Примерно в это время русские возобновили операции против Анконы. Три фрегата – «Навархие Вознесение Господне» 40, «Богородица Казанская» 44 и «Сошествие Св. Духа» 44 – с двумя небольшими судами16, а также турецким корветом и фрегатом ушли с Корфу 7 июля под командованием графа Войновича, капитана первого фрегата. Они прибыли в Анкону 12 июля, но через два дня их отнесло непогодой, и они были вынуждены искать убежище на побережье Далмации. Тем временем город Фано был вновь оккупирован французами, отвоеван австрийцами 3 июля и снова взят 11-го. В последнем мероприятии французам помогали 9 канонерок из Анконы, и этого оказалось достаточно, чтобы отпугнуть австрийцев. Их команды настолько уменьшились из-за постоянных высадок на берег, что они не могли рисковать и вступать в бой, даже получив подкрепление из пяти небольших кораблей. Поттс отвел свою флотилию в Пезаро и был спасен от атаки прибытием первой части австрийской армии.
Отряд повстанцев собрался в Фермо, в 30 милях к югу от Анконы, и 19 июля подвергся нападению войск из Анконы при поддержке трех французских бригов. Появление русско-турецкой эскадры заставило французов сразу же отойти. Бриги тоже смогли уйти, хотя Войнович отправил на их перехват «Богородицу Казанскую». Обеспечив координацию действий повстанцев и его сил, Войнович оставил «Сошествие Св. Духа» и турецкий фрегат у Анконы, а сам 23-го направился в Сенигаллию и Фано. Обнаружив их в руках французов, он двинулся к Пезаро, где встретил Поттса с пятью канонерками. 25-го он высадил отряд из 430 человек, которые вместе с 200 повстанцами и несколькими австрийцами на следующий день атаковали Фано. Корабли и канонерки помогали. 28 июля французский гарнизон капитулировал.
Обстрел двумя небольшими русскими судами, «Ахилл» и «Граф Суворов», вынудил французов 1 августа эвакуировать Сенигаллию. На следующий день в город вошли союзники, и через несколько дней Анкона была осаждена. 29 июля ее обстреляли корабли «Сошествие Св. Духа» и «Богородица Казанская», а морская блокада длилась с 23-го.
Блокада Мальты возобновилась через несколько недель. С октября 1798 года капитан Болл на «Александре» 74, как правило, в компании с «Одешиус» 74, «Голиаф» 74 и двумя или тремя небольшими судами вели наблюдение за Валеттой и по мере сил помогали повстанцам. Капитан Болл был отозван, чтобы соединиться с Нельсоном, 1 мая, 28-го отправлен назад, а 18 июня снова отозван, когда стало известно, что Брюи покинул Тулон. Несколько небольших судов остались у Мальты. 26 июня линкор «Лайон» 64 вышел из Неаполя, чтобы присоединиться к «Бон Ситойен» 18, «Эль-Корсо» 18 и португальцу «Беньямину». Пока Болл задерживался в Неаполе, но 5 июля получил приказ вести «Александра» обратно к Мальте и принять командование блокирующим флотом.
В гавани Валетты в конце 1798 года находились следующие французские корабли: «Гийом Телль» 74, «Диана» 40, «Юстис» 40, бежавшие из Абукира, а также «Атеньен» 64, «Дего» 64 и «Карфагенуаз» 36, ранее относившиеся к мальтийскому флоту. В начале февраля из Тулона прибыл старый фрегат «Будёз» с остро необходимыми припасами, но после этого, даже когда блокада была временно ослаблена, к острову смогло подойти только несколько небольших судов.
Разные враги Франции были единодушны в желании изгнать французов с Мальты, но в вопросе будущего владения островом единодушия было намного меньше. Законным претендентом мог считаться орден Святого Иоанна, который находился здесь уже более 250 лет. Однако мальтийцы не слишком радовались его возвращению и предпочитали считать короля Неаполя полноправным сувереном территории, некогда части испанских владений, из которых было образовано его королевство. Претензии рыцарей усложнялись тем, что русский царь Павел, считавшийся с 1797 года покровителем Мальтийского ордена, в ноябре 1798 года был избран великим магистром, так что возвращение ордена на остров, по сути, означало установление на Мальте власти русских.
Понятно, что британские командиры на Средиземном море стремились всячески избегать подобного результата. Один только Нельсон считал, что Мальта не имеет большого значения. Его правительство рассматривало Мальту как разумную плату за союзнические действия русских. Даже когда мальтийцы, раздосадованные очевидным бездействием неаполитанского правительства, обратились к Британии, как к более надежному покровителю, немедленной реакции не последовало. Только когда Россия по другим причинам вышла из состава коалиции, стала вероятной постоянная оккупация Мальты британцами. В любом случае Россия не сделала абсолютно ничего для захвата острова. Ее флот дошел до Мессины, а войска – до Неаполя, но ни армия, ни флот не принимали участия в операциях против французов на Мальте. На море эти операции вели британцы и португальцы, а на суше – британцы, мальтийцы и неаполитанцы.
Уже говорилось об участии Португалии в начале блокады. Действия были возобновлены 1 сентября 1799 года, когда маркиз де Низа прибыл со своей эскадрой и привез приказ Боллу от Нельсона передать ему командование на море и возглавить операции на берегу. Через несколько дней Болл действительно был назначен губернатором острова на неаполитанской службе. Но пока не было никаких войск – ни британских, ни неаполитанских, и местным повстанцам на берегу помогали только высадочные партии с британских и португальских кораблей. Поэтому серьезным ударом стало получение маркизом де Низа приказа вернуться вместе со всем флотом в Лиссабон. Нельсон 26 октября лично взял на себя отмену этого приказа, и Низа согласился – под ответственность британского адмирала – остаться на Средиземноморье еще на некоторое время.
Наконец была изыскана возможность выделить для Мальты войска – 800 человек из британского гарнизона в Мессине. Это было предложено в августе, но только в ноябре полковник Грэм в Мессине получил приказ от своего командира на Минорке о таком перемещении. 25-го Нельсон послал Трубриджа на «Каллодене» 74 с «Нортумберлендом» 74 и своим флагманом «Фудройент» 80 из Палермо в Мессину для погрузки войск. Корабли вышли в море 6 декабря и уже 10-го высадили войска в районе Сент-Полс-Бей (Сан-Пауль-иль-Бахар), на северо-западной оконечности острова. После этого уже не было острой необходимости задерживать португальцев, и 18 декабря Нельсон позволил им отплыть, а Трубридж принял командование блокирующей эскадрой.
Трудно сказать, как сильно русские были заинтересованы в овладении Мальтой, но они практически ничего не сделали, чтобы помочь ее отвоевать. После концентрации своего флота у Корфу в начале июня и отправки эскадры Войновича к Анконе 7 июля Ушаков почти месяц бездействовал. 21 июля с Черного моря прибыли два фрегата с запасами, «Поспешный» 32 и «Николай Беломорский» 20. А 5 августа они отбыли обратно с больными. 5 августа весь флот, включая турецкий, ушел в Мессину. У Корфу остались только «Св. Троица» 72, «Богоявление Господне» 72, захваченный «Леандр» и шебека «Макарий», а также, возможно, один или два турецких корабля.
14 августа флот вошел в Мессину, где обнаружилось четыре неаполитанских корабля – два линкора, фрегат и корвет. После очередного периода бездействия Ушаков разделил свой флот на три части, и все они вышли в море 30-го. Контр-адмирал Пустошкин с кораблями «Св. Михаил» 74, «Симеон и Анна» 74, призом «Экспедицион» и еще одним небольшим судном отправился в Ливорно, а потом в Геную для взаимодействия с австрийской армией на севере Италии. Сорокин на «Св. Михаиле» 48 с кораблями «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Николай» 46 и шхуной направился в Неаполь. Сам Ушаков с кораблями «Св. Павел» 84, «Захарий и Елизавета» 74, «Св. Петр» 74, «Мария Магдалина» 68, посыльным судном «Панагия Апотуменгана» и всем турецким флотом ушел в Палермо, куда прибыл 2 сентября.
Там, в дополнение к британскому кораблю «Фудройент» и еще нескольким британским и неаполитанским кораблям, он обнаружил подкрепление из трех линкоров и фрегата для своего флота. Вице-адмирал Карцов с кораблями «Исидор» 74, «Азия» 74, «Победа» 66 и «Поспешный» 32 10 мая вышел с якорной стоянки Нор и, проведя в Портсмуте период с 15 мая до 13 июня, прибыл в Палермо 14 августа. Из Палермо турецкий флот вернулся в Константинополь. Его команды уже долгое время пребывали в мятежном состоянии духа, и, когда начались стычки между турками и местным населением, стало очевидно, что их присутствие больше не является положительным качеством. Турки вышли в море 12 сентября, а Ушаков и Карцов – тремя днями позже. Они прибыли в Неаполь 19-го и оставались там три месяца, периодически высылая отдельные суда для коротких плаваний.
Пока Ушаков, как и Нельсон, бездействовал в гаванях Неаполя и Сицилии, произошло событие большой важности. Бонапарт вернулся во Францию. Теоретически Александрия все еще оставалась блокированной кораблями Смита – «Тигр» и «Тесей», а также малыми судами, однако обязанности Бонапарта – в его понимании, конечно, – были настолько обширными, что эта блокада стала для него делом второстепенным. Когда французы отступили из Акры, корабли Смита следовали за ними вдоль побережья до Газы, где армия повернула вглубь территории. 12 июня корабли ушли в Бейрут, а оттуда на Кипр для ремонта и пополнения запасов воды17. До того как Смит успел вернуться в египетские воды, турецкая экспедиция добралась до Абукирского залива с армией, которая должна была изгнать французов из Египта. Флот, как утверждает Джеймс, состоявший из 76 кораблей, в том числе 13 линкоров, 9 фрегатов и 17 канонерок, был замечен на подходе к Александрии 11 июля. Абукир был взят 15-го, и все силы высадились на берег. Смит прибыл 20-го и попытался, правда тщетно, заставить турок подготовиться к контратаке. 25 июля французы, которыми командовал лично Бонапарт, пошли на штурм их позиций и сбросили большинство из них в море, хотя крепость Абукир продержалась до 2 августа.
Большая часть турецкого флота, вероятно, вернулась в Константинополь сразу, но несколько кораблей остались для совместных действий с «Тигром» и «Тесеем». К сожалению, заход на Кипр за снабжением был необходим, и это открыло путь к спасению для Бонапарта. Смит покинул побережье 11 августа или около того