«Наутилус» ушел 14 декабря в Гибралтар с депешами, а «Конститьюшн» и «Энтерпрайз» 17-го – в Триполи. «Виксен» остался для эскортирования транспорта, доставившего припасы, обратно в Гибралтар. Направив «Энтерпрайз» на Мальту для отправки и получения писем, Пребл 23-го уже был на подходе к Триполи, где его «Энтерпрайз» захватил кеч «Мастико»8, который шел из Триполи в Бенгази, а оттуда в Константинополь. Хотя корабль считался якобы турецким, на его борту были триполийские солдаты, оружие и другая собственность, и он двигался из одного триполийского порта в другой, так что Пребл, не сомневаясь, задержал его. Позже он узнал, что кеч под триполийским флагом принимал участие в нападении на «Филадельфию», что полностью оправдывало его действия. Он был направлен в Сиракузы с «Энтерпрайзом» и вскоре стал американским кораблем под названием «Интрепид».
После этого небольшого успеха Пребл оставался в окрестностях Триполи до 26-го, когда штормовой ветер с норд-норд-оста заставил его уйти, причем испытав нешуточные трудности. Он зашел в Лампедузу в надежде обнаружить там триполийские суда, по пути «подобрал» «Энтерпрайз» и опять послал его на Мальту, взял приз на буксир и 30-го прибыл в Сиракузы. «Сирена» находилась там с 4-го, а «Энтерпрайз» пришел 31-го.
«Конститьюшн» оставался в Сиракузах почти три месяца, причем часть этого времени было потрачено на ремонт бушприта. «Энтерпрайз» был сочтен непригодным для серьезной работы в зимний период, но, несмотря на это, Пребл отбыл на нем 11 января 1804 года на Мальту. Так получилось, что он почти сразу встретил «Виксен», возвращавшийся из Гибралтара, перешел на него и достиг Мальты 13-го. Там он установил контакт с триполийским агентом и начал переговоры о мире. Он также связался с Бейнбриджем, находившимся в плену в Триполи.
По возвращении в Сиракузы 25 января Пребл начал подготовку к уничтожению «Филадельфии» там, где она находилась. Он не считал возможным вывести корабль из порта, даже если бы его удалось захватить. Попытку предстояло сделать «Интрепиду» (прежнее название – «Мастико») под командованием Декатура с «Энтерпрайза». «Сирена» должна была оказывать поддержку. Идея заключалась в том, что «Интрепид» – местный тип судна – сможет войти в гавань и в нем не опознают противника.
Укомплектованный в основном добровольцами с «Энтерпрайза», пятью мичманами с «Конститьюшн» и сицилийским лоцманом, «Интрепид» с «Сиреной» 3 февраля отправились на задание. Они подошли к Триполи вечером 7-го, но погода оказалась неблагоприятной, и они снова отошли. Порывистый ветер отнес их в восточном направлении, но они вернулись 16-го, и на этот раз условия оказались намного лучше, хотя ветер был настолько слабым, что Декатур ощутил необходимость завести «Интрепид» в гавань сразу, не дожидаясь прибытия шлюпок с «Сирены». Правда, днем раньше он получил некоторое подкрепление – лодку с командой с этого корабля, которая сыграла значительную роль в последовавших событиях.
Когда «Интрепид» приблизился к «Филадельфии» – причем у него на палубе было только несколько человек в мальтийских костюмах, – его окликнули и предложили уйти в сторону. Но лоцман заявил, что на судне потеряны все якоря, и ему разрешили пришвартоваться к более крупной «Филадельфии» на ночь. Перемена ветра остановила «Интрепид» на некотором расстоянии от цели, что могло оказаться роковым, но лодка с «Сирены» приняла конец, а потом и другой с «Филадельфии», и «Интрепид» был подтянут к борту. Сигнал тревоги прозвучал слишком поздно. Абордажная партия почти не встретила сопротивления, поскольку большинство триполийцев или сбежали на лодке, или прыгнули за борт. Воспламеняющиеся вещества были распределены и зажжены, и через двадцать минут «Интрепид» уже шел обратно из гавани, выполнив свою работу. На нем только один человек был легко ранен.
Несмотря на сильный огонь с берега и других триполийских кораблей, он вышел из гавани невредимым, а полыхающая «Филадельфия» сначала медленно дрейфовала к берегу, а потом взорвалась. Лодки с «Сирены» ожидали на входе в гавань, и практически без задержек оба корабля легли на обратный курс в Сиракузы, где их встретили с триумфом 19-го.
Пока они выполняли особое задание, остальные малые суда американской эскадры использовались для менее эффектных мероприятий. «Наутилус» вернулся из Гибралтара 26 января и 4 февраля отплыл в Тунис вместе с «Виксеном». Им пришлось вернуться из-за непогоды, и тогда они получили новые приказы. «Наутилус» уже на следующий день направился к мысу Мисурата (Мисрата), что к востоку от Триполи, а «Виксен» 13-го – на Мальту, чтобы сопроводить очередное снабженческое судно. «Энтерпрайз» 10-го был послан в Мессину, чтобы выяснить возможность приобретения или найма судов, пригодных для использования в роли канонерок. Последние два вернулись 17-го.
Мальтийский бриг «Сантиссимо Крусифиссо» прибыл 21 февраля, перехваченный «Наутилусом» 16-го на пути в Триполи, со смешанным грузом. Он имел пропуск Пребла для перехода в Триполи в балласте и доставки обратно на Мальту рогатого скота. Устно было заявлено, что судно идет в Джербу – в Тунис. Но судовые документы этого не подтверждали, и даже губернатор Мальты признал, что захват правомерен. В конце концов бриг был продан его прежним хозяевам, а груз конфискован.
«Конститьюшн» находился на Мальте с 3-го по 16-е, потом перешел в Сиракузы и 21-го отбыл в Триполи. Тем временем «Виксен» с транспортом «Порт Мэри» 22-го ушел в Гибралтар, «Энтерпрайз» – 23-го – в Тунис, а «Сирена» с транспортом «Уильям и Мэри» – в Сиракузы. Затем «Энтерпрайз» 3 марта пришел в Голетту. Там он обнаружил 12-пушечное триполийское судно, и, поскольку существовала возможность, что тунисские власти могут его задержать при выходе в море, он 6-го перешел к мысу Бон, а по возвращении 13-го нашел триполийское судно разобранным и покинутым. Тогда «Энтерпрайз» направился в Палермо для пополнения запасов воды, оттуда в Тунис и в конце месяца – в Мессину на ремонт.
«Виксен» покинул Мальту 29 февраля и прибыл в Алжир 15 марта. Он отправился в Аликанте и обратно, а потом снова вернулся 25-го, чтобы присоединиться к Преблу, доставившему О’Байена, бывшего консула, готового выступить в роли переговорщика с Триполи или Тунисом. «Сирена» осталась на Мальте до прибытия «Конститьюшн» 3 марта, после чего Пребл отправил ее сменить «Наутилус» у Триполи. Этот корабль вернулся в Сиракузы 28-го и пришел на Мальту вместе с «Конститьюшн». Он вместе с «Сиреной», которая снова пришла на Мальту 6 марта, 9-го направились в Триполи.
Прусское судно, перехваченное «Сиреной» 24-го и подвергнутое досмотру, оказалось идущим из Туниса в Кандию. Его сразу отпустили. Однако мальтийский бриг «Трансфер», захваченный тем же кораблем при выходе из Триполи, был арестован, на тех же основаниях, что «Сантиссимо Крусифиссо», за перевозку военных грузов с Мальты в Триполи и за прием генерального груза, вместо одного только скота, на обратном пути. Он был переименован в «Скедж» и принят в эксплуатацию как 16-пушечный бриг. Еще один приз был захвачен «Сиреной» 22 марта – «Мадонна де Катаполиани» – под русским флагом и вскоре освобожден, в порядке любезности царю.
До этого последнего захвата «Сирена» столкнулась с «Наутилусом» и была вынуждена отправиться в Сиракузы на ремонт. Она вернулась на позицию в начале апреля, почти сразу попала в непогоду и даже сбросила за борт четыре орудия. 11 апреля она вернулась в Сиракузы и 21-го ушла в Мессину для дооборудования. Тремя днями раньше оттуда вернулся «Энтерпрайз».
26 марта «Конститьюшн» присоединился к «Сирене» у Триполи, и Пребл сразу связался с французским консулом, который имел полномочия от Наполеона выступить в роли посредника, но требования паши оказались непомерными, и переговоры провалились. Уже 30-го северо-западный ветер вынудил Пребла уйти, и 3 апреля «Конститьюшн» и «Сирена» бросили якоря в Тунисском заливе. Здесь бей отказался обсуждать что бы то ни было, за исключением его прежних претензий к Моррису, и даже запретил Преблу покидать его воды, пока все требования не будут выполнены. Естественно, Пребл проигнорировал его угрозы и 6-го отбыл на Мальту. «Сирена» последовала за ним 9-го – к этому времени бей согласился подождать еще шесть недель – и вошла в Сиракузы 13-го. «Конститьюшн» после короткого захода на Мальту пришел туда на следующий день.
По прибытии на Мальту 12 апреля Пребл обнаружил в гавани «Виксен» и сразу отправил его в Триполи. О’Брайен присоединился к Преблу на борту «Конститьюшн». В Сиракузах он нашел не только «Сирену» и «Наутилус», но также «Аргус», который прибыл из Гибралтара 1-го с транспортом с запасами «Вудроп Симс». «Аргус» ушел в Триполи 16-го, «Сирена» – 22-го, а «Энтерпрайз» в тот же день отбыл в Тунис с О’Брайеном на борту. Затем этот корабль направился в Триполи, куда прибыл 11 мая вместе с «Скеджем» из Сиракуз, так что в блокаде теперь участвовали пять бригов и шхун. Старшим офицером был Стюарт с «Сирены». В целом блокада была лишена событий, хотя 29 апреля и 13 мая имели место небольшие перестрелки с триполийскими батареями.
Пребл на «Конститьюшн» вышел из Сиракуз 26 апреля. Его корабль бросил якорь в Тунисском заливе 1 мая. Он обеспечил Дэвиса, исполнявшего обязанности консула, деньгами, чтобы удовлетворить самые настойчивые требования бея, и 3-го ушел в Неаполь, куда прибыл 8-го. Там он обратился с просьбой о заимствовании канонерок, бомбометов и пушек для использования против Триполи, и 13-го король согласился выделить ему 6 канонерок, 2 бомбомета и 6 длинноствольных 24-фунтовых пушек. Все это надо было получить в Мессине. Выйдя из Неаполя 20-го, Пребл достиг Мессины 25-го, и, поскольку ремонт «Наутилуса» еще не был завершен, он использовал большую часть его команды, чтобы укомплектовать людьми канонерки и увести их в Сиракузы. Бомбометы еще не были готовы, но «Конститьюшн» ушел из Мессины с 6 канонерками 30-го и на следующий день прибыл в Сиракузы.
«Энтерпрайз», покинувший Триполи 26-го, тогда находился в Сиракузах, а 2 июня снова отбыл на свою позицию. «Виксен» 14 мая также покинул блокаду и ушел на Мальту, вернулся 28-го. «Сирена» последовала за ним 4 июня. «Конститьюшн» снова был на Мальте с 5 по 8 июня и 12-го подошел к Триполи. «Аргус», «Энтерпрайз», «Скедж» и «Виксен» в это время участвовали в блокаде, а «Сирена» только что ушла с Мальты, чтобы к ним присоединиться. 13 июня Пребл отправил О’Брайена на берег под белым флагом с предложением 200 долларов выкупа за каждого члена команды «Филадельфии». Но поскольку это было значительно ниже стандартной цены и он отказался обсуждать дополнительные платежи за мир, переговоры сразу же прервались. Поэтому 15-го Пребл увел «Конститьюшн», «Аргус» и «Энтерпрайз» в Тунис, где бей снова начал проявлять беспокойство. Прибыв в Тунисский залив 19-го, он снова вышел в море 23-го и уже 25-го был в Сиракузах. Уже 27-го «Энтерпрайз» пошел дальше в Мессину, «Конститьюшн» последовал туда же двумя днями позже.