ведь победу русскому войску обеспечили его четкое руководство, забота о мобильности связи, хорошая организованность и быстрота действий. Его спокойствие и уверенность в успехе передавались простым воинам, и они не паниковали и не трусили, четко выполняя свой долг.
Все годы правления царя Федора Ивановича Мстиславский постоянно занимал и в Боярской думе, и войске ведущее положение. Никто не оспаривал его знатность, опытность и хорошее знание своего дела. К тому же князь пользовался всеобщим уважением и часто приглашался судьей при решении сложных местнических споров. Неучастие в политических играх и интригах позволили Ф. И. Мстиславскому сохранить свое высокое положение и после воцарения Б. Ф. Годунова в 1598 году. Несомненно, что Федор Иванович, родственник по крови угасшей династии московских князей, имел больше прав на престол, чем Борис. Возможно, что последний это хорошо понимал, поэтому долго не решался занять царский трон. Но Мстиславский ни одним словом, ни одним поступком не обнаружил своего намерения вступить в политическую борьбу. Для этого он был слишком честен и благороден. Свое доброе имя и родовую честь он ценил превыше всего. Дав один раз клятву верности, никогда ей не изменял в угоду сиюминутной конъюнктуре. В этом он был мало похож на большинство своих современников, разжегших в конце концов яростную междоусобную войну.
Свое призвание князь Федор Иванович видел в верном служении царскому трону, несмотря ни на что. Поэтому он смолчал, когда царь Борис обрушил репрессии на его свояка Симеона Бекбулатовича, сослал того в глухое село Клушалино и потом послал ему отравленное вино, от которого Симеон ослеп. Вероятно, и в бывшем великом князе Московском Годунов видел соперника и стремился от него избавиться. Промолчал князь и тогда, когда репрессии обрушились на его дальних родственников Романовых, обвиненных в желании отравить царя Бориса. Несомненно, что гибель князя И. В. Сицкого и его жены, молодых Василия и Михаила Романовых, Б. К. Черкасского сильно его огорчала, но возмущаться было опасно. Малейшее неосторожное слово могло стать поводом для ссылки или пострижения его. самого.
Мстиславский знал, что Б. Ф. Годунов его не любит и пытается любым путем унизить. С мудрым терпением сносил он все попытки царя втравить его в местнические споры с каким-нибудь знатным выскочкой. Дело кончилось тем, что в пику Федору Ивановичу Борис приблизил к себе строптивого князя М. П. Катырева-Ростовского, удаленного от двора еще Иваном Грозным. Даже достаточно терпеливый царь Федор Иванович не мог сносить заносчивость и упрямство этого князя и не жаловал его. Годунов же уравнял Катырева по знатности с Мстиславским и не раз назначал того воеводой Большого полка и сажал на пиру на самое почетное место. Не роптал князь Федор даже тогда, когда после безвременной кончины жены царь Борис не позволил ему вторично жениться. Не имея наследников, ему пришлось бы после смерти оставить все свое значительное имущество казне. Вполне вероятно, что Годунов боялся, что сын знатного князя, может стать соперником его наследника царевича Федора позже.
Чувство долга всегда перевешивало у Мстиславского все остальные эмоции. Он старался забывать обиды и не помнить зла. Поэтому, когда в 1604 году на Русь вторглись полки Лжедмитрия I, обвинявшего Бориса Годунова в покушении на свою жизнь и узурпировании царской власти, князь без всяких колебаний согласился встать во главе царской армии и повести ее в бой против самозванца. 18 декабря 1604 года под Новгородрм-Северским состоялся бой армии под руководством Мстиславского и войска Лжедмитрия I. Князь Федор Иванович, как всегда, первым поскакал на врага, показывая воинам пример отваги и мужества. Однако годы уже взяли свое. Самозванец был в два раза его моложе и проворнее. К тому же за его плечами были поляки, владевшие европейскими методами ведения боя. В итоге в пылу сражения Мстиславского несколько раз ударили по голове (его жизнь спас золоченый шлем) и сбили с коня. Если бы не верные слуги, то он неминуемо попал бы в плен. Едва живого его вынесли с поля боя. Без главнокомандующего царская армия сразу потеряла боеспособность. Кончилось сражение победой Лжедмитрия, имевшего намного меньше войска, чем у Мстиславского.
Поражение настолько удручило воевод, что они долго не решались отправить в Москву гонца с этим известием. К тому же они боялись гнева скорого на расправу царя Бориса. Но на этот раз Годунову пришлось сдержаться, ведь от войска зависела судьба его трона. Поэтому он отправил к раненому Мстиславскому лекаря со всякими снадобьями. Кроме того, чашнику Вельяминову было поручено спросить больного князя о здоровье. В то время это считалось проявлением царской милости.
Несмотря на тяжелое ранение, Федор Иванович не покинул войско. Он знал, что его авторитет среди воинов нужен Борису, под которым уже начал шататься трон. Он лишь передал бразды руководства прибывшему В. И. Шуйскому и очень порадовался, когда тому удалось разбить Лжедмитрия под Добрыничами. Но развить этот успех не удалось. Четких указаний из Москвы не было, а сами воеводы не решались проявлять личную инициативу. К тому же стояла зима с морозами и бездорожьем. Войску требовались продовольствие и теплое жилье. Мстиславский планировал начать новую военную кампанию весной, когда просохнут дороги. Но внезапная смерть царя Бориса не позволила этому осуществиться. Наследник, царевич Федор Борисович, видимо, чувствовал себя неуверенно, поэтому тут же попросил Федора Ивановича вместе с Шуйскими прибыть в столицу. Это обезглавило стоящее под Кромами войско. В нем стала зреть измена.
В Москве Мстиславский поддержал нареченного царя Федора Борисовича и его мать, царицу Марию Григорьевну, но изменить ситуацию в войске и стране он уже не мог. В начале мая большая часть кромской армии перешла на сторону Лжедмитрия. Ничего не смог он сделать и тогда, когда москвичи поднял против Годуновых восстание. Ведь огромной толпе он мог противопоставить лишь сотню своих слуг. К тому же его возмущало непонятное бездействие Федора Борисовича и его родственников. Однако в глубине души он осуждал тех представителей знати, которые жестоко расправились с Федором и его матерью, поэтому не поехал в ставку самозванца в, Тулу, чтобы униженно просить чинов. Для этого он был слишком честен и горд. Но Лжедмитрий не решился отправить в отставку самого знатного князя. За Мстиславским сохранилось его ведущее положение в новой думе, названой Советом светских лиц. Правда, возглавлять войско его уже не приглашали. Самозванец сам мнил себя непобедимым полководцем. К тому же князь был слишком старым для широкомасштабных походов.
Несомненно, что Мстиславский остался в стороне от заговора В. Шуйского. О нем он, скорее всего, ничего не знал. Когда 17 мая 1606 года произошел переворот, князь Федор Иванович был в стороне от стремительно разворачивающихся событий. Но, думается, именно он был инициатором того, чтобы взять с нового царя, Василия Шуйского, ограничительную запись. Ведь по всем признакам тот был узурпатором, захватившим трон без всяких прав на него. Несомненно, многие понимали, что у самого Мстиславского больше прав на царскую корону, чем у Шуйского. Ведь он был кровным родственником угасшей династии. Но Федор Иванович никогда не претендовал на высшую власть, и даже когда ему ее предлагали, решительно отказывался.
Нейтральная позиция вновь помогла Мстиславскому сохранить в Боярской думе самое высокое доложение и незыблемый авторитет во всех делах. Хотя царь Василий и видел в нем соперника, но предпринять что-либо против князя не решился. Он даже оставил его ведущим полководцем в армии, хотя на эту роль претендовал его брат Дмитрий, а потом и молодой М. В. Скопин-Шуйский. В декабре 1606 года Мстиславский во главе Большого полка был отправлен вслед за отступившим в Калугу Болотниковым. Началась осада города, но взять его не удалось, поскольку восставшие дрались отчая