Карьера Шевары и тем самым первая попытка создания контрразведки ВЧК оборвалась самым неожиданным образом. Зданович пишет, что для проведения операции в Петрограде, когда ВЧК уже переехала в Москву, Шеваре был придан отряд матросов во главе с неким Поляковым. Тот почему-то заподозрил Шевару в контрреволюционном заговоре и в Москву Дзержинскому ушла телеграмма: «Шевара нас продал, факты налицо, жду экстренного разрешения принять самые суровые крайние меры, как к нему, так и к его приспешникам и старым охранникам… Он желает меня убить… Ваш Поляков». Шевара был ликвидирован якобы при попытке к бегству. Поляков позднее рассказывал, что раненного в голову Шевару добили сорока винтовочными выстрелами в упор.
К этому времени чекисты столкнулись с целым рядом подпольных монархических и чисто офицерских организаций, однозначно ориентированных на Германию. Немецкие штыки для них являлись наиболее подходящей силой, способной восстановить «порядок и спокойствие» в бывшей империи. Как заявил в радиообращении к немецким солдатам главнокомандующий Восточным фронтом Леопольд Баварский: «Исторической задачей Германии издавна было: установить плотину против сил, угрожавших с Востока… Теперь с Востока угрожает новая опасность: моральная инфекция. Теперешняя больная Россия старается заразить своей болезнью все страны мира. Против этого мы должны бороться».
21 февраля Советом Народных Комиссаров РСФСР был принят и 22 февраля опубликован декрет «Социалистическое отечество в опасности!». Пункт 8 декрета гласил: «Неприятельские агенты, спекулянты, громилы, хулиганы, контрреволюционные агитаторы, германские шпионы расстреливаются на месте преступления».
9 апреля, накануне приезда в Москву германского посольства, член Коллегии ВЧК Иван Николаевич Полукаров, в свои 25 лет заведующий отделом по борьбе с контрреволюцией ВЧК (в декабре 1920 года он умрёт от тифа), представил на заседании президиума специальный доклад об усилении деятельности немецкой разведки, в том числе в прифронтовой полосе. При поддержке Дзержинского он предложил по согласованию с Троцким передать в ведение ВЧК все существующие органы военной контрразведки и создать единую контрразведывательную службу.
В те же самые апрельские дни в Петрограде, в громадном кабинете бывшего министра внутренних дел Российской империи уже работал человек, непосредственно приступивший к организации нештатного контрразведывательного пункта ВЧК, напрямую, минуя Петроградскую ЧК, подчинённого Дзержинскому. Звали этого человека Болеслав Орлинский. История его такова.
В 1914 году Владимир Григорьевич Орлов (именно таким было его настоящее имя) расследовал дела о шпионаже, на основании которых пришёл к выводу о неизбежности столкновения России с Германией и Австро-Венгрией. В начале Первой мировой войны его опыт следователя и знание польского языка потребовались в разведотделе штаба главнокомандующего Северо-Западным фронтом. 3 марта 1915 года по инициативе генерал-квартирмейстера Северо-Западного фронта Михаила Дмитриевича Бонч-Бруевича и начальника контрразведки штаба Северо-Западного фронта полковника Николая Степановича Батюшина был арестован и обвинён в шпионаже жандармский полковник Сергей Николаевич Мясоедов. Дело его вёл Орлов. 2 апреля 1915 года Мясоедов был повешен по приговору военно-полевого суда в Варшаве за шпионаж в пользу Германии. По делу Мясоедова было арестовано 19 его знакомых, а также его жена. Был уволен и затем арестован военный министр Российской империи генерал от кавалерии Владимир Александрович Сухомлинов, который был приговорён к бессрочной каторге. Поскольку отец Орлова был другом начальника штаба Верховного Главнокомандующего (ВГК) генерала от инфантерии Михаила Васильевича Алексеева, 2 апреля 1916 года Орлов был назначен военным следователем по особо важным делам при штабе ВГК. Он участвовал в разоблачении ротмистра Бенсена, двойных агентов разведотдела штаба 9‑й армии Сентокоралли, Затойского и Михель, австрийской шпионки Леонтины Карпюк. Он же расследовал дело предателя штабс-капитана Янсена – коменданта штаба корпуса, бежавшего к австрийцам с секретными оперативными документами. Не без участия Орлова 10 июля 1916 года удалось добиться ареста крупнейшего банкира Дмитрия Леоновича Рубинштейна, обвинённого в пособничестве немцам и высланного в Псков. Деятельность Рубинштейна стала предметом расследования «комиссии Батюшина». Рубинштейн избежал более сурового наказания только благодаря личному заступничеству императрицы Александры Фёдоровны.
Но самое интересное, что Орлову, будучи судебным следователем, осенью 1912 года довелось допрашивать арестованного в Варшаве Феликса Дзержинского, и последний мог оценить корректное и где-то даже доброжелательное отношение к себе со стороны следователя. И вот спустя почти шесть лет в Петрограде происходит их новая встреча. Орлинский, занимающий должность председателя Центральной уголовно-следственной комиссии при Наркомате юстиции Союза коммун Северной области, рассказал своему бывшему подследственному, а теперь председателю ВЧК, о своей активной деятельности на ниве контрразведки в годы войны. Поскольку Орлова хорошо знал генерал Михаил Дмитриевич Бонч-Бруевич – брат управляющего делами Совнаркома и секретаря Ленина Владимира Дмитриевича Бонч-Бруевича, – он и походатайствовал о принятии Орлова на советскую службу, не предполагая даже, что оказывает услуги шефу подпольной организации, специализирующейся на переброске бывших офицеров в районы формирования белых армий.
Когда в сентябре 1917 года бывший Верховный Главнокомандующий (с 11 марта по 21 мая 1917 года), а затем начальник штаба Ставки ВГК генерал Алексеев вышел в отставку и уехал в Петроград, его под видом польского революционера Болеслава Орлинского навестил Орлов. До своего отъезда на Дон Алексеев поручил своему бывшему подопечному создать в крупных городах России подпольные резидентуры будущей Добровольческой армии, а также наладить прочные контакты с резидентурами французской и английской разведок в Петрограде. В феврале 1918 года Орлов установил связь с заместителем резидента французской разведки в России капитаном Фо-Па, а в конце весны познакомился с агентом английской разведки SIS Сиднеем Рейли.
Прекрасно владея обстановкой, зная обеспокоенность новой власти возможным наступлением немцев на Петроград и наличием в городе «пятой колонны» в лице многочисленных монархических прогерманских группировок, Орлов сумел вызвать доверие Дзержинского к себе. Остаётся только гадать, от кого исходила инициатива создания под крышей уголовно-следственной комиссии контрразведывательного пункта ВЧК.
Дзержинский поставил перед пунктом задачу по борьбе с немецкой агентурой и связанным с ней контрреволюционным подпольем. В одном из сообщений Дзержинскому Орлов пишет: «Здесь она [контрразведка] еле-еле существует, т. к. всё кустарно. Понятно, с таким налаженным аппаратом, каким является германская разведка, бороться нужно техникой и опытом. У меня наклёвывается отличная агентура… У здешних властей агентура страшно слаба и ненадежна, поэтому и результатов нет». По словам Здановича, своеобразным отчётом о работе пункта стали направленные Дзержинскому две статьи (из подготовленных двенадцати), где раскрывалась картина планов Германии по реставрации свергнутого революцией государственного строя.
28 апреля 1918 года на заседании Президиума ВЧК выступил заведующий отделом по борьбе с контрреволюцией Полукаров. Он указал, что отдел ведёт работу против внутренних и внешних (как со стороны союзников, так и со стороны Германии) посягательств на новую власть. Отдельно он отметил концентрацию контрреволюционных сил около германского посольства. «Приходится сознаться, – добавил Полукаров, – что для наблюдения и разведки за контрреволюцией, надвигающейся извне, нет соответствующего аппарата». Его поддержал Дзержинский, уже не в первый раз констатировавший необходимость сосредоточить всю контрразведку в руках ВЧК.
Однако военспецы, поддерживаемые Троцким, наотрез отказывались передать контрразведку в ВЧК. Более того, руководитель Высшего военного совета Бонч-Бруевич, в дни Октябрьской революции первый генерал, перешедший на сторону большевиков, с согласия Совнаркома отдал директиву о срочной организации «отделений по борьбе со шпионством» в частях, противостоящих немецкой армии. Военспецы, в том числе и контрразведчики, не только не хотели передавать всю борьбу со шпионажем в ведение ВЧК, но даже не желали контактировать по работе.
В мае между Дзержинским и Орловым возникает оживлённая переписка по поводу перевода последнего в Москву. В упомянутом уже письме петроградский борец с «контрреволюцией извне» напрямую обращается к Дзержинскому с просьбой «забрать к себе для организации работ по борьбе со шпионством». Орлов уже подготовил отъезд в Москву жены и детей, но выезду его самого воспрепятствовал комиссар юстиции Союза Коммун Северной области Николай Николаевич Крестинский, считавший Орлова незаменимым в деле борьбы с уголовной преступностью. Только благодаря этому повороту судьбы контрразведку ВЧК не возглавил непримиримый враг советской власти. Именно благодаря ему ценную информацию добывал известный английский разведчик Сидней Рейли.
В августе 1918 года Орлов скрылся из Петрограда. На него вышли чекисты, установившие, что он по фальшивым паспортам тайно переправляет офицеров за кордон. Орлов покинул город с помощью сотрудников германского консульства. Через Финляндию и Польшу он добрался до Одессы, где продолжил свою службу белым. Уже в эмиграции он возглавил контрразведывательную работу против разведки Коминтерна, доставляя массу хлопот Иностранному отделу (ИНО) ОГПУ СССР.
В мае 1918 года предпринимается третья попытка создать контрразведку ВЧК. Начальником секретного отделения по противодействию германскому шпионажу был назначен 18‑летний левый эсер Яков Блюмкин. Произошло это не ранее 20 мая, поскольку в этот день заведующим отделом по борьбе с контрреволюцией, внутри которого создавалось секретное отделение, вместо Полукарова был назначен Мартын Иванович Лацис, а именно он в дальнейшем фигурирует как непосредственный начальник Блюмкина.