Отсутствие Дмитрия очень скоро отрезвило городовых воевод, не желавших хаоса и безвластия, которые непременно воцарились бы в случае победы Ивана Болотникова. Уже 15 ноября под покровом ночи рязанский отряд под руководством Прокопия Ляпунова и Григория Сунбулова покинул восставших и перешел на сторону царя Василия. Это воодушевило москвичей на ночную вылазку, в ходе которой по ставке восставших в Коломенском был нанесен ощутимый удар.
Тогда Болотников решил сомкнуть блокадное кольцо и, захватив село Красное, отрезать столицу от Ярославской дороги. Хотя село удалось взять, полностью окружить город не получилось. Этим воспользовались смоляне и двинцы. Их достаточно крупные отряды, состоявшие из опытных и хорошо вооруженных воинов, смогли пробиться в столицу. Положение царя Василия значительно укрепилось, и это подтолкнуло других городовых воевод к переходу на его сторону.
Одним из первых переговоры с москвичами начал Истома Пашков. Было решено, что во время генерального сражения 2 декабря он со своим отрядом нанесет болотниковцам удар в спину. В результате этого соглашения царские войска вместе с перешедшими на их сторону дворянами разбили восставших у деревни Котлы. Болотников был вынужден отойти к хорошо укрепленному Коломенскому. Там царские воеводы принялись осыпать деревянные стены огненными ядрами и подожгли их. Болотниковцам пришлось в спешном порядке двинуться к Калуге. Вскоре пала и вторая их подмосковная ставка — Заборье, оборонявшаяся запорожскими казаками.
Не желая повторять ошибку Бориса Годунова, который слишком рано начал праздновать победу над Лжедмитрием и был побежден, Василий Шуйский тут же послал вслед за Болотниковым отряд под командованием своего брата, Д. И. Шуйского. Но при штурме Калуги тот потерпел сокрушительное поражение. На смену ему прибыл И. И. Шуйский, за ним — М. В. Скопин, Ф. И. Мстиславский и Б. П. Татев, которые были опытными полководцами. Однако и их попытки с ходу взять хорошо укрепленный город не увенчались успехом. Тогда было решено соорудить «примет» — бревенчатую башню на колесах, чтобы с ее помощью поджечь городские стены и разбить врага. Болотников разгадал этот замысел и повелел лазутчикам под покровом темноты взорвать «примет». Переполох в стане царских воевод оказался на руку восставшим. Они отважно бросились на противника и нанесли ему ощутимый урон.
Не удалось царю Василию навести порядок и в других восставших городах, поскольку на помощь им из Путивля выступил «царевич Петруша». Вместе с боярами он пробился к Туле и сделал этот город своей ставкой, отправляя оттуда вооруженные отряды на помощь восставшим михалковцам, алексинцам и жителям Козельска.
В начале февраля 1607 года воевода Петруши князь А. А. Телятевский начал пробиваться к Калуге, чтобы освободить болотниковцев. Ему удалось разгромить около Венева московского воеводу А. В. Хилкова. Отброшены назад были и отряды И. М. Воротынского. Однако вскоре в бою на реке Вырке один из видных полководцев Петруши князь В. Ф. Мосальский был смертельно ранен, а его войны предпочли смерть пленению. В начале марта князю А. В. Хилкову удалось взять город Серебряные Пруды, охранявший дальние подступы к Туле.
Интересно отметить, что сражавшиеся ныне за «царя Дмитрия» князья А. А. Телятевский и В. Ф. Мосальский при первом самозванце находились в противоположных лагерях: первый входил в родственный круг царя Бориса и поэтому находился в опале, второй же был ближайшим родичем одного из любимцев лжецаря — В. М. Мосальского Рубца. В то же время за царя Василия бились мнимые родственники первого Лжедмитрия — Нагие и его выдвиженцы И. Н. Романов, Б. М. Лыков, Ф. И. Шереметев, Б. П. Татев и другие. Получалось, что московская знать не верила в воскресение «сына Ивана Грозного», но каждый ее представитель действовал, исходя из собственных интересов, «ловя рыбку» в мутной воде междоусобия. Для некоторых такая политика оказалась смертельно опасной. Погиб не только В. Ф. Мосальский, но и Б. П. Татев, который когда-то сдал Лжедмитрию Царев-Борисов, открыв путь к столице. Много воинов с обеих сторон полегли в битвах под Алексином, Дедиловом, Каширой…
Наконец, после ожесточенных боев в начале мая 1607 года А. А. Телятевский прорвал осаду Калуги й позволил болотниковцам отойти к Туле. К этому времени в городе не оставалось ни продовольствия, ни боеприпасов и положение восставших было плачевным.
В это время Шуйский не только копил силы для решающего удара по восставшим, но и стремился всячески сплотить подданных вокруг своего трона.
В феврале 1607 года была вновь устроена публичная акция, призванная напомнить москвичам о прежних предательствах и отвратить их от новых. В Москву привезли бывшего патриарха Иова, который составил Разрешительную грамоту, отпускающую горожанам их грехи, главными из которых значились свержение его, законного первоиерарха, и надругательства над ним. Грамоту размножили и разослали по церквам, где она была публично зачитана. 20 февраля москвичам предложили собраться в Успенском соборе и лично встретиться с Иовом. Увидев слепого и дряхлого патриарха, горожане с воплями припадали к его ногам и причитали: «Прости! Прости! Во всем виноваты, честной отец! Прости нас, грешных, и помолись за нас перед Господом Богом!»
Царь Василий надеялся на то, что новое публичное покаяние навсегда отвратит его подданных от измены. Как показало время, он просчитался. Весной 1607 года Смута в России только начинала набирать обороты. Главные бедствия и развал страны были еще впереди. Кровавая междоусобица ждала своих жертв.
Успехи Болотникова, знакомого с европейским военным делом, показали царю Василию, что боевой опыт его воевод явно недостаточен. Он повелел на основе переводных трудов составить «Устав ратных дел» и ознакомить с ним ведущих полководцев. Новые сведения должны были помочь им в борьбе со сторонниками самозванческих авантюр.
Для улучшения материального положения рядового дворянства Шуйский издал несколько законов, касающихся крестьян и холопов — главной рабочей силы в помещичьих хозяйствах. Прежде всего, срок сыска беглых крестьян был увеличен с пяти до пятнадцати лет. Отныне владельцы имели право вернуть себе тех крестьян, которые были записаны за ними в писцовых книгах 1592 года, — именно в том году происходила перепись населения страны. За укрывательство беглецов полагался крупный штраф, а разыскивать их предписывалось представителям царской администрации. Второй указ касался добровольных холопов, то есть тех людей, которые по собственной воле поступали на службу к представителям высшей знати. Их запрещалось кабалить, то есть превращать в рабов. Отныне добровольные холопы имели право прекращать срок своей службы по собственному усмотрению. Это были преимущественно выходцы из обедневшего дворянства, которыми царь намеревался пополнить свое войско.
Собирая огромную армию для окончательного разгрома Ивана Болотникова и Петруши, царь Василий испытывал серьезные материальные трудности, ведь царская казна была истощена еще Лжедмитрием I. Приходилось забирать ценности у монастырей, увеличивать таможенные пошлины на Севере и в Сибири, налагать значительные штрафы на уклонявшихся от службы дворян. Войско стало активно пополняться «даточными людьми», экипировать которых были обязаны монастыри. Богатых купцов заставляли давать царю деньги в долг. В частности, Строгановым за крупный заем позволено было даже «писаться с отчеством», хотя это считалось привилегией князей и бояр.
Усилия царя принесли свои плоды — в мае 1607 года удалось собрать почти стотысячное войско. Его смотр должен был состояться под Серпуховом. Не надеясь на воевод, Шуйский решил лично его возглавить. Руководство основными полками он доверил родственникам и надежным людям. Во главе самого важного Большого полка встал опытный и удачливый полководец князь и боярин М. В. Скопин-Шуйский. Помощником к нему был определен И. Н. Романов. В Рязани к ним со своими отрядами должны были присоединиться князь и боярин Б. М. Лыков и получивший думное дворянство П. П. Ляпунов.
Второй по значимости передовой полк возглавили князь и боярин И. В. Голицын и князь Г. П. Ромодановский, сторожевой полк — окольничий В. П. Морозов и Я. В. Зюзин. Государев полк оказался под началом И. И. Шуйского и дворецкого И. Ф. Ерюка-Колычева. В царскую свиту вошли все видные бояре и воеводы: Ф. И. Мстиславский, И. М. Воротынский, И. И. Голицын, В. В. Голицын, М. Ф. Кашин, М. С. Ту-ренин и даже дядя настоящего царевича Дмитрия — М. Ф. Нагой.
В Москве охранять тылы остался Д. И. Шуйский с несколькими престарелыми боярами: Н. Р. Трубецким, А. В. Трубецким, Ф. Т. Долгоруким, Ф. И. Хворостининым и другими. В это время средний брат царя считался его наследником и в случае гибели Василия Ивановича должен был заменить его на престоле.
Утром 21 мая 1607 года после молитвы в Успенском соборе и благословения патриарха Гермогена царь Василий выступил с войском в поход. Разумеется, лазутчики Болотникова немедленно сообщили об этом в Тулу. У восставших возник дерзкий план обойти государево войско в районе Каширы и ударить по незащищенной столице. Осуществить его было поручено князю А. А. Телятевскому с казаками.
Однако и у царя были свои дозорщики. Они вовремя оповестили его о грозившей опасности. Для ее предотвращения срочно был усилен гарнизон Каширы за счет рязанцев во главе с П. П. Ляпуновым. Кровопролитное сражение разгорелось 5 июня на реке Восме. Ляпунов вместе с каширским воеводой князем А. В. Голицыным показали чудеса храбрости. Они не только отбросили противников назад, но и, окружив в овраге большой отряд казаков, полностью его уничтожили.
Рейд князя А. А. Телятевского продемонстрировал царю Василию, что с осадой Тулы следует поторопиться. Он повелел племяннику, М. В. Скопину, не мешкая отправиться прямо к мятежному городу. К 12 июня его полки уже заняли позиции на реке Воронья. Попытки Болотникова выбить его оттуда не увенчались успехом. Когда 30 июня прибыло остальное войско во главе с царем, блокадное кольцо вокруг Тулы замкнулось. Хотя в то время город был совсем небольшим, осада его затянулась на долгих четыре месяца. Дело в том, что его мощный каменный кремль был построен еще Василием III