Маленький фрегат «Талбот» вступил в бой с двумя крупными турецкими фрегатами у юго-западного конца линии и получил большие повреждения, прежде чем на помощь пришел «Армид». Один из фрегатов нанес удар по «Армиду», командир которого впоследствии высоко оценил жест британского командира, который поднял на призе два флага – французский и британский. Подошла «Роза» с другого конца линии и тоже оказала помощь. «Проворный» и «Елена» атаковали турецкий фрегат между «Армидом» и «Александром Невским». А «Кастор» вышел вперед перед «Талботом» и сокрушил последний турецкий фрегат. «Кэмбриан» и «Глазго» сразу после прибытия завязали бой с турецкими корветами, а «Константин», тоже запоздавший, поддержал корабли «Талбот» и «Кастор».
Из небольших судов уже упоминалась «Роза». «Бриск» и «Филомел» помогли разобраться с находившейся в восточной части линии группой брандеров. «Москито» пошел на другой конец линии – к «Талботу». Французский «Альцион» столкнулся с «Бреслау», и его потащило к «Азии», где он оказался под огнем «Герриера». «Дафна» обошла «Азию» и в какой-то степени помогла справиться с огнем второй турецкой линии.
К шести часам сражение завершилось. Даже береговые батареи Наварина прекратили огонь. Той ночью и на следующий день турки занимались уничтожением своих собственных поврежденных кораблей. Союзники тоже приняли участие в этом процессе: на некоторые корабли отправлялись лодки, чтобы довершить разрушение или снять трофеи. Но сражение больше не возобновлялось.
Невозможно сказать с уверенностью, сколько кораблей потеряли турки и египтяне, тем более что существуют сомнения относительно первоначальной численности их флотов. Хотя количество вернувшихся в Александрию кораблей известно, возможно, некоторые из них во время сражения находились в Модоне или Патрах. Писавший 24-го Кодрингтон отметил, что «фрегат и 15 мелких судов – все, что осталось от большого флота, который больше никогда не выйдет в море». Русский офицер, писавший 22-го, указал практически те же цифры: один фрегат и 14 малых судов. Он также отметил, что противник прекратил уничтожение и стал собирать оставшиеся суда под защиту пушек крепости. И уже в декабре в бухте было 29 военных кораблей, в том числе один линкор и семь фрегатов. Все они были в большей или меньшей степени повреждены, но оставались на плаву. По крайней мере 1 линкор59 и 5 фрегатов60 прибыли в Александрию в конце месяца61. Представляется, что из 20 кораблей первой линии турецко-египетского флота 14 были потоплены или сожжены и 6 вернулись в Александрию, правда, из них только три подлежали восстановлению.
В вечер сражения Тахир-паша посетил Кодрингтона на борту «Азии», а на следующий день, когда его флаг был поднят на одном из уцелевших корветов, «Дартмут» доставил его на борт для второй беседы. Кодрингтон пожаловался, что у него плохой переводчик, но обнаружил, когда визитер уже собирался уходить, что тот, вероятнее всего, понял многое из того, что британские офицеры говорили между собой. Поскольку Тахир не присутствовал на конференции 25 сентября, когда другие командиры выразили согласие приостановить операции, он не был обвинен в нарушении обещания, и оказанный ему прием был относительно дружелюбным. А так как он объявил, что не общается с Ибрагимом, несомненно, склонил чашу весов в его пользу. Тахир-паша взялся доставить письмо своему главнокомандующему и по собственной инициативе обещал, что его корабли не будут предпринимать никаких враждебных действий.
Потери в живой силе у союзников составили 182 человека убитыми и 489 ранеными, соответственно 43 и 144 у французов, 80 и 206 у британцев, 59 и 139 у русских. Самые тяжелые потери понесли три флагмана: на «Азове» они составили 91 человек убитыми и ранеными, на «Азии» – 76, на «Сирене» – 63. Потери турок и египтян точно неизвестны, но, по разным сведениям, они составили от 3 до 4 тысяч человек. Многие важные корабли союзного флота были сильно повреждены – слишком сильно, чтобы их можно было отремонтировать собственными силами. Французы могли послать свои корабли в Тулон, но у русских не было своей базы в пределах досягаемости, и им пришлось идти на ремонт на Мальту. Поврежденный флот Кодрингтона тоже направился туда, но только для принятия временных мер, необходимых для обеспечения их перехода в Англию.
Французский линкор «Прованс», все еще находившийся под временным парусным вооружением, присоединился к своей эскадре в день после окончания сражения, а русский корвет «Гремящий» прибыл 24-го. «Роза» ушла в Смирну 21-го, «Талбот» и «Бриск» – на Мальту 23-го, а «Дартмут» в тот же день отправился в Анкону с депешами Кодрингтона. Остальной флот вышел в море 25-го. Де Риньи с «Тридентом»62, «Армидом» и «Альционом» в сопровождении британского «Кэмбриана» и русского «Константина» направились в Смирну. «Глазго» ушел к Сире, чтобы следить за деятельностью греческих корсаров. Кодрингтон с остальной эскадрой, а также французские корабли «Бреслау» и «Дафна» прибыли на Мальту 3 ноября. Четыре русских линкора с двумя фрегатами и корветом прибыли туда же 8-го. «Елена» отправилась с депешами в Анкону, но туда не пришла. Непогода заставила ее высадить курьера в Отранто и провести несколько дней на Корфу, прежде чем идти на Мальту, куда она прибыла 1 декабря. «Дартмут» прибыл на Мальту из Анконы 28 ноября. Остальные французские корабли пошли прямо в Тулон.
Во время Наваринского сражения Кокрейн находился у Пороса, что на другой стороне Морей, готовясь выйти в море и поддержать экспедицию полковника Фабвьера. Она стартовала 21 октября из Псары, а оттуда отплыла 27-го. Кокрейн на «Хелласе» в компании с «Сувениром» и «Гидрой» (захваченный корвет) ушел с Пороса в тот же день и прибыл на Хиос 30-го. К этому времени греческие войска уже были на берегу два дня. Корабли бросили якоря в некотором удалении от замка. Кокрейн поднял британский, французский, русский и греческий флаги, а также турецкий под русским, дал салют из 21 орудия, но больше не сделал ничего. Капитан французского фрегата «Юнона», уже предупредивший 21-го греческие власти на Сире, что экспедиция на Хиос будет рассматриваться как выходящая за допустимые границы греческих военных операций, 31-го поднялся на борт «Хелласа» и поведал Кокрейну о письме, подписанном тремя адмиралами 24-го. В этом письме они уведомляли, что не допустят «крейсерства и блокады греками за пределами границ от Волоса до Лепанто, включая Саламин, Эгину, Гидру и Специю». На следующий день Гамильтон с «Кэмбриана» показал ему копию письма, и Кокрейн признал необходимость подчиниться. Он увел свои корабли обратно на юг Греции и провел вторую половину ноября, блокируя Корон, Модон и Наварин.
В начале декабря он вернулся на Эгину за инструкциями, ввиду того что в Наварине все еще оставались враждебные силы, превосходящие его собственные. При этом он отказался посылать свои корабли на Хиос и пожаловался, что его лишили доходов, положенных ему для содержания флота. В конце концов он решил вернуться в Англию, рассчитывая найти там средства и подкрепления. Поэтому он передал «Хеллас» Миаулису и в январе 1828 года отбыл на шхуне «Юникорн» в Англию. В сентябре он вернулся в Грецию на новом пароходе «Меркурий», но обнаружил, что его услуги больше никому не нужны. Египетская армия покидала Грецию, а турецкого флота, с которым можно было воевать, не было. И в декабре 1828 года он покинул Грецию, но не на корабле флота, которым еще недавно командовал, а на русском корвете «Гремящий», предоставленном в его распоряжение Гейденом.
На Хиосе греки заняли все, за исключением самой крепости, без особого труда, но с крепостью дело застопорилось. Корабли, оставшиеся там после ухода Кокрейна, пытались, но тщетно, не допустить подвоза снабжения и подкрепления для гарнизона. Брандерная атака, устроенная Канарисом, была успешной и уничтожила несколько судов, но спустя всего неделю к крепости пришли другие, и им никто не смог помешать. Так продолжалось и дальше. Во время первых двух месяцев осады остатки турецкого флота покинули Наварин. Тахир-паша отплыл в Константинополь и увел с собой несколько небольших судов. Остальной флот вышел в море 19 декабря и прибыл в Александрию 27-го в очень плохом состоянии. Тем временем союзники пребывали в относительном бездействии: Кодрингтон и Гейден – на Мальте, де Риньи – в Смирне. Вскоре после прихода на Мальту «Генуя» была послана в Англию, в конце декабря за ней последовали «Азия» и «Альбион». «Уорспайт» 74 присоединился к флоту Кодрингтона из Лиссабона в конце ноября и вскоре был послан на Анкону и на Корфу, чтобы установить связь с Каподистрией, новым главой греческого правительства. Периодически прибывающие фрегаты направлялись в Архипелаг или к египетскому побережью.
Ни одно из трех заинтересованных правительств не было готово к новой ситуации, создавшейся из-за уничтожения турецкого флота. У них не было выработанного политического курса, и потому они не могли дать четких инструкций своим адмиралам. Царь настаивал на том, что отказ турок прислушиваться к требованиям трех держав обусловливает необходимость принятия строгих мер, и требовал, чтобы все три посла были отозваны из Константинополя. Это было сделано в декабре, и ответом султана стало объявление священной войны против неверных и денонсирование Аккерманского договора, которым русские и турки урегулировали свои разногласия годом раньше. После этого царь сообщил союзникам, что намерен весной выступить против европейских владений Турции и сделает это с одобрения союзников или без оного.
До того, как это случилось, окончательно провалилась попытка греков захватить Хиос. Расстояние между турецким гарнизоном и материковым портом Чесма составляло меньше десяти миль, так что туркам надо было обеспечить контроль над проливами на очень короткие интервалы, чтобы позволить высаживать подкрепления на Хиосе. 1 января 1828 года несколько турецких военных кораблей – один фрегат или корвет и 8—10 бригов – вышли из Дарданелл и дошли до Митилены, но месяцем позже вернулись в Дарданеллы, не сделав попытки подойти к Хиосу. Говорили, что их повернул обратно де Риньи, но это представляется крайне сомнительным. Он 19 января писал, что в его инструкциях не сказано ничего о запрете туркам посылать корабли из одного своего порта в другой. Пока турецкие корабли были в Митилене, греческие корабли «Гидра», «Совёр» и три брига прибыли на Хиос. Это было 15 января. «Совёр» был поврежден во время непогоды 19-го, и остальные отошли. «Хеллас», вероятно под командованием Миаулиса, по некоторым источникам, в конце января был у Митилены и определенно 3 февраля вместе с «Гидрой» пришел на Хиос. Но 8-го корабли опять ушли и, очевидно, не возвращались, пока не стало слишком поздно.