Широкий масштаб работы по сбору памятников также мог быть организован только в системе министерства культуры, так как подобная работа могла проводиться с привлечением всех имеющихся кадров опытных специалистов – искусствоведов и реставраторов, умеющих разбираться в памятниках. Кадры таких специалистов были в те годы крайне ограничены – от 20 до 25 человек в Москве и Ленинграде. В регионах таких специалистов были только единицы. Потому, учитывая будущие масштабы изучения, показа и популяризации древнерусского искусства для подсобных работ в помощь опытным специалистам следовало привлекать к этой работе студенчество университета, художественных вузов. Для «живой работы с памятниками», необходимо было готовить новые кадры музейных работников, искусствоведов реставраторов и копировщиков. Было необходимо торопиться с организацией такой работы, поскольку каждый год промедления стоил гибели сотен художественно-исторических памятников, утрату которых будущие поколения не простили бы специалистам, взявшимся за это дело. Для должной организации работ по сбору, хранению и реставрации памятников, а также для возможности организаций выставок на специальные темы (например, «Выставка произведений древнерусской монументальной живописи из фрагментов фресок и копий», «Выставка из произведений московской школы живописи» и т. д.) необходимо было позаимствовать произведения древнерусского искусства, находящиеся в фондах других государственных музеев. Таковыми являлись: Государственная Третьяковская галерея, Государственный исторический музей, Русский музей, Ярославский и Вологодский краеведческие музеи и ряд других. Необходимо было, наконец, приступить к реализации постановления о превращении музея имени Андрея Рублёва в «музей-заповедник». Этот вопрос надолго повис в воздухе. Территория, объявленная заповедником имени Андрея Рублёва, находилась в ведении коммунального домоуправления и заселена жильцами. Вопреки запрещению она продолжала застраиваться организациями, не имеющими никакого права размещаться в этих стенах. Это была экспериментально-строительная площадка Академии архитектуры СССР, приспособившая здания в северной части заповедника под слесарные, столярные мастерские и гараж. Здание бывшей монастырской покойницкой площадка использовала под свою контору.
Необходимо было ускорить вопрос об ограждении территории, так как хлопоты музея, фактически не являющегося хозяином заповедника, продвигались крайне медленно. Вопрос об организации заповедника и его ограждении был неразрывно связан и с возможностью обозрения музея широкой публикой, так как для этого требовалось приведение территории заповедника в надлежащий вид. Дальнейшее существование музея имени Андрея Рублёва, имеющего все данные для того, чтобы стать крупнейшим культурно-просветительским центром РСФСР, вне системы Министерства культуры СССР было невозможно. Только в этой системе музей смог бы рассчитывать на всемерную поддержку его деятельности.
Практически организация музея имени Андрея Рублёва началась с мая 1949 года, т. е. с момента назначения первых сотрудников. Первого июля того же 1949-го года Комитет по делам архитектуры при Совете Министров СССР, которому было поручено выполнение Постановления был ликвидирован. Постановлением Совмина СССР за № 3298 от 30 июля 1949 года музей был передан в Управление по делам архитектуры РСФСР. Однако Управление не принимало музей в свою систему вопреки Постановлению в течение шести месяцев – до 31.12.1949 года. Еще Комитет по делам архитектуры при Совмине СССР приказом от 11 июля 1949 года утвердил Положение о музее имени А. Рублёва. Третий пункт Положения гласил: «Музей является научно-просветительским и исследовательским учреждением». Потому основными задачами в этой области становились:
а) выявление, изучение творчества выдающегося иконописца, его сподвижников, а также других мастеров в подлинниках и в копиях произведений монументальной живописи;
б) популяризация творчества русских мастеров-иконописцев эпохи Андрея Рублёва путем устройства постоянных и временных выставок в помещении музея и вне его, а также путем лекционной работы;
в) популяризация древнерусского зодчества и монументальной росписи, путем издания брошюр, трудов, каталогов и т. п.;
г) изучение, сбор и публикация исторических, графических бытовых и других материалов древнерусской монументальной живописи.
Научная деятельность музея начиналась с двух докладов, посвященных творчеству А. Рублёва. Темой первого: «К вопросу об отражении черт национального характера в творчестве Андрея Рублёва и мастеров его круга», подчеркивалась связь творчества великого иконописца с национальной традицией. Второй доклад: «О связи искусства Андрея Рублёва и мастеров его круга с искусством и культурой Киева и Владимира», был посвящен проблеме преемственности и наследию греко-византийского и древнерусского искусства.
Важнейшей сферой деятельности музея было сотрудничество с различными учреждениями культуры. В послевоенную эпоху, когда еще были очень ощутимы утраты прошедших десятилетий социалистической ломки и Великой Отечественной войны, это было особенно важно. Ведущие сотрудники музея постоянно оказывали помощь различным организациям по проблемам, связанным с древнерусским искусством. Так, музей принимал участие в работах по реставрации живописи в Успенском соборе, в храме Положения риз Пресвятой Богородицы в Московском Кремле, в соборе Святой Троицы в Сергиевом Посаде. Музей одновременно проводил консультации, составлял справки и делал рецензии в работе над «Большой советской энциклопедией», в публикациях журнала «Огонек», издательства «Искусство». Необходимо отметить важность популяризации целей и задач музея в работе со студией научно-популярных фильмов при сьемках фильмов: «Иван Грозный», «Борис Годунов», «Андрей Рублёв». Правда, снимались они в условиях разной внутриполитической ситуации в стране.
Музей широко представлял собрание своих фотографий. Студенты Государственного университета им. Ломоносова, сотрудники Государственной Третьяковской галереи, Государственной центральной художественной реставрационной мастерской, Русского музея, Эрмитажа, Пушкинского дома в Санкт-Петербурге, сотрудники Ярославского областного художественного музея, Софийского музея и музея-заповедника в Киеве стали благодарными посетителями этих фотовыставок. Музей также выполнял важные задания по обследованию артефактов отдела охраны памятников Управления по делам архитектуры. Сотрудники МиАР выезжали в Пучеж и Юрьевец. Наряду с этим, началось формирование уникальной библиотеки музея, где был сосредоточен и фотоархив.
Штат музея первоначально был утвержден в 5,5 единиц: заведующий музеем, научный сотрудник, хранитель музея, комендант, половина ставки бухгалтера и уборщица. В 1951 году штатная единица уборщицы была сокращена Управлением по делам архитектуры на половину, хотя обслуживание и охрана помещения собора требовали наоборот увеличения штата. Согласно Положению музей не располагал еще, предназначенным для него, зданием белокаменного собора, занятого в то время (т. е. в 1949–1950 гг.). Музейная территория располагалась буквально в углу трапезной палаты, находящейся в распоряжении Центральной проектно-реставрационной мастерской. У музея отсутствовала какая-либо возможность хранить подлинные экспонаты, художественные фотографии большого формата снятые с произведений А. Рублёва и мастеров его круга. В то же время они были необходимы и для будущей передвижной выставки.
Большое значение в жизни молодого музея имела и выставочная работа. Одной из первых значимых выставок, стало мероприятие такого рода, организованное сотрудниками в 1954 году. Здесь было представлено 12 цветных документальных копий с древних фресок XI–XV веков, 13 гипсовых слепков с белокаменной резьбы Владимиро-Суздальских храмов XII–XIII веков и 250 фото с фресок станковой живописи и миниатюр. Девять копий были представлены для выставки музеем русской архитектуры СССР и высшим художественно-промышленным училищем (бывшим Строгановским).
Кроме того, 116 фотографий были сделаны с фресок, станковой живописи и миниатюр, выполненных А. Рублёвым и его «содругами». Эти произведения только в фотографиях были собраны воедино и сопоставлены друг с другом, что было очень важно для изучения индивидуальной манеры Рублёва и мастеров его круга. На выставке были представлены фото с фресок Успенского собора во Владимире, написанных Рублёвым и Даниилом Чёрным в 1408 году. Они были сделаны при съёмке иконостаса (и отдельных икон) того же собора, хранящихся в Государственной Третьяковской галерее и в Русском музее (Ленинград). Туда же были включены фотографии, снятые с образов иконостаса Благовещенского собора Московского Кремля, выполненных Андреем Рублёвым совместно с Феофаном Греком и Прохором с Городца в 1405 году, с иконостаса Троицкого собора Сергиева Посада, написанного Рублёвым, Даниилом Чёрным и их соратниками в 20-е годы XV века. Туда же включили фотографии миниатюр Евангелия «Хитрово» начала XV столетия и Евангелия Андроникова монастыря того же времени. Искусство Андрея Рублёва и его школы было представлено на фоне высочайших достижений художественной культуры предшествовавшего времени. Здесь были показаны копии мозаик и фресок храма Святой Софии Киевской, образцы фресковой живописи Новгорода, а также скульптура, архитектура и фрески древнего Владимира – стольного града Владимиро-Суздальской земли, где Рублёв писал в 1408 году и должен был видеть памятники периода до монгольского нашествия. Это не могло не отразиться на творчестве великого мастера, не вдохновить самого Рублёва и его «содругов». Музей приобрел также 132 фотографии в рамах под стеклом, подготовленных для выставки, 50 фото меньшего размера с деталями живописи мастеров круга великого иконописца, 30 фото с изображением памятников архитектуры, временно не вошедших в экспозицию за недостатком места. Однако в дальнейшем этот материал был использован в выставочной работе. Передвижная выставка, подготовленная к 30 июля 1954 года, официально не была открыта, т. к. находилась в стадии апробации. Но она всё же «работала», её посещали и знали многие специалисты, она получила известность. Эта работа молодого коллектива музейных сотрудников, «оценивалась научной и художественной общественностью весьма положительно». В частности, оставили отзывы: член-корреспондент Академии художеств СССР, профессор Михаил Владимирович Алпатов (который с 1950 года следил за деятельностью музея и организацией выставки), член-корреспондент Академии наук СССР, профессор Виктор Никитич Лазарев, член-корреспондент Академии наук Михаил Николаевич Тихомиров.