Когда после 8 мая 1945 года, имевшего такое большое значение в судьбе немцев, рухнула концепция поэтапной капитуляции (которая в конце концов в назначенное время включала и прекращение военных действий против Красной Армии) и гросс-адмирал подводил итоги, он мог гордиться тем, что ему удалось спасти более чем 2 миллиона беженцев из восточных областей Германии, и что более 55 % вооруженных сил, оказавшихся на территории Австрии и Чехии, смогли укрыться за англо-американской линией фронта. Но большая часть группы армий в Курляндии, армии Восточной Пруссии и большая часть группы армий «Е» на юго-востоке попали в руки русских или югославов. Еще до 17 мая 1945 года следовали транспорты с беженцами к морю, но из-за того, что порты на Балтийском море были потеряны, их направляли в Данию, Голландию и Норвегию, которые благодаря усилиям гросс-адмирала смогли после долгой оккупации относительно беспрепятственно осуществить переход к независимости.
3 и 4 мая 1945 года Дёниц обратился к бывшим рейхскомиссарам и военачальникам оккупированных областей и безапелляционно заявил, вопреки всяким представлениям, что эти территории на проходящих переговорах о капитуляции необходимо использовать как вещественный залог. Логично было предположить, что гросс-адмирал после подписания капитуляции с высшими представителями вермахта подаст вместе со своим правительством в отставку. Однако Дёниц решил этого не делать. Никто не мог знать, как в конце концов поведут себя союзники относительно немецких центральных органов; еще существовало убеждение, что конфликт между Западом и Востоком, собственно говоря, неизбежен, коль скоро два таких разнородных победителя встретились на немецкой земле.
Правительство Дёница за 14 дней и 10 часов своего существования наряду с разного рода спекулятивными соображениями занималось прежде всего разрешением двух проблем. 5 мая гросс-адмирал получил тревожное сообщение от фленсбургского начальника порта: сюда прибыла баржа с Вислы с заключенными из концлагерей, которую тащил буксир по Балтийскому морю. Экипаж и команда охранников из СС покинули баржу. Заключенные находятся в ужасающем состоянии. Впервые перед его глазами предстала обратная сторона политики режима, которому он так верно и преданно служил. Генерал-адмирал фон Фридебург привез вместе с собой из Реймса газеты союзников, где были помещены фотографии, сделанные в освобожденных лагерях, с горами трупов и с обреченными на смерть пленниками. Тогда Дёниц еще не знал, что этих жутких заведений было гораздо больше, чем требовалось для уголовников и профессиональных преступников всякого рода. Но, конечно, стало очевидным, что в этих лагерях творились зверства и преступления, которые должны быть расследованы и наказаны. Для проверки и пересмотра преступлений, совершенных в Третьем рейхе, он хотел подключить имперский верховный суд. Он приказал также учредить контроль вермахта над еще имеющимися лагерями, где все преступные элементы должны быть впредь арестованы. Рассуждения о том, что это должен быть долг немцев — осудить те преступления, которые совершались при прежнем режиме, были естественными и верными. Но Дёниц не сразу понял, что победители сами были полны решимости свершить суд над побежденными немцами. Инициатива Дёница о восстановлении законности запоздала.
Правительство Дёница также тревожил вопрос, как снова наладить в рейхе снабжение продовольствием и разрешить транспортную проблему. Рейхсминистры Бакке и Дорпмюллер разработали по этому вопросу предложение, где учитывались и интересы союзников. Когда оба члена правительства были вызваны к союзникам, они думали, что их пригласили как экспертов. Но они были арестованы, поскольку подозревались в совершении военных преступлений. 13 мая 1945 года был взят под стражу также фельдмаршал Кейтель.
Дальше раздумий о будущей жизни, о преобразовании политической обстановки в Германии дело не пошло, нельзя было требовать слишком много от правительства, во главе которого стоял такой человек, как гросс-адмирал, у которого совершенно отсутствовала политическая перспектива. Были ли серьезные личности среди немецкой эмиграции — никто не знал. Дёниц, размышляя об идеальной форме немецкой государственности, вернулся к своим прежним убеждениям относительно монархии как лучшей формы правления. Но это были лишь мечты и ничего более. Как большинство людей из его окружения, Дёниц полагал, что то хорошее, что было в национал-социалистической идеологии, должно быть использовано в будущем. Для офицеров важно было сохранить любовь к отечеству, а в социальной сфере — те прогрессивные начинания рабочего класса, которые были предприняты в предгитлеровскую эпоху. О положении в мире знали совсем немного, так как какие бы то ни было контакты с немецкими дипломатическими представительствами в нейтральных или невоюющих странах, конечно же, пресекались союзниками.
17 мая 1945 года штабу союзников при верховном командовании вермахта во Фленсбурге была придана советская делегация под руководством генерал-майора Трускова, что в кругах временного правительства было воспринято как дурное предзнаменование. Также во Фленсбурге появился американский дипломат Роберт Мерфи, политический советник генерала Эйзенхауэра. Гросс-адмирал говорил с ним о законности предыдущего правительства рейха, и Мерфи просмотрел радиограммы исчезнувшего Мартина Бормана, бывшие пока что единственными имеющимися в распоряжении письменными документами. Было очевидно, что чаша весов склонялась не в пользу дальнейшего существования немецкого имперского центрального управления.
Немцы прилагали все усилия, чтобы разъяснить представителям Запада, что они выбирают западное гражданство, не восточное. Они указывали на опасность возникновения советской гегемонии в Центральной Европе, они высказывали озабоченность тем фактом, что среди интернированного англичанами в Шлезвиг-Гольштейне личного состава сухопутных и морских частей, прежде всего среди молодых солдат, а также и офицеров распространяются призывы к сотрудничеству с коммунистами. Вероятно, предостережения подобного рода раздражали американскую и английскую контрольные комиссии. Никто в правительстве Девица не смог правильно оценить, как велика тогда была надежда у англосаксов на то, что столкновения победителей на немецкой земле можно избежать, как сильно стремилась американская администрация в Вашингтоне к тому, чтобы заручиться военной поддержкой Сталина против все еще непобежденной, истекающей кровью тысяч ран японской империи.
Что же мог сделать гросс-адмирал в такой ситуации? В принципе, ничего. Даже если союзники, вопреки решениям всех конференций, решились бы в 1945 году допустить какое-либо немецкое правительство, если бы англосаксонские державы решились дать шанс правительству Дёница или использовали бы его как переход к другому рейхсправительству, состоящему из политиков старой Германии, то такое руководство рейха, весьма вероятно, было бы вынуждено подписать мирный договор с четырьмя победителями, против которого Версальский договор 1919 года показался бы детской игрушкой. Один из умнейших людей в окружении гросс-адмирала, бывший рейхсминистр Альберт Шпеер, который знал многие тайны Третьего рейха, будучи однажды в мае 1945 года у Дёница, выразил как-то принципиальные сомнения, имеет ли право собравшаяся здесь знать — не исключая ни в коем случае и собственную персону — играть роль в будущей политической жизни новой Германии. Ведь они все были слишком втянуты в становление и падение гитлеровского режима.
23 мая 1945 года в 9 часов 45 минут гросс-адмирала, генерал-полковника Йодля и генерал-адмирала фон Фридебурга вызвали на «Патрик», бывший пассажирский корабль, стоявший во фленсбургской гавани, где находилась резиденция союзной контрольной комиссии при верховном командовании вермахта.
Никакого приема с военными почестями, как прежде, не было. Офицеры-союзники объявили, что впредь они считаются военными преступниками. В то же самое время войска 11-й британской танковой дивизии заняли Мюрвикский анклав и оккупировали резиденцию временного правительства. Военные силы были значительны, как будто опасались, что гросс-адмирал со своим батальоном охраны может начать последнюю битву на суше.
Наступил последний час и открылся путь в плен, что не имело теперь ничего общего с правилами Женевской конвенции. Генерал-адмирал фон Фридебург предчувствовал это и ушел из жизни, приняв яд, генерал Кинцель также предпочел смерть. Гросс-адмирал перенес все со стоическим достоинством. Британские солдаты не постеснялись неприятной процедуры личного обыска, а охота за так называемыми сувенирами часто приводила к пропаже личной собственности, как, например, случилось с маршальским жезлом гросс-адмирала. 23 мая 1945 года не стал днем славы для овеянной славой 11-й танковой дивизии.
Гросс-адмирал был помещен сначала, как и многие другие, в «лагерь видных личностей» в Бад-Мондорф в Люксембурге, оттуда путь его лежал в Нюрнберг, в Международный военный трибунал. Гросс-адмирал, главнокомандующий ВМФ и, наконец, глава немецкого государства должен был держать ответ как «военный преступник». Защиту взял на себя флотский судья Кранцбюлер.
Лондонская конвенция от 6 августа 1945 года об осуждении немецких военных преступников, к которым автоматически приписывалась верхушка бывшего вермахта, предусмотрела 4 состава преступления как обвинительные причины: 1) тайный заговор против мира; 2) преступления против мира; 3) преступление против военного права; 4) преступление против человечества. По пунктам 1 и 4 нельзя даже при самом большом желании вынести какие-то обвинения против немецкого адмирала подводного флота, который позднее безупречно руководил и всем флотом. В Англии и в США юристы и высокопоставленные морские офицеры высказывали сомнения в том, достаточно ли вообще материала для суда. В Париже и Москве, где торопились положить конец действиям призрака рейха из Фленсбург-Мюрвика, настроены были иначе, тем более, что Советы имели большой опыт инсценировки показательных политических процессов, а формально юридические сомнения в пользу объективного отправления правосудия их западных коллег они вообще были не в состоянии понять, потому что их правосознание было диаметрально противоположно западному.