С апреля 1919 года Штабом руководил кадет, депутат Госдумы III и IV созывов Николай Николаевич Щепкин, который в ноябре 1917 года был в числе организаторов одной из первых подпольных контрреволюционных организаций, т. н. «Девятки». В 1918 году Щепкин входил в состав «Правого центра» и «Союза возрождения России», а с мая 1918 года был одним из лидеров ВНЦ. Он руководил военной организацией, в том числе получением разведывательной информации в центральных военных учреждениях большевиков, лично готовил шифровки для руководителей белых с разведданными о стратегических планах, численности, вооружении и дислокации частей РККА. 28 августа 1919 года в результате провала колчаковского связника поручика Н.П. Крашенинникова Щепкин был арестован органами ВЧК. Как выяснилось в ходе следствия, Щепкин входил в состав группы из шести человек, которая пыталась координировать всё московское контрреволюционное подполье (т. н. «Тактический центр»).
Осенью 1919 года во главе Штаба Добровольческой армии Московского района находился полковник Всеволод Васильевич Ступин, начальник 6‑го уставного отделения Всероглавштаба Красной армии, а бывший начальник Ступина – начальник Оперативного отдела Всероглавштаба генерал-майор Сергей Александрович Кузнецов снабжал Деникина и Колчака особо ценными секретными документами. В военную организацию входил также генерал-лейтенант Всероглавштаба Владимир Иванович Соколов.
По плану Штаба вся Москва была разбита на секторы. Была выделена особая часть связи, которая имела в своём распоряжении автомобили, мотоциклеты из разных, преимущественно военных, автобаз и гаражей. У Штаба имелись даже броневики, принадлежавшие Броневой школе, большинство преподавательского состава которой были членами московского отделения Национального центра. Штаб рассчитывал на участие в вооружённом восстании некоторых школ командного состава РККА – Высшей стрелковой школы, Высшей школы военной маскировки и Окружной артиллерийской школы, курсанты которой преимущественно являлись бывшими царскими офицерами. Штаб выработал детальный план вооружённого восстания, которое было назначено на 21 сентября 1919 года, когда войска Деникина подойдут к Туле. Деникин уже заготовил «Приказ № 1» о расстрелах большевиков и «Воззвание к населению Москвы».
Но накануне, 19–20 сентября, чекисты нанесли упреждающий удар и ликвидировали заговор. 23 сентября газета «Известия» опубликовала список из 67 главных организаторов заговора. В общей сложности было арестовано около 700 участников контрреволюционных организаций. Роль Артура Христиановича Артузова в ликвидации заговора была высоко оценена руководством ВЧК. Он получил должность заместителя начальника Особого отдела.
Надежда Петровская была арестована 18 ноября 1919 года в Петрограде как «участница контрреволюционной организации» и по обвинению в шпионаже в пользу английской разведки. Также выяснилось, что в шпионскую деятельность она вовлекла обоих своих сыновей, которые тоже были арестованы. В ноябре 1919 года арестовали также её мужа профессора Алексея Алексеевича Петровского и их дочь Наталью.
9 января 1920 года Петровская оказалась первой в расстрельном списке, утверждённом Петроградской ЧК. Однако приговор в отношении неё приведён в исполнение не был, хотя один из её сыновей – Павел был расстрелян уже 11 января. В Москве Петровскую допросил сам Артузов. Она раскрыла ему адреса всех конспиративных квартир в Москве, которые она посещала вместе с Полом Дюксом. В результате чекисты вышли на профессора Николая Николаевича Виноградского, бывшего предводителя дворянства Западного края, члена коллегии Главного топливного комитета (Главтопа). Он был арестован 10 февраля 1920 года «как участник нелегальной контрреволюционной монархической организации “Тактический Центр”» и выдал всех известных ему участников подполья.
6 февраля 1920 года Петровская была помещена в Бутырскую тюрьму, где работала врачом и негласным осведомителем, но вскоре её перевели во внутреннюю тюрьму на Лубянке. 29 апреля 1921 года она была возвращена в Бутырскую тюрьму, но уже с заключением в одиночную камеру и без разрешения работать врачом. Тогда она обратилась к Екатерине Павловне Пешковой, официальной жене Максима Горького, и 28 февраля 1922 года была помилована постановлением Президиума ВЦИК. Её муж профессор Петровский был освобождён вместе с дочерью 20 февраля 1920 года. Они с мужем развелись 30 июня 1925 года, и Петровская уехала в Красноярск «с целью оказать содействие к облегчению положения ссыльным, перебрасываемым в отдалённые места». В 1926 году она проживала в Новосибирске с дочерью, зятем и их новорождённым сыном. Умерла Надежда Петровская 27 сентября 1935 года в городе Горьком (ныне Нижний Новгород).
К началу 1920 года обстановка в стране изменилась. Пленум ЦК РКП(б) 13 января 1920 года принял предложение Дзержинского напечатать в прессе от имени ВЧК приказ о прекращении с 1 февраля 1920 года применения высшей меры наказания местными ЧК и о передаче дел на лиц, которым такое наказание грозило, в ревтрибуналы.
Касаясь масштабов проделанной ВЧК работы, кандидат юридических наук полковник Олег Борисович Мозохин на основании тщательного изучения архивных данных указывает, что число расстрелянных органами ВЧК в целом соответствует тем цифрам, которые приводит Мартын Иванович Лацис за 1918 год и семь месяцев 1919 года. Это соответственно 6 тыс. 300 человек (по данным 34 губерний) и 2 тыс. 89 человек (35 губерний). Причём за контрреволюционные преступления в 1918 году были расстреляны 1 тыс. 637 человек, а за семь месяцев 1919 года – 387 человек.
В начале 1920 года бандитизм в отдельных районах страны принял угрожающие размеры, а в апреле 1920 года против Советской Республики выступили войска буржуазно-помещичьей Польши, что вынудило Совет Труда и Обороны (СТО) объявить во многих районах страны военное положение. По статистическим данным, в 1921 году были расстреляны 9 тыс. 701 человек.
Таким образом, почти за три года из четырёх органами ВЧК были расстреляны 17 тыс. человек, причём в основном за уголовные преступления (без учета Кронштадтского мятежа). Исследование протоколов заседаний чрезвычайных комиссий (Мозохин О.Б. Право на репрессии. Внесудебные полномочия органов государственной безопасности (1918–1953). М., 2006) свидетельствует о том, что применение высшей меры наказания было скорее исключением, чем правилом.
6 февраля 1922 года по предложению Ленина IX Всероссийскому съезду Советов ВЧК была упразднена, и на её базе было создано Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР – орган государственной безопасности в Советской России. 2 июля 1922 года в связи с окончанием Гражданской войны из Особого отдела ГПУ был выделен новый – контрразведывательный отдел (КРО), возглавить который поручили Артуру Христиановичу Артузову. Именно ему принадлежит идея проведения знаменитой контрразведывательной операции «Трест» – первой оперативно-стратегической игры по сковыванию разведывательно-подрывной деятельности белоэмигрантских объединений на территории СССР. Параллельно с ней проводилась операция «Синдикат‑2» по выводу в СССР и аресту руководителя Боевой организации партии эсеров, несостоявшегося фюрера Белого движения, главы «Союза защиты Родины и Свободы» Бориса Викторовича Савинкова.
С этой целью была легендирована фиктивная Монархическая организация Центральной России (МОЦР), которую возглавил арестованный чекистами и перевербованный бывший статский советник, до революции чиновник министерства путей сообщения, высокопоставленный руководитель Наркомата внешней торговли Александр Александрович Якушев, который по работе выезжал за кордон и имел там широкие связи в белоэмигрантских кругах. В качестве военного руководителя МОЦР выступал бывший помощник начальника Главного штаба и генерал-квартирмейстер генерал-лейтенант царской армии Николай Михайлович Потапов. Он был прекрасно образован, знал семь языков, свободно говорил на французском, немецком и сербском. Потапов ещё с царских времён знал начальника Особого отдела ВЧК Михаила Сергеевича Кедрова. 8 декабря 1917 года Потапов был назначен начальником Генштаба и управляющим делами Наркомата по военным делам РСФСР, которым руководил Николай Ильич Подвойский. Как видим, круг замкнулся на Артузова, который, как уже говорилось, был протеже Кедрова и Подвойского. В 1924 году Потапов вместе с Якушевым по легенде (установление сотрудничества с зарубежными военными библиотеками) выезжал в Варшаву, Берлин и Париж, где дезинформировал руководителей РОВС относительно антисоветских настроений в верхушке РККА.
Якушев ещё несколько раз приезжал в Европу и встречался с видными монархистами, среди которых был и великий князь Дмитрий Павлович. В целом Якушеву удалось донести до руководителей белоэмиграции идею отказаться от попыток вооружённого захвата власти. Для руководителей операции «Трест» стало ясно, что главную угрозу представляет РОВС и лично генерал Кутепов, сторонник террористических действий в отношении большевиков.
В МОЦР подбирали людей как из числа сотрудников ГПУ – ОГПУ, так и работников различных советских учреждений, командиров Красной армии. Одним из них был боевой офицер, потомственный дворянин, бывший генерал от инфантерии Андрей Медардович Зайончковский, который после революции вступил в РККА. В 1918 году он состоял в Отчётно-организационном отделе Организационного управления Всероглавштаба, в 1919 году был начальником штаба 13‑й армии, которая вела бои на Донбассе против ВСЮР Деникина, был в распоряжении и для особых поручений при начальнике Полевого штаба РККА, членом Особого совещания при Главкоме. 19 октября 1920 года Зайончковский был арестован ВЧК по делу об участии в антисоветской подпольной организации, но в декабре 1921 года был освобождён и с 1922 года являлся профессором Военной академии им. М.В. Фрунзе. Андрей Медардович Зайончковский умер 22 марта 1926 года, через пять дней после смерти главы Особого совещания при Главкоме, инспектора кавалерии РККА Алексея Ал