£ городами показала, что Тушинского вора почти никто не хочет считать государем. Нового царя следовало избрать общим советом — на Земском соборе.
После разгрома царских войск под Клушиным стало ясно, что ненавистного всем царя Василия пора ссадить с престола. Прокопий отправил к брату Захарию в Москву гонца с приказом действовать быстро и решительно. 17 июля 1610 года 3. Ляпунов во главе дворян отправился на Лобное место и заявил собравшимся москвичам, что время правления «шубника» закончилось. Все вместе они отправились в Кремль к царскому дворцу. Только патриарх Гермоген пытался их остановить, но его насильно вывели из Кремля. Сначала В. И. Шуйского с женой отвели на старый боярский двор, а потом и постригли в Чудовом монастыре.
Но последующие события стали разворачиваться не так, как планировал Прокопий. Земский собор для царского избрания собрать не удалось: под стенами Москвы стояли два грозных войска: Жолкевского и Лжедмитрия II. Из двух зол выбрали наименьшее — провозгласили новым государем королевича Владислава. В Смоленск для переговоров с королем отправилось представительное посольство. В его состав был включен Захарий Ляпунов.
Поначалу Прокопий не возражал против воцарения королевича и даже присылал продовольствие для польского гарнизона, обосновавшегося в столице. Однако от брата он вскоре узнал о том, что король Сигизмунд не собирался давать юного сына, а планировал сам завладеть Русским государством, лишив его национальной независимости. Чтобы поточнее выведать планы поляков, Захарий притворился их ярым сторонником и часто принимал участие в совместных застольях. Правда, потом король выяснил, что Ляпунов был тайным соглядатаем, и приказал его арестовать.
Получив известия от брата, П. П. Ляпунов решил действовать самостоятельно. Он начал рассылать по городам грамоты, в которых рассказывал о положении в стране и о тайных планах польского короля. Он разоблачал московских бояр, которые ради чинов и поместий предали интересы Отечества. Только Гермоген, как несгибаемый столп, один с помощью креста и веры отважился противодействовать врагам. Именем патриарха Прокопий запрещал русским людям целовать крест и приносить присягу Владиславу. Он призвал всех объединиться и очистить государство от интервентов.
Инициатива рязанца нашла отклик у многих городовых воевод. Они безоговорочно признали его лидерство и стали присылать в Переяславль-Рязанский своих представителей, чтобы поговорить о «добром деле и совете». В войско ополченцев приглашались даже холопы и крепостные: «А которые боярские люди крепостные и старинные, и те бы шли безо всякого сомнения, всем им воля и жалование будет».
Узнав о деятельности Ляпунова, московские бояре сочли ее крамольной и даже отправили к Рязани отряд казаков для наказания ослушника. В октябре 1610 года тем удалось взять Пронск и осадить рязанскую столицу. Но Прокопий был уже не один. Ему на помощь пришел зарайский воевода Д. М. Пожарский и отогнал московские войска. Патриарх Гермоген радостно приветствовал действия патриотов. Он дал им свое благословение и попросил поторопиться с освобождением Москвы, в которой хозяйничали интервенты. Получив от патриарха грамоту с рассказом о его бедственном положении, Ляпунов направил «седьмочисленным» боярам гневное письмо, в котором требовал прекратить гонения на православного пастыря и восстановить его в прежнем высоком статусе. Но эта грамота лишь ухудшила положение Гермогена — он был взят под стражу.
В начале 1611 года стало ясно, что патриотическое движение охватило многие центральные города. Все они поддерживали тесные контакты с рязанским воеводой. На февраль был назначен общий сбор. По плану Прокопия, следовало подойти к столице со стороны Коломны и Серпухова, хотя многие городовые дружины шли с севера: из Ярославля, Вологды, Костромы. Когда основное войско собралось, был создан военный совет из главных воевод. В него вошли: сам П. П. Ляпунов, тушинцы Д. Т. Трубецкой и И. М. Заруцкий, городовые воеводы Ф. И. Волконский, И. И. Волынский, Ф. Ф. Козловский, В. Ф. Мосальский и ряд других. Все они поклялись «стоять за один, быть в любви и братстве». Своей целью они ставила полное освобождение Русского государства от польских и литовских захватчиков во главе с королем Сигизмундом.
3 марта передовые отряды двинулись к Москве, но они не успели помочь москвичам, 19 марта стихийно поднявшим восстание против поляков. Штурм города начался только 1 апреля. Шесть дней ополченцы отвоевывали стены и башни Белого города. В этих боях Прокопий продемонстрировал не только хорошие организационные способности, но и личное мужество и военный опыт. Современники отзывались о нем так: «Всего московского воинства властитель скачет по полкам всюду, как лев рыкая». Взяв Белый город, ополченцы превратили его в огромный военный лагерь. Каждые городовые отряды стояли отдельно, но на военный совет все собирались вместе.
Московские бояре с возмущением встретили действия Первого ополчения и отказались признать их законными. Они считали городовых воевод крамольниками, выступавшими против законности и порядка. Чтобы опровергнуть это мнение, П. П. Ляпунов предложил избрать временное правительство — «Совет всей рати» — и утвердить текст Приговора, повествующего о целях и задачах всего движения, о законах, которые должны быть в войске, о правах и обязанностях руководителей и рядовых воинов. После этого все подписали Приговор.
Во временном правительстве Прокопий занял только третье место, поскольку по своему чину был ниже Трубецкого и Заруцкого. Однако очень скоро в его руках сосредоточилась большая власть, поскольку он ведал материальным обеспечением и осуществлял связь с городами. Под его началом оказался также Поместный приказ, занимавшийся распределением земельных владений. На общем совете было решено, что земли бояр-изменников будут розданы руководителями войска. Под контроль были взяты и дворцовые земли. С них собирались налоги и продовольствие для ополченцев. Ляпунов стремился к тому, чтобы во всем был порядок и контроль. Видя его честность и бескорыстность, городовые воеводы признавали его своим руководителем.
Однако очень скоро обнаружилось, что во временном правительств нет единства. Главное противоречие заключалось в том, что Заруцкий, а может, и Трубецкой полагали, что после победы трон должна занять Марина Мнишек с сыном Лжедмитрия II Иваном. Ляпунов же был категорически против полячки и Воренка. Сначала он планировал избрать государя общим советом. Потом он стал склоняться к кандидатуре шведского королевича Карла-Филиппа. Он даже направил в Новгород для переговоров князя И. Ф. Троекурова, который узнал, что шведы были готовы оказать ополченцам военную помощь в борьбе с поляками, но взамен требовали деньги и прибалтийские города. Вопрос о территориальных уступках Прокопий даже не стал обсуждать, поскольку не считал себя правочным его решать. Но он подумал, что шведским наемникам можно было бы заплатить из богатой новгородской казны. Однако вскоре переговоры со шведами прекратились, поскольку те обманным путем захватили Новгород и сами превратились в интервентов. Кандидатура Карла-Филиппа отпала сама собой.
Попытки П. П. Ляпунова всюду навести порядок и установить законность вызывали возмущение у казачьих атаманов. Они полагали, что с оружием в руках могут беспрепятственно брать чужое добро и хозяйничать повсюду. Их недовольство умело подогревалось И. М. Заруцким, который не хотел делить власть с рязанским воеводой. Некоторые казачьи отряды отправлялись в подмосковные деревни и грабили местных крестьян, страдали от них и купеческие караваны, и монастыри. В подмосковный стан стали приходить жалобщики и обвинять казаков в разбое. Ляпунов понял, что действия казаков подрывают доверие простых людей к ополченцам. Это было на руку лишь их врагам. Поэтому на «Совете рати» он поставил вопрос о том, что следует сурово наказывать тех, кто занимается воровством. Городовые воеводы горячо поддержали своего вожака и постановили тут же казнить виновных на месте преступления, без суда и следствия.
Как-то раз воевода Плещеев узнал, что 28 казаков грабят Николо-Угрешский монастырь. Он тут же приказал их поймать и бросить в воду, желая утопить. Товарищи выловили казаков и привели их к атаманам для разбирательства. Собрали казачий круг, на котором почему-то во всем обвинили Прокопия Петровича (якобы он умышленно настраивал воевод против казаков), кроме того, его стали укорять за грубость и непомерное высокомерие, из-за которого он гнушался общаться с простыми воинами. Сидя в приказной избе, он отказывался их принимать и не удовлетворял их просьбы.
Вполне вероятно, что многие из этих обвинений были несправедливыми, поэтому Ляпунов обиделся и решил уехать домой на Рязанщину. Узнав об этом, городовые воеводы бросились его догонять. Под Симоновым монастырем они уговорили его вернуться. Без его опыта и организационных способностей им было трудно обойтись. Но Заруцкий решил любым путем избавиться от соперника. Для этого он даже пошел на явный подлог. По его просьбе поляки изготовили в Москве грамоту, якобы написанную П. П. Ляпуновым и за его подписью. В ней писалось о том, что жителям всех городов следует убивать казаков, появляющихся в их местности. Эту грамоту подбросили казакам в подмосковный стан. Те, естественно, возмутились и потребовали собрать Большой круг — общий казачий сход. На нем Прокопий должен был объясниться.
Рязанского воеводу заранее предупредили о новом волнении среди казаков, направленном лично против него. Он понял, что это вновь происки его врагов и что его жизни угрожает большая опасность. По совету друзей Ляпунов решил с казаками не встречаться и не покидать расположение своего полка. Однако два авторитетных атамана С. Толстой и Ю. Потемкин пообещали в случае опасности защитить его и уговорили выйти на круг.
25 июля 1611 года с несколькими сопровождавшими его рязанцами Прокопий Петрович отправился к казакам. Он был уверен в своей правоте и надеялся убедить всех в невиновности. Но заранее настроенные против него казаки не пожелали выслушать воеводу. С шумом и криком они набросились на него. Не помогла и защита И. Ржевского.