В следующем (1596) году Дориа в последний раз вышел из Мессины во главе значительного флота. Сент-Обен с мальтийскими галерами, ушедший на восток в мае, вернулся с известием, что турки прошли Дарданеллы. Однако их численность представлялась недостаточной, чтобы появиться в итальянских водах. Возможно, именно это сделало Дориа более предприимчивым, чем обычно. В любом случае в августе он вышел из Мессины с испанскими, генуэзскими, неаполитанскими, сицилийскими и мальтийскими галерами и добрался до Архипелага. Он ничего не пытался делать на берегу и не искал турецкий флот. Христиане захватили лишь несколько незначительных призов. Именно во время этого похода начался спор о первенстве между генуэзцами и рыцарями ордена Святого Иоанна.
Ни тосканские, ни папские галеры не вошли в том году в объединенный флот. Они крейсировали вместе у итальянского побережья и взяли несколько мелких призов. В 1597 году тосканцы укрепили свое давление на Марсель, оккупировав замок Иф. Немного позже прибыли четыре алжирские галеры, чтобы помочь Франции против Испании, как уже было, но в большем масштабе, полувеком ранее. Тосканцы решили, что оказались в ловушке, но так получилось, что они сумели уйти невредимыми. А тем временем мальтийцы, как и ранее, отправились в Архипелаг на разведку и воспользовались ситуацией – турецкий флот так и не появился, – чтобы остаться там на некоторое время и получить немалую прибыль. На обратном пути они провели некоторое время в сицилийских водах по приглашению вице-короля, а в августе и сентябре отправили две галеры к египетскому побережью. В том году папские и генуэзские галеры действовали вместе. Они добрались до побережья Албании и чуть позже имели ничего не решившую стычку с галерами из Бизерты.
В 1598 году Синан-паша снова появился в Мессинском проливе, но в этот раз с мирным делом. Он направлялся в Алжир, чтобы подавить местные беспорядки, и воспользовался возможностью, чтобы повидаться с матерью, которая до сих пор жила в Мессине. Прибыв туда 20 сентября, он направил парламентерский флаг вице-королю и письмо, в котором просил доставить к нему его мать. Это было сделано, и весь следующий день грозный турецкий командир провел развлекая своих итальянских родственников и их друзей. 22-го он продолжил плавание.
В этом году тоже мальтийские галеры были посланы, чтобы узнать новости о турецком флоте. Коррал, новый генерал, покинул Мальту в конце мая и сумел перехватить караван из Александрии. Он взял и потопил ведущее судно раньше, чем успели вмешаться галеры эскорта. Коррал ничего не узнал о передвижениях главных сил флота, однако информация об этом была получена одной галерой, в июле отправленной в Морею. Более определенные сведения стали доступны в августе, и были приняты меры, чтобы достойно отразить предстоящую атаку. Когда же она произошла, то оказалась не такой страшной, как можно было ожидать. Синан-паша 30 сентября объявился в районе Гозо и на следующий день высадил на берег около двух тысяч человек. Но атаку легко отбили, и, понеся потери, турки вернулись на свои корабли. 2 октября турецкий флот ушел.
Последние два года столетия стали свидетелями целого ряда церемониальных плаваний, вызванных разными королевскими бракосочетаниями. Правда, в 1599 году имела место тосканская атака на Хиос, а в 1600 году – попытка совместной атаки на город Триполи. В первой из них, более серьезной, чем другие, Кальфатти, ранее уже захвативший африканскую галеру в домашних водах, прибыл к крепости Хиос 5 мая. В ту ночь войска высадились с пяти галер. Турецкий гарнизон открыл сильный огонь, и галеры были вынуждены уйти. Высадившийся отряд лишился поддержки и по большей части был убит или взят в плен. Нападающие, правда, получили некоторую компенсацию, захватив две турецкие галеры в бухте. Атака на Триполи в 1600 году завершилась ничем. Объединенный флот из 8 неаполитанских, 4 сицилийских и 5 мальтийских галер ушел с Мальты в конце июля, но обнаружил, что противник готов к нападению, и вернулся, даже не попытавшись атаковать с моря или суши.
Остальные морские путешествия 1599 года были связаны с доставкой эрцгерцогини Маргариты Австрийской из Генуи в Винарос, что недалеко от устья Эбро, для свадьбы с Филиппом III Испанским, и перевозкой его сестры, Изабеллы Клары, и ее супруга, эрцгерцога Альберта, из Валенсии в Геную. Эти путешествия имели место в начале весны и лета, и в них участвовал флот из 40 или более испанских, неаполитанских и сицилийских галер под командованием Дориа. Третий рейс состоялся осенью 1600 года, когда папские, тосканские и мальтийские галеры отвезли Марию де Медичи, невесту короля Франции Генриха IV, из Ливорно в Марсель. Вопрос главенства, который всегда вызывал проблемы в подобных объединенных флотах – особенно если участвовали мальтийские рыцари, – в этом случае стал еще острее, чем обычно. Дошло до того, что тосканцы и мальтийцы едва не вступили в бой в марсельском порту, а орудия фортификационных сооружений Ливорно действительно открыли огонь по мальтийским галерам, уходившим домой.
В мае 1601 года флот из 16 галер (10 неаполитанских, 1 сицилийская и 5 мальтийских) вышел с Мальты в Левант под командованием неаполитанского генерала Педро де Толедо. Их целью был перехват каравана из Александрии в Константинополь, и, имея это в виду, они заняли позицию у побережья Малой Азии, к северу от Кипра. К сожалению, они вышли в море, чтобы защитить приз, который отправляли на Мальту, как раз когда появились разведчики турок. Таким образом, противник был предупрежден об их присутствии и сумел уйти. Попытка внезапно захватить две турецкие галеры в районе Бассо тоже оказалась безуспешной.
Дориа постигла последняя неудача. В Мессине собрался самый крупный флот, который здесь видели в последние годы. Пусть он был недостаточно силен, чтобы идти в Константинополь, но он определенно мог добиться хотя бы чего-нибудь. Здесь было 5 мальтийских галер, 5 – папских, 5 – тосканских, 3 – савойских, 10 – неаполитанских, 10 – сицилийских и более 30 пришли из Испании и Генуи. Возможно, нежелание делать что-либо, отчего могут выиграть венецианцы, была причиной, по которой этот флот держался в удалении от Леванта. С другой стороны, не исключено, что Дориа просто не желал рисковать. Ведь можно было встретить турецкий флот! В общем, какова бы ни была причина, было принято решение напасть на Алжир, где можно было рассчитывать на местную поддержку. Желая убедиться, что турки останутся на расстоянии, Дориа послал мальтийскую галеру для демонстрации в греческих водах, а сам повел остальной флот на Майорку, а оттуда – в Алжир.
Подойдя к порту в ночь с 23 на 24 августа, Дориа послал тосканские галеры вперед, чтобы установить связь с возможными сторонниками на берегу. На сигналы не было получено никакого ответа. Туманное утро отсрочило высадку – если она вообще планировалась. Волнение моря усилилось, и Дориа весьма оперативно вернулся на Майорку. Оттуда он разослал разные контингенты в соответствующие порты. Немного позднее он склонился перед вызванной его действиями бурей гнева и удивления и попросил об отставке. В 1606 году он умер.
Вивье, мальтийский генерал, вернулся из Мессины в конце июля и 4 августа ушел с Мальты с 4 галерами. На Занте он узнал, что капудан-паша ушел в Александрию с флотом из 35 галер и еще 15 кораблей были оставлены для защиты Архипелага. Он пошел с Занте на Цериго, а оттуда к Пассаве, турецкой крепости на восточной стороне мыса Матапан. Высадившись там в ночь на 17 августа, он овладел крепостью и сжег ее, после чего вернулся на Мальту 30 августа.
В это время появились первые признаки изменения условий войны на море, как ее понимали в Средиземноморье. Веками или даже тысячелетиями галера оставалась стандартным типом боевого корабля, и, несмотря на длительное существование, она, по сути, не изменилась. С другой стороны, пока военное кораблестроение и военно-морская тактика у народов Средиземноморья остановились в развитии, на севере и западе появился совершенно новый тип военного корабля. Корабль с прямым парусным вооружением и орудиями, установленными вдоль бортов, достиг такой ступени развития, что только с ним считались за пределами Гибралтарского пролива. Обычно утверждают, что «пираты» Алжира и Туниса были первыми средиземноморскими морскими силами, оценившими по достоинству такие корабли, знания о которых приобрели от английских и голландских перебежчиков. В какой-то степени это соответствует действительности, но приезд Варда в Тунис, а Данзера в Алжир имел место после, а не до появления парусников, по крайней мере в двух христианских флотах Средиземноморья. Мальтийские рыцари приобрели большой корабль «Сигно» («Лебедь») в конце 1601 года, а великий герцог Тосканский в 1602 году отправил два «бертони» с прямым парусным вооружением с 40 орудиями на каждом, построенные для него в Портоферрайо, на Эльбе.
Эти два корабля сопровождали две его новые бастард-галеры – очень большие галеры – и четыре обычные галеры рыцарей Святого Стефана в рейсе в Левант, который начался в конце марта. Были захвачены четыре турецкие галеры у Самоса, и флот вернулся в Мессину, где новый командир, Ингирами, ждал, чтобы присоединиться к испанцам. Те, однако, были заняты где-то еще, и Ингирами решил вернуться домой. Тем самым ему удалось избежать блокады Мессины – папской эскадре повезло меньше – турецким флотом из 70 галер, который в августе и сентябре разорил окрестное побережье. До этого мальтийские галеры сумели организовать успешную вылазку на Маометту (Хаммамет) – город, расположенный к юго-востоку от Туниса.
Что касается испанцев, они готовились к очередному нападению на Алжир, собирая флот с Сицилии, из Неаполя, Генуи и портов приписки в Кадисе под командованием Хуана де Кардоны, бывшего командира эскадры в Лепанто, которому было уже больше восьмидесяти лет. На этот раз они не продвинулись дальше Майорки. Разведчики, посланные оттуда к африканскому побережью, вернулись с сообщением, что турки настороже, а полагаться на поддержку местного населения едва ли имеет смысл. Экспедиция не вышла из Кадиса до сентября и довольно долго следовала вдоль берегов Испании. Теперь уже наступил конец октября, и делать было нечего – оставалось только вернуться в Картахену и распустить флот по своим портам.