Ситуация в Леванте постепенно менялась. Когда Трубридж только прибыл, Бонапарт завершал подготовку к вторжению в Сирию, и в день, когда он вышел в море, французы вошли в Яффу, овладев еще одним портом, за которым следовало наблюдать. Бонапарт отдал приказ своей флотилии из Дамьетты следовать в Яффу, а сам двинулся в наступление на Акру.
17 марта французы были в Хайфе, на южном конце залива Акра, и на следующий день началась известная осада.
Оборона стала возможной благодаря поддержке малой эскадры Смита. Он послал «Тесей» прямо в Акру, как только узнал о захвате французами Яффы, и 15 марта сам прибыл туда на «Тигре». Почти сразу он произвел очень важный захват.
18 марта к берегу подошла группа из 10 французских кораблей, корвета и 9 канонерок. «Тесей» был отправлен в Яффу и вернулся только 20-го, но «Тигр» в одиночку сумел захватить все корабли, за исключением корвета и двух канонерок. Таким образом, он захватил или перехватил всю французскую осадную артиллерию. Спустя три дня лодки с двух французских линкоров попытались, но безуспешно, отсечь четыре транспорта, которые прибыли в Хайфу с запасами для французской армии. После этого британские корабли отнесло непогодой, и они сумели вернуться только 4 апреля. Будучи в море, Смит встретил «Альянс» 20 на пути в Акру и захватил французский транспорт с запасами, который уже и так потерпел крушение.
Та же самая непогода, вероятно, была ответственна за снос «Льва» со своей позиции в Александрии. В любом случае французская эскадра из трех фрегатов и двух бригов, «Юнона» 42, «Кореджёс» 40, «Алцест» 38, «Саламин» 18 и «Алерт» 18, под командованием контр-адмирала Перре, вышла из порта, не встретив сопротивления. Обнаружив, что враг ушел, Диксон, капитан линкора «Лев», оставил блокаду и отправился в Палермо, где присоединился к Нельсону 8 мая. Французы направились в Яффу и выгрузили на берег шесть тяжелых орудий, которые были доставлены армии по суше 27 апреля. 8 мая «Саламин» захватил недалеко от Яффы полякру «Фортун», которая была послана Смитом, чтобы крейсировать вдоль побережья. «Дам де Грас», бывшая вместе с ней, была отвоевана французами и потоплена. Спустя несколько дней, 14 мая, французские фрегаты встретили корабль «Тесей» у Кесарии, на полпути между Яффой и Акрой. Они сразу ушли, и «Тесей» не смог его преследовать из-за взрыва нескольких французских снарядов, которые были подобраны невзорвавшимися для повторного использования. Капитан Миллер и еще 39 членов команды были убиты, 47 человек получили ранения. После этого Перре направился в Тулон, но не попал туда, потому что 19 июля, находясь в 60 милях от цели, он встретил группу английских кораблей из четырех 74-пушечных линкоров и двух фрегатов, и вся его эскадра была захвачена.
Тем временем наступление на Акру провалилось. Несмотря на огонь британских линкоров, захваченных у них самих канонерок и турецкого фрегата, французы сумели пробить слабые стены города. Но все их попытки штурма были отбиты. 7 мая с Родоса прибыл с подкреплениями для осажденных флот из транспортов и нескольких турецких кораблей. До того как все это было выгружено и высажено на берег, Бонапарт приказал начать финальный общий штурм, но благодаря совместным усилиям турецкого гарнизона и британских высадочных групп враг был отброшен. Новые атаки 8-го были не более успешными. 19-го имело место продолжительное сражение, когда вылазка турок была отбита. На следующий день Бонапарт снял блокаду и начал отступление в направлении Египта.
После захвата Корфу русский флот в Адриатическом море начал операции против французов на юге Италии, чтобы поддержать операции армии Суворова на севере. 26 апреля группа из трех больших фрегатов, «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Михаил» 48 и «Св. Николай» 46, ушла с Корфу в Бриндизи. Непогода отнесла их в Валону (Авлону) и задержала там до 2 мая. После этого командир подразделения по фамилии Сорокин смог 4 мая восстановить неаполитанскую власть в Бриндизи, 12-го – в Моле и 13-го – в Бари12.
Другая группа кораблей под командованием контр-адмирала Пустошкина покинула Корфу 12 мая. В нее входили «Св. Михаил» 74, «Симеон и Анна» 74, «Богородица Казанская» 46 и «Навархия» 40, а также турецкий линкор, фрегат, корвет и два или три небольших судна13. Два русских фрегата были отправлены в Триест в качестве эскорта для португальского линкора «Райна де Португал» 74, который немного раньше привез беженцев из Бриндизи. Эти фрегаты вернулись только 23 июля. Пустошкин с остальными кораблями подошел к Анконе 17 мая и на следующий день, после отвергнутого требования капитуляции города, в течение нескольких часов вел перестрелку с береговыми батареями и лишенными такелажа бывшими венецианскими кораблями «Лахарп», «Стенгель» и «Бейран», без особого ущерба для обеих сторон. Говорят, что русские потеряли больше от огня своих турецких союзников, чем противника.
На этом этапе на театре военных действий появился небольшой австрийский флот. Австрии, которая во второй раз объявила войну революционной Франции 12 марта 1799 года, с января 1798 года принадлежала Венеция. Прежде чем покинуть порт, французы сделали все от них зависящее, чтобы сделать непригодными к эксплуатации все суда, которые они не могли забрать с собой. Но работа выполнялась в спешке, и австрийцы смогли сразу использовать шхуну «Эгайл» и 11 канонерок и оснастить фрегат и три брига через несколько месяцев. Они также сумели оснастить большое число плоскодонных плавсредств для использования в лагуне и на реке По. Если не считать этих новых приобретений, австрийский военно-морской флот в начале 1798 года состоял из 24-пушечного корвета «Австрия», двух 14-пушечных шебек, «Хенрици» и «Коллоредо», 12 канонерок и нескольких мелких судов.
Сначала австрийцы занимались по большей части обороной Венеции, но через несколько недель их положение улучшилось. Совместной операцией австрийской армии и военно-морского флота были захвачены или уничтожены несколько французских судов на реке По, и австрийская флотилия высвободилась для действий на побережье. Две шебеки были посланы крейсировать по Адриатике, а майор Поттс с 5 канонерками и еще несколькими небольшими судами покинул Кьоджу 28 апреля14. К этому времени страна уже была охвачена мятежами против французов, и Поттс сумел скоординировать свои действия с повстанцами, захватывая все новые территории. К 30 мая он добрался до Римини, что в 50 милях от Анконы.
«Макарий» 16 и две лодки с кораблей Пустошкина захватили 19 мая в районе Анконы французское судно, перевозившее большую сумму денег. Несколько небольших французских судов попытались помешать захвату, но попали под огонь «Макария» и отошли. Пустошкин оставался в районе Анконы до 23-го, после чего был вынужден уйти, чтобы пополнить запасы воды. Не сумев произвести высадку в Сенигаллии, или Фано, ближайших портах на северо-западе, он отбыл 25-го в Порто-Квието, что недалеко от Триеста, куда прибыл 30 мая, не встретившись с Поттсом. 7 июня он возобновил блокаду Анконы.
В тот же день повстанцы захватили Пезаро – город между Фано и Римини. Контратака французов 9-го была отбита при помощи австрийской шебеки «Коллоредо», и 10-го два корабля Пустошкина высадили на берег отряд из 270 человек. Подоспел и Поттс со своей флотилией. Подвергшись нападению с суши и моря, Фано был занят союзниками 12 июня, а Сенигаллия – 18-го. Пустошкин продолжал блокировать Анкону до 1 июля, после чего по приказу Ушакова вывел свою эскадру, которая подошла к Корфу 3 июля. Группа кораблей Сорокина, крейсировавшая неподалеку, пришла на следующий день.
Тем временем началось постепенное вытеснение французов с юга Италии захватом островов Искья и Прочида, что недалеко от Неаполя, британскими кораблями. Это произошло 3 апреля. Сам Неаполь был на грани восстания, и его взятие представлялось несложным делом. Однако на некоторое время планы союзников были разрушены появлением на Средиземном море крупного французского флота. Покинув Брест 25 апреля с 25 линкорами, вице-адмирал Брюи сумел уклониться от встречи с Бридпортом и Кейтом и 5 мая прошел Гибралтар. Пять испанских судов из Ферроля разминулись с ним и направились в Рошфор, а те, что находились в Кадисе, когда он проходил мимо, были обездвижены погодными условиями. Тем не менее положение было серьезным. По общему мнению, целью французов была сначала Мальта, потом Египет. Однако Нельсон считал, что, вероятнее всего, французы нападут на Сицилию, и отозвал все свои линкоры, и британские, и португальские, чтобы прикрыть Палермо.
В конце концов, хотя разные британские командиры не смогли атаковать французский флот, он ничего не достиг. Брюи достиг Тулона 14 мая, а Массареда, следовавший за ним с 17 испанскими линкорами, зашел в Картахену 20-го – несколько кораблей были повреждены. Уже 27 мая Брюи снова вышел в море, высадил людей в районе Вадо, чтобы освободить Савону, появился у Генуи, вернулся мимо Тулона и зашел в Картахену 22 июня. Двумя днями позже он покинул порт с 40 французскими и испанскими линкорами, прошел Гибралтар 7 июля и после визита в Кадис вернулся в Брест 13 августа, взяв испанцев с собой.
22 мая, прежде чем новость о присутствии этого флота заставила Ушакова отозвать свои группы кораблей, Сорокин с четырьмя фрегатами, турецким корветом, бригом и неаполитанским корветом «Фортуна» высадил 500 человек под командованием Белли15, капитана «Счастливого», в порту Манфредония, расположенном на берегу Адриатического моря, напротив Неаполя. Уже 13 июня этот отряд вместе с неаполитанскими роялистами вошел в Неаполь, после чего французы и их республиканские союзники были вынуждены искать укрытие в трех замках. В тот же день Нельсон направился из Палермо в Неаполь, но, услышав, что Брюи снова в море, тотчас вернулся и занял позицию в районе Мареттимо, что у западной оконечности Сицилии, где его 18 линкоров могли прикрыть остров, а также путь к Мальте и Египту. Неделей позже, 21-го, он решил, что его флот будет полезнее в самом Неаполе. 24-го он прибыл туда, как раз вовремя, чтобы отвергнуть условия, данные повстанцам командирами союзников и согласованные капитаном Футом с линкора «Сихорс» – старшим британским офицером, оказавшимся на месте. В какой степени они были обмануты, представляется неясным. Они оставили свои позиции 26-го и погрузились на суда, предназначенные для их путешествия в Тулон, как и было предусмотрено. Там 28-го они стали пленными. Французы в Сант-Эльмо капитулировали 12 июля.