Тем временем, несмотря на неприсоединение к основным силам венецианского флота, мальтийские и папские галеры действовали. Сойдясь в Мессине в начале июня, они направились на восток и добрались до Триполи, когда услышали об эпидемии среди людей Морозини и увидели тосканцев, возвращавшихся домой. Они подошли к Корфу, оттуда направились в Отранто, затем к Порто-Фигера на Лефкаде, что в нескольких милях от Глимино, затем в Отранто и Галлиполи. Наконец было решено, что они могут безопасно присоединиться к отдельной венецианской эскадре у побережья Далмации.
Они снова вышли из Галлиполи 1 августа и 7-го уже были в устье залива Каттаро. Оттуда они пошли вверх по Адриатике до острова Курцола, где установили контакт с Джироламо Корнером, венецианским генералом-проведитором, который тогда был в Спалато (Сплит). Теперь вопрос старшинства возник в новой форме. Мальтийский генерал граф Гербештейн считал само собой разумеющимся, что он во всех отношениях главнее Корнера, а Корнер считал естественным, что венецианский флот в собственных водах не может быть отдан под командование иностранца. Благодаря посредничеству Ферретти трудность преодолели характерным способом, дав Корнеру ранг «исполняющего обязанности» генерал-капитана, позволив ему поднять на корабле свой штандарт и нести три фонаря, что соответствовало этому рангу.
Решение этой проблемы и снабжение союзников потребовало некоторого времени, и только 27 августа венецианцы покинули Спалато и присоединились к ним. Но даже когда объединенный флот 30-го отошел от Курцолы, он двигался двумя разными группами, поскольку три фонаря Корнера еще не прибыли из Венеции.
19 галер – 4 венецианские, 7 мальтийских, 6 папских и 2 генуэзские на папской службе – с 2 парусными кораблями, 2 бомбардирами и множеством вспомогательных судов подошли к заливу Каттаро 2 сентября, и на следующий день войска были высажены в районе Кастельнуово. Осада развивалась по обычному сценарию, с частыми обстрелами с галер и бомбардиров, до 29 сентября, когда оборона рухнула и осаждающие вошли в город. 4 октября союзники отбыли на Мальту и в Чивитавеккью.
1688 год стал свидетелем первой крупной неудачи венецианцев в этой войне, сорвавшейся атаки на Негропонт. Морозини провел зиму в окрестностях Афин: галеры стояли в Порто-Леоне, а парусники или ремонтировались у Курцолы, или использовались для выполнения транспортных и конвойных обязанностей. В одной группе кораблей под командованием Пьетро Загури в феврале разбились два из четырех парусников – «Император Леопольдо» и «Тре Ре», оба явно зафрахтованные корабли небольшого размера. Немного позже у Термиса потерпел крушение корабль «Мадонна дель Розарио», а в марте на Цериго – четвертый, «Кватро Фрателли». К тому же в армии и флоте свирепствовала чума.
Возможно, из-за этого, но не исключено, что из экономических соображений, Морозини решил уйти из Афин. Соответственно, 9 апреля его флот перешел из Порто-Леоне в Порто-Поро, что на южной стороне залива Эгина, между островом Порос и материком. Отсюда он 23 апреля послал Веньера с 8 кораблями и бомбером, чтобы атаковать Салоники, а тремя днями позже взял 19 галер и направился в короткое плавание к Андросу, южной оконечности Негропонта, Порто-Рафти, что в Аттике, Исола-Лонга (Макронизи), Эгине и обратно в Порто-Поро, куда прибыл 3 мая. Там Морозини узнал, что месяцем раньше был избран дожем.
Веньер вернулся 16 мая после обстрела Салоник и снова был отправлен в море 23-го, на этот раз с 9 большими парусными кораблями и 2 брандерами. Немного позже Морозини узнал, что турецкие войска в Кандии взбунтовались, и решил узнать, можно ли воспользоваться этим обстоятельством. Выйдя из Порто-Поро 9 июня с 22 галерами, он у Цериго присоединил к своему флоту еще 8 мальтийских галер, которыми командовал Камилло Спинелли. В этом году папского контингента не было, во-первых, из-за смерти папы, а во-вторых – из-за трудностей в отношениях с Францией. Тосканцы прибыли, но намного позже. К сожалению, появление флота у Кандии стало сигналом для турок, что пора укреплять дисциплину. Это они и сделали. Объединенный флот не мог ничего предпринять и ограничился демонстрацией силы. Морозини увел свой флот к Паросу, а оттуда 18 июня вернулся к Порто-Поро. Спинелли направился к Цериго, чтобы увести суда-снабженцы, и 6 июля тоже прибыл в Порто-Поро.
Передвижения парусных кораблей точно не известны. Очевидно, к Веньеру в конце мая присоединился Пизани, который занимался ремонтом на Курцоле. После недолгого плавания к северу от Самоса и Никарии в поисках турецкого каравана Веньер узнал, что капудан-паша и его галеры находятся у Негропонта. Он немедленно оставил часть своего флота под командованием Пизани, а сам отправился на поиски врага, однако после короткого отсутствия вернулся – новость оказалась ложной. На рассвете 15 июня, когда венецианцы находились к востоку от Наксоса, появился караван, сопровождаемый 9 большими турецкими парусными кораблями и 9 алжирскими кораблями под командованием Канарио, известного корсара. Сколько кораблей было у Веньера, в точности неизвестно, но представляется, что не меньше 11, и это не считая бомберов и брандеров16. Акции предшествовало сражение за наветренное положение, в котором 6 противников, возможно алжирцы, обошли с наветренной стороны венецианцев, которые, в свою очередь, находились с наветренной стороны от остального турецкого флота. Флот Веньера смело атаковал группу судов, оставшуюся с подветренной стороны. По крайней мере один из турецких кораблей получил повреждения мачт и, согласно венецианской версии, был спасен от захвата только наступлением темноты. На следующий день флот Пизани подошел к Паросу, а Веньер со своей эскадрой и каперами 22 июня достиг Термиса17.
Двумя днями позже Загури – амиранте, или третий по старшинству в эскадре, прибыл в Порто-Форо с Занте и сразу получил приказ принять под командование всех каперов и курсировать в окрестностях Тенедоса. Веньер должен был помочь в атаке на Негропонт, заведя свои корабли, шесть галер и вспомогательные суда в канал Трикери – к северу от острова. Задержка была вызвана крушением английского зафрахтованного корабля «Смирна Мерчант» 50 при выходе из порта, а также встречными ветрами, которые мешали галерам, и штилями, которые обездвиживали парусники. Тем не менее основная масса флота добралась до канала Негропонта 11 июля и 13-го высадила армию к югу от города.
Экспедиция завершилась неудачей. Четыре штурма оказались тщетными, и в последнем галеры получили серьезные повреждения. Сильный ветер пригнал их слишком близко к турецким позициям, и в шесть из них попали снаряды. Тосканцы, прибывшие 26 июля, ушли домой 20 сентября18, а мальтийцы последовали за ними 6 октября. В армии неистовствовала эпидемия. Венецианский генерал Кенигсмарк умер, и, хотя Морозини желал провести зиму там, где он был, командующие иностранными контингентами отказывались оставаться на острове. 22 октября флот с остатками армии направился к Термису, куда прибыл 25-го. Пизани принял на борт иностранцев и высадил их в Навплии, Короне, Модоне, Наварине и на Патрасе, после чего пошел на Корфу. Галеры Морозини перешли в Навплий на зиму. Галеасы зимовали в районе Толона, в нескольких милях от города.
Венецианцы достигли почти всего, к чему стремились. Если не считать Мальвазии, которая держалась до лета 1690 года, они завоевали всю Морею, однако были вынуждены уйти из Афин и потерпели неудачу на Негропонте. Болезнь помешала Морозини продемонстрировать свою обычную энергию, и в результате 1689 год оказался бедным событиями. Почти весь год тянулась блокада Мальвазии. В феврале 10 турецких галер доставили подкрепление на Негропонт. Им не помешало даже присутствие двух блокирующих эскадр: одна – под командованием Веньера, другая – под командованием Алессандро Вальера, его нового амиранте. Еще четыре галеры подошли к Негропонту позже, и турки также доставили запасы в Кандию. Что касается венецианской стороны, Веньер и Вальер в начале марта оба вернулись в Навплий: первый – для ремонта, второй – чтобы взять два корабля и выйти в плавание против берберских корсаров в устье Адриатики. Пизани, присоединившийся к коллегам в конце января, снова был послан на Корфу и в порты западного побережья Греции, чтобы вернуть войска с зимних квартир.
В конце апреля Морозини послал Веньера с 6 кораблями и Алессандро Бона с 10 галерами и вспомогательными судами в Мальвазию, чтобы установить блокаду. С остальным флотом он переместился в Порто-Поро и в конце мая последовал за Веньером в Мальвазию. Услышав о крупных силах берберских кораблей к западу, он счел необходимым обеспечить сильный эскорт конвою, следовавшему из Венеции с деньгами и припасами, и потому отправил Веньера с 6 кораблями и Агостино Сагредо с 12 галерами ему навстречу. Из-за какой-то ошибки галеры и корабли потеряли контакт друг с другом, и Сагредо прибыл к островам Сапиенца, что недалеко от Модона, только с галерами. Утром 10 июня он заметил флот из 16 кораблей и выслал две галеры ему навстречу, считая, что это и есть конвой, но в действительности это оказались корабли противника, и одна галера была захвачена. Конвой, однако, беспрепятственно прибыл в Мальвазию 25 июня.
Веньер и Сагредо появились днем или двумя позже, а 24-го прибыли восемь галер с Мальты под командованием Шабриллана. Поскольку в Мальвазии им делать было нечего, они 10 июля направились в юго-восточном направлении на поиски противника. Таким образом, они избежали сильного шторма, который оказался роковым для венецианских галер. Плохая погода не позволила действовать в полную силу кораблям-бомбардирам, но 11 августа была сделана попытка отправить несколько небольших судов, чтобы уничтожить турецкие корабли под прикрытием обстрела с четырех венецианских кораблей. Встречный ветер не позволял кораблям приблизиться на расстояние эффективной стрельбы, и атака провалилась, а Веньер, наблюдавший за ней с берега, был убит случайным снарядом. В отсутствие Пизани в Коринфском заливе ответственным за парусные корабли стал Доменико Диедо. Он повторил атаку 16-го, использовав корабли «Витториа»