1(11) апреля 1611 г. основные силы ополчения подошли к стенам Белого города. Как уже говорилось выше, эта часть города была сожжена поляками, но сами каменные стены и башни уцелели. Ополченцы устроились отдельными лагерями, «таборами» в сожженных частях Москвы. П.П. Ляпунов встал у Яузских ворот, при впадении Яузы в Москву-реку. Бывшие тушинцы кн. Д.Т. Трубецкой с атаманом И.М. Заруцким расположились напротив Воронцова поля. Костромские, ярославские и романовские воеводы (князья Ф.И. Волконский, Ф.А. Козловский, И.И. Волынский и П.И. Мансуров) находились у Покровских ворот. А.В. Измайлов и А.З. Просовецкий встали у Сретенских ворот, а кн. В.Ф. Литвинов-Мосальский расположился на правом берегу Неглинки у Тверских ворот Белого города.
Ранним утром 6(16) апреля 1611 г. силам ополчения удалось захватить большую часть стен Белого города. Они смогли занять берег Москвы-реки и Неглинной, удержав его, несмотря на отчаянные попытки неприятеля выгнать их оттуда. В руках у поляков осталось только пять ворот или башен Белого города. Основная же их часть вынуждена была отступить в Кремль и Китай-город.
7(17) июня 1611 г. к Москве подошел отряд Я. Сапеги, вставший лагерем на Поклонной горе. Он состоял в основном из поляков, служивших ранее Лжедмитрию II. Руководители Первого ополчения, многие из которых также ранее служили самозванцу, начали переговоры о переходе Я. Сапеги на их сторону, однако они закончились неудачно. В этих условиях Я. Сапега решился действовать в пользу осажденных соотечественников и снять осаду с Москвы, но это ему не удалось. Попытка прорваться против Лужников была отбита. Тогда Я. Сапега ударил около Тверских ворот, но снова неудачно. Потерпев поражение, он отошел к селу Братошину на Переяславской дороге, а затем к Переславлю-Залесскому. А. Гонсевский отпустил с ними часть своего войска (около 3,5 тыс. человек). Причиной этого действия, ослабившего польский гарнизон в Москве, стал недостаток продовольствия. Съестные припасы для себя, конский корм поляки должны были доставать в бою. А. Гонсевский, отпуская своих воинов с Я. Сапегой, возможно, надеялся, что они вернутся обратно с провизией. Вслед за ушедшими поляками П.П. Ляпунов отправил в погоню А.З. Просовецкого, но Я. Сапега разбил его в Александровой слободе и осадил Переславль.
Прорыв поляков из Кремля во многом стал следствием несогласованности действий руководителей ополчения – воеводы не слушались друг друга и вели военные действия во многом самостоятельно.
Между тем Первое ополчение продолжало осаду Кремля и Китай-города, в которых оставалось чуть более 3 тыс. поляков, не считая небольшого числа наемников-немцев. Узнав о слабости сил польского гарнизона, П.П. Ляпунов в ночь с 11(21) на 12(22) июня 1611 г. предпринял штурм стен Китай-города. Была даже захвачена одна из китай-городских башен. Но поляки подняли тревогу, и приступ был отбит. Воспользовавшись паникой, русские обратились в противоположную сторону, к башням Белого города, находившимся у поляков, – Никитской, Алексеевской, воротам Трехсвятским, Чертольским и Арбатским и в течение дня смогли овладеть ими всеми. На следующее утро русские осадили две роты поляков и 500 немцев в Новодевичьем монастыре и через пять дней принудили их к сдаче. В Замоскворечье у каменных церквей Св. Георгия в Яндове и Св. Климента на Ордынке были поставлены острожки, из которых ополченцы стреляли по Кремлю и препятствовали попыткам осажденных посылать гонцов к польскому королю.
А. Гонсевский более не предпринимал попыток прорыва осады и надеялся лишь на помощь Сигизмунда III. Но тому было не до Москвы, а нужно было прежде всего покончить с Смоленском. Король, убедившись в провале своих замыслов заставить московских послов принудить защитников Смоленска капитулировать, еще 26 марта (5 апреля) 1611 г. велел арестовать их, а затем отправил в Польшу.
Смоленск, лишенный соли, находился в катастрофическом состоянии: цинга опустошала его. Из 80 тыс. жителей, числившихся при начале 20-месячной осады, едва насчитывалось 8 тыс. Тем не менее оставшиеся в живых не думали о сдаче. Перебежчик А. Дедешин указал королю на часть стены, построенную наспех сырой осенью и потому непрочную. В начале июня 1611 г. Сигизмунд велел обратить пушки в сторону Авраамиевских ворот, и они были разрушены. Затем была взорвана стена у Крылошевских ворот, стоявшая на краю оврага. В ночь на 3(13) июня 1611 г. поляки через пролом вошли в город. Воевода М.Б. Шеин, оборонявшийся в Коломенской башне с 15 ратниками и семьей, был схвачен в плен, а часть жителей, не пожелавших сдаться, заперлась в Успенском соборе и взорвала его порохом, находившимся внизу в погребах.
Казалось, что после взятия Смоленска король должен был идти к Москве, однако армия была обескровлена (общие потери поляков во время осады достигли 30 тыс. человек), и ему пришлось распустить войско и отправиться на сейм в Варшаву. На помощь Москве и осажденному в ней польскому гарнизону из Ливонии был вызван литовский гетман Я. Ходкевич, приступивший к сбору отрядов для нового похода. Но подготовка к нему шла крайне медленно, поскольку в Польше полагали, что взятием Смоленска война окончена, и 19(29) октября 1611 г. наслаждались зрелищем торжественного въезда в Варшаву пленного царя Василия Шуйского. После этого он был заключен с братьями в Гостынском замке, в нескольких милях от Варшавы. Там же он и скончался 12(22) сентября 1612 г. Через два месяца умерли кн. Д.И. Шуйский и его жена Екатерина.
Тем временем поляки, находившиеся в Москве, продолжали сидеть в осаде. Ополченцы не проводили против них активных действий. Причиной этого стало то, что как и в 1606 г. у И.И. Болотникова, в едином политическом союзе против общего врага оказались непримиримые социальные враги. Антагонизм между казаками и детьми боярскими явно вел к распаду ополчения. На это накладывалось и личное соперничество между Иваном Заруцким и Прокопием Ляпуновым.
В мае 1611 г. П.П. Ляпунов решил заняться восстановлением структур государственной власти. По его инициативе совет ополчения – «вся земля», как он сам называл себя, решил дать стране новое верховное управление и тем самым разрешить насущные вопросы тогдашней жизни. В последние дни июня 1611 г. был выработан и 30 июня (10 июля) 1611 г. «всей землей» был утвержден приговор, создававший в стране временное правительство (во главе с кн. Д.Т. Трубецким, И.М. Заруцким и П.П. Ляпуновым) с определенными полномочиями в сфере внешней и внутренней политики. Устанавливались вместо многих «приказов», существовавших в полках, общие для всей страны учреждения: Разряд, Поместный, Разбойный и Земский приказы, финансовые учреждения для сбора и расхода денег. Определялся порядок выплаты жалованья казакам и земельного обеспечения служилых людей, запрещались смертные казни и высылки в другие города «без земского приговора».
Наконец, приговор утверждал старое правило, по которому вывезенных и выбежавших в годы Смуты «крестьян и людей отдавать назад старым помещикам». Это был достаточно резкий выпад против тех казаков, которые не подходили под понятие «старых казаков», служивших «старо». Если ранее эти люди приглашались П.П. Ляпуновым с обещанием воли и жалованья, то теперь по сыску старых господ они возвращались обратно в неволю. Другим выпадом против казаков стало и то, что они не должны были назначаться на должности, связанные с местным управлением, и вообще могли выходить из подмосковных таборов не иначе, как под начальством «дворян добрых».
Этим решил воспользоваться начальник польского гарнизона в Москве А. Гонсевский. По его приказу одним из московских дьяков, умело подделавшим почерк П.П. Ляпунова, была изготовлена подложная грамота, переданная в казачий лагерь. Вызвало недовольство казаков и намерение подчинявшегося П.П. Ляпунову воеводы И.В. Плещеева казнить пойманных «на воровстве» 28 казаков. Казаки вызвали П.П. Ляпунова для объяснений в свой «круг», и там он был зарублен 22 июля (1 августа) 1611 г., а его «дом» в подмосковном лагере разграблен.
Судя по всему, убийство П.П. Ляпунова было спровоцировано разногласиями руководителей Первого ополчения по поводу кандидатуры будущего русского царя. Фигура королевича Владислава к тому времени была уже скомпрометирована действиями польского короля Сигизмунда III. П.П. Ляпунов, ранее поддерживавший кандидатуру Лжедмитрия II, теперь склонялся к мысли посадить на русский престол принца из шведского королевского дома. Однако у И.М. Заруцкого и кн. Д.Т. Трубецкого на этот счет имелись другие планы.
Уже в августе 1611 г. И.М. Заруцкий, успевший тесно сблизиться с Мариной Мнишек (он перевел ее из Калуги в Коломну), вновь стал агитировать, чтобы будущим царем признали ее сына Ивана, которого в народе называли «воренком». При нем атаман рассчитывал занять первенствующее положение. Но малолетний сын вдовы двух самозванцев не годился на эту роль, и к тому же этому резко воспротивился патриарх Гермоген.
После убийства П.П. Ляпунова начался быстрый распад ополчения: большинство дворян покинуло лагерь, однако казаки И.М. Заруцкого и кн. Д.Т. Трубецкого оставались под Москвой и продолжали осаду, но уже с меньшим усердием.
4(14) августа 1611 г. к российской столице от Переславля-Залесского вернулся Я. Сапега с награбленными съестными припасами. Он попытался прорваться к Кремлю, осажденные поляки сделали вылазку в Белый город, но были отбиты. Тем не менее на следующий день воинам Я. Сапеги удалось переправиться в Замоскворечье через Москву-реку и доставить продовольствие осажденным. Поляки снова сделали вылазку из Кремля и смогли отобрать у ополченцев четверо ворот в западной части Белого города. Самый сильный бой шел за Никитские ворота, которые поляки сумели захватить, но Тверские остались за русскими.
На следующий день командир польского гарнизона в Москве А. Гонсевский собрал войско и объявил, что надо пользоваться обстоятельствами, ударить всеми силами и забрать остальные укрепления Белого города. Со своей стороны Я. Сапега дал знать, что когда московский гарнизон пойдет на стены Белого города, то он ударит на ополчение с внешней стороны и тем самым окончательно снимет осаду с Москвы. Но находившиеся в осаде уже несколько месяцев поляки были настолько утомлены, что не решились на вылазку, тем более что к тому времени было известно, что на их выручку идет великий гетман литовский Я. Ходкевич. Не выдержав этих потрясений, Я. Сапега заболел и 4(14) сентября 1611 г. скончалс