К октябрю 1919 г. в Регистрационном управлении завершился переход к формированию руководящих кадров разведки, в том числе и морской на партийной основе. С 15 сентября Институт консул ьтантства при Регистрационном Управлении Революционного Военного Совета Республики упразднялся. В течение июня — сентября многие бывшие офицеры — сотрудники Регистрационного управления были арестованы (в том числе сотрудник Морского агентурного отдела, бывший лейтенант флота Д.Н. Дандрэ) или были направлены в действующую армию.
В январе 1920 г. произошли изменения в организационно-штатной структуре Регистрационного управления Полевого штаба РВСР, далеко не все из которых были оправданны. Как самостоятельное подразделение Морской агентурный отдел перестал существовать. Его функции были переданы Оперативному (агентурному) отделу Регистрационного управления. Для организации морской агентурной разведки предполагалось оставить только одну должность — помощника начальника Оперативного отдела по морским делам. Начальником отдела к этому времени был Н. Пожаров, его помощником — только что окончивший курсы разведки В.А. Иок (в 1913 г. окончил школу юнг; во время Первой мировой войны служил на артиллерийских батареях Кронштадта и Двинска. 22 января Пожаров был отчислен из Регистрационного управления и сдал должность своему помощнику. В связи с организационно-штатными мероприятиями бывшие сотрудники морского агентурного отдела получали новые назначения в составе Регистрационного управления или направлялись в распоряжение командующего морскими силами (коморси). Вся имевшаяся в распоряжении Морского отдела агентура была расформирована. Агенты направлялись в распоряжение Управления по личному составу флота, многих увольняли в связи с невозможностью их использования по профессиональной непригодности, третьи — переходили в подчинение отдела, организующего и ведущего сухопутную агентурную разведку. Однако морские разведывательные пункты и морские разведывательные отделения разведорганов Харьковского и Петроградского военных округов продолжали функционировать. Руководство их работой было возложено на Оперативный отдел Региструпра.
В докладе о работе Регистрационного управления по состоянию на 5 июля было отмечено, что «морская часть Оперативного отдела совершенно атрофировалась», что в управлении нет даже лица, сколько-нибудь знакомого с морским делом, не говоря о специалисте морской агентурной разведки.
В сентябре 1920 г. штаты Региструпра вновь подверглись очередным изменениям. В Оперативном отделении Оперативного отдела появился морской сектор в составе 4 человек.
31 января 1921 г. начальником морского сектора Оперативного отделения Оперативного отдела был назначен В.Р. Звирбуль (с 1913 г. служил на флоте в г. Либава; окончил училище командного состава флота).
При реорганизации в апреле 1921 г. Региструпра Полевого штаба РВСР в Разведывательное управление Штаба РККА морская разведка была представлена уже тремя отделениями в составе Отдела агентурной разведки (8 человек), Информационно-статистического (4 человека) и Радиоинформационного (3 человека) отделов. Начальником морского отделения Отдела агентурной разведки был назначен Звирбуль. В сентябре 1921 г. в штат Разведупра вводится должность помощника начальника управления по морским делам. Тогда же было утверждено «Положение о морской разведке Штаба РККА», в котором определялись задачи вышеупомянутых морских отделений. На отделение в составе Отдела агентурной разведки возлагались задачи организации морской агентурной разведки и руководство деятельностью морских разведывательных отделений при разведывательных органах военных округов. На отделение Информационно-статистического отдела — обработка и систематизация добываемых материалов. Помощником начальника Разведывательного управления Штаба РККА по морским делам был назначен Ж.А. Патер. Начальником 5-го (морского отделения) Отдела агентурной разведки стал Д.Л. Блинов (бывший мичман, в 1917 г. окончил морское училище по специальности «штурман»).
Связь между Разведупром и штабом флота осуществлял помощник начальника РУ Штаба РККА. В круг его обязанностей входило принимать заявки на организацию разведки в интересах флота и передавать полученную информацию по иностранным флотам. Тем не менее флоты в эти годы практически не получали разведывательной информации об иностранных военно-морских силах. В отличие от Балтийского флота, где имелся разведотдел, а также кронштадтский разведывательный пункт, на Черноморском флоте вообще не было агентурного органа. Обеспечение разведывательными сведениями в интересах Черноморского флота возлагалось на штаб Харьковского военного округа. Для связи с разведотделом округа в Севастополе находился уполномоченный Разведуправления штаба командующего войсками Украины и Крыма. В июле 1921 г. Реввоенсовет Черноморского флота вынужден был констатировать. что командование флота «до сего времени вовсе лишено самых элементарных сведений о состоянии и дислокации флотов и военно-морских намерениях южноморских государств». Подчеркивалось, что необходимо поставить морское отделение разведотдела штаба Харьковского военного округа в такие условия, чтобы оно выполняло задания Реввоенсовета. В ноябре
1921 г. это морское отделение передается Разведуправлению штаба командующего войсками Украины и Крыма и переводится в Севастополь с оперативным подчинением Реввоенсовету Черноморского флота.
В Разведывательном управлении остро ощущалась нехватка денежных средств на ведение разведывательной деятельности. Смета агентурного отдела Разведывательного управления Штаба РККА постатейно рассматривалась и утверждалась на заседаниях валютной комиссии Политбюро ЦК РКП(б). На первое полугодие 1921 г. для организации морской разведки было запрошено 45 тыс. фунтов стерлингов, однако эта сумма была вычеркнута из сметы. На второе полугодие удалось провести через Политбюро ЦК смету в 21 тыс. фунтов стерлингов, но реализовать это решение не удалось, так как в ноябре 1921 г. смета всего Разведупра была урезана на 10 тыс. фунтов стерлингов. Финансирование на 1922 г. отдельно для морской разведки валютной комиссии Политбюро ЦК не предусматривалось. Начальник Разведывательного управления А.Я. Зейбот категорически отказывался выделять средства на ведение морской разведки, мотивируя такой подход ограниченностью средств в целом и невозможностью иметь параллельный аппарат морской разведки. Он предлагал объединить весь разведывательный аппарат, т. е. сократить морские отделения. Такие предложения вызывали противодействие со стороны помощника начальника Разведывательного управления Ж. А. Патера. Он пытался апеллировать к руководству Штаморси, указывая на негативные последствия таких мероприятий, так как, во-первых, сотрудники морских отделений будут вынуждены покинуть Разведупр (в случае же необходимости вновь создать морскую разведку собрать их снова будет нелегко, а назначение новых людей пользы не принесет ввиду специфики работы); во-вторых, опыт Первой мировой войны показал, что организация агентуры должна проводиться в мирной обстановке. Обстановка, сложившаяся в Разведывательном управлении, привела к тому, что работники морских отделений перестали ощущать свою востребованность. Агентурная работа практически прекратилась. Началась чехарда с назначением начальников морских отделений. В сентябре 1921 г. начальником морского агентурного отделения был Д.Л. Блинов, затем Д.С. Любомирский, а уже 28 декабря отделение возглавил А.Н. Иванов (в 1918 г. окончил 2 курса Морского инженерного училища (военное кораблестроение): с декабря 1918 г. добровольно в РККФ; в 1920–1921 гг. учился в Соединенных классах для подготовки специального комсостава РККФ). Через десять дней после вступления в должность он подал рапорт с просьбой направить его на обучение в Морскую академию. Назначенный вместо Иванова 9 января
1922 г. А.А. Обухов (на флоте с 1916 г.; окончил машинную школу; участник Гражданской войны; с 1918–1920 гг. — на учебе в Соединенных классах для подготовки специального комсостава РККФ) в должности пробыл всего две недели. В феврале 1922 г. руководство Разведывательного управления в докладе на имя военного комиссара и члена Реввоенсовета Республики С.С. Данилова сообщало, что к настоящему моменту оно не располагает морской агентурой, создание которой тормозится отсутствием денежных средств и подходящих для работы людей. Попытки улучшить состав отделений в структуре Разведупра не имели успеха, так как Штаб морских сил направлял на службу в морское агентурное отделение людей, слабо разбиравшихся в военно-морском деле и разведке. Не лучше обстояли дела в морском отделении Информационно-статистического отдела. В течение 1921 г. Штаморси не смог выделить ни одного специалиста-моряка для обработки поступавшей информации. Отсутствовали также специалисты-моряки, владевшие иностранными языками.
В апреле 1922 г. упраздняется должность помощника начальника Разведупра по морским вопросам, а Морское отделение исключается из штата Отдела агентурной разведки. Последующие в течение четырех лет реорганизации центрального разведывательного органа — в ноябре 1922 г. создается Разведывательный отдел Управления 1-го помощника начальника Штаба РККА: в апреле 1924 г. — Разведывательное управление Штаба РККА, которое с 1926 г. именуется IV управлением Штаба РККА. - не привели к формированию подразделений морской разведки.
В IV управление поступали заявки на добывание разведывательной информации от высших руководящих органов флота, командующих флотами. Военно-морской академии, флотских научно-исследовательских институтов. В них отражался интерес к строительству подводных лодок, надводных кораблей различных классов, развитию морской авиации, береговой обороны, оборудованию морских театров военных действий, тактике применения отдельных классов кораблей и стратегии использования родов морских сил. Особый интерес в условиях начавшегося строительства нового, современного флота советское военно-морское командование проявляло к разведывательным сведениям по английскому флоту. Однако на протяжении ряда лет командование Рабоче-крестьянского Красного флота не располагало ни одним документом. «который мог бы дать хотя бы приближенное представление об организации, техническом состоянии и боевой подготовке английского флота». Отсутствовали данные и по флотам других государств. Руководство IV управления требовало от своих резидентов вербовки агентов на военно-морских объектах. И в конце 20-х — начале 30-х гг. в этой части были достигнуты определенные результаты. В 1930–1931 гг. были получены ценные материалы в следующем количестве: из США — 7 единиц; Франции — 5; Италии — 9; Германии — 4; Румынии -4; Японии, Финляндии, Польши. Латвии и Турции — по одному материалу; из Скандинавских стран — 2 материала.