По словам летописи, передовые всадники, как «свирепые волки», ворвались в монастырь и подскакали к Троицкому храму; начальник их, боярин Никита Константинович, вскочил на коне на лестницу к самым церковным дверям; но, слезая с коня, упал и больно ушибся о камень. Потом подъехал Иван Можайский с главным отрядом и начал спрашивать: «где великий князь?» Услыхав его голос, Василий сам отпер ему южные двери, и, взяв в руки икону с гроба св. Сергия, начал молить его о пощаде своего зрения, обещая постричься в том же Троицком монастыре. (Стало быть, враги уже прежде грозили ему ослеплением). Он напомнил брату, как над гробом Святого они вместе целовали крест и эту самую икону и клялись не мыслить никакого лиха друг на друга. Князь Иван в смущении отвечал, что никакого лиха он не замышляет, а что все это делается ради Татар, пришедших в Москву: видя Василия в беде, они уменьшат его выкуп и тем облегчат народ. Поставив икону на место, Василий упал у гроба Сергия, рыдая и обливаясь слезами. Иван вышел из церкви, сказав боярину Никите: «возьми его». Когда Василий приподнялся с пола, Никита взял его за плечи со словами: «пойман еси великим князем Димитрием Юрьевичем». «Воля Божия да будет!» — смиренно отвечал пленник. Его посадили в простые сани вместе с одним монахом и отвезли в Москву; бывших с ним бояр схватили, а прочих слуг ограбили.
Второпях враги забыли о двух маленьких сыновьях Василия, Иване и Юрии, которые успели спрятаться; а когда те уехали из монастыря, мальчики с оставшимися при них людьми убежали к князю Ивану Ряполовскому в его село Боярково, находившееся под Юрьевым. Взяв обоих княжичей, Ряполовский с братьями, Семеном и Дмитрием, и со всеми своими людьми ушел в Муром и заперся в этом городе, где около него собралась значительная дружина.
14 февраля великого князя привезли в Москву и посадили на Шемякином дворе. Спустя три дня враги ослепили его, причем выставили ему следующие вины: «Зачем привел татар на Русскую землю и надавал им города и волости в кормление? Татар и речь их любишь без меры, а христиан томишь без милости; злато, серебро и имение раздаешь Татарам. Зачем ослепил князя Василия Юрьевича?» После того Василия с его супругою послали на заточение в город Углече Поле, а мать Софью в Чухлому. Сам Шемяка сел в Москве на великом княжении. Но ему, так же, как отцу его Юрию, недолго пришлось сидеть на нем. И его попытка только вновь воочию показала, что прямой порядок престолонаследия уже пустил глубокие корни в Московской Руси.
Во-первых, не признали Димитрия князья Ряполовские (потомки князей Северских), запершиеся в Муроме с детьми Василия. Не признал его также свояк последнего, т. е. брат его жены князь Василий Ярославин Серпуховской; он с князем Семеном Оболенским, в сопровождении своей дружины, ушел в Западную Россию к Польско-Литовскому королю Казимиру, который дал ему в удел города Дебрянск, Гомий, Стародуб, Мстиславль и некоторые другие. В Москве Димитрию Шемяке присягнули бояре и дети боярские, но не все. Федор Басенок, отказавшийся дать присягу, был заключен в оковы, но успел убежать в Коломну, и там, подговорив многих служилых людей, ушел с ними в Западную Русь к Василию Ярославину. В самой Москве скоро обнаружились ропот и негодование на Шемяку. Может быть, его галицкие бояре и дворяне своими захватами восстановили против него московское служилое сословие; может быть, народ страдал от их неправых судов, вследствие него сложилось предание о «Шемякине суде». Население не могло быть довольно и тем, что Шемяка начал дробить Московскую землю, собранную великими трудами предшествовавших князей; так, Суздальское княжение он отдал было своему союзнику Ивану Можайскому. Как бы то ни было, Шемяка почувствовал свою непрочность и прежде всего постарался получить в свои руки сыновей Василия. По его просьбе владыка Рязанский, нареченный митрополит Иона, отправился в Муром и уговорил Ряполовских отдать ему княжичей, которых принял в Муромском соборном храме Рождества Богородицы «из пелены у Пречистыя на свою епитрахиль»; причем именем Димитрия обещал свободу слепому Василию. Шемяка наградил Иону тем, что велел ему сесть на митрополичьем дворе; но Василия не только не освободил, а еще и детей его вместе с ним заключил в Углич.
Тогда поднялось большое движение по Московской земле. Некоторые бояре и многие боярские дети стали сговариваться, как бы освободить пленного Василия, Во главе этого движения стали князья Ряполовские и Иван Стрига Оболенский (потомок Михаила Черниговского). Уговорились с разных сторон, разными отрядами, в известный день сойтись всем под Угличем, овладеть городом и освободить пленника. Часть людей действительно явилась сюда в назначенное время; но Ряполовских задержало войско, высланное на них Шемякою. Они побили это войско, а потом вместе со Стригою Оболенским ушли в Литву к Василию Ярославичу, и стали побуждать его к общему походу на выручку великого князя. Видя, что московские служилые люди все более и более покидают его, Шемяка послушался, наконец, увещаний владыки Ионы, который не переставал сетовать на то, что сделался орудием его обмана, взяв Васильевых детей из Мурома. «Что тебе может сделать слепец? — говорил епископ. — А дети его еще малы; укрепи его крестным целованием и нашею братией владыками». Димитрий Шемяка отправился в Углич с игумнами, боярами, епископами и выпустил из заточения Василия, прося у него прощения. Слепец показал при этом великое смирение, сам обвинял себя и говорил, что пострадал за собственные грехи. Шемяка укрепился с ним новым клятвенным договором, после чего задал большой пир в знак примирения, а затем отпустил Василия с семьей на житье в дальний город Вологду.
Едва Василий Васильевич очутился на свободе, как роли немедленно переменились, и новые клятвы вновь преданы забвению. Из Вологды Василий под предлогом богомолья, отправился в Кириллов Белозерский монастырь. Сюда собрались к нему многие бояре и дети боярские, покинувшие Димитрия Шемяку и Ивана Можайского. Игумен этого монастыря Трифон разрешил Василия от «проклятых» (т. е. клятвенных) грамот, которые тот дал Шемяке, и грех клятвопреступления взял на себя. Отсюда Василий уже не вернулся в Вологду, а отправился в Тверь. Князь Тверской Борис Александрович вступил с Василием в союз против Шемяки; причем обручил свою дочь Марью за старшего Васильева сына Ивана.
Меж тем Василий Ярославич, князья Ряполовские, Оболенские и Федор Басенок забрали всех своих людей и шли из Литвы в Московскую землю на освобождение Василия, не зная того, что он уже на свободе. На дороге они получили известие о случившемся. В одном месте им повстречался татарский отряд; завязалась перестрелка. — «Кто вы такие?» — спросили Татары. — «Москвичи, — отвечали им, — а идем с князем Василием Ярославичем искать своего государя великого князя Василия Васильевича». — «Да мы, — отозвались Татары, — с двумя царевичами Касимом и Ягупом, братьями Махмутека, также пошли искать великого князя за его к нам добро и хлеб; слышали мы, что братья учинили над ним злодеяние». Тогда оба отряда соединились и вместе двинулись на помощь к Василию. Димитрий Шемяка и Иван Можайский с своею ратью стояли у Волока Дамского, заслонив Василию путь из Твери в Москву. Василий отрядил туда боярина Плещеева с небольшою дружиною; так что боярин незаметно прошел неприятельскую рать и внезапно явился под Москвою, в самую заутреню на Рождество Христово. Случилось так, что княгиня Юлиания, вдова одного из сыновей Владимира Храброго, поехала с Посада к заутрене в Успенский собор и для нее отворили Никольские ворота. В эти отворенные ворота въехал Плещеев с своим отрядом и захватил Кремль. Наместник Шемяки, галицкий боярин Федор, был на ту пору у заутрени в Успенском соборе, но ему удалось бежать; наместник Ивана Можайского, прозванием Чешиха, также поскакал из города; но истопник великой княгини, прозванием Ратопча, схватил его и воротил назад. Бояре и слуги князей Галицкого и Можайского были перевязаны и по обычаю ограблены; Москвичи вновь приведены к присяге на верность великому князю Василию, и воеводы его принялись укреплять столицу на случай осады (1447).
Видя, что с одной стороны с Тверской ратью идет сам Василий, а из Литвы приближается его свояк Василий Ярославич, и столица уже взята, Шемяка и князь Можайский ушли в Каргополь. Отсюда они, по просьбе великого князя, отпустили из плена его мать Софью, которую отправили в сопровождении боярина Михаила Сабурова и нескольких боярских детей. Любопытно, что Сабуров и его товарищи не воротились к Шемяке, а остались служить великому князю.
Шемяка и Можайский попросили мира, который и получили. Но беспокойный Галицкий князь не исполнил заключенных с ним. условий, и, владея в Москве жребием своего отца, т. е. частью города, пользовался тем, чтобы посредством своих московских тиунов подговорить граждан против великого князя. Получив в свои руки несомненные улики такого вероломства, Василий отдал это дело на рассмотрение духовных особ. Тогда от лица всего русского духовенства написано было Шемяке укорительное послание, под которым подписались пять владык: Ростовский, Суздальский, Рязанский (Иона), Коломенский и Пермский. Послание вспоминает грех отца Шемяки Юрия, потом переходит к поступкам самого Шемяки, сравнивает его с Каином и Святополком; упрекает его в измене, разбойничьем нападении на великого князя и ослеплении последнего, и оправдывает покровительство Василия Татарам вероломством самого Галицкого князя, который не помогал великому князю в его борьбе с Ордою. В заключение послание убеждало Шемяку исполнить мирный договор; в противном случае отлучало его от церкви и предавало проклятию.
Угрожаемый не одним проклятием, но и полками великого князя, Шемяка вновь подтвердил присягою мирный договор. Но вскоре опять изменил ему и возобновил междоусобие. Оно длилось еще несколько лет. Наконец рать великого князя, предводимая одним из князей Оболенских, пришла под самый Галич, который Шемяка сильно укрепил и вооружил пушками; а пешую рать свою он выставил на горе вне городских стен. После упорной сечи Шемяка был разбит и бежал в Новгород. Галич потом сдался самому Василию, и граждане присягнули на верность великому князю (1450). Сражение под Галич