Однако решение Мюнхенской комиссии еще не снимало с Гальдера вины. При проверке апелляции генерального обвинителя в кассационной палате при ответственном за процесс денацификации баварском государственном министерстве по чрезвычайным делам записи в дневнике Гальдера подвергли тщательной проверке и в ноябре 1948 года подали апелляцию со ссылкой на его конкретное участие в осуществлении противоречащих международному праву приказов при нападении на Советский Союз в 1941 году. Конкретно ему инкриминировали участие в подготовке указа о приостановлении военной подсудности в районе «Барбаросса» и приказа о комиссарах. Для Гальдера становилось опасным то, что его личная причастность к преступлениям нацистов стала предметом дебатов, а его дневник использовался юристами в качестве доказательства его личной ответственности за противоречащие международному праву акты насилия во время войны. Обсуждалось именно то, в чем его и Браухича обвинял летом 1941 года убитый нацистами бывший посол фон Хассель, когда он констатировал, что они, отдавая «преступные приказы», накладывают на сухопутные войска «позорное пятно убийц-поджигателей».
Снимающий вину приговор первой инстанции в конце декабря был отменен баварским министерством по особым делам. В этой критической для Гальдера ситуации к нему на помощь пришел его новый работодатель — армия США. В последующие месяцы комиссия по денацификации многократно и безрезультатно пыталась назначить срок апелляционного разбирательства и вызвать Гальдера из лагеря. Армия США сообщила президенту апелляционной палаты, что Гальдер занят в их отделе истории важным проектом и «необходим для выполнения этой задачи», так что он не может «появиться в Мюнхене». Ввиду этого препятствия апелляционное разбирательство не состоялось. Министерству по особым делам не помогло также и то, что оно обратилось к военной администрации США в Баварии с просьбой о поддержке: Гальдер в Мюнхен не приехал. Он остался в Кенигштейне, в Таунусе, при отделе истории под покровительством американцев. В то время он избегал контактов с прессой и отказывался давать интервью; он хотел, чтобы его оставили в покое. Наконец министерство по вопросам политической реабилитации в Баварии дало 6 сентября 1950 года указание отозвать поданную апелляцию, так как в силу изданного в это время закона об окончании политической реабилитации от 27 июля 1950 года невозможно было рассчитывать на то, что Гальдер будет квалифицирован как «главный виновник или активист». Соответственно этому прежний приговор от октября 1948 года вступил в силу 12 сентября 1950 года и Гальдер с этих пор считался «свободным от обвинения».
Случай с Гальдером свидетельствует, что денацификация не внесла ясности в отношении личной ответственности за функционирование нацистской диктатуры. Более того, в силу определенных обстоятельств она не способствовала искоренению всех остатков нацизма. Во многих случаях денацификация вела не к чистке, а к бесконтрольной реабилитации. Гальдер принадлежал к тому командному составу, к которому правительство США охотно обращалось с целью стабилизации своей военно-политической позиции в Средней Европе во время «холодной войны» с Советским Союзом, так что он мог рассчитывать на протекцию США. Его первоначальная деятельность в отделе истории армии США после 1945 года является примером вовлечения немцев в новый фронт «холодной войны».
На службе военной историографии
Когда американское армейское командование летом 1945 года размышляло о том, как ему привлечь для написания истории второй мировой войны также и противоположную сторону, то возникла идея не только использовать для этого захваченные немецкие документы, по привлечь в свидетели взятых в плен генералов и офицеров вермахта. Этим ведал исторический отдел штаб-квартиры США, который сначала находился в Сен-Жермене под Парижем, а потом был размещен во Франкфурте. Небольшой круг пленных немецких офицеров, подходящих для этой задачи, сначала собрали в Оберурселе, а потом в ноябре 1945 года разместили в лагере Аллендорф под Марбургом. Отрезанные от внешнего мира и семей пленные под руководством немецкого коменданта лагеря генерал-полковника в отставке Карла Холлидта составляли по поручению отдела оперативной истории (Германия) монографические сообщения, исходя из своего военного опыта 1944–1945 гг. и отвечали на вопросы армии США.
Чтобы получить лучший обзор немецкой верховной структуры и оперативного командования с 1938-го по 1945 годы, отдел истории США предложил Гальдеру сотрудничество и контроль за дальнейшими исследованиями. Гальдер принял предложение летом 1946 года и составил собственную рабочую группу. Осенью 1946 года после многократных замещений и привлечения других сотрудников на добровольной основе в лагере Аллендорф под руководством Гальдера началась военно-историческая работа немецких офицеров как части отдела истории США.
Среди сотрудников и американцев Гальдер считался «последним живым представителем» образа мышления генерального штаба под руководством Мольтке, Шлиффена и Людендорфа. Таким образом, он стал «духовным центром» группы, занимающейся историей верховного главнокомандования сухопутных войск. Однако продвижение работы страдало от вынесенного в то время на Нюрнбергском процессе приговора немецким генералам, который привел к ожесточению пленных. Гальдер взял на себя роль посредника. Ему казалось целесообразным и дальше работать над проектом армии США, чтобы «продолжить борьбу против большевизма». Он надеялся на то, что западные союзники постепенно изменят свою позицию по отношению к немецким офицерам и военным институтам, в чем в конечном счете оказался прав. К тому же ему удавалось постоянно улучшать внешние и внутренние условия исследовательской работы, как, например, размещение и финансовые возмещения, переписка и возможность посещений. Его готовность работать на американцев не находила безраздельного одобрения среди бывших товарищей-генералов и офицеров генерального штаба. Прежде всего более пожилые офицеры критиковали работу Гальдера.
В конечном счёте исследовательские работы продолжались и после 1 июля, срока освобождения военнопленных, так как все офицеры генерального штаба должны были остаться при проекте как гражданские интернированные, пока не будет проведена их денацификация; другие сотрудники продолжали работать добровольно. С 1 июля 1947 года Гальдер принял на себя руководство всеми заключенными, переехавшими в новый лагерь Нейштадт недалеко от Аллендорфа. Как раз после освобождения из плена он постоянно старался улучшить условия труда и жизни офицеров, чтобы их не называли презрительно «оплачиваемыми писарями победителей» или бесчестными и бесхарактерными предателями. Так, он добился того, чтобы в лагерь приехали семьи.
Летом 1948 года группа была переведена в Кенигштейн в Таунусе, где были организованы и сформулированы новые задания. Гальдер стал руководителем «контрольной группы» отдела истории и должен был вместе с заместителем генералом фон Грейффенбергом и еще семью сотрудниками координировать и проверять выполненные на дому разработки по отдельным вопросам истории второй мировой войны. Почти 150 бывших офицеров генерального штаба и войсковых командиров работали надомниками и занимались разработками историографических исследований, при этом Гальдер организовал их подобно генеральному штабу. Благодаря этой работе Гальдер оказывал во время всеобщей нищеты и кризисов снабжения в оккупированной Германии после 1945 года значительную материальную поддержку многим своим товарищам, пока они не находили другой работы. И сам Гальдер извлекал пользу из заказа американцев, так как постепенно он стал признанным центром первой немецкой историографии о второй мировой войне. Различные рабочие группы и команды составляли под общим руководством Гальдера многочисленные описания отдельных вопросов истории второй мировой войны с немецкой точки зрения. Однако не было последовательного изображения военных событий; обрабатывались только те моменты второй мировой войны, которые армия США считала важными.
Хотя главнокомандующий США в Европе генерал Клей сначала намеревался закончить проект через год, он был потом продолжен на 1948 год, так как администрация США в рамках развития «холодной войны» требовала все новые заключения и экспертизы в качестве важных источников информации для войны на востоке. Наконец после очередного переезда в Карлсруэ в начале июня 1954 года работа была официально продолжена и распространена на исследования военно-воздушных сил. В качестве первоисточников обработчикам была в большом объеме предоставлена также немецкая документация, захваченная западными союзниками. До 1961 года под руководством Гальдера было составлено более 2 500 различных исследований.
Ими Гальдер хотел прежде всего продокументировать «искусство войскового и оперативного командования» в духе многовековой традиции. С его точки зрения в целом результаты работы «делали честь» инициаторам программы, сотрудникам и ему самому как руководителю. В специальных, отражающих их собственную работу исследованиях Гальдер и его сотрудники показывали, что для них важно было засвидетельствовать добродетели и честь немецкого солдата. Наряду с этим были и практические, очень выгодные для немецкой стороны результаты. Бывший генерал фон Швенненбург позже подтвердил, что в рамках работы для отдела истории было возможно похитить тот или иной обвинительный материал против немецких генералов, который мог бы найти применение на Нюрнбергском процессе. Это происходило даже с американской помощью. Знал ли об этом Гальдер и одобрял ли такие действия, установить невозможно. Но это кажется маловероятным, так как при исследовании ему, с одной стороны, была важна правда исторических событий, а с другой — он считал, что действия верховного главнокомандования сухопутных войск и генерального штаба во время второй мировой войны не подлежат обвинению.
Хотя генеральный штаб как институт в Нюрнберге был освобожден от обвинения в том, что он был преступной организацией, кадровым офицерам, как Гальдеру и его сотрудникам, было очень тяжело сохранять образ безупречного поведения и безупречной этики немецкого солдата перед лицом ставших известными в Нюрнберге немецких военных преступлений и массовых убийств евреев в Европе. Гальдер не закрывал глаза на эти преступления; он безгранично осуждал их. Однако именно молодым ученым и историкам он отказывал в способности охватывать трудные ситуации, которые приводили как к конфликтам, так и к связи с преступными приказами Гитлера.